사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

◇◇ 세무서장이 2007.4.24. 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 1,818,852,610원 및 1999년 제1기 부가가치세 362,574,400원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. ○○세무서장은 2004년 6월 청구법인의 특수관계 법인인 주식회사 ○○기계공업(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 탈세제보를 받고 동 법인에 대하여 세무조사를 실시한 바, 청구법인이 청구외법인으로부터 1999년 제1기에 실물 거래 없이 2,612,350천원 상당의 매입세금계산서(공급가액이며 이하 “쟁점매입액” 및 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다 하여 이를 처분청에 통보하였다.
• 나. 이에 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계 산서로 보아 관련 매입세액을 불공제 및 손금불산입하여 2007.4.24. 청구법인에게 1999년 제1기 부가가치세 362,574,400원 및 1999사업연도 법인세 1,818,852,610원을 결정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

○○세무서장이 조사결정하여 통보한 가공거래 금액에 대하여 이미 ○○지방국세청의 이의신청 결정문(2004 제0000호 2004.11.25) 및 특수관계법인에 대한 국세심판 결정문(2005○0000 2005.7.18)내용과 같이 이유가 있는 것으로 판단되었고 청구법인의 기 소명에도 불구하고 ○○세무서장이 잘못 조사결정하여 통보된 내용을 근거로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

○○세무서장이 당초 조사하여 가공매입으로 확정 통보한 쟁점매입액은 탈세제보내용에 대하여 현지확인 및 자료상 조사시 제출된 해명자료를 정밀히 검토 후 부실과세방지를 위한 과세심의위원회를 개최하여 최종 결정 통보된 자료로서 당초 결정이 명백하게 부당한 처분이라는 증빙을 추가적으로 제시 하지 못하고 있으며 원론적인 주장만 되풀이하고 있다. 또한, 청구법인에 대한 국세심판 결정문 및 특수관계 법인에 대한 이의신청 결정문은 동 가공자료와 직접 관련 없는 결정내용으로 ○○세무서장이 정밀재조사 하여 가공자료로 확정 통보된 자료에 근거하여 과세한 것이다. 청구법인은 ○○ Inc.(이하 “○○사"라 한다)로부터 동건과 관련하여 약 53억원에 수주하여 ○○ ABB에 26억원에 하도급준 금액만 원가로 인정된다면 원가비율이 49% 밖에 되지 않아 원가 비율만을 검토하여도 처분에 문제점이 있다고 주장 하나, 당시의 경제적 상황으로 볼 때 계약당시와 대금결제시(Nego) 환율이 급등하여 외환차익이 급등하는 비정상적인 원인에 의해 발생된 것이다. 청구법인이 대금지급 증빙으로 금융거래자료 등을 제시하고 있으나, 청구법인과 청구외법인은 대표자가 동일한 특수관계법인으로서 수시로 관계회사 대여금 및 가수금 등의 방법으로 회계처리를 하고 있고 비영업 활동에 대해 빈번한 대금거래가 이루어지고 있는 것을 감안하면 이는 가공거래가 아니라는 증빙으로 적합하지 아니하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입액 상당의 제품매입․설비용역을 실제 제공받았는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점매입액 상당의 제품매입․설비용역을 청구외법인으로부터 실제 제공 받고 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구법인은 1993.8.1. ○○○도 ○○시 ○○면

○○리 ○○○-1번지에서 개업하여 제조업(펌프, 압축기 및 밸브)을 영위하고 있다. 또한 청구외법인은 1998.2.12. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 113번지에서 개업하여 펌프제조업을 영위하고 있으며 대표이사는 청구법인의 대표이사인 임○○로서 청구법인과 특수관계에 있는 법인이다. (2) 처분청 및 ○○세무서장의 조사종결복명서 등 관련 자료에 의하면, 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 ○○화력발전소 해수펌프 관련 설비로서 아래 <표>와 같이 1999.3.31.～1999.6.30. 기간 중 2,612,350천원을 교부받았다. <표> 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서 발행일자 품 목 금 액 비 고 1999.03.31. CWP Cooling외 844,000 1999.04.01. Vacuum unit 172,350 1999.04.30. Cooling Water System 966,000 1999.05.31. Sea Water Lift Pump 설치 및 시운전 300,000 1999.06.30. 330,000 합 계 2,612,350 (단위: 천원)

