지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2003.7.31. 취득한 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 000-0외 4필지 토지 2,314㎡, 건물 428.9㎡(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 공공용지의 협의취득을 원인으로 2005.8.23. ○○지방공사에 소유권을 이전하고 실지거래가액으로 양도소득을 산출하여 양도소득세를 자진신고 납부한 후, 쟁점부동산이 조세특례제한법 제85조 에 의한 기준시가 적용대상이라고 하여 양도차익을 기준시가로 환산하여 2006.5.31.기 신고납부한 양도소득세 143,318,500원 중 69,538,850원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 사업인정고시일인 2004.9.15.로부터 소급하여 2년 이내인 2003.7.31. 취득하여 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 기준시가 적용대상이 아니라고 보아 2006.6.30. 청구인의 경정청구를 거부통지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.28. 이의신청을 거쳐 2007.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제85조 의 입법취지는 투지지역 내에 소재하는 부동산이라고 하더라도 공익목적을 위해 수용되는 경우에는 본인의 의사와 무관하게 처분해야 되는 점을 감안하여 지역주민의 부담을 경감하고 공익사업의 원활한 시행을 위하여 실지거래가액 대신 기준시가로 과세하기 위한 것으로 해석되는 바, 쟁점부동산의 취득일은 2003.7.31.로서 산업단지지정고시일인 2004.9.15. 이전이며 지정지역으로 지정한 날인 2003.8.18. 이전으로서 투기목적이 아닌 선의의 취득자이므로 쟁점부동산의 양도차익은 기준시가로 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지정지역내 토지를 조세특례제한법 제85조 각 호에서 규정한 날 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 할 수 있는 바, 청구인의 쟁점부동산 취득일은 2003.7.31.로 쟁점부동산에 대한 사업인정고시일인 2004.9.15.로부터 소급하여 2년 이내에 취득하였으므로 위 규정에 의한 기준시가 적용대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도를 조세특례제한법 제85조 의 ‘지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세를 과세특례’ 규정의 적용대상으로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일 부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일 부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조 의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2) 조세특례제한법시행령 제79조 의 2 【지정지역내 공익사업 용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 “그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날” 이라함은 별표 7의 기준시가 과세기준 일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. (3) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률 보다 높은 지역 으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산의 소재지가 유통단지개발촉진법에 의한 유통단지로 사업인정고시(2004.9.15.)되었으나 투기지역으로 지정(2003.8.18.)되기 이전인 2003.7.31. 취득하였고, 공익사업용으로 ○○지방공사에 협의매수된 것이므로 투기목적이 아닌 선의의 취득자로 보아 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의하여 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정할 수 있는 경우에 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구인이 쟁점부동산을 취득한 날은 2003.7.31.이고, 쟁점부동산이 속하는 ○○도 ○○시 지역이 지정지역으로 지정 고시된 날이 2003.8.18.이며, 동 지역은 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의3 규정에 의해 ○○지방산업단지로 예정고지 없이 사업인정고시(○○도 고시 제0000-000호, 2004.9.15.)된 후 2005.8.23. ○○도지방공사가 쟁점부동산을 청구인으로부터 협의 매수한 사실은 청구인과 처분청 다툼이 없다. (3) 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의하면, 소득세법령에 의한 지정지역내의 부동산의 경우라도 공익사업 관련 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일 부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일 부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법령에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 수용된 부동산의 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있다. 이는 산업단지 등으로 사업 인정된 지역의 부동산을 양도하는 경우 당해 부동산 소재지가 산업단지 등으로 사업인정고시일이 예정고지일 부터 2년이 지난 경우에는 예정고지일 이전에 취득한 경우, 사업인정고시일 부터 소급하여 2년이 지난 경우에는 예정고시일 이전에 취득한 경우, 사업인정 고시일이 예정고지일 부터 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일 부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득한 경우, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날 전에 취득하는 것을 뜻한다고 할 것이고, 그렇다면 예정지구 등을 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역으로 지정 후 도래하는 경우로서 동 지정지역으로 지정된 날이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득하는 것을 의미한다고 할 것이다(재정경제부 재재산-661, 2005.12.28. 같은 뜻임).

(4) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보면, 청구인이 쟁점부동산을 취득한 날인 2003.7.31.은 그 소재지가 유통단지개발촉진법에 의한 유통단지로 사업인정 고시된 2004.9.15.부터 소급하여 2년이 되는 날(2002.9.15.) 이후인 점으로 보아 쟁점부동산이 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 기준시가 적용 요건인 공익사업 관련 법률에 의하여 양도하는 부동산으로서 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 수용된 부동산에 해당되는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여야 한다는 청구인의 경정청구를 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 기준시가 적용 요건을 충족하지 아니한다 하여 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.