각 사업연도별 분양수입금액을 계산함에 있어 작업진행률 산출의 적정성 여부

○○세무서장이 2006.12.7 청구법인에게 한 법인세 2002사업연도분 3,238,263,140원, 2003사업연도분 4,768,212,420원 및 부가가치세 2005년 1기분 1,541,983,140원, 2005년 2기분 2,622,922,290원, 2006년 1기분 1,167,745,040원의 부과처분은

(1) 청구법인이 시행한 ○○○아파트 414세대 건축공사와 관련하여 처분청은 법인세법시행규칙 제34조 제1항 의 규정에 따라 동 아파트 건축과 관련한 총공사예정비를 재조사하고 이를 토대로 작업진행률을 산출하여 2002년부터 2005년까지 각 사업연도별 분양수입금액을 재계산하고 그 법인세 과세표준과 세액을 각각 경정한다.

(2) 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 부동산신축매매업을 영위하는 법인으로서 ○○○ 지상에 주상복합아파트인 ○○○아파트 414세대(이하“쟁점아파트”라 한다)를 착공하고 2002.1.7 쟁점아파트를 분양 개시하여 306세대를 분양하였으며, 2004.12.31 쟁점아파트 준공 후 미 분양된 아파트 중 국민주택규모 초과분 96세대(이하“쟁점미분양아파트”라 한다)를 임대아파트로 전용하여 면세사업인 주택임대사업에 공하고 있다. 처분청은 쟁점아파트의 분양수입과 관련하여 청구법인이 신고한 각 사업연도별 수입금액을 부인하고 2002년부터 2005년 귀속 사업연도에 대한 작업진행률을 재계산(연도별 수입금액 및 공사원가는 법인세법 제40조 제2항 및 같은법 시행령 제69조 제2항에서 규정하고 있는 작업진행률을 적용하여 산출한 후 손익을 인식하여야 하나 처분청은 청구법인이 총공사예정비에 대한 뚜렷한 근거없이 임의로 작업진행률을 산정하고 이에 따라 손익을 인식하였다 하여 준공일 이후 실제 발생한 총공사원가를 위 법인세법 규정상의 총공사예정비로 의제하여 작업진행률을 계산하였다)하여 이에 따라 분양수입금액을 계상하고 2006.12.7 청구법인에게 2002사업연도 법인세 3,238,263,140원, 2003사업연도 법인세 4,768,212,420원, 2004사업연도 법인세 △1,166,268,190원, 2005사업연도 법인세 △2,421,771,590원(이상 각 사업연도별 법인세 고지액과 환급액과의 차액에 대한 재고지액은 4,270,644,360원임)을 결정고지(환급)하였다. 또한, 처분청은 임대사업용으로 전환된 쟁점미분양아파트를 자가공급으로 보고 아파트 분양가액(건물분)을 과세표준으로 하여 각 과세기간별 부가가치세 과세표준을 경정한 후, 2006.12.7 청구법인에게 부가가치세 2005년 1기분 1,541,983,140원, 2005년 2기분 2,622,922,290원, 2006년 1기분 1,167,745,040원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.3.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 총공사예정비에 대한 계산근거자료를 제시하지 못한다는 이유로 청구법인에서 적용한 총공사예정비의 합리성 여부에 대한 검토와 계약 당시의 총공사예정비 및 그 동안의 변동사항을 반영한 연도별 총공사예정비를 추정해 보지도 아니하고 처분청이 실제투입원가를 총공사예정비로 간주하여 작업진행률을 재계산한 것은 자의적이고 행정편의적인 부당한 처분이다. 예정공사비와 실제공사비는 일치할 수 없음에도 처분청이 공사가 준공된 시점에 확인된 실제투입원가를 총공사예정비로 하여 착공연도부터 소급하여 일괄적으로 작업진행률을 계산한 처분은 기존의 세법해석에도 맞지 아니하며, 총공사예정비는 세법에서 기업회계기준에 따르도록 규정하고 있고, 공신력있는 외부회계감사에서 청구법인이 계상한 분양수입금액을 작업진행률에 의하여 산정한 기업회계기준에 부합한 것으로 적정의견을 제시하고 있으므로, 처분청이 청구법인이 신고한 각 사업연도별 손익을 부인하고 처분청이 임의로 작업진행률을 계산하여 적용한 손익에 의하여 과세한 이 건 법인세의 부과처분은 법적인 근거가 없는 위법한 처분이므로 부당하다.