(3) ○○지방국세청장의 이의신청결정서에 의하면, ○○지방국세청장이 조사한 이 건 관련 사실관계 및 판단사항은 다음과 같다. ㈎ ○○지방국세청장은 2004.6.17. 청구외법인이 청구법인에게 1999년 제1기에 2,440백만원의 가공매출을 하였고, 청구외법인이

○○ 전자통신 주식회사로부터 410백만원의 가공매입자료를 수취하여 부가가치세 등을 탈루하였다는 내용의 탈세제보를 접수하여 이를 조사하도록 ○○세무서장과 처분청에 각각 통보하였다. ㈏ ○○세무서장은 위 통보된 탈세제보자료에 따라 청구외법인에 대해 세무조사를 실시한 바, 청구외법인이 1999년 제1기에 청구법인에게 ○○화력발전소 하도급설비공사 관련 매출액 2,592,450천원(청구외법인이 청구법인에게 발행한 매출액 2,990,650천원에서 실지거래금액 398,200천원을 차감한 금액)은 실물거래 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보고, 청구외법인이 ○○전자통신 주식회사로부터의 매입액 410백만원을 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 위 가공매출에 대한 가산세와 함께 2004.8.15. 청구외법인에게 1999년 제1기 부가가치세 142,500천원을 경정고지하였다. ㈐ 청구외법인은 ○○세무서장의 위 과세처분에 대하여 2004.10.15. ○○지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 이에 대해 ○○지방국세청장은 심리 결과, 2004.11.25. 제품매매계약서, 대금지급 증빙 및 처분청이 청구법인에 대해 실시한 조사내용 등에 의해 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 아래와 같은 취지의 재조사결정을 하였다.

① 청구법인과 청구외법인이 약정한 물품계약서상의 재화와 용역이 실지로 발생하였는지를 확인한 바, ○○○○ 주식회사의 미국현지법인인 ○○내셔날 주식회사가 ○○화력발전소의 냉각수 취․배수설비 프로젝트를 미국법인인 ○○사 에 발주하였고(약 130억원),

○○사 는 청구법인에 공사일부를 발주하였으며(약 53억원), 청구법인이 수주한 공사 중 일부를 청구외법인에게 발주하고(약 24억원) 청구외 법인은

○○전 자통신 주식회사에 다시 발주(약 4억원)한 사실이 계약서 및 신용장 등의 서류에 의해 뒷받침되어 각 수주단계별 공사계약금액의 정당성과는 별도로 일련의 공사용역이 실제로 존재하였음이 확인된다.

② 또한, 청구법인이

○○사 로부터 공사수주금액에 해당하는 금액을 수령하였음이

○○ 은행

○○ 지점의 수출대금(물품대금) 영수허가 통보서류에 의해 확인되고, 청구외법인이

○○ 전자통신 주식회사와 관련하여 해수펌프 설치 및 시운전 용역관련 410백만원에 대한 공사계약서는 제시하지 못하였으나 그 대금지급 증빙은 1999.7.26.

○○은행 안양지점 및 1999.8.13.

○○은행 평촌지점 등에서

○○ 전자통신 주식회사의 예금계좌(000-000000-00-000)로 입금(1999.7.26. 251백만원, 1999.8.13. 100백만원, 1999.8.19. 50백만원)하였음을 주장하며 입금의뢰서 사본을 제출하였다.

③ 상기 사실내용과 같이, 청구외법인의 거래상대방인 청구법인이

○○사 와 펌프 및 관련제품의 판매 및 설치계약을 체결하였고 그 대가를 달러화로 수령하였으며, 처분청이 청구법인에 대한 조사내용도 물품매매계약이 실제 이루어진 사실을 인정한 점으로 미루어 볼 때, ○○세무서장이 동 공사계약금액의 대부분을 가공거래로 보아 청구외법인에게 과세한 처분은 사실확인을 소홀히 한 것으로 인정되므로 거래상대방인 청구법인에 대한 처분청의 조사내용, 청구외법인이 이의신청시 제시한 금융거래내역 및 기타증빙서류 등을 근거로 청구외법인의 거래내역을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 재조사결정을 하였다.

