위장ㆍ가공자료에 해당하는 지의 여부에 관한 입증책임

○○세무서장이 2006.7.10. 청구법인에게 한 1999년 2기 부가가치세 16,092,730원 및 1999사업연도 법인세 41,869,740원의 부과처분은 청구법인이 1999년 2기에 주식회사 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서에 기재된 부가가치세 6,500,800원을 매출세액에서 공제하고, 매입금액 65,008,000원을 손금에 산입하여 이를 경정한다.

• 가. 청구법인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 66-1에서 인조대리석(마블)욕조를 제조하는 업체(1999.1.8. 개업, 계속사업자)로, 1999년 2기에 주식회사 ○○양행(위생용품 및 화공약품의 제조 및 도매업, 이하“○○양행”이라 한다)으로부터 공급가액 65,008,900원(별지참조)에 해당하는 세금계산서를 수취하고, 1999년 2기 부가가치세 신고서 세금계산서에 기재된 부가가치세 6,500,800원을 매출세액에서 공제하였고, 1999사업연도 법인세 신고시 매입금액 65,008,000원을 손금에 산입하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서는 위장ㆍ가공자료에 해당한다 하여 부가가치세 6,500,800원을 매입세액 불공제하고, 매입금액 65,008,000원(처분청은 세금계산서의 공급가액 65,008,900원을 65,008,000원으로 적용함)을 손금불산입하여 이를 대표자 이○○에게 상여처분 한 후, 2006.7.10. 청구법인에게 1999년 2기 부가가치세 16,092,730원, 1999년 귀속 법인세 41,869,740원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.29. 이의신청을 거쳐 2007.1.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 화공약품과 석분을 혼합하여 인조대리석(마블) 욕조를 제조하는 업체인데도 처분청이 ○○양행으로부터 구입한 화공약품 거래를 위장ㆍ가공자료로 보아 거래사실을 부인하는 것은 잘못이며, 비록, 1999년 장부가 폐기되어 분석할 수 없지만 청구법인이 보관하고 있는 2000~2002사업연도 원가를 분석해 보면, 화공약품이 필수 원재료임을 알 수 있다. 또한, 청구법인은 1999년에 ○○양행을 진실된 사업자로 보고 거래한 것임에도 처분청이 장부보존기간(5년)이 지난 2006년에 객관적인 증빙서류를 제출하도록 요구하는 것은 부당하며, 현재 ○○양행의 송사장이 사망(2001.5.29)한 관계로 그 당시 ○○양행에 근무하였던 영업담당자 김○○이 청구법인과 실제 거래하였다고 확인서를 제출하고 있으므로, 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 자료상혐의 사업자인 ○○양행의 영업담당자 김○○의 확인서를 제출하면서 실제 거래하였다고 주장하지만, ○○양행은 자료상으로 확정되어 고발된 자이고, 청구법인이 제출한 김○○의 확인서는 당사자 간에 임의작성이 가능한 증빙에 해당하며, 청구법인은 거래대금 지급사실을 확인할 수 있는 금융자료 등 객관적인 증빙서류를 제시하지 못함으로 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 1999년에 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서가 위장ㆍ가공자료에 해당한다 하여 매입세액을 불공제함은 물론, 손금불산입하여 과세한 처부의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1-1)부가치세시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오고 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 (2) 부가가치세법 제31조 【기장】① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령이 정하는 바에 의하여 장부에 기록하고 사업장에 비치하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기록한 장부와 제16조 및 제32조의 규정에 의하여 교부하거나 교부받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확인신고를 한 날로부터 5년간 보존하여야 한다. (3) 법인세법 제19조 【손금의 법위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (4) 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기간이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다. (5) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과 할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○세무서장의 조사복명서(2004.11.30.)에는 ○○양해(○○도 ○○시 ○○면 ○리 584-52, 대표자 송○○, 위생용품 및 화공약품의 제조 및 도매업, 19991.12.1. 개업, 2001.5.30. 폐업)을 다음과 같이 조사하였음이 나타난다. (가) 대표자 및 행위자에 대한 조사부분 중 ○○지방국세청의 조사내용은 폐업시(2001.5.30.) 대표자 송○○(2001.5.293 사망)의 장남 송○○에게 ○○양행의 사업장소재지, 사업형태 등을 알아본 바, 사업장은 ○○도 ○○시 ○○리라고 아버지 송○○로부터 들었으며, 실제사업은 오○○라고 대답하고 있는 점으로 볼 때, ○○양행은 오○○가 관리하고 있는 업체(관할세무서의 세적에는 오○○가 1991.12.1개업이후 1997.10.31.까지 대표자로 되었다가 1997.10.31. 송○○로 대표자가 변경되었다고 기재되어 있다)라고 조사되었지만, 송○○의 처 한○○의 진술에 의하면, 남편이 회사를 정상적으로 운영하다고 갑자기 부도를 당하여 어려움을 겪던 중 거래처 부도가 겹쳐 채권자가 야간에 찾아오는 등 많이 시달렸다고 기재되어 있다. (나) 매입처에 대한 조사부분에는 송○○의 처 한○○이 송○○이 사망하기 전까지 회사를 정상적으로 운영하였다고 진술하므로, 매입처 전부에 대해 관할세무서장에게 자료를 파생한다고 기재되어 있다. (다) 매출처에 대한 조사부분에는 ○○양행에서 보유한 재고재화를 촬영한 사진과 거래당시의 재고수불 내용을 기재한 원장, 거래명세표, 어음 및 수표거래 내역으로 보아 재화의 실질 공급으로 신빙성이 있다고 기재되어 있다. (라) 이와 같이 ○○양행은 세적상 사업장이 아닌 의약품 보관창고에서 계속적으로 사업을 운영하였음을 주장하고 있으므로, 19991.7.1.부터 2001.6.30.까지 (주)○○약품 외 165개 업체 171억원상당의 매출세금계산서를 발행하여 교부한 부분과 ○○○양행(주) 외 73개 업체에 120억원상당의 매입세금계산서를 수취한 부분에 대하여는 ○○양행의 대표이사 송○○이 2001년에 사망하여 기 폐업한 법인으로, 가공거래 여부를 확정하기 어려우므로, 위장ㆍ가공 혐의자료로 파생하여 실제 거래여부를 매출처 및 매입처 관할세무서장이 조사하도록 과세자료로 통보한다고 기재되어 있다. (마) 한편, ○○양행 대표이사 송○○이 사망한 후에 발행된 2002년 1기 세금계산서의 35억원상당은 검찰청에 고발하여야 하나, 지방청 조사시 ○○양행의 매입처 ○○양행(주)을 고발하면서 동 금액이 포함되어 있으므로 고발을 생략한다고 기재되어 있다.

