경영자문료 일부를 손금불산입 금액에서 차감해서 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 지연이자의 포기금액은 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 당초 처분은 정당함.
경영자문료 일부를 손금불산입 금액에서 차감해서 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 지연이자의 포기금액은 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 당초 처분은 정당함.
1. ○○○ 세무서장이 2006.12.15. 청구법인에게 한 2001.1.1.~ 12.31. 사업연도 법인세 273,387,360원, 2002.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 206,137,560원, 2003.1.1~12.31. 사업연도 법인세 1,000,795,800원, 2004.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 610,703,030원, 2005.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 1,145,281,720원의 부과처분은 2001.1.1.~12.31. 사업연도 498,296,923원, 2002.1.1.~12.31. 사업연도 506,804,349원, 2003.1.1~12.31. 사업연도 962,927,532원, 2001.1.1.~12.31. 사업연도 1,521,138,241원, 2005.1.1.~12.31. 사업연도 1,032,911,111원의 경영자문료를 각각 손금불산입 금액에서 차감하여 각 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 경정한다.
2. ○○지방국세청장이 2007.3.19. 청구법인에게 한 이전소득금액통지 및 배당처분한 금액 2001.1.1.~12.31. 사업연도 498,296,923원, 2002.1.1.~12.31. 사업연도 506,804,349원, 2003.1.1~12.31. 사업연도 962,927,532원, 2004.1.1~12.31. 사업연도 1,521,138,241원, 2005.1.1~12.31. 사업연도 1,032,911,111원은 이를 각각 취소한다.
3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구법인은 1994.3월 주식회사 ○○○○○라는 상호로 설립된 대형할인 유통업을 영위하는 법인으로 설립당시 대주주인 C○○ N.(79%지분)와 C○○ S.(21%지분)가 2006.9.26. 보유주식 전부를 주식회사 이○○유통과 케○○유통 주식회사에 매각하면서 주식회사 이○○○○○로 상호를 변경하였다.
○○지방국세청장(이하 “○○청”이라 한다) 은 2006.4.28.~2006.10.31. 청구법인에 대한 법인세통합조사 및 주식이동조사를 실시하여 청구법인이 ○○○○○ 등와 경영지원서비스지원계약에 따라 상품구매, 판매관리, 전산, 자산관리, 물류, 상표, 재무관리 및 기타 서비스를 제공받고 경영자문료 매출액비율로 산정하여 지급하였으나 개발 및 자산관리 부문에 대해서는 점포증가율 비율이 더 합리적인 배부기준으로 보아 초과지급된 이전가격인 2001년 498,296,923원, 2002년 506,804,349원, 2003년 962,927,532원, 2004년 1.521,138,241원 2005년 1,032,911,111원 합계 4,522,078,156원을 손금불산입하는 한편, 청구법인의 국외 특수관계자인 C○○ S.를 소득자로하여 초과지급된 위 금액에 대하여 2007.3.19.청구법인에게 이전소득금액통지(배당처분)를 하였으며, 청구법인이 청구외 주식회사 ○○○과 토지매매계약을 체결하고 토지양도에 따른 잔금에 대하여 당초 18%의 지연이자율을 적용하기로 약정하였으나, 수정계약서에 의하여 6%의 이자율을 소급적용함에 따라 18%와 6%의 이자율 차이에 따른 금액 1,358,876,712원을 채권포기로 보아 비지정기부금으로 손금불산입하는 등 하여 처분청에 과세토록 통보하였다. 처분청은 ○○청의 과세자료 통보에 따라 2006.12.15. 청구법인에게 법인세 2001.1.1.~12.31. 사업연도 273,387,360원, 2002.1.1.~12.31. 사업연도 206,137,560원, 2003.1.1~12.31. 사업연도 1,000,795,800원, 2004.1.1~12.31. 사업연도 610,703,030원, 2005.1.1~12.31. 사업연도 1,145,281,720원 합계 3,236,305,470원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.13. 및 2007.5.25. 이 건 심판청구를 각각 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 청구법인에 대하여 ○○지방국세청(이하 “○○청”이라 한다)은 2004.12.20.부터 2005.2.4.까지의 기간에 걸쳐 세무조사 사전통지서상 2001사업연도 및 2002사업연도를 조사대상 기간으로 하여 법인통합 세무조사를 실시하였는 바 실제조사 및 경정처분은 1999사업연도부터 2003사업연도까지의 법인세에 대하여 이루어 졌다. 또한, ○○청은 2006.4.28.부터 2006.11월까지의 기간에 걸쳐 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하였는 바, 조사대상기간은 2003사업연도부터 2005사업연도까지이나 실제 경정처분은 2001사업연부터 2005사업연도의 법인세에 대하여 이루어진 바, 2001사업연도부터 2003사업연도에 대해서는 ○○청과 ○○청에 의하여 중복적인 법인세 세무조사가 이루어진 것이므로 ○○청의 2001~2003사업연도에 대한 재경정처분은 국세기본법에서 금지하고 있는 중복조사에 해당되어 위법한 처분이다.
