중소기업투자준비금의 손금산입 인정 여부

○○세무서장이 2006.11.20. 청구법인에게 한 2001사업연도분 법인세 18,785,860원, 2002사업연도분 법인세 17,781,320원, 2003사업연도분 법인세 29,271,620원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 조세특례제한법 제4조 에 의한 중소기업투자 준비금으로 2001사업연도에 45,000천원, 2002사업연도에 51,000천원, 2003사업연도에 74,100천원, 합계 170,100천원(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 세무조정계산서에 손금계상하여 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 청구법인의 법인세 신고 서면검토결과, 청구법인은 쟁점준비금 상당액을 당해 사업연도의 이익처분시 적립금으로 적립하지 않았음을 확인하고 처분청에 쟁점 준비금이 손금불산입 대상이라는 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2006.11.20. 청구법인에게 법인세 65,838,800원(2001사업연도 18,785,860원, 2002사업연도 17,781,320원, 2003사업연도 29,271,620원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.1.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 회계처리의 미숙으로 쟁점준비금과 관련한 적립금을 처분 가능한 이익잉여금 발생시에 적립하지 않다가 2006.4.3. 임시주주총회를 개최하여 적립금을 적립한 후 수정 신고하였고, 쟁점준비금은 익금에 산입할 때까지 사외유출된 사실도 없으며, 2001사업연도부터 2003사업연도까지 쟁점준비금 이상의 사업용고정산자에 투자하였으므로 쟁점준비금을 손금불산입 대상으로 본 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중소기업투자준비금은 손금산입한 사업연도에 관련 적립금을 적립하지 않으면 손금계상한 사업연도에 손금불산입하는 것이고, 당해 사업연도에 처분가능이익이 없는 경우 처분가능이익이 발생한 사업연도에 추가 적립하여야 함에도 청구법인은 2001사업연도부터 2003사업연도까지의 쟁점준비금에 대하여 2006.6.30. 과세예고통지 이후인 2006.10.11. 수정신고하면서 적립하였으므로 쟁점준비금을 손금불산입한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 중소기업투자준비금과 관련한 적립금을 처분가능이익이 발생한 사업연도에 적립하지 아니하고 사후에 임시주주총회를 개최하여 수정신고기한 전에 적립한 경우에도 손금산입대상으로 볼 수 있는 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (1) 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2) 법인세법시행령 제98조 【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】

① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다. (3) 조세특례제한법 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산 등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산 등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 “사업용 자산”이라 한다)

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 당해사업에 사용되는 사업용자산 등의 개체 또는 신규취득 등자본적 지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 투자준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 투자준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 사업용자산 등의 신규취득 등 자본적 지출에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점준비금을 아래와 같이 2001사업연도부터 2003사업연도까지 세무조정계산서에 손금계상하여 법인세를 신고하였으나, 처분가능이익이 발생한 2002사업연도 및 2003사업연도에 쟁점준비금 상당의 적립금을 적립하지 아니하다 2006.4.3. 임시주주총회를 개최하여 2005사업연도에 적립한 후 처분청의 경정통지 전에 수정신고하였다. 사업연도 사업용고정자산 쟁점준비금 (중소기업투자준비금) 이익잉여금 (처분가능이익) 2001년 237,620,811 45,000,000 △278,914,888 2002년 264,924,973 51,000,000 24,474,784 2003년 416,115,007 74,100,000 300,834,527 2004년 333,097,635 457,521,448 2005년 355,676,478 758,724,172 계 1,607,434,904 170,100,000 (단위: 원) (2) 법인세법 제61조 제1항 의 규정에 의하면 중소기업투자준비금을 세무조정계산서에 계상하고 당해 사업연도의 이익처분시 그 금액이 적립금으로 적립되어 있는 경우 손금으로 계상한 것으로 본다고 되어 있고, 법인세법기본통칙 61-98···1 제1호는 손금에 산입한 준비금을 처분가능이익이 발생한 사업연도에 적립하지 않은 경우에는 당해 준비금을 손금 계상한 사업연도에 손금불산입한다고 되어 있으나, 위 규정의 취지는 중소기업투자준비금을 손금인정함으로써 당해준비금 상당액의 법인소득을 사외유출시키지 않고 사업용자산의 취득에 사용하도록 하기 위한 것임을 고려할 때, 과세처분전까지 당해준비금 상당액을 현실적으로 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보한 후 과세처분전에 스스로 이익잉여금처분을 수정결의하여 사업용자산취득 목적의 적립금을 추가 계상하였다면 법의 취지 및 입법목적에 부합하는 것으로 보아야 할 것이다.

(3) 처분청은 법인세법시행령 제106조 제4항 을 근거로 과세예고통지 이후에는 쟁점준비금 상당의 적립금을 적립하고 수정신고하였다 하더라도 손금불산입 대상이라는 의견이나, 위 규정은 매출누락 등 부당하게 사외유출된 금액을 수정신고기한내에 회수하고 익금에 산입하였을 경우에 당해 사외유출된 금액이 소득처분대상인지에 관한 규정으로, 청구법인과 같이 쟁점준비금 상당액을 사외유출시키거나 이익잉여금을 처분한 사실이 없이 적립금으로 적립한 경우에는 위 규정의 적용대상으로 볼 수 없다.

(4) 청구법인의 경우, 사후에 이익잉여금 처분에 오류를 발견하여 과세관청의 처분전에 주주총회의 수정결의에 의해 쟁점준비금을 적립금으로 적립하였으므로 적법하게 적립한 것으로 보아야 하고 이를 과세관청에 신고하는 경우 비록 이익잉여금 처분의 정정이 법인세과세표준이나 세액의 증감사항에 해당되지 아니하여 수정신고의 대상이 아니라 할지라도 과세처분전에 부득이 수정신고의 형태로 처분청에 이와 같은 사실을 알린 것이므로 과세관청은 추징할 수 없다고 보아야 할 것이다(국심2001중2754, 2002.3.7. 같은 뜻임).

(5) 이상을 종합해보면, 중소기업투자준비금제도는 중소기업을 지원하기 위하여 조세를 일시 이연시켜주는 제도로서 조세의 일실우려가 있다고 보기 어렵고, 청구법인은 당초 신고시 미적립한 쟁점준비금 상당의 적립금을 임시주주총회를 개최하여 적립한 후 과세처분 전에 수정신고하였으며, 그 전까지 배당 등 이익처분으로 사외유출되거나 타용도로 전환된 사실이 없으므로 청구법인이 적법하게 준비금을 적립한 것으로 보아 쟁점준비금을 당해 연도의 소득금액계산상 손금으로 인정함이 타당하다고 판단된다(국심2003구3402, 2004.3.23, 국심2001중1764, 2002.1.8. 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다