사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제한 처분의 당부

1. ○○세무서장이 2006.12.15. 청구인에게 한 2003년 제2기 부가가치세 271,793,100원, 2004년 제2기 부가가치세 24,837,970원의 부과처분 중 청구인이 한○○으로부터 수취한 2003년 제2기 695,990,000원, 2004년 제2기 191,400,000원 합계 887,390,000원의 세금계산서 매입세액을 불공제한 처분은 이를 공제하는 매입세액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 2002.2.1. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 2층 규모의 건물을 낙찰받고 2002년 10월 신축공사를 시작하여 2003.7월 6층 건물(연면적 10,943㎡, 이하 “쟁점상가”라 한다)을 준공한 후 45개의 상가를 ○○유통 주식회사외 30명에게 2003년~2004년에 걸쳐 분양한 후 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.

○○지방국세청장은 당초 2005.10.10~2005.12.09. 기간 중 청구인에 대한 개인사업자통합조사 결과 청구인이 쟁점상가 분양계약자 중 ○○호 등의 분양수입금액 732,280천원을 신고누락한 사실을 확인하고 총수입금액에 합산하고 과다 계상된 복리후생비 등 업무무관경비 11,437천원이 확인되어 필요경비에서 불산입하여 청구인에게 2000년~2004년 귀속 종합소득세 400,749,070원, 2003년 제1기~2004년 제2기 부가가치세 67,422,480원을 결정고지하였다. 국세청의 ○○지방국세청에 대한 종합감사(2006.8.7~2006.818.)기간 중 청구인이 과․면세 겸영사업자에 대한 안분계산 누락에 따른 탈루사실 등이 확인됨에 따라 ○○지방국세청장은 2006.9.4~2006.9.13.기간 중 청구인의 탈루혐의내용에 대한 재조사를 실시하여 과․면세 안분계산이 누락된 토지분 매입세액 해당분 119,599천원(2003년 제1기 ○○컨설팅 매입세액 공제부분 50,000천원과 2003년 제2기 이○○ 매입세액 공제부분 69,599천원)을 불공제하고, 청구인이 한○○으로부터 직접 수취한 세금계산서 887,390천원은 한○○를 독립된 사업자로 볼 수 없다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 등 하여 이를 관할 세무서장에게 통보하였고, 이에 따라 ○○세무서장은 2006.12.15. 청구인에게 2003년 제1기 부가가치세 27,268,580원, 2003년 2기 부가가치세 271,793,100원, 2004년 2기 부가가치세 24,837,970원을 경정고지하고, ○○세무서장은 청구인에게 2003년 종합소득세 30,520,380원을 경정고지하였다. 이에 청구인은 불복하여 2007.1.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 당초 2005.10.10.~2005.12.9.기간 중 2002년~2004년 귀속에 대한 개인사업자통합조사를 받은바 있음에도 불구하고 객관적 탈루사실이 없이 국세청 내부의 상급기관 감사에 의한 감사처분지시사항이라는 이유로 재조사를 실시한 것은 국세기본법 제81조 의 4(세무조사권 남용금지)를 위배한 것으로 재조사 결과에 따른 모든 처분은 취소되어야 한다.

(2) 한○○는 2002.10.30. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○상가에서 사업장을 둔 사업자이고, 이○○은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 사업자등록을 한 각각의 사업자로서, 다만 본 건 분양계약을 위하여 쟁점부동산소재지인 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동에 현장분양사무실에 상주하며 공동으로 분양대행업무를 수행한 자로 처분청은 최초 조사시에도 이러한 사실관계를 확인하였다. 그러나, 재조사시 한○○가 이○○의 고용관계라고 하나 고용관계를 입증하는 증빙서류도 없이 자의적인 유추에 의하여 판단하는 것은 위법․부당한 것이다.

