청구법인은 자체수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고 장비사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준이 아닌 것으로 나타나고 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 실비 변상수준의 면세용역에 해당한다고 볼 수 없음.
청구법인은 자체수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고 장비사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준이 아닌 것으로 나타나고 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 실비 변상수준의 면세용역에 해당한다고 볼 수 없음.
○○○세무서장이 2007.5.14. ○○법인에게 한 2004년 제2기분 부가가치세 149,583,860원 및 2005년 제1기분 부가가치세 158,626,330원의 부과처분은 이를 취소한다.
○○법인은 민법 제32조 의 규정에 의거 중소기업청장의 허가를 받아 2003.7.25. 설립한 비영리법인으로 2004년 제2기 및 2005년 제1기 중 장비매입과 관련하여 수취한 매입세금계산서상의 공급가액 2,334,047천원을 과세사업과 관련한 매입세액으로 보아 364,094천원을 환급받았다. 처분청은 ○○법인이 당해 장비의 사용용역을 기업체에게 제공한 것은 공익을 목적으로 하는 단체가 고유목적사업을 위하여 실비로 공급한 면세용역에 해당되는 것으로 보아 2007.5.14. ○○법인에게 동 장비매입액 전액과 관련한 매입세액을 매출세액에서 볼공제하여 2004년 제2기분 부가가치세 149,583,860원 및 2005년 제1기분 부가가치세 158,626,330원 합계 308,210,190원을 경정고지하였다.
○○법인은 이에 불복하여 2007.7.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 등에서 규정하고 있는 “공익을 목적으로 하는 단체” 등에 해당하지 아니하므로 부가가치세 면세대상법인으로 볼 수 없다. 또한, 청구법인은 자립을 전제로 2008년까지 한시적으로 도비 보조금 지원을 받고 있으나 2009년부터는 도비 지원이 전면 중단되므로 그에 대비하여 수익사업 창출을 강도 높게 추진하고 있다. 청구법인의 장비사용료는 개별 장비마다 원가분석 또는 유관기관의 동종 장비사용료와 비교하여 실제 투입비용 이상의 합리적인 이윤을 붙여 징수하고 있음에도 사업초기에 장비이용자가 많지 않은 현실에서 사용료 수입이 적다는 사유만 으로 동 장비사용료가 실비변상수준으로 보아 면세용역인 것으로 봄은 부당하다.
(2) 청구법인은 구입한 장비를 과세사업에 제공하는 것으로 하여 그 구입대금과 관련한 매입세액을 설립시부터 공제하여 환급신고하였고, 처분청이 환급을 용인함에 따라 청구법인은 이를 신뢰하고 계속 매입세액을 공제하였으나, 3년 7개월이 경과한 시점에 장비를 면세사업에 제공한 것으로 하여 환급세액을 추징하고 30% 상당의 신고 ․ 납부불성실가산세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 부적법하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 주무관청의 허가를 받아 설립된 공익을 목적으로 하는 비영리법인으로서, 청구법인의 공용장비 및 소프트웨어 사용료 부과계획을 보면 최소한의 비용을 수익자로부터 징수하도록 되어 있고, 실제 2004년 제1기부터 2006년 제2기까지의 공용장비 수입금액 12백만원은 장비구입액 2,421백만원에 비하여 현저히 적을 뿐 아니라 이러한 수수료는 인건비조차 충당할 수 없는 금액임을 감안하면 청구법인이 제공한 장비사용용역은 실비로 공급한 면세용역에 해당한다.
(2) 청구법인의 장비구입과 관련하여 신고내용대로 환급한 것은 청구법인의 사업이 부가가치세 과세사업이라는 공적인 견해를 표명한 것은 아니므로 처분청이 사후에 청구법인의 성격 및 사업형태를 파악하여 장비사용용역 제공이 면세사업으로 보아 환급세액을 추징하고 가산세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없다.
(1) 청구법인이 기업체에게 장비사용용역을 제공한 것에 대하여 공익목적의 법인이 실비변상수준의 용역을 공급한 것으로 보아 당해 장비매입액과 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분이 정당한지 여부
(2) 청구법인이 과세사업을 영위하는 것으로 하여 환급신고를 용인하다 3년 7개월이 경과한 후 면세사업을 영위하는 것으로 보아 환급금을 추징하고 신고 ․ 납부불성실가산세를 부과한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
16. 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법시행령 제37조 【종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역 (3) 상속세및증여세법시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
9. 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등이 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.
