공익법인이 자체수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고 장비사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준이 아닌 것으로 나타나고 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 실비 변상수준의 면세용역에 해당한다고 볼 수 없음.
공익법인이 자체수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고 장비사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준이 아닌 것으로 나타나고 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 실비 변상수준의 면세용역에 해당한다고 볼 수 없음.
○○○세무서장이 2007.3.19. 청구법인에게 한 2003년 제1기부터 2006년 제2기까지의 부가가치세 2,170,198,830원(2003.1기 5,269,420원, 2003.2기 28,627,060원, 2004.1기 302,703,690원 2004.2기 572,739,110원, 2005.1기 763,572,830원, 2005.2기 324,080,220원, 2006.1기 173,206,500원)의 부과처분은 아래와 같이 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 위 과세기간 중 청구법인이 기업체로부터 받은 장비 사용료 434,179,000원을 부가가치세 과세표준에 산입하고, 동 장비 매입액과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제한다.
2. 총건물신축공사비 중에서 건물총면적 대비 장비사용면적 비율에 의하여 안분계산한 건물신축공사비와 관련한 매입세액을 공제한다.
청구법인(합병 전: 재단법인 ○○○○)은 민법 제32조 의 규정에 의거 산업자원부장관의 허가를 받아 2003.3.27. 설립한 비영리법인으로 2003년 제1기부터 2006년 제1기까지 건물신축 및 장비 매입과 관련하여 수취한 매입세금계산서상의 공급가액 21,337,347천원을 과세사업과 관련한 매입액으로 부가가치세를 신고하여 1,899,859천원을 환급받았다. 처분청은 청구법인이 동 과세기간 중 당해 장비등의 사용용역을 기업체에게 제공하고 받은 공급가액 434,179천원(이하 “쟁점사용료”라 한다)이 공익을 목적으로 하는 단체가 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하였다 하여 면세용역대가로 보아 2007.3.19. 청구법인에게 쟁점사용료를 매출과세표준에서 차감하는 한편, 동 장비 매입액 전액 및 총건물신축공사비 중에서 건물총면적 대비 장비사용면적 비율 상당액 등을 면세용역에 제공한 것으로 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 2003년 제1기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세 2,170,198,830원(2003.1기 5,269,420원, 2003.2기 28,627,060원, 2004.1기 302,703,690원 2004.2기 572,739,110원, 2005.1기 763,572,830원, 2005.2기 324,080,220원, 2006.1기 173,206,500원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 등에서 규정하고 있는 “공익을 목적으로 하는 단체” 등에 해당하지 아니하므로 부가가치세 면세대상법인으로 볼 수 없다. 또한, 청구법인은 산업자원부 고시 “지역전략진흥사업운영요령”에 따라 시설·장비 등 기반구축사업이 완료된 이후 자체 수익사업으로 자립하여야 하고 동 의무를 불성실하게 이행할 경우 제재조치가 있으며, 실제로도 청구법인이 반도체센타의 소자테스트 및 신뢰성테스트 분야에서 수익사업을 수행하고 이들 사업에서 2005 ~ 2006사업연도에 이윤이 발생한바 있음에도 동 장비 사용용역을 실비변상수준의 면세용역인 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제함은 부당하다.
(2) 처분청은 2005 ~ 2006사업연도에 청구법인의 최초 매출액이 발생하자 이를 기준으로 매출액이 발생하지 않은 2003 ~ 2004사업연도에도 용역을 실비로 제공한 것으로 소급적용하여 면세사업을 한 것으로 처분하였으나, 청구법인은 재정투자사업이 종료되는 2008사업연도부터는 재단의 운영경비를 자체 수익금으로 충당하여야 하고 이를 수행하지 못할 경우 존립할 수 없는 법인이므로 매출액이 최초 발생한 사업연도를 기준으로 소급적용한 것은 과세기간 및 회계연도 독립의 원칙에 위반되어 부적법하다.
(3) ○○세무서장이 2004년 2월 청구법인에 대한 부가가치세 환급에 대한 1차 세무조사결과 과세사업자료 보아 환급이 정당한 것으로 조사되었고, 청구법인은 이를 신뢰하여 계속적으로 매출세액에서 매입세액을 공제한 세액을 환급받았으며 처분청도 이를 묵시적으로 인정하였음에도 2006년 12월 2차 세무조사에서는 1차 세무조사 결과와는 달리 청구법인이 면세용역을 제공한 것으로 보아 환급세액을 추징한 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 부적법하다.