(2) 청구법인이 미분양아파트를 임대한 것은 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업을 위하여 재화를 사용한 것이므로 부가가치세법 제6조 제2항 및 같은법시행령 제15조 제1항 제1호의규정에 의하여 재화를 공급한 것으로 보아 부가가치세가 과세된다고 할 것이나, 이 경우에 과세표준의 계산은 부가가치세법시행령 제49조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 임대아파트의 건설공사원가와 부대비용을 합산한 취득가액을 기준으로 계산하여야 할 것임에도, 처분청이 미분양아파트의 자가공급에 대한 부가가치세 과세표준을 임대아파트의 취득가액을 기준으로 하지 않고 아파트 분양가액 중 건물분에 상당하는 분양가액을 기준으로 과세표준을 계산하고 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이 건의 경우 쟁점아파트 착공당시 청구법인이 건설업회계처리준칙에 의하여 추정한 총공사예정비를 산출하지 않았거나 또는 청구법인이 총공사예정비를 임의로 산정하였다고 볼 수 있고, 그러한 경우에는 총공사예정비를 합리적으로 추정하여 작업진행률을 계산함이 타당하다고 할 것이나, 조사당시에도 청구법인이 합리적인 총공사예정비를 제시하지 못하였고, 이 건 조사시점이 쟁점아파트 완공일 이후 추가공사가 마무리된 시점이어서 추정에 의한 총공사예정비보다는 실제 발생된 총공사원가를 총공사예정비로 보아 작업진행률을 계산하여 손익을 인식한 당초처분은 정당하다.

(2) 과세사업과 관련하여 취득한 재고재화를 면세사업에 전용하는 경우 면세사업에 공하는 시점의 시가로 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이고, 쟁점미분양아파트는 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 규정하고 있는 재화의 공급에 해당하므로 부가가치세법시행령 제50조 에 의하여 시가(분양가액)로 부가가치세 과세표준을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 신고한 쟁점아파트의 각 사업연도별 분양수입금액을 부인하고, 처분청이 각 사업연도말 총공사비누적액을 공사완료후의 총공사원가로 나눈 금액을 사업연도별 작업진행률로 산출한 후 동 작업진행률에 따라 쟁점아파트의 각 사업연도별 분양수입금액을 경정하고 법인세를 과세한 처분의 당부

(2) 미 분양된 부가가치세 과세대상 아파트를 면세인 주택임대사업용으로 전용시 건물 분양가액을 시가로 보아 자가공급에 따른 부가가치세 과세표준액을 계산하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련법령

○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (1998. 12. 31. 개정)

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. (1998. 12. 31. 개정)

○ 법인세법시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】

① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. (1999. 5. 24. 개정) 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 작업진행률 = ────────────────────── 총공사예정비

② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

1. 익금 (1999. 5. 24. 개정) 계약금액 × 작업진행률 － 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금 (1999. 5. 24. 개정) 당해 사업연도에 발생된 총비용

③ 영 제69조 제2항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (1999. 5. 24. 개정)

○【참고】건설업회계처리준칙 제3조(정의) 이 준칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "도급공사"라 함은 원도급·하도급·위탁 기타 명칭의 여하에 불구하고 건설업자가 건설공사를 완성할 것을 약정하고, 상대방이 그 일의 결과에 대하여 대가를 지급할 것을 약정하는 계약에 의거 수행하는 공사를 말한다.

2. "도급금액"이라 함은 확정된 계약조건에 의하여 도급공사를 수행함에 있어 대차대조표일 현재로 실현되었거나 실현이 예상되는 도급계약의 총액을 말한다.

3. "공사예정원가"라 함은 확정된 계약조건에 의하여 도급공사를 수행함에 있어 대차대조표일 현재로 발생된 공사원가와 발생이 예상되는 공사원가의 합계금액을 말한다.

4. "진행기준"이라 함은 도급금액에 공사진행률을 곱하여 공사수익을 인식하고 동 공사수익에 대응하여 실제로 발생한 비용을 공사원가로 계상하는 방법을 말한다.

○【참고】건설업회계처리준칙 제4조(공사손익의 인식)

① 공사기간이 장기인 도급공사 및 예약매출은 진행기준을 적용하며, 공사기간이 단기인 도급공사 및 예약매출은 완성기준을 적용한다.