(4) 한편, ○○지방국세청장으로부터 통보된 탈세제보자료에 의하여 처분청이 청구법인에 대하여 2004.7.22.～2004.9.14. 기간에 세무조사를 실시한 법인세조사종결복명서에 의하면, 청구법인이 청구외법인으로부터의 매입액 2,440백만원의 실지 거래 여부는, 청구법인이 청구외법인과의 하도급계약서, 냉각수 취․배수공사계획서 및 자금결제 내역 등을 검토한 결과 청구외법인에서 펌프 등 공사자재 등을 납품한 것이 확인되고, 설치 및 시운전을 시행한 것이 확인되어 거래금액 전체가 실물거래 없는 가공거래로 볼 수 없으나, 청구외법인에서 청구법인과 계약한 공사계약금액 2,440백만원에 대한 가공원가를 구성하기 위하여 자료상으로부터 수취한 세금계산서 680백만원은 실질공사에 투입되지 않은 공사원가로 공사대금을 부풀려 특수관계법인에 이익을 분여한 것으로 부당행위계산부인 대상으로 판단하였다. 처분청은 위 세무조사 결과에 따라 2004.11.15. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 386,707,760원을 결정고지하였고 청구법인은 이에 불복하여 2005.1.31. 국세심판을 제기하였으며, 이 국세심판청구에 대하여 국세심판원은 2005.7.14. 처분청이 객관적인 시가를 제시하지 못하였다하여 위 법인세의 부과처분을 취소결정(국심2005○0000, 2005.7.14.)하였다.

(5) ○○지방국세청장의 이의신청 재조사결정에 따라 ○○세무서장은 2005년 4월 청구외법인에 대하여 재조사를 실시한 바, 청구외법인이 청구법인에게 발행한 매출액 2,440백만원에다 172,350천원을 합한 2,612,350천원이 가공매출이라 하여 청구외법인에게 기 과세된 1999년 제1기 부가가치세 163,057천원은 감액경정(매출감소)하고 2005년 11월 이를 처분청에 통보하였고 처분청은 이를 근거로 2007.4.24. 청구법인에게 이 건 법인세 및 부가가치세를 결정고지하였다. 이에 청구법인은 쟁점금액 2,612,350천원의 매입액은 청구외법인으로부터 실제 공사용역을 제공받고 매입세금계산서를 수취한 것인데도 이를 가공매입으로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이 건 법인세와 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다는 취지로 국세심판청구를 제기하였다.

(6) 청구법인이 1998.12.22. 청구외법인과 체결한 제품매매계약서에 의하면, 매수자는 청구법인이고 매도자는 청구외법인이며, 제품명은 ○○ WATER SYSTEM 2set 외 9종으로서 가격은 2,440백만원(VAT 별도)이고 대금지급방법은 계약금 488백만 원은 1999.1.30. 지급하고 나머지 금액 중 1,708백만원은 작업진행 정도에 따라 나누어 지급하며 잔금 244백만원은 시운전 완료 후 지급하기로 하고 제품인도는 1999.4.30.까지 매수인의 지정장소로 납품, 설치, 시운전하도록 기재되어 있다.

(7) 거래대금과 관련한 증빙자료를 보면 다음과 같다. ㈎

○○ 은행총재가 1998.9.16. 청구법인에게 보낸 수출대금영수허가 공문(

○○ 6547-000)에 의하면, 청구법인이 대외무역법이 정하는 바에 의하지 않은 물품의 수출과 관련하여 1998.9.14. 신청한 영수허가 신청에 대하여, 수입상은

○○사, 수출 상은 청구법인, 수출품목은 모터 및 기타제품, 결제금액은 4,451,610달러, 결제방법은 445,161달러는 전신환방식으로 영수하고 나머지 4,006,449달러는