(1) 청구법인은 주무관청의 허가를 받아 설립된 공익을 목적으로 하는 비영리법인으로, 2006사업연도에 수취하였다고 제시한 수입 및 원가명세서상의 금액과 실제로 발생한 수입 및 원가를 비교하면, 감가상각비 및 인건비 등 합계 1,043,549천원의 비용이 발생하였으나 원가로 389,353천원만 청구하여 실제 원가보다 654,196천원이 적게 청구되었고, 청구법인이 제시한 이윤 276,793천원을 차감하여도 실제로는 344,403천원의 손실이 발생하였으므로 청구법인이 제공한 장비 사용용역은 실비로 공급한 면세용역에 해당된다.
(2) 청구법인은 2003 ~ 2004사업연도에 건물이 완공되기 전이어서 청구법인의 성격 및 건물의 사용면적을 정확히 파악하기 어려운 상황이었으나, 매출액 등에 의하여 면세용역을 제공한 사실이 명확해진 2006사업연도를 기준으로 하여 2003 ~ 2004사업연도에도 소급하여 면세사업을 영위한 것으로 본 처분은 과세기간 및 회계연도 독립의 원칙과 무관하므로 청구법인이 2003∼2004사업연도에도 면세사업을 영위한 것으로 본 처분은 정당하다.
(3) 청구법인에 대하여 2004년 2월 1차 환급현지확인 조사시 매출과세표준이 없고 건물이 완공되기 전이어서 단지 세법규정에 맞게 매입세금계산서를 수취하였는지 여부만 확인하여 청구법인의 신고내용대로 환급결정을 하였을 뿐 그것이 부가가치세 과세사업이라는 공적인 견해를 표명한 것은 아니므로 처분청이 사후 청구법인의 성격 및 사업형태를 파악하여 면세사업으로 보아 처분한 것이 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없다.
(1) 청구법인이 기업체에게 장비사용 및 시험인증용역등을 제공한 것을 공익목적의 법인이 실비변상수준의 용역을 공급한 것으로 보아 당해 장비와 관련된 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부
(2) 매출액이 발생하지 아니한 개업초기 사업연도(2003 ~ 2004년)에 대하여 매출액이 발생한 2005 ~ 2006사업연도의 매출액을 기준으로 면세사업을 영위한 것으로 본 처분이 정당한지 여부
(3) 당초 조사시 과세사업에 해당하는 것으로 하여 부가가치세 환급을 용인하였다가 다시 동일과세기간에 대한 조사를 하면서 면세사업에 해당한다고 보아 당해 환급금을 추징한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
16. 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법시행령 제37조 【종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역 (3) 상속세 및 증여세법시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
9. 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등이 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.
10. 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 (4) 부가가치세법시행규칙 제11조 의 5 【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】 ➀ 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 산업기술단지지원에 관한 특별법에 의거 충청북도 지역내 반도체 및 전자정보부품업체의 기술개발 및 시험평가·교육훈련 등을 체계적으로 지원하여 지역경제 활성화와 발전에 기여할 것을 목적으로 설립된 법인으로서 전문분야를 달리하는 5개 센타로 구성되어 있으며, 사업비는 중앙정부 및 지방자치단체의 출연금, 융자금 및 민자유치 등에 의하여 조달하고 있다. (나) 청구법인의 5개 센타 중 이 건과 관련된 『반도체장비 및 부품지원센타』와 『전자정보부품산업지원센타』는 2003년부터 건물을 신축하면서 116종의 분석장비 등을 구입·설치한 후 지역소재 기업들의 의뢰에 따라 반도체 소자 전기적 성능평가, 장비부품 성능평가, 신뢰성 시험인증, 전자파 규격인증, 시험·환경평가, 교육훈련 등의 기능을 수행하고 수수료를 받고 있다. (다) 청구법인은 자신의 사업이 과세사업에 해당하는 것으로 보아 건물신축공사비 전액 및 장비구입비 전액과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급받았으나, 처분청은 건물신축공사비 중 임대면적비율에 해당하는 신축공사비만 과세사업으로 보고 장비 사용용역과 관련하여서는 공익을 목적으로 하는 단체가 실비변상수준의 용역을 제공한 면세사업으로 보아 총건물면적 중 장비 사용면적 비율에 상당하는 신축공사비와 장비구입비 전액에 대하여는 매입세액을 불공제하고 청구법인이 환급받은 세액을 추징하였다. (라) 청구법인이 장비 사용용역을 제공하고 받은 사용료가 실비변상수준에 불과하여 동 용역제공을 면세사업으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인이 장비사용원가 계산 및 사용료 책정은 내부규정인 “시설및장비운영규정” 제23조 제1항의 “장비사용료 부가기준표”에 의하도록 되어 있고, 동 부과기준표에는 장비의 감가상각비 이외에도 전기료, 소모품비, 청구법인 엔지니어지원비용, 기술료, 기타비용 등을 감안하도록 되어 있음이 확인된다.
