양도가액이 신고한 가액과 상이한 경우 기준시가로 과세할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2007.6.11. 청구인에게 한 2001년 귀속분 양도소득세 204,737,850원의 부과처분은 청구인이 2001.8.22. 양도한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산 ○○-○○번지 임야 15,141㎡의 양도차익을 기준시가에 의하여 계산하되 증액경정처분으로 인하여 증가된 세액을 한도로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

요

• 가. 청구인은 1997.12.3. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산 ○○-○번지 임야 15,141㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 ○○국유림관리소장으로부터 357백만원에 취득하여 2001.8.22. 김○○, 김○○, 박○○, 안○○ 및 임○○(이하 “양수인 등”이라 한다)에게 430백만원에 양 도하고 2001.8.24. 실지거래가액에 의하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2001.8.24. 양수인 등의 명의로 쟁점토지에 설정된 근저당채무 인출액을 조사한 바, 양수인 등이

○○ 농협

○○ 지점에서 대출받은 1,035백만원 중 청구인의

○○ 예금계좌(

○○○○○○

• ○○

• ○○○○○○)에 275,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 입금되었고, 청구인의 농협대출금계좌(

○○○○○○

• ○○

• ○○○○○○)에 255,717,465원이 입금되어 변 제되었으며, 쟁점토지의 양도전 쟁점토지를 담보로 하여 설정된 권○○의 근저당채무와 관련한 농협대출금계좌(○○○○○○

• ○○

• ○○○○○○)에 173,859,931원을 입금하여 변제한 사실을 확인하여 합계 704,577,396원을 쟁점토지의 양도가액으로 보아 2007.4.17. 청구인에게 2001년 귀속분 양도소득세 204,737,850원을 경정․고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 농협예금계좌에 입금된 쟁점금액은 청구인이 쟁점토지를 취득하여 ○○도 ○○군청으로부터 산림형질변경 허가를 받아 공장부지로 조성하면서 쟁점토지와 인접한 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산 129-2 임야 8,656㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 불법 훼손하여 쟁점외토지의 소유자인 이○○에게 2000.11.8. 청구인의 농협통장에서 130백만원을 인출하여 지급하고 구입(소유권 이전등기 안함)하였다가, 청구인의 쟁점토지를 2001.8.24. 취득한 양수인 등 중 1명인 박○○에게 양도한 날과 같은 날인 2001.8.24. 쟁점외토지의 소유권을 이전시켜 주면서 미리 지급한 토지구입대금을 받은 것이며, 나머지 금액인 공장부지 조성비용 80,690,500원, 공장부지조성 취득세 등 15,692,430원, 공장부지 조성중에 발생한 벌금 3,000,000원 및 절토공사비용과 벌과금 45,000,000원 등은 쟁점토지의 양도대금과는 별도로 쟁점토지의 공사비 등에 소요된 비용을 미리 지급하고 나중에 수령한 것임에도 쟁점금액을 쟁점토지의 양도가액에 포함하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 증빙서류 중 쟁점토지의 용도변경과 개량을 위하여 지출한 사실이 확인되는 대체조림비 납부금액인 13,422,500원 및 지목변경을 위하여 경기도 ○○시에 납부한 취득세 및 농어촌특별세 15,692,430원은 필요경비로 인정되나, 나머지 금액은 증빙서류가 없는 청구인의 일방적인 주장이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 납세의무자가 양도당시의 실지거래가액으로 신고한 가액이 달리 확인되는 경우 확인된 실지거래가액으로 과세하지 아니하고 기준시가로 과세하여야 하는지 여부.
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 1.～5.(생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 7.(생략) 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정된 것) 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 과세경위를 살펴보면, 청구인이 쟁점토지의 양도와 관련하여 양도가액 430,000,000원을 양도당시의 실지거래가액으로 신고하였으나, 처분청은 2001.8.24. 양수인 등의 명의로 쟁점토지에 설정된 근저당채무 인출액을 조사하여, 양수인 등이 ○○농협 ○○지점에서 대출받은 1,035백만원 중 청구인의 농협예금계좌에 275,000,000원이 입금되었고, 청구인의 농협대출금계좌에 255,717,465원이 입금되어 변제되었으며, 쟁점토지의 양도전 쟁점토지를 담보로 하여 설정된 권○○의 근저당채무와 관련한 농협대출금계좌에 173,859,931원을 입금하여 변제한 사실을 확인하여, 합계 704,577,396원을 쟁점토지의 양도당시의 실지거래가액으로 보아 이 건 과세처분한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 청구인의 농협예금계좌에 입금된 쟁점금액은 청구인이 쟁점토지를 취득하여 산림형질변경 허가를 받아 공장부지로 조성하면서 쟁점토지와 인접한 쟁점 외토지를 불법 훼손하여 쟁점외토지의 소유자인 이