○○ 내셔날 주식회사가

○○사에 개설한 신용장을 양도한 후 동 신용장에 의해 영수하는 내용으로 수출대금의 영수허가를 하는 취지로 나타난다. ㈏ 청구법인의 예금계좌(

○○ 은행 000-000000-00-000,

○○○ 은행 000-00-0000-000,

○○○○ 은행 000-000000-00-000)와 청구외법인의 예금계좌(

○○ 은행 000-000000-00-00000 외 2) 및 청구외법인의 대체전표 등에 의하면, 1999.1.30. 청구외법인의 예금계좌에 350백만원이 입금되고 청구외법인의 대체전 표사본에는 1999.1.30. 청구법인으로부터 단기차입금(선수금) 350백만원으로 되어 있다. 또 청구법인의 예금계좌에서 1999.2.5. 45백만원이 출금되어 같은 날 청구외법인의 예금계좌에 45백만원이 입금되고, 1999.3.29. 청구외법인의 예금계좌에 할인어음으로 167,931천원, 1999.4.23. 218,533천원, 1999.5.20. 208,226천원이 입금되었으며 청구외법인의 대체전표사본에는 이 금액이 청구외법인이 청구법인으로부터 받은 것으로 되어 있다(이 어음은 청구법인이 ○○○○ 주식회사로부터 받아 청구외법인에게 지급한 어음이라고 주장한다). 계속하여 청구법인의 예금계좌에서 1999.7.23. 380백만원이 출금되고 같은 날 청구외법인의 예금계좌에 260백만원이 입금되었으며, 1999.7.24. 청구법인의 예금계좌에서 140백만원이 출금되어 같은 날 청구외법인의 예금계좌에 입금되는 등 1999.1.30.～1999.12.6. 기간 중 청구법인의 예금계좌에서 2,472,923천원(현금출금액 1,134,615천원, 할인어음 599,170천원, 대표자 가수금 등 739,137천원)이 출금되거나 장부에 기재되어 있고, 청구외법인의 예금계좌에 2,191,810천원이 입금되었다. ㈐ 한편, 쟁점금액 중 위 2,440백만원의 실지거래 여부 이외에 172,350천원 상당의 실지거래 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인의 발주서(1999.2.10.)에 의하면, 발주처는 ○○○○ 주식회사, 수주자는 청구법인, 하도급사는 청구외법인이고, 품목은 vacuum unit, 공급가액은 172,350천원으로 기재되어 있다. 또한, 청구법인이 제시한 대금지급 증빙에 의하면, 청구외법인의 대체전표사본 에는 청구외법인이 받을어음 220백만원(NO 00000000 만기일: 5월25일이고 어음사본상 발행자는 ○○○○ 주식회사임)을 1999.4.23. 청구법인으로부터 받은 것 (지급이자 및 할인료는 1,446,575원)으로 기재되어 있고, 청구외법인의 예금계좌(○○은행 안양지점, 000-000000-00-000)에는 같은 날 할인어음 218,553,425원이 입금된 것으로 나타난다. 청구법인은 물품대금이 172,350천원인데, 220백만원의 어음을 받은 이유에 대해 다른 채권도 있어 위 대금을 포함하여 어음을 받았다고 주장한다.

(8) 이 건 ○○화력발전소 건설공사의 설계 및 감리를 맡은 주식회사 ○○엔지니 어링의 사실확인서(2007.11.7.)에 의하면, ○○화력발전소 해수취수펌프관련 설비 공사는 청구외법인이 하도급업체로서 CWP 1 내지 4호기 ○○ SYSTEM, 냉방기, SLP PLC PANEL, CWP 1 내지 4호기 PLC PANEL 등을 설치작업자로 참여하였 다는 취지로 나타나고, 당시 ○○○○ 주식회사 기술부서 복합화력팀 기계 및 총괄 담당 차장으로 재직하면서 동 건설공사를 직접 감독하여 준공하였다는 민○○도 2007.11.7. 위의 사실확인서와 같다는 내용으로 사실 확인하였다.

(9) 위의 사실과 기록을 종합하여 보면, ○○ 세무서장이 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점금액 상당의 제품 중 일부는 실제 공급된 것을 스스로 인정하면서도 쟁점금액 전액을 가공거래로 판단하여 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 청구법인에 대하여 2004년 9월 최초 세무조사를 실시한 바, 쟁점금액 상당의 거래에 대하여는 실지거래를 인정하고서도 그 후 ○○세무서장이

○○지방국세청장의 이의신청 재조사결정에 따라 재조사를 하고 다시 가공자료로 통보한 근거에 의하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세하였으며, 청구법인과 청구외법인이 체결한 제품판매계약서상의 일련의 거래 존재를 ○○지방국세청장도 인정하였고, 대금지급 관련 증빙도 청구법인의 예금계좌에서 현금, 가수금 또는 할인어음이 출금되어 청구외법인의 예금계좌에 입금된 사실이 어느 정도 나타나며, 이 건 설비공사의 설계 및 감리를 담당한 주식회사 ○○엔지니어링 및 ○○○○ 주식회사의 당시 담당 직원이 청구외법인이 하도급업체 로서 제품을 설치, 작업하였다는 취지로 사실 확인 한 점 등으로 미루어 보아 쟁점 세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서 쟁점매입액을 가공매입으로 보아 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 이를 취소하는 것이 타당하다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.