경정청구의 대상에 해당하는 지 여부

청구인이 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○대지 2,013㎡의 양도와 관련한 2004년도 귀속분 양도소득세를 경정청구한 것에 대하여 ○○세무서장이 2007.1.19. 청구인에게 한 경정거부처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 대지 2,013㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 위 지상의 주택건물 등을 2004.1.15. ○○○○공사 판교사업단에 수용으로 양도하고 1세대 1주택으로서 고가주택에 해당하는 것을 보아 2004.3.29. 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였다가 당초신고 내용에 착오 [쟁점토지 중 1,625㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 수용되기 전부터 사업용부지로 사용] 가 있었다고 하여 2006.11.21. 기준시가에 의해 양도소득세를 경정하여 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 실지거래가액으로 예정신고한 경우 확정신고 기한 후에는 기준시가로 경정청구할 수 없다는 이유로 2007.1.19. 경정청구를 거부하는 회신문을 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.4.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점①토지는 당초부터 주택부수토지가 아니라 타인에게 렌터카차고지로 임대한 사업용토지인데 착오로 주택의 부수토지로 보아 실지거래가액적용대상인 고가주택으로 신고하였던 것인 바, 쟁점①토지를 주택부수토지에서 제외하면 고가주택에 해당하지 아니하면서 쟁점①토지는 기준시가를 적용받을 수 있음을 알게 되어 경정청구를 한 것으로서 당초 실지거래가액으로 신고한 과세표준이 기준시가로 경정청구한 과세표준을 초과하므로 이는 명백히 국세기본법 제45조 의 2에 규정한 경정청구 사유에 해당됨에도 이를 단지 신고방법의 변경이라는 이유로 경정청구 대상이 아니라고 하는 것은 합리성이 없는 부당한 처분으로 납세자에게 유리하게 계산되어야 하며, 이 건 경정청구 가능여부와 관련하여 재정경제부에 질의한 회신문에서도 경정청구가 가능하다고 하였으므로 이 건 경정청구를 승인함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 양도소득세는 신고납부세목으로 확정신고 기한 후에 당초 신고유형을 변경하여 경정청구하는 것은 불가하다는 국세청 유권해석에 의거 당초 양도신고분을 확정신고 기한 경과후 실지거래가액에서 기준시가로 변경 신고하는 것은 불가하다고 판단된다.

• 가. 쟁점

(1) 당초 고가주택으로 보아 실가신고하였다가 임대업에 사용한 사업용토지라 하여 기준시가를 적용하여 달라고 한 경정청구가 경정청구대상에 해당하는지 여부

(2) 경정청구대상에 해당한다면, 쟁점①토지를 주택부수토지가 아닌 임대사업용 토지로 보아 실지거래가액이 아닌 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있는 지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 eh는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 부 칙(2005.7.13. 법률 제7582호) ②【경정 등의 청구에 관한 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는 제45조의 2 제1항의 개정규정을 적용한다. (2) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (3) 소득세법 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 (이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본··중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인것)을 말한다(단서 생략).

③ 법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택 부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

⑦ 법 제89조 제3호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배 (4) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 1974.1.12. 매매취득하였고, 쟁점토지 및 동 지상위의 주택·건물 등이 2004.1.15. 공공용지 협의취득으로 ○○○○공사 ○○사업단에 수용으로 양도됨에 따라 쟁점토지 및 동 지상의 건물 전부를 1세대 1주택으로서 고가주택에 해당되는 것으로 보아 2004.3.29.실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였다. 한편 이 건 주택이 세법상 1세대 1주택에 해당한다는 점에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼은 없다. (나) 쟁점토지의 수용양도일(2004.1.15.) 현재 쟁점토지 소재지는 주택투기지역으로 기지정(2003.10.20.)되었으나, 토지에 대하여는 양도일 이후에 지정(2004.2.26.)된 것으로 확인되어 토지에 대하여는 기준시가로 신고가능하였던 것으로 나타난다. (다) ○○○○공사가 현장조사한 내용 및 보상평가서에 의하면, 쟁점 토지상에는 주택·점포·작업장·사무실·지장물 등 다수의 건축물이 있었으며, 쟁점토지의 보상가는 2,414,258,000원이고 쟁점토지상의 건물들에 대하여 보상한 가액은 58,747,360원으로 확인되며, 우리 심판원에서 ○○○○공사의 조사담당자와 통화한 바에 의하면 현지 조사시 다수의 차량이 현장에 주차되어 있던 것으로 답변하고 있다. 한편 청구인은 ○○○○공사가 청구인에게 보상한 건물내역은 주택면적 150.98㎡, 점포면적 87.57㎡로 주장하고 있으며 건축물대장 및 건물등기부 등본에 의한 쟁점토지상의 건물은 주택점포(세멘벽돌조 스라브 34.48㎡) 및 주택(세멘브럭 스레트89.94㎡)으로 1981.4.25.에 소유권보존된 것으로 확인된다. (라) 청구인은 쟁점토지(2,013㎡)중의 쟁점①토지(1,625㎡)가 이전부터 아래와 같이 임대사업용 토지로 사용한 사실이 있는데도 착오로 쟁점①토지를 주택부수토지에 포함하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한것을 알게 되어 2006.11.21. 기준시가로 경정청구를 하게 되었다면서 쟁점①토지에 대해서는 기준시가로 나머지 토지 및 건물에 대해서는 고급주택이 아닌 1세대 1주택 비과서 적용대상에 해당한다고 주장한다.

