발생원가비율 적용 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 부동산매매업자로서, 2002년 12월 경 상가건물 신축목적으로 ○○○외 11필지 대지 3,905㎡를 취득하고, 동 대지에 지하 5층, 지상 14층 연면적 45,389.38㎡(상가명은 ○○이고, 이하 “쟁점상가”라 한다)를 2003년 11월에 착공하여 2005년 12월 준공하였으며, 수분양자들과 쟁점상가 분양시 분양가액에 대하여 토지분(면세)은 40%, 건물분(과세)은 60%로 한 상가공급계약서를 체결한 후, 쟁점상가 분양에 따른 부가가치세를 신고함에 있어서, 2005년 2기 확정분은 과세표준 26,695,592천원, 납부세액 37,729천원으로, 2006년 1기분은 과세표준 2,141,143천원, 납부세액 △40,690천원(환급) 등으로 하여 각각 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사를 실시하여, 청구인이 신고한 쟁점상가의 토지 및 건물분 실지거래가액이 불분명하다하여 총건축공사 도급가액 30,454백만원과 토지매입액 13,233백만원을 합한 금액에 의하여 계산된 점유비율(토지 30%, 건물 70%)을 적용하여 쟁점상가 총 분양가액 47,941백만원 중 과세분인 건물분 공급가액을 70% 상당액인 33,558백만원으로 결정하고 기신고금액을 차감한 결과 4,794백만원을 신고누락한 것으로 보아 2006.7.7. 청구인에게 2006년 1기분 부가가치세 535,317,590원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.9. 이의신청을 거쳐 2007.2.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점상가 분양가액에 대하여 토지 및 건물가액이 불분명한 것으로 보아 이 건을 처분하고 있으나, 분양계약시 분양금액 중 40%는 토지가액으로 60%는 건물가액으로 정하여 쌍방이 확인하여 계약서를 작성하여 계약내용대로 이행하고 세금계산서도 발행․교부하여 관련 부가가치세를 신고․납부하였다. 위와 같이 토지와 건물의 실제거래가액을 40% 및 60%로 산정한 근거는 쟁점상가토지의 취득가액은 2002년 취득하여 등기완료 후 제비용을 포함한 장부가액 13,233백만원이나 공시지가가 2002년 900천원에서 2005년말 2,020천원으로 224% 정도 상승하여 장부가액이 시가를 반영하지 못함에 따라, 2005년 분양당시 감정평가액(㎡당 3,700원)과 시가를 감안하여 토지와 건물의 가액비율을 40% 및 60%로 확정하게 된 것이다. 따라서 쟁점상가 공급계약서에 건물 및 토지분을 구분하고 있고 그 분양가액이 실지거래가액에 해당함에도 불구하고 처분청이 건물분 가액을 준공 전 설계변경으로 인한 공사도급액 증액부분을 포함한 금액으로 기준하여 재계산한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 실지거래가액에 의하여 건물 및 토지가액을 공급하였다는 주장이나, 실지거래가액이라 함은 “당사자 간에 실지로 거래된 건물가액으로 매매계약서, 세금계산서, 도급계약서 등 관련 증빙자료에 의하여 객관적으로 입증되어야 하고(재부가 22601-123,1992.8.11, 국세청 서면3팀-351, 2005.3.14), 판례의 경우에도 매매계약서상 건물가액과 토지의 가액이 구분 표시되어 있고, 구분 표시된 건물과 토지의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 실지거래가액으로 보는 바(대법원 93누18914, 1995.2.24), 청구인이 분양당시 건물 및 토지가액의 비율을 2005.8.25. 현재의 건물공사도급액 18,761백만원(토목공사 4,690백만원, 건축공사 14,071백만원)과 토지의 장부가액 13,233백만원(과․면세비율 59: 41)을 기준으로 산정한 것으로 보여지나, 이는 동 건물공사도급액에 건물준공 1개월전에 이루어진 3차 변경계약시 증액된 11,693백만원을 포함하지 아니하여, 사실상 현저하게 적은 건물공사비를 기준으로 과․면세 비율을 산정한 것으로 나타나므로 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”에 해당한다 하겠으므로 청구인의 과․면세 비율을 부인하고 총도급금액에 의해 재계산한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점상가 분양가액에 대하여 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 분양가액에 건물분 취득가액 상당의 발생원가 비율을 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 같은 법시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점상가는 그 토지분 취득가액이 13,233백만원이고, 건물분 투입원가는 청구인과 도급인 ○○주식회사 간에 이루어진 토목 및 건축분 공사계약서에 의하여 30,454백만원으로 확인되고 이에 대하여 당사자간 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점상가 분양에 따른 부가가치세 신고시 분양계약서에 의한 건물 및 토지분의 과․면세 비율(건물 60%, 토지 40%)을 적용하여, 분양가액 중 건물분(60%) 상당의 분양가액을 과세표준으로 하여 신고하였고, 처분청은 청구인이 위 건물 및 토지분의 과․면세 비율을 산정함에 있어서 건축공사 3차 변경계약시(2005.11.10.) 증액된 공사비 11,693백만원(25,764백만원-14,071백만원)을 임의 제외한 후, 과․면세 비율을 산정함으로써 사실상 쟁점상가의 토지 및 건물분 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아, 토지 취득가액 및 상가 실제 건축비 점유비율에 의하여 토지분은 30% [13,233/(30,454+13,233)100], 건물분은 70% [30,454/(30,454+13,233)100]로 산정하고 이를 쟁점상가 총분양가액에 적용하여 건물분 공급가액을 산정하여 이 건 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 분양당시 적용한 쟁점상가의 건물 및 토지에 대한 과․면세 비율(건물 60%, 토지 40%)은 토지에 대한 감정가액과 시가를 감안하여 산정하였고, 수분양자들과 공급계약서 작성시 위 분양가액에 대한 과․면세 비율을 명시하였고, 대금을 수령하여 매출세금계산서를 발행하여 관련 부가가치세를 신고․납부하였음에도 처분청이 건물분 가액을 준공전 설계변경으로 인한 공사도급액 증액부분을 포함한 금액으로 기준하여 재계산한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

