골프장 조성시 토지관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 것으로 볼 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2005.10.4. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 2기 353,375,120원 및 2004년 2기 112,152,240원의 부과처분에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.

• 가. ○○○에서 골프장업 등을 영위하는 청구법인은 2003년 2기부터 2005년 2기 과세기간의 골프장 조성시 토지관련 매입세액 213,824,260원을 매입세액 불공제 되는 것으로 부가가치세 신고(또는 수정신고)를 하였고, 처분청은 2005.10.4. 청구법인의 토지관련 매입세액 2003년 2기 274,914,500원, 2004년 2기 95,400,000원을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 부가가치세 2003년 2기 353,375,120원(신고·납부불성실가산세 총 78,460,598원 포함), 2004년 2기 112,152,240원(신고·납부불성실가산세 총 16,752,240원 포함)을 경정고지하였으며, 2006.12.29. 청구법인은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 는 위헌법률로서 그에 따른 당초 신고가 잘못된 것이라 하여 위의 토지관련 전체 매입세액(위의 처분청 경정고지시 불공제 매입세액 포함)이 공제가 가능한 것으로 보아 처분청에 환급경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2007.3.14. 청구법인에게 2003년 2기 및 2004년 2기 부가가치세액 관련 경정청구는 국세기본법 제55조 에 의한 불복청구대상으로 경정청구의 대상이 아니고, 2005년 1기 및 2기 부가가치세액 관련 경정청구는 청구법인이 당초 정당하게 신고한 것이라 하여 경정청구 거부대상이라고 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단의 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”의 규정은 면세사업을 전제로 한 규정으로 해석되어야 하며, 과세사업을 위한 매입세액인 경우에도 해당되는 것으로 보아 매입세액을 불공제한다면 부가가치세의 기본원리에 위배되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2003년 2기 및 2004년 2기 토지관련 불공제매입세액에 대한 경정청구는 국세기본법 제55조 의 불복청구대상으로 경정청구대상이 아니고, 2005년 1기 및 2005년 2기분 경정청구의 경우 청구법인의 당초 신고가 정당하게 이루어진 것이므로 청구주장을 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점 골프장 조성시 토지관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 제55조 【불 복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제68조 【청구기간】 ① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (3) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 경정청구 내역서 등에 의하면, 청구법인은 2003년 2기부터 2005년 2기까지의 골프장 조성시 토지관련 매입세액 총 213,824,260원을 매입세액이 불공제 되는 것으로 부가가치세 신고 또는 수정신고(2003년 2기 및 2004년 2기의 경우 각각 95,749,010원 및 49,200,000원의 매입세액을 수정신고하였고, 2005년 1기 및 2005년 2기의 경우 각각 42,596,946원 및 26,278,304원의 매입세액을 신고)하였고, 처분청은 2005.10.4. 청구법인의 토지관련 매입세액 2003년 2기 274,914,500원, 2004년 2기 95,400,000원을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 부가가치세 2003년 2기 353,375,120원(신고·납부불성실가산세 총 78,460,598원 포함), 2004년 2기 112,152,240원(신고·납부불성실가산세 총 16,752,240원 포함)을 경정고지하였으며, 2006.12.29. 청구법인은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 는 위헌법률로서 그에 따른 당초 신고가 잘못된 것이라 하여 위의 토지관련 전체 매입세액(위의 처분청 경정고지시 불공제 매입세액 포함)이 공제가 가능한 것으로 보아 처분청에 환급경정청구를 하였다.

(2) 먼저, 청구법인의 환급 경정청구 중 처분청이 2003년 2기 및 2004년 2기 토지관련 매입세액을 불공제하여 고지한 처분에 대하여 경정청구할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. 청구법인은 토지관련 매입세액으로서 2003년 2기 95,749,010원, 2004년 2기 49,200,000원을 매출세액에서 불공제하여 수정신고(2005.4.28.)하였고, 이후 2005.10.4. 처분청은 토지관련 매입세액 2003년 2기 274,914,500원, 2004년 2기 95,400,000원을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 신고·납부불성실가산세를 포함하여 부가가치세를 경정고지하였으며 추후 청구법인은 위 전체 매입세액과 관련하여 환급 경정청구를 하고 있는 바, 청구법인은 2007.5.11. 심판청구를 하였으므로 위의 경정처분에 대한 90일의 불복제기기간이 경과되었고, 증액경정처분이 있는 경우 경정후의 과세표준 및 세액 전액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것이 아니라 경정처분으로 인하여 변경되지 아니하고 남아있는 당초 세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있으므로(○○○, 2006.11.7. 참조) 처분청의 경정고지시 불공제된 매입세액(2003년 2기분 274,914,500원, 2004년 2기분 95,400,000원)과 관련 가산세(2003년 2기 78,460,598원 및 2004년 2기 16,752,240원)에 대한 경정청구는 경정청구의 대상이 아니므로 그에 대한 심판청구는 부적법하여 각하대상으로 보인다.

(3) 다음으로, 청구법인이 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 불공제되는 것으로 신고한 매입세액(2003년 2기와 2004년 2기 각각 95,749,010원과 49,200,000원 수정신고 및 2005년 1기와 2005년 2기 각각 42,596,946원과 26,278,304원 신고)과 관련하여, 골프장 조성시 토지관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 매출세액에서 불공제되는 “토지관련 매입세액”은 부가가치세 면제사업을 전제로 한 규정으로 해석되어야 한다고 주장하나, 관련법령인 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하면 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어있고, 부가가치세 면제사업을 전제한 것으로 규정되어 있지 아니하므로 청구법인의 주장을 인정하기는 어려운 것으로 판단된다(○○○, 2007.11.7. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.