2. 청구법인이 책정한 장비사용료 및 시험인증수수료에 관하여 동일 용역을 제공하는 일반 사설업체 등의 사용료와 비교하여 보면, 『반도체장비 및 부품지원센타』의 장비사용료의 경우 HTOL(수명시험) 비용은 큐알티, 두성기술, ITRI의 사용료 대비 114%~159% 수준이고, 환경시험(T/C),ESD(HBM/MM)시험 수수료는 큐알티 수수료 대비 117%~174% 수준이며, 소자테스트 수수료는 테라셈, LB세미콘, 유라엘텍의 수수료 대비 71%~140% 수준인 것으로 청구법인 제출 견적서에 나타나고, 『전자정보부품산업지원센타』의 시험인증수수료의 경우, 한국전자파연구원, 한국교정인증기술원, ETL의 시험인증수수료 대비 95%~150% 수준인 것으로 청구법인 제출 견적서에 나타난다.
3. 청구법인은 2011년까지 재정을 자립하여야 하는바, 산업자원부 고시 (제2004-103, 2004.10 12) “지역산업진흥사업운영요령” 제32조 및 산업자원부 고시(제2000-133, 2000.12. 14) “산업기술단지조성운영요령” 제10조에서 지원사업종료 후 국가의 지원 없이 자립이 가능하도록 수익사업 추진을 의무화하고 이를 불성실하게 이행한 때에는 제재 및 환수조치를 취하도록 되어 있다. 그에 따라 산업자원부장관과 청구법인은 “재정자립을 위한 재원확보방안” 협약을 체결하여 성능테스트, 신뢰성테스트 등 서비스사업과 장비·부품에 대한 분석 및 평가, 국가공인인증사업 등 수익사업을 하기로 하였다.
4. 처분청은 2006년 12월 청구법인에 대하여 조사하면서 청구법인의 장비사용료 수익이 손실발생하였음을 이유로 실비변상수준으로 용역을 제공한 것으로 보았으나, 청구법인의 수익사업은 2005년도부터 시작하여 조사당시인 사업초기에는 장비이용자 부족, 경험 부족 등에 의하여 손실이 발생할 수 밖에 없었고, 비용대비 수익이 많이 발생하는『전자정보부품산업지원센타』의 시험인증수수료는 2007년에 국내외 각종시험기관으로부터 시험인증기관으로 지정되어 2007년 하반기부터 수익사업을 시작한 사실이 있으므로 사업초기 장비사용용역 제공에 따라 발생한 손실을 사유로 실비로 용역을 제공한 것으로 판단한 것은 타당하다고 할 수 없다.
5. 전국의 광역시 및 각 도에는 청구법인과 동일한 사업을 영위할 목적으로 설립되어 청구법인과 유사한 방법으로 장비 사용용역을 제공하는 기관이 있으나 이들이 제공하는 장비 사용용역은 대부분 과세사업을 영위하는 것으로 부가가치세를 신고한 사실이 확인된다. (국세청 심이 46820-4216, 2005.11.30. 참조)
6. 이상의 사실관계를 종합해 보면, 청구법인은 주무관청의 고시에 의거 자체 수익사업에 의하여 자립하도록 되어 있고, 일정기간 경과후 국비, 지방자치단체의 지원도 중단되어 자립운용하지 않을 수 없는 법인으로서 청구법인이 제공하는 장비 사용용역에 대한 사용료는 민간사기업체와 비교하여 낮은 수준은 아닌 것으로 나타나고, 처분청 조사 이후에 시험인증기관으로 지정되어 수익사업의 영역을 확대하면서 수익규모도 증가하고 있는 점에 비추어 청구법인이 장비 사용용역을 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급한 것으로 보기는 어렵다. (마) 따라서, 청구법인이 기업체에게 장비 사용용역을 제공한 것은 부가가치세 과세사업에 해당된다고 할 것이므로 당해 장비구입비 및 총건물신축공사비 중에서 건물총면적 대비 장비사용면적 비율에 의하여 안분계산한 건물신축공사비와 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점(2) 및 쟁점(3)은 쟁점(1)이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.