(4) 청구인이 청구주장을 증명하기 위하여 제시한 자료를 보면, 수분양자간 체결된 상가공급계약서(2005.12.26) 등 10부의 공급계약서에는 분양대금에 대하여 부가가치세를 별도로 하여 약정하고 있고, “특약사항”란에 “분양금액 중 건물 분 60%, 토지 분 40%로 계산함”이라는 고무인이 찍혀 있거나 가필되어 있으며, 2005년 1월~2006년 6월간 매출장부에는 쟁점상가의 분양가액에 대하여 과세매출(건물) 60%, 면세매출(토지) 40%로 구분하여 기장하고 있고, ○○감정평가법인이 작성한 토지 감정평가표는 청구인들의 은행담보 목적으로 평가되었고, 쟁점상가 부지 감정가액에 대하여 가격시점 2002.11.20. 현재 1㎡당 3,700천원, 합계 14,357,480천원으로 평가하고 있다.

(5) 한편, 쟁점상가에 대한 준공당시 건물분 기준시가 및 토지분 공시지가는 각각 24,188,346천원(75.4%)과 7,888,100천원(24.6%)인 것으로 국세청의 기준시가조회자료에 의하여 확인된다.

(6) 위의 사실 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급함에 있어서 계약서에 토지와 건물 등의 가액을 구분 표시하여 양도하는 경우의 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항의 규정에 의하여 그 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액에 의하는 것이며, 이 경우 실지거래가액은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 구분 표시된 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 적용되는 것인 바(국심 2003서395, 2003.5.13 같은 뜻임), 이 건의 경우 쟁점상가 공급계약서에 기재된 총분양가액은 실지거래가액이라는 점에 당사자간 다툼이 없지만, 청구인이 쟁점상가 분양당시 적용한 건물 및 토지에 대한 과․면세 비율(건물 60%, 토지 40%)에 대하여 합리적 근거를 확인할 수 없어서 법 소정의 건물과 토지의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 인정되고, 이에 따라 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서규정에 의하여 총분양가액 중 건물가액을 기준시가 비율(건물 75.4%, 토지 24.6%)에 안분․계산을 하여야 하나, 처분청이 이보다 납세자에게 유리하게 발생원가 비율(건물 70%, 토지 30%)을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.