10. 제1호 내지 제5호 ․ 제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 (4) 부가가치세법시행규칙 제11조 의 5 【종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호단체 등의 범위】
① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호 ․ 사회복지 ․ 교육 ․ 문화 ․ 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 산업자원부 규칙 및 ○○○도 조례 제○○○○호에 의거 ○○○○단지내 입주기업의 체계적인 육성 지원을 통하여 지역경제활성화와 발전에 기여할 것을 목적으로 설립된 법인으로서, 사업비는 주로 지방자치단체의 출연금과 건물임대 및 청구법인 보유 컴퓨터, 컬러레이저프린터, 제본기 등 일반행정장비 37종, 전자주사현미경, 핵자기공명분광기, 원심분리기 등 전문특화장비 12종 등 총 49종의 공용장비를 기업체에게 제공하고 지급받은 사용료 등에 의하여 조달하고 있다. (나) 청구법인은 건물임대 및 장비사용료에 의한 수익사업이 과세사업에 해당하는 것으로 보아 장비매입과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급받았으나, 처분청은 임대사업만 과세사업으로 보고 장비 사용용역과 관련하여서는 공익을 목적으로 하는 단체가 실비변상수준의 용역을 제공한 면세사업으로 보아 장비구입비 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 청구법인이 환급받은 세액을 추징하였다. (다) 청구법인이 장비 사용용역을 기업체에게 제공하고 받은 사용료가 실비변상수준에 불과하여 동 용역제공을 면세사업으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인의 장비사용원가 계산 및 사용료 책정은 내부규정인 “공용장비운영규정” 제9조 제1항에 의거 물가상승률, 재료비 등을 감안하고, 유사기관 및 일반사기업체의 동종장비 사용료를 기준으로 산정한 것으로 나타난다. 다만, ○○○○단지가 2002년에 조성되어 2006년부터 기업체들의 입주가 본격 시작되면서 공용장비를 사용할 기업체가 사실상 없음에 따라 사업초기에는 이용자 유치를 목적으로 사용료를 낮게 책정하였으나, 2006년 유사장비 보유기관(○○대학교, ○○연구원, ○○진흥원 등) 및 장비렌탈전문업체(○○○, ○○○, ○○○ 등)와 사용료를 비교하여 아래와 같이 조정한 것으로 청구법인 제시자료에 나타난다. 장비명 청구법인사용료 유사기관 렌탈전문업체 컴퓨터 10,000/1일
• 100,000/1개월 컬러레이저젯 A4: 500/1장 A4: 500/1장 A4: 500/1장 컬러복사기 A4: 500/1장 A4: 730/1장 A4: 500/1장 노트북 10,000/1일 7,000/1일 55,000/5일 플로터 A1: 17,000 A1: 17,000 A1: 20,000 전동식제본기 1,000/1권
• 2,000/1권 테블릿PC 10,000/1일
• 50,000/5일 주사전자현미경 기본료: 25,000 시편당: 3,000 15,000/1시간
• 5,000 ∼ 10,000/1건 핵자기공명분광기 4,000/1시간
• (단위: 원) 그에 따라 청구법인의 일반행정장비 37종 중 23종이 시중가격보다 높고, 5종은 시중가격보다 낮으며, 9종은 유사 서비스가 없어 비교가 불가능한 한편, 전문특화장비 12종 중 2종을 제외한 나머지 장비는 유사 공공기관의 동종 장비 사용료보다 높은 것으로 나타난다.
2. 청구법인은 2008년까지 재정을 자립하여야 하는 바, 산업자원부 고시(제2004-103, 2004.10.12) “지역산업진흥사업운영요령” 제32조에서 지원사업 종료 후 국가의 지원없이 자립이 가능하도록 수익사업 추진을 의무화하고 이를 불성실하게 이행한 때에는 제재 및 환수조치를 취하도록 되어 있으며, ○○○○도청에 대한 “자립화지원방안보고” 및 도의회 보고자료에 의하면 청구법인에게 2008년까지 도비를 지원하고 2009년부터는 자립화에 따라 지원을 중단하기로 계획되어 있다.
3. 청구법인은 자립화방안의 일환으로 2007년 하반기부터 “○○지원센타”를 설치하여 멀티미디어 장비를 대여하고 있고, “○○○○ 운영센타”를 신축하여 ○○산업내 입주기업들에게 전산장비 대여 및 유무선통합 포탈 플랫폼을 제공하는 등 수익사업을 확대하고 있다.
4. 처분청은 2007년 5월 청구법인에 대하여 조사하면서 청구법인의 장비사용료 수익이 손실발생하였음을 이유로 실비변상수준으로 장비사용용역을 제공한 것으로 보았으나, ○○산업단지 입주기업이 2006년부터 본격 입주를 함에 따라 청구법인의 수익사업은 장비이용자 부족 등에 의하여 손실이 발생할 수 밖에 없었음에도 사업초기의 장비사용료에서 발생한 손실을 사유로 실비로 용역을 제공한 것으로 판단한 것은 타당하다고 할 수 없다.
5. 전국에 청구법인과 유사한 사업을 영위할 목적으로 설립되어 장비 사용용역을 제공하는 기관들은 대부분 과세사업을 영위하는 것으로 부가가치세를 신고한 사실이 있음이 확인된다.(국세청 심이46820-4216, 2005.11.30. 참조)
6. 이상의 사실관계를 종합해 보면, 청구법인은 주무관청의 고시에 의거 자체수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고, 2009년부터 국비, 지방자치단체의 지원도 중단되어 자립운용하지 않을 수 없는 법인으로서 청구법인이 제공하는 장비 사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준은 아닌 것으로 나타나고, 처분청 조사 이후에 “○○지원센타” 및 “ ○○운영센타” 설치 등 수익사업의 영역을 확대하면서 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 청구법인이 장비사용용역을 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급한 것으로 보기는 어렵다. (마) 따라서, 청구법인이 장비 사용용역을 제공한 것은 실비변상수준의 면세용역에 해당한다고 볼 수 없으므로 당해 장비 구입비와 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점(2)는 쟁점(1)이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.