(2) ○○○ 그룹은 Hypermarket, Supermarket, Harddiscount, Convenient& other business의 4가지 매장유형이 있는 바, 청구법인은 모두 시장분석, 입지선정, 건설등에 장기간의 시간이 소요되는 Hypermarket만을 보유하고 있어 매장의 유형별 특성을 무시하고 단순히 특정사업연도 중 신축된 모은 종류의 매장 증가율을 기준으로 자산관리 관련 비용을 배분하는 것은 부적합하며 ○○○그룹의 운영형태, 매장신축 비용의 성격 등을 고려할 때 매출액기준이 경제적 실질에 부합하는 가장 합리적인 비용배분 기준이다. 아울러, 2004년 ○○청에서 실시한 1999~2003 사업연도에 대한 세무조사시 경영자문료와 관련하여 비용의 배부기준으로 “매출액”이 적정함을 인정하였고, 국세심판원의 심판청구(2005전2435, 2006.9.4.)에서도 인용된 사안을 ○○청에서 재조하여 매출액기준을 부인하고 점포증가율을 적용하여 재경정한 것은 중복적인 세무조사에 해당하여 위법하므로 처분청의 처분은 취소되어야 한다.
(3) 법인세법상 비지정기부금이라 함은 특수관계 없는 자에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액과 법인이 특수관계 없는 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가격보다 낮은 가액으로 양도하거나 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 말하는 것이므로 처분청이 당사자에게 저가양도 또는 고가매입에 대한 인식이 있었다거나 정당한 사유가 없었다는 것을 입증하여야 하는 것이나 이에 대한 입증절차 없이 단순히 6%의 지연이자율을 적용하였다는 사실만으로 이를 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다. 또한, 청구법인은 토지대금의 지연회수에 따른 지연이자를 포함하여 당사자간의 합의내용에 따른 금액을 전액 회수하였으므로 청구법인이 법률상 지급받아야 할 채권을 탕감하여 주거나 지급받지 아니한 금액이 전혀 없으며 사인간에 기간을 소급하여 이자율을 변경하기로 하는 계약이 사적자치의 원칙상 유효함에도 이자율 차이에 대한 금액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구법인에 대한 ○○청의 조사대상 기간은 2001 및 2002사업연도만을 조사대상으로 선정하였으며, ○○청은 2003~2005사업연도를 조사대상으로 선정하여 청구법인에게 사전통지 및 조사하였으므로 조사대상 사업연도가 중복되지 아니한다.
○○청이 2001 및 2002사업연도 조사를 하면서 1999~2003사업연도분까지 경정한 것은 조사대상 사업연도의 조사결과 2이상 사업연도와 관련하여 잘못이 있어 단순 경정차원에서 2003사업연도를 경정한 것이고, ○○청의 세무조사 또한 2003~2005사업연도에 대한 세무조사 결과 2이상의 사업연도와 관련이 있어 2001~2005사업연도를 경정한 것이므로 청구법인에 대하여 중복하여 조사대상기간을 선정한 사실이 없으며 조사대상 사업연도에 대한 조사결과 국세기본법 제81조의4제2항 의 규정에 의한 2이상의 사업연도와 관련한 잘못이 발견되어 동일한 사안에 대하여 그 이전 사업연도분에 대해 단순히 과세누락을 시정조치하는 차원에서 경정결정한 것에 불과하므로 이를 실지조사로 보아 중복조사금지규정을 위반한 것이라는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.
