목사에게 부과한 양도세에 대해 실소유자가 법인으로 보는 단체인 교회라는 주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1994.9.24. 대한예수교장로회 ○○○○교회(이하 “동교회”라 한다)를 설립하였고 1999.1.21. ○○도 ○○시 ○○동 ○○○-○번지 전 1,067㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구인 명의로 취득하였다가 2003.4.28. 쟁점부동산 소재지로 가건물을 신축하여 동 교회를 이전하였으며 2006.6.5. 대한주택공사에 쟁점부동산을 협의 양도하였으나, 양도소득세를 무신고 하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 2007.4.20. 청구인을 납세의무자로 보아 2006년 귀속 양도소득세 86,052,570원을 결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 동 교회는 쟁점부동산을 성전부지로 사용하기 위해 매입하였으나, 은행대출관계로 담임목사인 청구인 명의로 등기하였을 뿐이고 쟁점부동산의 실제 소유자는 동 교회이므로 청구인은 이 건 양도소득세 납세의무자가 아닐 뿐만 아니라, 동교회가 비록 주무관청의 허가를 받았거나 등록된 단체는 아니지만 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 법인으로 보는 단체에 해당되는 바 이 건 양도소득은 법인세법상 고정자산처분에 따른 과세소득 대상이 아니다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면, 청구인이 1999.1.21. 매매로 취득하였으며, 동 교회는 청구인을 사업자로 1996.9.24.자로 직권등록되어 과세처분일 현재까지 계속사업자로 되어 있을 뿐만 아니라, 동 교회 또한 국세기본법 제13조 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하므로 청구인을 양도소득세 납세의무자로 보아 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 납세의무자로 보아 양도소득세를 부과한 처분에 있어서 쟁점부동산의 실제 소유자가 교회이고 동 교회는 법인으로 보는 단체에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 (2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제13조 【법인으로 보는 단체 】

① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 (2006.6.12. 대통령령 제19513호로 개정되기 전의 것) 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등 】

① 법 제13조제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 1998.12.31, 2005.5.31>

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다.

○ 소득세법 (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제1조 【납세의무 】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 "거주자"라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 "비거주자"라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법에 의하여 원천징수한 소득세를 납부할 의무를 진다.

3. 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 "내국법인"이라 한다)

4. 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 "외국법인"이라 한다)의 국내지점 또는 국내영업소(출장소 기타 이에 준하는 것을 포함한다. 이하 같다)

5. 기타 이 법에서 정하는 원천징수의무자

③ 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

④ 제1항에 규정하는 주소·거소와 거주자·비거주자의 구분은 대통령령이 정하는 바에 의한다.

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지 】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정 신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

○ 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 시행령(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산에 대한 처분청의 양도소득세 결정검토서에 따르면, 동 교회는 대한예수교장로회 총회 산하 교회로서, 1994.9.24. 설립되어 청구인을 사업자로 하여 1996.9.24. 직권등록되었다가, 2003.4.28. 쟁점부동산 소재지로 이전하였으나, 청구인은 2006.1.24. 소재지 정정신고를 하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 실제 소유자는 청구인이 아니 ○○○○교회라고 주장하면서 동 교회 제직회의록 등을 관련 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 동 교회의 1998.9.2.자 제직회의록에는 매입가격은 3억원정도로 성전부지를 매입하는 것에 대하여 제직원 15명이 만장일치로 결정하였으며 성전부지매입예정지역으로 쟁점부동산 소재지가 기록되어 있고, 1998.11.1자 제직회의록에는 성전부지 인수후 대출관계로 인하여 명의는 담임목사로 한다고 되어 있다. (나) 쟁점부동산 등기부등본에는 1999.1.21. 청구인에게 소유권이전 등기되고, 1999.7.16. 안양농협 관양지소에 근저당권 및 지상권이 설정되었다가 2004.12.23. 해진된 것으로 나타나며, 청구인의 기업은행계좌 등에는 성전부지에 사용된 사채이자 지급분이라고 기재되어 있으며, 농협계좌 사본에는 대출금 및 대출이자의 입출금내역이 기재되어 있다. (다) 대한주택공사 경기지역본부장이 발행한 토지수용(협의매수) 확인서(2006.8.23.)에는 쟁점부동산 및 지장물에 대한 보상금을 2006.6.14. 청구인이 수령한 것으로 되어 있으나, 청구인은 이 보상금을 동 교회의 우리은행 계좌에 2007.5.31. 입금하였다고 주장하고, 그 밖에 쟁점부동산이 성전부지임을 확인하는 증빙으로 사진 및 교회주보를 증빙으로 제출하였다. (라) 살피건대, 청구인이 제출한 동 교회 제직회의록 등의 증빙에 따르면 쟁점부동산을 동 교회의 성전부지로 사용한 사실을 인정할 수 있는 반면에, 동 교회가 청구인 명의로 사업자등록이 되어 있고 청구인에게 소유권이전등기 되었으며 토지수용보상금도 청구인이 수령하였다가 나중에 동 교회의 계좌에 입금한 사실 또한 확인된다.

(3) 청구인은 동 교회가 국세기본법 제13조 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당한다고 주장하면서 문화관광부장관이 교부한 사단법인 한국기독교총연합회 설립허가증, 사단법인 한국기독교총연합회가 교부한 대한예수교장로회 회원교단증명서, 대한예수교장로회총회가 교부한 동 교회의 총회 소속증명서, 청구인의 동 총회 재직증명서 및 동 교회 정관 등을 관련 증빙으로 제출하였다. (가) 동 교회가 속한 사단법인 한국기독교총연합회는 주무관청으로부터 설립을 허가받은 비영리법인에 해당하나, 동 교회는 대한예수교장로회 소속된 교회일 뿐, 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 주무관청의 허가 또는 인가을 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사실은 없으며, 쟁점부동산 양도당시 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할 세무서장에게 제출한 사실도 없다. (나) 살피건대, 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우 동 교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인 바, 교회를 법인격 없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니하고(대법원 판례 97누17261, 1999.9.7. 참고), 또한, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정내용을 보면 법인격 없는 단체는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있으나, 동 교회는 쟁점부동산 양도당시 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할 세무서장에게 제출한 사실이 없으므로 동 규정이 적용될 여지가 없는 바(국심2005중1624, 2005.8.16. 같은 뜻임), 동 교회는 법인으로 보는 단체에 해당되지 않는다 할 것이다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 설사 쟁점부동산이 동 교회의 성전부지로 사용되어 쟁점부동산의 실제 소유자를 동 교회로 볼 수 있다고 하더라도, 동 교회는 주무관청의 허가를 받거나 등록된 사실이 없으므로 국세기본법 제13조 에 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 동 교회가 청구인 명의로 사업자등록 및 소유권이전등기 되어 있고 쟁점부동산의 토지수용에 따른 보상금을 청구인이 수령한 사실이 확인되므로 처분청이 청구인을 납세의무자로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.