1. 청구인이 제시한 폐업사실증명원에 의하면 청구인은 쟁점토지의 주소지를 사업장으로 하는 부동산임대업을 2001.1.1. 개업하였다가 2004.1.14. 폐업한 것으로 나타나고, 청구인은 (주)○○○○과 쟁점①토지면적을 3년 기간으로 보증금 2천만원, 연간 월세 2천만원을 연초에 지급받기로 하였다는 전세계약서를 제시하였고 2003년분 임대료 2천만원을 이체받았다는 통장사본을 제시하였다.

2. (주)○○○○ 한○○의 사업자등록증에 의하면 운보업(자동차대여)을 2000.2.1. 개업하였고, ○○도청에서는 2000.2.1. (주)○○○○ 한○○에게 쟁점토지를 주사무소를 하여 자동차 대여사업등록증을 교부한다는 공문을 발송하였으며, ○○도 ○○시장이 2003.2.10. (주)○○○○ 한○○에게 송부한 자동차대여 사업계획 변경등록 공문에 의하면 변경된 차고지에 쟁점①토지 면적은 변동없이 계속 포함되어 있는 것으로 확인된다.

3. 또한 한○○는 1999.1.12.부터 ○○○○라는 상호로 쟁점토지를 사업장으로 하여 운수서비스업(렌트카,여행알선)을 영위한 것으로 확인된다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 청구인의 경우 과세세표준 예정신고시 쟁점토지 전부를 주택부수토지로 보아 고가주택의 양도로 하여 실지거래가액으로 신고하였다가 경정청구시에는 쟁점①토지(1,623㎡)는 사업용토지로서 주택부수토지에 해당하지 아니하면서 나머지 토지(388㎡로 건축물대장상의 주택면적 89.94㎡의 5배 이내) 및 주택 또한 고가주택에 해당하지 않는다고 경정청구를 한 것으로서, 과세표준 예정신고시와는 달리 경정청구시에는 과세대상 물건이 변동되어 과세요건의 기초사실이 변경(당초 고가주택의 양도에서 사업용토지 및 일반주택의 양도로 변경)된 것으로 청구하고 있으므로 동일물건에 대한 양도차익의 계산방법만을 달리하여 수정 신고하거나 경정청구한 국세청 예규 등의 내용과는 다른 것으로 보아야 하고, 이와 같은 경우에 대하여 재정경제부 장관은 “납세자가 1세대 1주택에 해당하는 주택을 양도하면서 주택내 렌터카 임대차고지를 주택부수토지로 보고 당해 주택이 소득세법 제96조 제1항 제1호 에 규정하는 고가주택에 해당하는 것으로 보아 동법 제96조 제1항의 규정에 따라 실지거래가액을 기초로 하여 예정신고한 경우에, 당해 렌터카 임대차고지를 제외한 주택이 고가주택에 해당하지 않는다면 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 그 신고한 양도소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있습니다. 다만, 당해 렌터카 임대차고지의 주택부수토지 여부는 과세관청이 관련공부나 이용현황 등을 감안하여 사실판단할 사항입니다”라고 유권해석(조세정책과-1078. 2006.10.4.)한 바 있으며, 이에 따라 청구인은 본인이 신고한 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것으로 보고 과세대상과 양도차익의 계산방법을 달리하여 경정청구한 것이므로 처분청은 경정청구내용이 타당한지를 살펴보아야 할 것이지 청구인이 한 경정청구가 경정청구대상에 해당되지 않는다고 할 것은 아니라고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 위(1)의 사실관계에서와 같이, 쟁점①토지의 양도당시 토지부분에 대해서는 기준시가로의 양도소득 신고가 가능하였고, 청구인은 쟁점토지의 주소지를 부동산임대사업장으로 사업자등록하였을 뿐아니라 청구인으로부터 쟁점①토지를 임차한 임차인 또한 쟁점①토지를 차고지로 하여 자동차대여업 등을 영위하엿던 사실이 경기도청 및 성남시장의 공문 등으로 확인되어 쟁점①토지는 주택부수토지가 아닌 사업용토지로 사용되었던 것으로 판단되므로 쟁점①토지의 양도와 관련한 양도소득세는 양도차익을 계산함에 있어 기준시가를 적용하여 취득 및 양도가액을 산정하는 것이 타당하다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.