(3) 2003년 2기 이○○과 한○○으로부터 수취한 세금계산서 1,000,000천원(공급가액)은 2003.12.31.에 발행되었으나 당시 자금사정으로 신고․납부하지 못하여 후일 신고하기로 하여 보관하던 적법한 세금계산서이며 이를 2004.7.30. 수중신고시 신고한 것임에도 처분청이 위 세금계산서를 인정하지 아니하고 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(4) 이○○에게 지급한 분양대행수수료 100,000천원은 적정하게 지급하고 필요경비로 신고한 것임에도 처분청이 필요경비로 불공제함은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 상급기관의 감사처분에 따른 재조사는 국세기본법 제81조의4 (조사권 남용금지)에 반하므로 재조사 결과에 따른 모든 과세처분을 취소하여 달라는 주장은 재조사의 기초가 탈루사실에 대한 명백한 자료가 있어 이에 대한 부분적 재조사로 이는 동법 제2항에서도 인정하고 있어 이유가 없다.

(2) 한○○으로부터 수취한 세금계산서(887,390천원)은 한○○가 독립된 사업자 지위에서 발행한 것이 아니라 이○○의 종업원적 위치에 있어 세금계산서를 발행할 수 없음에도 청구인에게 발행하여 준 것으로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다.

(3) 청구인이 수정신고시 제출한 이○○과 한○○가 발행한 2003년 제2기 세금계산서 1,000,00천원(공급가액)은 청구인이 세금계산서 발행의 전단계인 실질거래내용 등에 대하여 자료를 제출하지 못하므로 이를 인정할 수 없다.

(4) 이○○에게 분양대행수수료로 지급하였다고 주장하는 금액 중 100,000천원은 청구인이 이○○에게 빌린 돈을 갚은 것으로 이는 검찰․법원 조서 등에 의하여 확인되는 바, 필요경비로 볼 수 없는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 국세청 감사결정에 따른 재조사가 국세기본법 제81조 의 4에 의한 조사권 남용 금지규정을 위배한 것인지 여부

(2) 청구인이 한○○으로부터 수취한 세금계산서 887,390천원(2003년 제2기 695,990천원, 2004년 제2기 191,400천원)을 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(3) 청구인이 수정신고시 제출한 2003년 제2기 세금계산서 1,000,000천원에 대하여 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(4) 청구인이 이○○에게 지급한 분양대행수수료 100,000천원을 필요경비에서 불공제한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제81조 4【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

○ 국세기본법시행령 제63조 의 2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기․매점매석․무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액․사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ (생 략)

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조․제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조․제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (이하생략)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. (생 략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. ~3의 2.(생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

③ 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 부과처분이 중복조사에 해당되어 부당한 과세인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) ○○지방국세청이 2005.10.10.~2005.12.9.기간 중 쟁점상가 분양과 관련한 세무조사를 실시하여 청구인에게 종합소득세 등을 추징한 사실 및 국세청의 ○○지방국세청에 대한 종합감사시 청구인이 과․면세 겸영사업자에 대한 안분계산 누락에 따른 탈루사실 등이 확인됨에 따라 ○○지방국세청장은 2006.9.4.~2006.9.13.기간 중 청구인의 탈루혐의내용에 대한 재조사를 실시하여 이 건 부과처분을 한 사실이 처분청의 조사서에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 이 건 처분이 동일사업장에 대하여 중복조사한 경우에 해당한다고 주장하고 있으나, 처분청이 제출한 조사종결보고서에 의하면 당초 청구인은 과․면세 겸업사업자로 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 함에도 2003년 제2기까지 수취한 분양대행수수료 119,599천원(2003년 제1기 500,000천원, 2003년 제2기 69,599천원)에 대하여 안분계산을 누락한 사실이 국세청 감사시 지적되었고, 이에 대하여 ○○지방국세청장은 이를 인정하여 이와 관련한 재조사를 실시한 것으로 보여지며, 재조사 결과 안분계산누락 등을 통한 탈루사실에 대하여 재경정되었으며 안분계산누락에 따른 부과처분에 대하여는 청구인의 심판불복청구내용에도 포함되지 않아 청구인 스스로도 탈루사실을 인정하고 있다. 그렇다면, 이러한 조세탈루에 대하여 재조사 과세한 이 건의 경우 국세기본법 제81조 의 3 같은법 시행령 제63조의 2에서 규정하는 중복조사 금지사유에 대상에서 제외되는 것으로 판단된다.