② 진행기준은 다음 각호의 요건을 모두 충족시키는 경우에 한하여 적용한다.

1. 도급금액, 공사진행률 및 공사예정원가에 대하여 합리적인 예측이 가능한 경우

2. 계약조항에 계약당사자간에 수수될 재화 또는 용역의 내용과 이에 대한 대가의 지급방식에 관하여 쌍방을 구속시키는 권리의무가 명백히 규정되어 있는 경우

3. 계약 당사자가 각기 계약상 의무를 이행할 능력이 충분히 있다고 인정되는 경우

④ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 진행기준을 적용할 수 없는 경우에는 발생원가의 범위내에서 회수가능한 금액을 수익으로 계상하고 발생원가 전액은 당기비용으로 계상한다.

○【참고】건설업회계처리준칙 제5조(공사진행률과 공사완성시기)

① 공사진행률은 공사예정원가에 대한 실제공사비 발생액의 비율로 한다. 이 경우 공사예정원가에 대한 추정은 체계적이고 합리적인 절차에 의하여 일관성 있게 이루어져야 하고, 공사수행과정에서 얻을 수 있는 새로운 정보를 계속해서 적절히 반영하여야 하며 예상되는 하자보수비는 공사예정원가에 포함한다.

(2) 쟁점(2) 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. (1977. 12. 19. 개정)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법시행령 제15조 【자가공급의 범위】

① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1995. 12. 30. 개정)

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화

○ 부가가치세법시행령 제49조 【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】

① 과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법시행령 제24조 에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과하는 때에는 20으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다. (2001. 12. 31 후단개정)

1. 건물 또는 구축물 (2001. 12. 31 개정) 5 당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) ＝ 시가 100

25 당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) ＝ 시가 100

○ 부가가치세법시행령 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

② 제1항의 규정은 법 제6조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 공급으로 보는 재화의 과세표준의 계산에 관하여 준용한다. 다만, 제15조 제2항의 규정에 의하여 공급으로 보는 경우에는 제49조 제3항의 규정에 의한 당해 취득가액을 과세표준으로 하되, 취득가액에 일정액을 가산하여 공급하는 때에는 그 공급가액을 과세표준으로 하며, 특별소비세ㆍ주세 및 교통세가 부과되는 재화에 대하여는 특별소비세ㆍ주세 및 교통세의 과세표준에 당해 특별소비세ㆍ주세ㆍ교통세ㆍ교육세 및 농어촌특별세 상당액을 합계한 금액을 과세표준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하여 이 건 사실관계를 살펴본다.

1. 청구법인의 이 건 과세기간별 각 사업연도 법인세 신고내용을 살펴보면, 수입금액조정명세서상 공사비누적액·총공사예정비·작업진행률 등에 대한 기재사항없이 쟁점아파트의 분양수입을 결산서상 수입금액으로 기재하여 법인세를 신고한 것으로 나타난다.

2. 청구법인의 각 사업연도별 쟁점아파트 관련 수입금액신고내용은 다음과 같다.

• 다 음 - (단위: 백만원) 연도별 2001 2002 2003 2004 2005 분양수입 2,111 27,922 31,072 91,893 25,004

3. 위와 같은 쟁점아파트 분양수입과 관련한 청구법인의 법인세 신고내용에 대하여, 처분청은 쟁점아파트 착공당시 청구법인이 건설업회계처리준칙에 의하여 추정한 총공사예정비를 산출하지 않았거나 총공사예정비를 임의로 산정한 것으로 보아 청구법인이 신고한 내용을 부인하고 다음과 같이 총공사비누적액과 총공사예정비를 적용하여 각 사업연도별 작업진행률을 산출하고 이에 따라 청구법인이 시행한 쟁점아파트의 분양수입금액을 재계산하였는 바, 처분청이 작업진행률 계산시 적용한 총공사예정비는 쟁점아파트의 공사가 완료된 후에 집계된 총공사원가를 적용하였다.