(2) 처분청 공무원이 심리자료로 송부한 전산자료에 의하면, ○○세무서장은 ○○양행을 자료상혐의 사업자로 선정하였지만, 관할검찰청에 고발한 사실은 나타나지 아니한다.

(3) 처분청이 청구법인에게 통지한 ‘과세자료 해명안내(2006.4.21.)’에는 청구법인이 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서가 위장ㆍ가공자료에 해당하므로, 2006.5.1.까지 해명자료를 제출하도록 통지하였음이 확인된다.

(4) 청구법인은 처분청의 소명요구에 대하여 ○○양행의 거래에 대한 거래의 증빙은 5년이 지나 모두 폐기한 상태라서 ○○양행의 직원 김○○의 확인서(2006.1.8.8.)을 제출하면서 ○○양행과 실제 거래를 하였다고 소명한 사실이 나타난다.

(5) 위 김○○의 확인서(2006.1.8.)에는 자신이 ○○양행의 수도권지역 영업담당자로서 물품공급과 수금업무를 주로 하였고, 주 거래처인 청구법인 ○○합성(주)의 주 생산품인 인조대리서과 욕조용품을 1999년 1기 29,999,800원, 1999년 2기 65,008,900원을 정상적으로 납품하고 결재 또한 수령해서 회사에 입금한 사실이 있다고 기재되어 있고, 여기에는 ○○양행에서 발생한 근로소득에 대한 소득금액증명원(2000년 귀속)을 첨부한 사실이 나타난다.

