정상적인 세금계산서로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2007.3.12. 청구인의 2006년 제1기분 부가가치세 45,100,000원에 대한 환급청구를 거부한 처분은 세금계산서 교부일인 2006.3.31. 까지 입금된 120백만원은 정당한 세금계산서 공급대가로 보아 이에 대한 매입세액 10,909,000원 중 미공제액 1,009,000원을 추가로 매입세액으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

처분청은 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 000-0외 2필지 대지 2,215㎡ 지상에 2층 공장건물(건축연면적 2,052,8㎡, 2개동)을 신축하면서 ○○종합건설주식회사(이하 󰡒청구외법인󰡓이라 한다)를 시공자로 하여 신축공사(이하 󰡒쟁점공사󰡓라 한다)를 실시하고 2006년1기 예정기간 중 청구외법인 등으로부터 공급가액 550백만원의 매입세금계산서 2매(이하 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 수취하여 이를 공제대상 매입세액으로 하여 부가가치세 예정신고(환급세액 55,000천원)를 하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서 중 공급가액 451,000천원은 거래대금을 결제하지 아니하고 공급시기 전에 발행한 세금계산서라 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 당초 환급신고세액 중 45,100천원에 대한 매입세액을 불공제하고 나머지 9,900천원에 대한 매입세액을 공제하여 청구인에게 2006.6.12. 결정통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.28. 이의신청을 거쳐 2007.3.12. 이 건 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 부가가치세법시행령 제22조 제2항 의 규정에 의거 완성도지급기준, 중간지급기준, 장기할부 또는 기타조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 규정하고 있는 바, 쟁점공사는 공사기간이 2006.1.12.~5.30.로서 동일한 과세기간내에 착공되고 준공된 공사로서 청구인은 건축 감리의 기성확인을 근거로 하여 같은 부가가치세 확정신고기간 내에 쟁점세금계산서를 교부받고 그에 대한 기성대금 지급을 완료하였으므로 쟁점세금계산서는 적법한 세금계산서로 보아야 한다. 비록 쟁점세금계산서가 세금계산서 교부일과 공급시기가 상이하더라도 공급(준공)시기와 동일한 과세기간내에 교부되고 대금지급이 완료되었음에도 사실과 다른 세금계산서로 보아 환급신청을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기성확인에 의한 매입대금을 지불하였고 동일과세기간내에 대금을 지급하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 기성고 관련 서류에는 기성고 금액이 확정되지 아니하고 공사진척도만 표시되었는 바, 기성부분에 대한 공급시기는 대가를 실제로 지급받은 날로 보는 것이므로 준공 전 기성고 확인없이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 이 건 처분은 정당하다,

• 가. 쟁점 건물 준공 전에 공사대금의 일부를 수령하고 당해 건설용역에 대한 세금계산서를 교부하였으나 동일과세기간 내에 건물이 완공되고 대금을 완납한 경우 정상적인 세금계산서로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장 ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화 ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 부가가치세법시행령 제9조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급 ㆍ중간지급 ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항 ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (4) 부가가치세법시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】

① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청을 2006년 1기 예정과세기간 중 교부된 쟁점세금계산서에 대하여 공급시기(건물 준공) 전에 교부된 세금계산서라 하여 2006.3.31. 발행한 공급가액 530,000천원의 세금계산서에 대하여 발행일까지 대금지급이 완료된 공급가액(매입세액 9,900천원)에 대하여만 정당한 세금계산서로 보고 교부일 이후 대금이 지급된 45,100천원은 매입세액을 불공제하였으며, 청구인은 세금계산서 교부일과 준공일이 다르더라도 동일한 과세기간 내에 착공 및 준공되고 대금지급이 완료된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴 본다.

(2) 청구인은 쟁점공사에 대하여 당초 ○○종합건설주식회사(이하 󰡒○○건설󰡓이라 한다)와 공사계약을 체결하였으나, 자금사정으로 2006.3.2. 시공자를 청구외법인(○○종합건설)으로 변경하였으며, 청구인과 청구외법인간에 2006.3.2. 체결한 민간건설공사 표준도급계약서에 의하면, 착공일은 2006.3.2. 준공예정일은 2006.5.10. 공사계약금액은 880백만원(부가가치세 포함)이고 기성부분금은 매월 1회 지급하는 것으로 약정하였다가 2006.4.30. 건축주가 2개동에 대해 준공후 내부 사무실 및 인테리어 공사를 취소함에 따라 위 공사도급 금액을 7억원으로 합의한 사실 및 약정한 공사시간이 2006.1.12~5.30.이고 준공일이 2006.5.3.이며 2006.6.30.까지 공사대금이 전액 지급되었으며, 그 내역은 아래와 같다. <세금계산서 교부 및 공사대금 지급내역> (금액 ; 백만원) 세 금 계 산 서 공 사 대 금 발 행 일 발 행 자 금 액 지 급 일 금 액 2006.3.2.

○○종합건설(주) 20 2006.5. 이후 2006.3.31

○○종합건설(주) 530 2006.3.14. 10 2006.3.20. 20 2006.3.22. 40 2006.3.30. 50 2006.4.05. 10 2006.4.11. 300 2006.4.17. 50 합 계 550 합 계 480

(3) 처분청은 쟁점세금계산서 수취일인 2006.3.31. 이전에 입금된 공사대금에 대하여만 매입세액 공재하고 나머지 금액에 대하여는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하였는 바, 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 건축용역의 공급시기는 실제공사완료일로 하는 것이 원칙이나 실제공사완료일이 확인되지 않는 경우에는 건축물사용승인일 또는 건축물준공일을 공급시기로 보는 것이고 세금계산서 교부일과 공급시기가 다른 경우에는 이를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것이나, 부가가치세법 제9조 제3항 에 의하여 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것이다. (나) 쟁점세금계산서의 경우 실제 공사완료일이 확인되지 않으므로 건축용역의 공급시기는 쟁점건축물의 준공일인 2006.5.3.이고 쟁점세금계산서의 발행일은 2006.3.12.과 2006.3.31.이므로 쟁점세금계산서는 공급시기 전에 교부된 세금계산서로 보아야 할 것이다. 그러나, 청구인은 쟁점세금계산서를 발행(2006.3.31.)하기 전 공사대금으로 2006.3.14. 10백만원, 2006.3.20. 20백만원, 2006.3.22. 40백만원 2006.3.30. 50백만원, 합계 120백만원을 지급한 사실이 확인되는 바, 공급시기가 도래하기 이전에 교부된 세금계산서라 하여도 용역에 대한 대가의 일부 및 전부를 받고 교부한 경우에는 정당한 세금계산서로 보는 것이므로 기 공사대금을 지급한 120백만원(공급가액 109,090,900원, 매입세액 10,909,090원)에 대하여는 이를 정당한 세금계산서로 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 9,900,000원 만을 매입세액으로 공제한 처분은 잘못된 것이므로 매입세액 1,009,000원(10,909,000원-9,900,000원)을 추가로 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.