• 처분청이 산출한 연도별 쟁점아파트 작업진행률 - 총공사비누적액(A) 총공사예정비(B) 작업진행률(A/B) 2002년 25,589 127,558 20.06 2003년 56,123 127,558 44.00 2004년 121,826 127,558 95.51 2005년 127,558 127,558 100.00 (단위: 백만원, %)

4. 위와 같은 처분사실에 대하여 청구법인은 처분청이 작업진행률을 산정시 총공사예정비 대신 실제 발생한 총공사원가를 예정비로 의제하여 계산한 것은 법인세법시행규칙 제34조 의 규정에 위배되며, 법인세법에서 달리 규정된 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다는 법인세법 제43조 의 규정에 위배되므로 신고한 내용을 경정하기 위해서는 처분청이 총공사예정원가를 합리적으로 추정하여 작업진행률을 계산하여야 하고, 만약 총공사예정원가를 합리적으로 추정할 수 없는 경우에는 청구법인에 대한 외부회계감사보고서에서“분양수입은 공사진행기준을 적용하여 수입을 인식하고 공사진행기준 적용시 작업진행률은 총공사예정원가에 대한 실제공사비 발생액의 비율에 의하여 계산하고 있다”고 적정의견을 제시한 바가 있으므로 기업회계의 내용을 존중하여야 할 것이며, 당초 청구법인이 신고한 각 사업연도별 분양수입금액은 청구법인이 자체적으로 합리성 있게 추정한 총공사예정비를 토대로 산출한 작업진행률에 의하여 계산 것임에도 처분청이 당초부터 청구법인이 총공사예정비를 산출하지 않은 것으로 보아 신고내용에 대한 구체적인 검토도 없이 이를 부인하는 것은 부당하다는 주장이다.

5. 위와 같은 청구주장에 대하여 처분청은 청구법인이 조사당시까지 합리적인 총공사예정비를 제시하지 못하였고, 따라서 청구법인이 신고한 각 사업연도별 분양수입금액은 합리적인 총공사예정비를 산정하지 않고 임의로 계산한 작업진행률을 적용하여 산출한 것이어서 이를 인정하기 어려우며, 이 건 조사시점이 쟁점아파트 완공일 이후 추가공사가 마무리된 시점이어서 추정에 의한 총공사예정비보다는 실제 발생된 총공사원가를 총공사예정비로 보아 작업진행률을 계산하여 손익을 인식하는 것이 보다 합리적이므로 당초처분은 정당하다는 입장이다. (나) 위와 같은 사실관계에 기초하여, 청구주장이 타당한지 아니면, 처분내용이 정당한지 여부를 살펴본다.

1. 이 건 관련규정인 법인세법시행령 제69조 및 같은법 시행규칙 제34조의 규정을 모아서 살펴보면, 장기건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입도록 하고 있으며, 작업진행률은 당기공사비누적액을 총공사예정비로 나눈 비율로 계산하도록 하고 있고, 총공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 적용하도록 하고 있다.

2. 그런데 이 건의 경우에 있어, 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점아파트의 각 사업연도별 분양수입금액을 부인하고 처분청이 산출한 작업진행률을 적용하여 각 사업연도별 분양수입(총분양가액×분양률×작업진행률)을 산정하면서도 당기공사비누적액을 총공사예정비로 나눈 비율에 의하여 작업진행률을 계산하지 아니하고, 쟁점아파트의 공사가 완료된 이후에 세무조사에 착수하였고 청구법인이 합리적으로 산출한 총공사예정비를 제시하지 못한다는 사유로 공사완료시까지 실제 발생된 총공사원가를 총공사예정비로 의제하여 작업진행률을 계산하였다.

3. 그러나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 그 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인 바, 처분청이 이 건 작업진행률의 산정에 있어서 법인세법 시행규칙 제34조 의 규정에 의한 총공사예정비를 적용하지 아니하고 실제 발생된 총공사원가를 임의로 적용한 것은 조세법규를 합리적 이유없이 확장 또는 유추해석하는 것에 해당하여 허용될 수 없다 하겠다(대법98다63278, 2000.12.01, 외 다수 같은 뜻).