(6) 국세청 전산자료에 의하면, ○○양행의 직원 김○○은 1999년에 근무한 사실이 나타나지 아니하지만, 2000년에 ○○양행에서 지급받은 근로소득 10,200,000원과 2001년 5월까지 ○○양행에서 지급받은 근로소득 4,250,000원이 발생한 사실이 나타난다.

(7) 처분청은 ○○양행이 자료상으로 확정되어 고발된 사업자이며, ○○양행의 영업담당자 김○○의 사실확인원은 당사자 간에 임의작성이 가능한 증빙으로 대금지급을 확인할 수 있는 금융증빙 등 객관인 증빙제시가 없으므로 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 정당하다는 의견이다.

(8) 이를 바탕으로 청구법인이 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서가 위장ㆍ가공자료에 해당한다 하여 매입세액을 불공제함은 물론, 손금불산입하여 과세한 처분이 타당한지를 본다. (가) ○○세무서장은 청구법인이 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서가 위장ㆍ가공자료에 해당하는지를 판단할 수가 없어 처분청에 그 여부를 확인하도록 과세자료를 파생한 것으로 확인된다. (나) 일반적으로 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 하겠지만, 세금계산서를 발행한 사업자가 자료상 행위자로 판명된 경우에는 세금계산서를 수취한 사업자가 위장ㆍ가공세금계산서가 아니라는 점에 관하여 적극적으로 입증하는 것이 타당하다 할 것이다. (다) 부가가치세법 제31조 제3항 및 법인세법 제116조 제1항 에서는 청구법인이 거래한 내용에 대한 장부와 증빙자료의 보관기간에 대하여 거래일에 속하는 확정신고기간 종료일(2000.1.25. 또는 2000.3.31.)로부터 5년간(2005.1.25. 또는 2005.3.31.) 보관하도록 하고 있다. (라) ○○세무서장은 청구법인에게 세금계산서를 교부한 ○○양행에 대하여 자료상혐의 사업자로 고발한 사실은 확인되지 아니하고, 또한, 처분청은 ○○양행과의 거래에 대하여 장부보존기간(2005.1.25. 또는 2005.3.31.)이 경과한 2006.4.21. 위장 또는 가공거래 협의가 있다고 청구법인에게 통지하면서 이에 대한 소명을 2006.5.1.까지 하도록 하였다. (마) 이와 같이 세금계산서를 발행한 ○○양행이 자료상 행위자로 판명되지 아니한 경우, 처분청으로서는 청구법인이 수취한 세금계산서가 위장ㆍ가공자료에 해당하는지에 관한 적극적으로 입증하여야 할 것임에도 그러한 판단행위 없이 ○○세무서장의 과세자료에 의거 청구법인이 위장ㆍ가공세금계산서를 수취한 것으로 보았고, 또한, 청구법인에게 장부보존기간 만료일이 지난 시점에 이르러 위장ㆍ가공자료가 아님을 입증하도록 요구하였다는 점에서 처분청의 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 과세관청의 입증책임 및 장부보존기간에 대한 법리를 위배한 잘못된 부과처분으로 판단된다(국심 2006중4069. 2007.4.27. 외 같은 뜻임). (바) 따라서 청구법인이 1999년 2기에 주식회사 ○○양행으로부터 수취한 세금계산서에 기재된 부가가치세 6,500,800원을 매출세액에서 공제하고, 매입금액 65,008,000원을 손금에 산입하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 경정함이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〔별지〕 〈표〉 청구법인과 ○○양행 간의 거래내역 거래일자 적 요 금 액 비 고 1999.7.30 석제품 4,857,000원 처분청의 해명요구서에는 거래금액이 65,008천원으로 기재되어 있고, 처분청의 경정결의서에는 거래금액이 65,008,900원이 아닌 65,008,000원으로 적용되어 있음. 1999.8.30. 석제품 5,127,800원 1999.9.30. 석제품 5,014,100원 1999.10.30. 석제품 13,270,000원 1999.11.20. 석제품 13,270,000원 1999.11.30. 석제품 9,670,000원 1999.12.20. 석제품 4,240,000원 1999.12.30. 석제품 9,560,000원 계 65,008,900원