○○ 에게 2000.11.8. 청구인의 농협통장에서 130백만원을 인출하여 지급하고 구입(소유권 이전등기 안함)하였다가, 청구인의 쟁점토지를 2001.8.24. 취득한 양수인 등 중 1명인 박

○○ 에게 양도한 날과 같은 날 인 2001.8.24. 쟁점외토지의 소유권을 이전시켜 주면서 미리 지급한 토지구입대금을 받은 것이며, 나머지 금액인 공장부지 조성비용 80,690,500원, 공장부지조성 취득세 등 15,692,430원, 공장부지 조성중에 발생한 벌금 3,000,000원 및 절토공사비용과 벌과금 45,000,000원 등은 쟁점토지의 양도대금과는 별도로 쟁점토지의 공사비 등에 소요된 비용을 미리 지급하고 나중에 수령한 것임에도 쟁점금액을 쟁점토지의 양도가액에 포함하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 ○○농협에서 인출하여 쟁점외토지의 소유자인 이○○에게 지급하였다고 주장하는 130,000,000원은 쟁점외토지에 대한 구입대금이라고 주장하고 있으나, 청구인의 ○○예금계좌에 입금된 쟁점금액에 포함되었는지 여부가 구체적으로 확인되지 않고 있으며, 공장부지 조성중에 발생된 벌과금 및 절토공사비용 등은 쟁점토지 및 쟁점외토지와 관련된 비용으로서 서로 구분이 어려울 뿐만 아니라 쟁점토지의 매매와 관련한 매매계약서를 제시하지 않고 있어 쟁점토지에 대한 실지양도가액은 확인되지 아니한다. (나) 한편, 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액이 사실과 달라 신고한 양도가액을 부인하고 그 확인된 가액을 양도가액 으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하였는 바, 양도자가 2001년 귀속분 양도소득세에 대한 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득세 확정신고기한까지 양도소득세를 신고하는 경우 양도소득세 양도차익 결정방법에 대하여 살펴본다. 2001년 귀속분 양도차익에 대하여는 양도자가 신고한 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액 모두가 실지거래가액인 경우에는 실지거래가액을 기준으로 결정하는 것이나, 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액의 일방의 가액만이 인정 또는 확인되는 경우를 포함하여 양도자가 신고한 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에는 기준시가로 과세하는 것이고, 2002.1.1. 부터 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 실지거래가액이 달리 확인되는 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정한다(소득세법 제114조제4항 단서 신설). (다) 쟁점토지의 양도일은 2001.8.24.이고, 쟁점토지의 양도당시 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 수 있는 예외적 경우의 하나로서 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득세 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우를 들고 있는 바, 양도소득세 양도차익 결정방법에 대한 소득세법령 규정의 내용을 살펴보면, 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장이 확인한 실지거래가액에 의하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정할 수 있도록 한 소득세법 제114조제4항 단서의 규정은 법률 제6557호(2001.12.31.)로 개정되어 이에 따른 양도소득세 실지거래가액 과세방법이 2002.1.1.이후 시행되었으며, 이 건 쟁점토지의 양도당시인 2001.8.14.이 속하는 2001년도 소득세법령규정에 의하면, 양도자가 실지거래가액이라 하여 신고한 양도 및 취득가액이 실지거래가액으로 확인되면 그 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하나, 비록 달리 실지거 래가액이 확인되더라도 양도차익의 산정은 확인된 실가에 의하여 경정할 수 있는 근거규정이 마련되어 있지 아니하므로 기준시가에 의하여 산정하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다 (대법원 2004.1.15. 선고 2003두10572 판결; 대법원 2000.7.28. 선고 2000두314 판결; 국심2001중513, 2001.7.14.; 국심2004서2118, 2005.7.18.외 다수 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 확인된 양도당시의 실지거래가액으로 계산하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.