4. 그렇다면, 이 건과 같이 처분청이 산출한 작업진행률에 의하여 청구법인의 각 사업연도별 쟁점아파트 분양수입금액을 경정한 것은 잘못이 있고, 관련법령에서 규정하는 바와 같이 합리적으로 추정한 총공사예정비에 의하여 작업진행률을 산출하고 그에 따라 각 사업연도별 분양수입금액을 계산하여야 할 것이다. 그런데, 처분청은 청구법인이 총공사예정비를 산출한 사실이 없이 쟁점아파트 분양수입금액을 임의산정한 것으로 보아 청구법인이 당초 신고한 각 사업연도별 법인세 신고서상의 분양수입금액을 부인한 것으로 나타나고 있는 반면, 청구법인은 이 건 심판청구에서 청구법인의 분양수입금액 신고내용이 청구법인이 자체적으로 합리성있게 쟁점아파트의 총공사예정비를 추정하고 작업진행률을 산출하여 그에 따라 쟁점아파트의 분양수입금액을 산정하고 법인세를 신고한 것이라고 주장하고 있을 뿐 아니라, 청구법인에 대한 성신회계법인의 외부회계감사보고서에서도 “분양수입을 공사진행기준으로 인식하고 공사진행기준 적용시 작업진행률을 총공사예정원가에 대한 실제공사비 발생액의 비율에 의하여 계산하고 있다”고 주석사항에서 기재하고 있으므로, 처분청은 청구법인이 신고한 각 사업연도별 분양수입금액이 청구법인의 주장과 같이 합리적으로 추정한 쟁점아파트의 총공사예정비에 근거한 것인지 여부 등을 구체적으로 재조사하여 수용가능 여부 등을 재검토하고, 아울러 쟁점아파트 건설공사와 관련한 설계도면이나 관련자료 등을 토대로 쟁점아파트 건축당시의 여건이나 상황 등을 종합적으로 고려한 합리적인 총공사예정비를 산출하여 그에 따라 작업진행률을 산정하고 각 사업연도별 분양수입금액을 경정하는 것이 보다 합당한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 사실관계를 살펴본다.

1. 청구법인은 부가가치세 면세사업인 주택임대사업자로 등록하고 2005년 1기분 부가가치세 과세기간부터 쟁점미분양아파트를 주택임대사업에 공하는 사업용자산으로 사용한 사실과 이러한 내용이 부가가치세법상 자가공급에 해당되어 부가가치세 과세대상이 되는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

2. 처분청은 쟁점미분양아파트의 자가공급에 따른 부가가치세 과세표준을 분양가액으로 산정하여 2005.1기~2006.1기 부가가치세 5,332백만원을 과세하였다.

3. 이에 청구법인은 과세사업에 공하던 쟁점미분양아파트를 면세사업으로 전용하는 것은 자가공급에 해당하나 그 과세표준은 부가가치세법시행령 제49조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 쟁점미분양아파트(임대아파트)의 건설공사원가에 부대비용을 합한 취득가액을 기준으로 계산하여야 한다는 주장이다. (나) 청구주장이 타당한지에 대하여 살펴본다.

1. 이 건 관련법령인 부가가치세 제13조 및 같은법 시행령 제49조와 제50조의 규정을 종합하여 살펴보면, 재화의 공급(자가공급을 포함한다)에 대한 부가가치세 과세표준은 당해 재화의 시가(부가가치세를 제외한 금액)로 하도록 하고 있으며, 시가는 사업자가 특수관계없는 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 규정하고 있고, 시가가 불분명한 경우에는 “1. 감정가액 2. 건설 기타 용역의 경우에는 원가와 원가에 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액”을 시가로 보도록 규정하면서, 과세사업에 공한 재화가 감가상각자산에 해당하는 경우에는 취득가액에 감가상각비 상당액을 차감한 금액을 시가로 규정하고 있다.

2. 그런데, 쟁점미분양아파트는 주택신축판매업자인 청구법인이 면세사업용 자산이 아닌 수요자에게 공급하기 위하여 건설하였으나 판매되지 않은 부가가치세 과세대상 재화로서 재고자산에 해당하므로 과세사업에 공하던 감가상각자산으로 보기 어렵다.

3. 그렇다면, 쟁점미분양아파트는 부가가치세법시행령 제49조 제1항 의 규정을 적용하여 과세표준을 산출할 수 없고, 불특정다수인간에 자유로이 거래되는 가격에 의한 시가를 과세표준으로 적용하여야 하므로 청구법인이 쟁점미분양아파트의 시가를 달리 입증하고 있지 않는 이 건의 경우, 객관적으로 거래사실이 나타나고 있는 동 아파트의 분양가액을 과세표준으로 하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.