(2) 청구인이 한○○으로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서(공급가액 887,390천원)으로 보아 동 세금계산서상의 매입세액을 불공제한 처분에 대하여 본다. (가) 처분청은 한○○가 발행한 세금계산서(2003년 제2기 695,990천원, 2004년 제2기 191,400천원)가 독립된 사업자 지위에서 발행한 것이 아니라 이○○의 종업원적 위치에 있어 한○○는 세금계산서를 발행 할 수 없음에도 청구인에게 발행하여 준 것으로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 매입세액을 불공제한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구인과 상가의 분양대행에 대하여 책임지고 분양대행하기로 계약을 체결한 자는 이○○이고, 총 분양수수료(2,841,718천원)를 지급하였다는 증빙으로 제시한 입금증 등을 보면 입금증의 서명 중 한○○가 서명한 부분도 일부 있으나, 대부부의 수령자 서명날인이 이○○으로 되어 있으며, 이에 대한 분양수수료 지급부분과 한○○에 대한 분양수수료 지급부분이 구분되지 않고 있는 점과, 더구나 이○○이 분양대행수수료 중 청구인이 300,000천원을 지급하여 주지 않는다고 청구인을 고소하고 이후 당사자간 합의로 잔액 300,000천원을 받으면서 더 이상 문제를 제기하지 않겠다는 ‘이행각서’를 작성할 때 한○○는 제외되고 이○○만이 단독으로 총 분양대행수수료 2,841,718천원 전액에 대하여 이행각서에 서명한 점 등을 감안하여 볼 때, 한○○는 분양대행업무를 수행함에 있어서 이○○의 하도급인 또는 이○○의 직원으로 보는 것이 타당하다는 의견이다. (다) 한○○는 2002.10.30. 상호를 ○○컨설팅, 사업장소재지는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○○동 ○○호, 주업종은 서비스업, 종목은 상가분양대행업무로 하여 사업자등록을 한 사실과, 2002년 종합소득금액 29,770천원(사업소득 22,910천원, 근로소득 6,860천원)을 신고한 사실이 확인되며, 한○○와 이○○이 청구인에게 세금계산서를 발행한 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 한○○와 이○○이 신고한 부가가치세 내역 (단위: 천원) 세금계산서 교부내역 신고내역 비고 발행업체 교부시기 공급가액 (부가세포함) 매출과표 (당초신고) 납부내역 이○○ 2003.2기 1,445,990 (695,990) 1,445,990 (69,599) 160,079 가산세 15,480천원 포함 소계 1,445,990 1,445,990 160,079 한○○ 2003.2기 945,990 (695,990) 945,990 (69,599) 99,759 가산세 5,160천원 포함 2004.2기 191,400 191,400 19,120 소계 1,137,900 1,137,390 113,739 총계 2,583,380 (2,841,718) 2,583,380 278,958 * 이○○과 한○○는 당초 2003년 2기 부가가치세 신고를 각각 매출액을 695,990천원으로 신고하였으나 2004.7.30. 수정신고를 통하여 이○○은 850,000천원 한○○는 250,000천원을 증액하여 신고하였다. (라) 한○○가 2006.9.11. ○○지방국세청에 출석하여 진술한 내용을 보면 “2003.3월부터 청구인의 분양대행업무를 시작하여 2004.12월에 마무리 하였다. 이○○은 2002년초 법무사 사무실직원으로 근무시 등기업무 수행 중 알게 되었으며, 이○○을 알기 전에는 ○○도 ○○시에서 분양대행업무를 한 사실이 있다”고 진술하면서, “이○○을 통하여 청구인을 알게 되었으나 청구인과는 분양대행업에 대한 서면계약을 작성한 사실이 없이 구두합의하였고, 분양수수료는 당초 이○○이 청구인과 계약하였던 분양금액에 대한 수수료(13%~15%)를 적용하였으며, 분양대행수수료는 청구인으로부터 직접 수령하였으나, 청구인과 분양수수료에 대한 정산서를 따로 작성하지 않았고, 분양대행업무를 하면서 아르바이트 직원은 5명을 두고 있었으며 직원들이 분양계약을 성사시키면 수수료로 7%를 지급하였다”고 진술하면서, 이○○과 청구인 사이에 분양수수료와 관련하여 고소고발건이 있었고 이○○ 단독으로 이행각서를 작성하여 인증서명한 이유에 대하여 처분청 직원이 묻자 “본인이 분양한 물건에 대한 분양수수료는 전액 수취하였기 때문에 본인은 청구인에게 이의를 제기하지 않았으며, 이○○과 청구인 사이에 분양수수료 관련 문제가 있었는지는 알지 못하였다”고 진술한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (마) 살피건대, 처분청은 한○○가 이○○의 고용관계에 있었다는 증빙자료(이○○이 한○○에게 급여를 지급하거나 이○○이 한○○에게 분양대행과 관련하여 재하도급을 주었다는 구체적인 증거 자료 등)를 제시하지 못하고 있고, 한○○는 쟁점상가를 분양하기전 사업자등록을 하였으며 쟁점상가 분양과 무관한 종합소득세(사업소득 22,910천원)를 신고․납부한 사실, 쟁점상가와 관련하여는 자신이 수취한 분양수수료에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 각각 신고․납부한 사실, 만일 한○○가 이○○의 고용관계에 있었더라면 이○○이 자신의 부가가치세 및 종합소득세 일부를 한○○에게 부담하면서 개별적으로 신고할 실익이 없는 점 등을 고려하여 볼 때 이○○과 한○○는 공동으로 청구인의 분양업무를 대행하였으며 독립된 사업자라는 청구인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 한○○가 분양대행업무를 수행함에 있어서 이○○의 하도급인 또는 이○○의 직원으로 보아 한○○가 발행한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다.

