쟁점아파트가 조세특례제한법 제97조의2 양도소득세 감면주택에 해당하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 주식회사 ○○스틸(이하 “청구외법인”이라 한다)이 1998.1.13. ○○동연합연립재건축주택조합(이하 “재건축주택조합”이라 한다)으로부터 분양받은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 외 7필지 ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 “쟁점아파트”라 한다)에 대하여 분양받을 수 있는 권리를 1999.12.30. 청구외법인으로부터 승계취득한 후 쟁점아파트의 준공일 이후인 2000.5.31. 재건축주택조합으로부터 쟁점아파트 매수인의 지위에서 소유권이전등기를 경료받아 5년 이상 보유 및 임대하다가 2006.6.9. 김○○에게 양도하고, 2006.6.19. 이에 대한 양도소득세 신고 시 쟁점아파트가 조세특례제한법 제97조 의 2의 규정에 의한 감면특례규정을 적용받는 주택이라 하여 양도소득세 산출세액 5,706,819원을 감면세액으로 기재하여 신고하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 조세특례제한법 제97조 의 2에서 규정하고 있는 양도소득세 감면주택은 신축임대주택으로 주택건설업자로부터 최초로 분양받아 임대하던 주택을 양도한 경우에 적용하는 조항이나, 청구인이 양도한 쟁점아파트는 최초분양이 특례기간(1999.8.20.~2001.12.31.) 이전에 이루어진 것으로 청구인이 주택건설업자가 아닌 청구외법인으로부터 전매로 취득한 것이라 하여 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 2006.10.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 4,438,640원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.22. 이의신청을 거쳐 2007.1.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트는 시공사인 ○○건설이 IMF원인으로 부도가 발생되자 당시 ○○건설의 채권자인 청구외법인이 대물변제받은 아파트로 일반인에게 분양한다 하면서 당시 신축아파트를 매입하여 5년간 임대하면 등록세, 취득세 및 양도소득세를 감면한다는 정책발표에 따라 청구인이 1999.12.30.자로 취득한 것으로 관할구청에서도 쟁점아파트 매입에 대하여 등록세 및 취득세를 면제해 주었으며, 본인은 쟁점아파트에 대하여 행정관청의 안내문에 따라 관할구청과 세무서에 임대사업자로 등록하여 성실하게 5년간 임대사업자의 제반의무를 성실히 이행한 후 쟁점아파트를 양도하였음에도 불구하고 처분청이 조세특례제한법 제97조 의 2의 규정 적용시 신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례대상을 “주택건설업자와 최초로 매매계약을 한 경우에만 적용한다”라고 임의적으로 해석하여 동 규정의 적용을 배제하여 양도소득세를 청구인에게 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 양도소득세 신고시 제출한 쟁점아파트의 공급계약서를 보면 1998.1.13. 쟁점아파트의 매도인은 재건축주택조합으로, 청구외법인을 매수인으로 하여 쟁점아파트에 대한 공급계약을 체결한 것으로 나타나고 있고, 청구인이 취득한 내역을 보면 1999.12.30. 재건축주택조합을 사업주체이며 최초분양자로, 청구외법인(시공사인 ○○건설의 부도로 대물변제형태로 쟁점아파트를 취득하였다고 청구인이 주장하는 것)을 양도인(분양권 전매자)으로, 청구인을 양수인으로 하여 쟁점아파트에 대한 권리의무승계계약이 체결된 것으로 나타나고 있으며, 조세특례제한법 제97조 의 2의 규정에 의하면 신축임대주택의 취득기간을 1998.8.20~2001.12.31.내에 취득한 것에 한하도록 하고 있는 점으로 볼 때 위 취득특례기간 이전에 재건축주택조합으로부터 청구외법인이 분양받은 쟁점아파트의 분양권을 특례기간내에 승계취득한 것은 양도소득세가 감면되는 신축임대주택의 범위에 해당되지 않는 것이므로 청구인이 사업주체와 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 지급하였다는 어떠한 증빙자료를 제출하지 않는 양도소득세 감면신청을 부인하여 경정고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트를 조세특례제한법 제97조의2 규정에 의한 양도소득세 감면대상인 신축임대주택에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제88조 【양도의 정의】 ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2) 조세특례제한법 제97조 의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】 ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택

• 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택
• 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)

• 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택
• 나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제97조 의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】① 법 제97조의 2 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(4) 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령이 정한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법 제9조 의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택 중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. “매입임대주택”이라 함은 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다) 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의 2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시한 쟁점아파트의 매매계약서에 의하면, 1998.1.13. 청구외법인이 재건축주택조합으로부터 최초로 117,077천원에 분양받은 것으로 나타나고 있고, 청구인은 1999.12.30. 청구외법인으로부터 쟁점아파트를 분양받을 수 있는 권리를 승계취득한 후 쟁점아파트 준공일 이후인 2000.5.31. 재건축주택조합으로부터 쟁점아파트 매수인의 지위에서 소유권이전등기를 한 것으로 나타나고 있다. (2) 조세특례제한법 제97조 의 2를 보면, 거주자가 1999.8.20. 이후 신축된 주택 또는 1999.8.19. 이전 이미 신축된 공동주택 중 입주된 사실이 없는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 당해 신축임대주택을 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 양도소득세를 면제받기 위해서는 1호 이상의 신축임대주택을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하여야 한다고 규정하고 있는 바, 여기서 ‘신축임대주택’이라 함은 같은 법 제2호에 의한 “임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)으로 제한하고 있으며, 특히 ‘1999년 8월 20일 이후 취득’의 의미는 주택건설업자로부터 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 말한다 할 것이다(국심 2007서2581, 2007.9.18. 같은뜻임) (3) 조세특례제한법 제97조 의 2 규정의 신설취지가 1999.8.20. 건설교통부의 주거안정대책 발표가 있은 이후 미분양주택의 공급활성화 및 임대주택공급을 확대함으로써 중산․서민층의 주거안정을 지원하기 위한 목적이라는 점과, 매입임대주택 중 양도소득세감면대상이 1999.8.20. 이후 신축된 주택 또는 1999.8.19. 이전 이미 신축된 공동주택 중 입주사실이 없는 주택으로서 1999년 8월 20일 이후 주택건설사업자로부터 최초로 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결)한 주택으로 해석되는 점, 쟁점아파트의 경우 최초분양시점이 특례취득시점(1999.8.20.) 이전인 1998.1.13. 청구외법인이 재건축조합으로부터 분양받은 것으로 나타나고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점아파트의 경우는 관련규정상 신축임대주택의 취득기간요건인 “1999.8.20. 이후 최초의 매매계약 체결하고 취득한 주택”이라는 기본요건을 충족하지 않은 것으로 처분청이 특례기간 이전에 청구외법인이 최초로 분양받은 쟁점아파트를 청구인이 주택건설업자가 아닌 청구외법인으로부터 승계취득한 것이라 하여 조세특례제한법 제97조 의 2의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.