수용된 토지에 대하여 잔금청산일을 보상금공탁일로 볼 것인 지 여부

○○세무서장은 2006.12.22. 청구인이 한 2006년 귀속 양도소득세 경정청구에 따라 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○소재 토지 1,170㎡ 중 1/6지분의 양도시기를 당초 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)로 하고 동일자 당시에 적용되는 동 토지의 개별공시지가를 양도가액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

○○공사는 ‘○○○○개발사업’의 시행을 위하여 청구인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○소재 토지 1,170㎡의 1/6지분(이하“쟁점토지”라 한다)을 수용하면서 2006.3.20. 지방토지수용위원회 재결상의 손실보상금(127,910,250원)을 공탁하고 지방토지수용위원회의 경정재결(2006.6.23.)로 보상금이 2,115,750원이 증액되어 2006.8.26. 청구인에게 그 증액된 금액을 지급하는 한편, 2006.8.18. 쟁점토지를 동 공사 명의로 소유권이전등기하였고, 청구인이 위의 지방토지수용위원회재결에 불복하여 중앙토지수용위원회에 제기한 이의신청에서 쟁점토지에 대한 보상금은 그 경정재결과 변동없이 동일한 금액으로 재결(2006.10.26.)되었다. 청구인은 쟁점토지의 수용에 따른 양도소득세 신고시 소유권이전등기일(2006.8.18.)을 쟁점토지의 양도시기로 보아 동일자 당시의 개별공시지가를 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하고 2006년 귀속 양도소득세 16,512,010원을 신고납부(2006.10.27)하였다가, 쟁점토지의 양도시기는 소유권이전등기일이 아니라 수용에 따른 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)이라 하여 동일자 당시의 개별공지시가를 양도가액으로 하여 양도차익을 재계산하여 2006.12.22. 처분청에 2006년 귀속 양도 소득세 3,759,210원을 환급하여 달라고 경정청구를 하였다. 처분청은 국세기본법 제45조 의 2 제3항의 규정에 의한 처리기한(경정청구를 받은 날부터 2월이내)을 도과한 이 건 심리일 현재까지 청구인의 경정청구에 대하여 결정통지를 하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.5.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 민법 제487조 에서 채권자가 변제를 받지 아니하거나 받을 수 없는 때에는 변제자는 채권자를 위하여 변제의 목적물을 공탁하여 그 채무를 면할 수 있다고 규정하고 있는 바, 수용의 경우 채무자에게 채무청산의 의미를 갖는 손실보상금 공탁일을 대금청산일로 보아야하고, 대법원 판례(2004두6914, 2005.5.13.)도 공탁일을 대금청산일의 개념으로 보아 수용의 경우 이의신청이 진행되더라도 손실보상금의 공탁일을 양도시기로 해석하고 있는 바, 쟁점토지에 대하여 당초 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)이 양도시기인 대금청산일이 되므로 동일자 당시의 개별공지시가를 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하여 한 3,759,210원의 환급 경정청구는 정당하므로 그 금액을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지에 대한 대금청산 전에 소유권이전등기(2006.8.18.)가 되었으므로 그 소유권이전등기일이 쟁점토지의 양도시기로서, 당초 보상금 공탁일을 쟁점토지의 양도시기로 하는 청구인의 환급 경정청구는 부당하다.

• 가. 쟁점 수용된 쟁점토지에 대하여 그 양도시기가 당초 보상금 공탁일이라는 청구 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기제된 등기 접수일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 수용의 경우 채무자에게 채무청산의 의미를 갖는 당초 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)을 대금청산일로 보아야 하고, 대법원 판례(2004두6914, 2005.5.13.)도 공탁일을 대금청산일의 개념으로 보고 있으므로, 당초 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)이 쟁점토지의 양도시기가 된다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 쟁점토지에 대한 대금청산 전에 소유권이전등기(2006.8.18.)가 되었으므로 그 소유권이전 등기일이 쟁점토지의 양도시기가 된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 쟁점토지의 등기부등본, ○○공사의 공문(○○지적 ○○-○○)등에 따르면, ○○○○개발사업에 따른 쟁점토지 수용에 있어 ○○공사는 2006.3.20. 쟁점토지에 대한 지방토지수용위원회의 재결보상금액(127,910,250원)을 공탁하고 지방토지수용위원회의 경정재결(2006.6.23.)로 보상금이 2,115,750원 증액되어 2006.8.26. 청구인에게 그 증액된 금액을 지급하였는 바, 그 경정재결서에 따르면 쟁점토지에 대한 ○○○○시지방토지수용위원회의 2006.2.3.자 재결 중 단가착오 기재에 의해 보상금 산정이 잘못되어 경정재결을 하는 것으로 되어 있다. 한편, 2006.8.18. ○○공사는 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기하였고, 청구인이 위 지방토지수용위원회 재결에 불복하여 중앙토지수용위원회에 제기한 이의신청에서 쟁점토지에 대한 보상금은 그 경정재결과 변동없이 동일한 금액으로 재결 (2006.10.26)되었다.

(3) 양도시기에 대하여 규정하고 있는 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조 제1항을 보면 원칙적으로 대금청산일을 양도시기로 하면서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 하고 있는 바, 당초 보상금재결에 불복하여 ○○토지수용위원회에 이의신청을 제기하고 그 이의재결(2006.10.26.)에서 보상금이 증액되어 추가보상금이 공탁된 경우에는 추가보상금이 공탁된 날이 대금청산일이라고 할 수 있으나(대법원 94누6154,1994.10.25. 및 국심 2006부2310, 2006.8.29. 등 같은 뜻), 이 건의 경우 중앙토지수용위원회에의 이의재결에서 보상금액이 변동된 바 없고, 지방토지수용위원회에서 경정재결이 있었으나 실질적으로 보상평가가 잘못되어서 경정재결이 있었던 것이 아니라 단순히 단가의 착오기재를 바로잡기 위한 재결이므로 당초 보상금 공탁일이 대금청산일로서 쟁점토지의 양도시기가 된다고 할 것이고, 청구인이 인용하고 있는 대법원 판결(대법원2004두6914, 2005.5.13.)도 당해 사건의 토지와 건물 중 건물에 대한 손실보상금액만이 일부 증액된 사안에서 토지에 대한 양도시기를 손실보상금 공탁일로 본 판결로서 이건에 대한 우리 심판원의 판단과 동일한 취지의 판례로 보인다. 따라서, 청구인이 한 2006년 귀속 양도소득세 경정청구내용에 따라 쟁점토지의 양도시기를 당초 손실보상금 공탁일(2006.3.20.)로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.