등기부상 토지 명의자에게 부과한 양도소득세의 적법 여부

00세무서장이 2007.3.12. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 4,519,830원의 부과처분을 취소한다.

청구인은 청구인 명의로 등기되어 있던 ○○○ 소재 종교용지 353㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 ●●시에게 소유권이전등기를 경료하고도 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 ●●시에 양도하였다고 보아 2007.3.12. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 4,519,830원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 쟁점토지에 소재하였던 △△교회가 1966년경 교회 설립당시 △△리 주민 □□□으로부터 증여받아 △△교회의 집사이던 청구인의 아버지 故 ■■■ 명의로 등기해놓았던 토지였는데 故 ■■■이 사망한 후 이 건 협의수용이 되어 청구인 명의의 상속등기를 거쳐 수용에 의한 등기를 하게 된 것이다. 따라서 쟁점토지의 실질 양도인은 청구인이 아니라 △△교회이므로 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 등기부 기재와 달리 △△교회가 쟁점토지를 □□□으로부터 증여받아 소유하였다는 점에 대한 증빙을 청구인이 제시하지 못하고 있으므로 청구 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도자는 청구인이 아니라 △△교회라는 주장의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점토지가 ●●시에 수용되었음에도 이에 대하여 양도소득세 신고가 이루어지지 않자 쟁점토지의 명의인이던 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 실질 양도인은 청구인이 아니라 △△교회라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 등기부등본 및 토지대장 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. 1966.9.20. ○○○ 298-1소재 대지 1,031㎡에 대하여 故 ■■■ 명의로 소유권이전등기가 경료된 사실, 1978.4.19. 위 ○○○ 298-1 소재 토지의 지목이 종교용지로 변경된 사실, 2005.9.6. 위 ○○○ 298-1에서 199.0㎡가 298-4로 분할되었고, 2005.9.27. 위 298-1 소재 토지 중 쟁점토지 부분이 ●●시에서 설치한 도로에 편입되어 298-5로 분할되었다가 2006.3.13. 故 ■■■의 상속인인 청구인 명의로 상속등기를 거쳐 2006.3.23. ●●시에게 소유권이전등기된 사실, 위 ○○○ 298-1, 298-4 소재 토지에 대하여는 2006.3.13. 청구인 명의의 상속등기를 거쳐 2006.6.28. 재단법인 ◎◎재단에게 증여를 원인으로 하여 소유권이전등기가 경료된 사실이 있다.

(4) △△교회의 ◇◇◇목사는 2007.9.11. ◆◆지역순회심판에 출석하여 청구주장대로 △△교회가 쟁점토지의 실소유자였으며 수용보상금도 △△교회가 수령하여 교회신축자금으로 사용하였다는 사실을 인정하였고, ○○○ 주민들도 쟁점토지가 도로에 편입되기 전까지 △△교회의 부지로 사용되었다는 취지로 확인서를 작성한 바 있다.

(5) 위에서 살펴본 사실을 종합하여 살피건대, ○○○ 298-1 소재 토지에 대하여 故 ■■■ 명의로 소유권이전등기된 상태에서 쟁점토지 부분이 ●●시에서 설치한 도로에 편입되어 ●●시에 수용되자 쟁점토지는 ○○○ 298-5로 분할되어 청구인 명의 상속등기를 거쳐 ●●시에게 소유권이전등기가 되고, 위 ○○○ 298-1 소재 토지 및 이에서 분할된 298-4 소재 토지는 청구인 명의 상속등기를 거쳐 재단법인 ◎◎재단에게 소유권이전등기가 경료된 점, 쟁점토지가 ○○○ 298-1에서 분할되기 전에 ○○○ 298-1 소재 토지의 지목이 종교용지로 변경된 점, △△교회의 목사 ◇◇◇과 ○○○주민들도 청구주장에 부합하는 진술을 하는 점 등으로 보아 등기부상 기재와 달리 △△교회가 쟁점토지를 실질적으로 소유하면서 사용하였고 쟁점토지에 대한 수용보상금도 △△교회에서 사용한 사실이 인정되어 쟁점토지의 실질 양도인은 등기부상 명의인인 청구인이 아니라 △△교회라고 하는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 따라서 청구인에게 쟁점토지에 대한 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.