장기임대주택으로 보아 1세대 3주택에서 제외할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2006.9.19. 이○○○에게 ○○○(전용면적 41.85㎡, 이하 ‘쟁점주택’이라 한다)를 양도하고, 2006.11.10. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대한 세율 60%로 양도소득산출세액을 산정하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 후, 2006.12.15. 처분청에게 쟁점주택이 장기임대주택이므로 일반세율을 적용하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2007.2.2. 청구인이 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호 소정의 사업자등록을 하지 아니하였다고 보아 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.2.12. 이의신청을 거쳐 2007.6.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 비록 관할세무서장에게 사업자등록을 하지 아니하였으나, 2000.6.12. ○○○에게 임대사업자등록을 하고, 2호 이상의 주택을 5년 이상의 임대하였던 바, 실질과세의 원칙상 쟁점주택의 양도소득은 일반 세율을 적용함이 타당하다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 장기임대주택으로 1세대 3주택에서 제외되기 위한 요건으로 소득세법시행령 제167의3 제1항 제2호 는 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자등록을 규정하고 있는 바, 청구인은 이 중 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록을 구비하지 아니하였으므로, 1세대3주택으로 보아 중과세율이 적용됨이 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택을 장기임대주택으로 보아 1세대 3주택에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준 세율 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (2) 소득세법시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 부 칙 (2005. 5. 31. 대통령령 제18850호)

③ 【장기임대주택의 범위에 관한 적용례】 제167조의 3 제1항 제2호 다목의 개정규정은 이 영 시행후 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택부터 적용한다.

(3) 임대 주택법 제6조 (임대사업자의 등록)

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2006.9.19. 이○○○에게 쟁점주택을 양도하고, 2006.11.10. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대한 중과세율 60%로 양도소득산출세액을 산정하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 사실, 청구인이 소득세법 제168조 소정의 관할세무서장에 대한 사업자등록을 하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 청구인이 제출한 임대사업자등록증에 의하면 청구인은 2000.6.12. ○○○에게 쟁점주택과 관련하여 임대사업자등록을 한 사실이 확인되는 바, 청구인은 2006.12.15. 처분청에게 쟁점주택이 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호 소정의 장기임대주택에 해당하므로 일반세율을 적용하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2007.2.2. 청구인이 소득세법 제168조 소정의 관할세무서장에 대한 사업자등록을 하지 아니하였음을 이유로 이를 거부하였다.

(2) 이에 청구인은 비록 소득세법 제168조 소정의 관할세무서장에대한 사업자등록을 하지 아니하였지만, 2000.6.12. ○○○에게 임대사업자등록을 하고 2호 이상의 주택을 5년 이상의 임대하였으므로, 실질과세의 원칙상 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득산출세액은 일반 세율을 적용하여 계산함이 타당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 소득세법 제104조 제1항 제2의3호, 동법시행령 제167조의3 제1항 제2호, 소득세법 제168조 에 의하면 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이 양도된 경우 양도소득산출세액 산정시 적용하는 세율은 양도소득과세표준의 100분의 60으로 하는 것이고, 1세대 3주택 여부를 판정함에 있어 관할 세무서장에 대한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 등록하여 임대한 임대주택은 제외된다 할 것이며, 위 규정을 훈시규정이라고 보기는 어렵다 할 것인 바, 비록 청구인이 ○○○에게 쟁점주택과 관련하여 임대사업자등록을 하였다 할지라도 청구인이 관할세무서장에게 사업자등록을 하지 아니한 이상 1세대 3주택 판정시 쟁점주택을 제외하기는 어렵다고 보인다.

(4) 따라서, 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득산출세액 산정시 60%의 중과세율을 적용하여야 한다고 보아, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.