[요지] 일반적인 부과제척기간 및 장부보존기간을 경과하였으므로 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세하는 것이 정당함
[요지] 일반적인 부과제척기간 및 장부보존기간을 경과하였으므로 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세하는 것이 정당함
[참조결정] 2007서0586 /
[주 문] OO세무서장이 2007.1.12. 청구법인에게 한 1999년 1기 부가가치세 16,283,300원 및 1998.10.1～1999.9.30사업연도 법인세 32,833,710원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법제17조 【납부세액】②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】①손금은 자본 또는 출자의환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 법인세법 시행령제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
(4) 국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】①국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제85조의3【장부등의 비치 및 보존】①납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.
(1) 청구법인이 1999년 1기에 쟁점세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하고, 쟁점세금계산서 공급가액을 1999사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고한 데 대해, 처분청은 OO세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 자료상으로부터 교부받은 가공세금계산서라는 과세자료를 통보받고, 부가가치세 매입세액 불공제 및 소득금액 계산시 손금불산입하여이 건 부가가치세와 법인세를 부과한 것으로 심리자료에 나타난다.
(2) 처분청이 제출한 자료상 추적조사 종결복명서, 고발서 등의 자료에 의하면, (가)OO세무서장은 2005년 10월경 쟁점거래처의 자료상거래 혐의를조사(대상기간 1999년 1기～2001년 1기)하여 쟁점거래처 대표이사 김OO이 1999.1.1.～2001.3.26까지 OOOO외 18개 업체에게 실물거래없이 가공으로 총 2,395,670천원(공급가액)의 매출세금계산서 51매를 교부하여 이들 매출거래처로 하여금 부가가치세 등을 부당하게 공제받도록 하는 등 자료상행위를 한 것으로 보아 2005년 12월경 김OO을조세범처벌법 위반혐의로 고발한 것으로 나타나나, 당해 고발서 범죄일람표에 청구법인과의 거래는 포함되지 아니한 것으로 확인되고, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받은 1999년 1기에 쟁점거래처는 전체 매출액 575,179천원중 177,812천원만을 실물거래없이 세금계산서만 교부하여 일부 자료상으로 조사된 것으로 나타난다. (나) OO세무서장은 2005년 10월경 청구법인에게 쟁점거래처와의 거래내역(소명자료 포함)을 2005.10.19까지 제출하도록 조회하였으나,청구법인이 실제 거래한 것이나 장부보존기간 5년이 넘어 관련 자료를찾을 수 없고, 당시 근무자들이 퇴직하여 소명하기 어렵다는 취지의 답변을 제출하자, 2006.1.25. 쟁점세금계산서 관련 거래를 자료상거래혐의자와의 거래로 분류하여 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 추가 조사없이 청구법인에게 이 건 과세처분을 한 것으로 확인된다.
(3) 청구법인이 제출한 쟁점거래처 당시 대표이사 김OO의 거래사실 확인증명원(2007.3.30)에서, 김OO은 1999.4.30.과 1999.6.30에 전자식 안정기 31,500천원 및 29,750천원을 청구법인에 공급하고 물품대금을 수령하였음을 인정하고 있고, 이 같은 거래내용은 청구법인이 제출한 원재료, 외상매입금 등의 거래처 보조원장에도 나타난다.
(4) 살피건대, 과세관청의 조사 등에 의하여 재화나 용역을 공급받은 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자와의 매입거래가 가공거래가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 매입거래에 따른 세금계산서를 수취하여 관련매입세액 공제 및 손금산입한 납세자가 입증하는 것이 원칙이라 할 것이나, 국세기본법 제85조의3항에서 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 규정한 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 납세자에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 거래상대방으로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것인 바(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO), 이 건의 경우, 쟁점거래처 대표이사가 자료상 행위를 한 혐의로 OO세무서장에 의해 고발된 것은 사실이나, 쟁점세금계산서 관련거래는 고발대상에서 제외된 것으로 확인되고, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받은 1999년 1기에 쟁점거래처가 일부 자료상으로 조사된 점, OO세무서장의 조사시점이 2005년 10월로써 조사당시에 이 건 부가가치세 및 1999사업연도 법인세의 일반적인 부과제척기간 및 장부와 증빙자료의 보존기간 5년(2004.7.25. 및 2004.12.29.)이 이미 경과한 점, OO세무서장이나 처분청이 쟁점거래처나 청구법인으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나, 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것이 아니어서 처분청이 제시한 조사자료 만으로는 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 것으로 단정하기 어려운 점, 쟁점거래처 대표이사 김OO이 청구법인과의 거래를 실제 거래로 인정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없이 가공으로 교부받은 것으로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 타당하지 않은 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.