(3) 청구인이 수정신고를 통하여 신고한 세금계산서를 불공제한 처분에 대하여 본다. (가) 청구인은 2004.7.30.수정신고를 통하여 쟁점상가에 대한 분양가액 2,146,113천원을 추가로 증액신고하면서 2003년 2기 중 한○○와 이○○으로부터 수취한 세금계산서(한○○으로부터 공급가액 250,000천원, 이○○으로부터 공급가액 750,000천원 합계 1,000,000천원)에 대한 세금계산서를 추가로 신고하여 매입세액 공제를 받았으나, ○○지방국세청 재조사시 청구인이 신고한 위 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제한 사실이 확인된다. (나) 청구인은 위 세금계산서가 당초 적법하게 발행․교부받아 보관중인 것을 추후 수정신고시 제출한 것으로 처분청이 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 처분청의 재조사 과정에서 수정신고된 매입세금계산서의 발행과 관련, 분양된 물건 중 어느 것을 2003년 2기 중 대행했는지, 분양물건 당 몇 %의 수수료를 받았는지에 대하여 “구두로 약정하고 지급율도 각각 다르다”는 말 외는 아무 자료도 제출하지 못하고 있어 처분청이 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 청구인이 이○○으로부터 100,000천원을 차용하였다 하여 동액을 필요경비에서 공제한 처분에 대하여 본다. 처분청은 이○○이 청구인으로부터 쟁점상가 분양대행수수료 중 300,000천원을 받지 못하자 청구인을 사기죄로 고발하였으나, ○○지방검찰청은 청구인을 무혐의로 처분하고 이○○을 무고죄로 약식기소(○○지검 2005형제107044호, 2006.9.8.)하였으나 동 기소내용에 의하면 300,000천원 중 이○○이 청구인에게 100,000천원을 빌려준 것으로 나타나고, ○○지방법원의 약식명령서(2005고약57502)에도 이러한 사실이 확인되는 바, 명백한 근거 없이 위 검찰 및 법원의 인정사실을 부인하고 사실관계를 다르게 판단하기는 어려워 처분청이 100,000천원을 청구인의 필요경비에서 공제한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.