(2) 청구법인의 경영자문료중 자산관리 서비스는 주로 매장신축과 관련된 것으로 설계도면, 건축방법, 안전요소 확인등 1년에 2회 정도의 컨설팅 용역과 토지매입에서 매장개업까지의 건축방법, 표준도면 등에 대한 기준제공 및 직원 교육용역 정도로서 용역의 대부분은 매장신축과정에서의 각종 기준 및 지침제공이며 이 또한 표준지침이 제공되어 있는 상태로서 ○○○그룹이 전세계 매장신축시 통일된 기준을 제정하여 판매자회사에 제공함에 따른 간접비용인 것에 불과하며 토지매입, 매장신축, 리모델링 등 매장신축과 관련하여 발생하는 직접비용은 청구법인의 비용으로 지출되고 있다. 이와 같은 매장신축 용역비용의 성격을 고려할 때, 청구법인이 주장하는 것처럼 면적, 사업형태, 시장효과가 다른 ○○○그룹의 4가지 매장유형을 고려하지 않고 단순히 특정연도중에 신축된 모든 종류의 매장 증가비율에 의하여 분담시키는 것이 불합리하다는 청구법인의 주장은 설득력이 없으며, 매장신축과 관련하여 지급한 비용중 배분기준으로 “점포증가율”을 적용하는 것이 합리적이다. 청구법인의 주장이 합리화되기 위하여는 그룹서비스센터가 연도중 4가지 유형의 매장을 신축함에 있어 매장유형별로 개별적으로 발생하는 직접비와 전 매장유형에 공통적으로 발생하는 간접비를 구별하여 제출하여야 함에도 세무조사 기간중 이와 관련된 어떠한 자료도 제출하지 않고 4가지 유형의 매장을 구별함이 없이 모든 유형의 점포를 포함한 점포증가율을 배분기준으로 하는 것은 불합리하다는 주장만을 되풀이하고 있다. 청구법인의 주장처럼 매출액기준을 적용하는 경우 실제로 청구법인이 매장신축이 없는 사업연도에도 비용배분이 이루어지는 불합리한 결과를 초래할 뿐 아니라 그룹내 내부용역의 대가는 용역성격과 사용양상에 합리적인 배부기준에 따라 이루어져야 한다는 OECD 가이드 라인에도 위배되는 것으로 국제적 과세기준에도 부합하지 않는 결과를 초래하는 것이므로 경영자문료중 자산관리서비스 관련 용역은 점포증가율을 적용하여 비용을 배부하는 것이 합리적이라 할것이다.
(3) 민법상 사적자치의 원칙에 따라 소급효가 인정되지만 민법의 특별법적 성격을 갖고 있는 세법에서는 약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우 이를 기부금 또는 접대비로 보고 있는 바 청구법인은 2002.6.26.~2002.12.10.까지 계약서상 연 18%의 지연이자를 수령할 수 있음에도 수정계약서를 체결하여 연 6%의 이자율을 소급적용함으로써 1,358,876천원의 지연이자를 양 당사자가 합의하여 포기한 것으로 이러한 포기금액은 법인세법상 비지정기부금에 해당된다. 법인세법상 손금불산입 대상인 비지정기부금 요건중 사업과 관련성 여부는 매도자와 매수자가 영업상 계속적인 거래관계가 있는 것을 의미하며, 사업성 관련여부는 접대비와 기부금의 구분기준이 되는 것으로 대형종합소매업을 영위하는 청구법인과 부동산분양공급업 등을 영위하는 매수자와는 이 건 토지거래 외에는 어떠한 거래관계도 없으므로 영업활동과 관련없는 거래를 사업과 관련이 있는 거래라고 한다면 모든 거래는 기부금이 아닌 접대비가 되어 세법규정과 모순되는 것이며 청구법인의 이 건 거래와 관련된 지연이자 포기가 회사사정상 어쩔 수 없이 내려진 경제적 의사결정이었다는 이유를 정당한 사유가 있는 것으로 주장하나 특수관계자 외의 자에 대한 채권의 포기로서 정당한 사유가 있는 경우는 수표법ㆍ어음법ㆍ 회사정리법 등 법률 등의 근거에 의한 포기를 의미하는 것이므로 청구법인이 주장하는 거래관계자의 재무상황 및 영업환경악화 등의 사유에 의한 포기를 의미하는 것이 아니므로 이 건 토지거래는 사업과 관련없고, 법률 등에 의한 불가피한 사유가 아닌 사인간의 개인적인 사정에 의한 것으로 세법에서 규정하는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.
(1) 청구법인에 대한 ○○청의 2001~2003 사업연도 경정처분이 중복조사에 해당하는 지 여부
(2) 청구법인이 부담할 경영자문료의 배분방법으로 점포증가율을 적용하여 그 초과분을 손금불산입한 처분의 당부
(3) 당초 약정된 지연이자율을 변경계약에 의하여 소급적용한 이자율 차이를 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분의 당부
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조제1항제3호(제66조제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법시행령 제63조 의 2【중복조사의 금지】법 제81조의4제2항제5호에서 "그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의5 및 법 제81조의9의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우 (3) 국세기본법시행령 제63조 의 3 【부과처분을 위한 실지조사의 범위】법 제81조의4 및 법 제81조의7에서 "대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조사를 말한다.
2. 국세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하기 위한 조사
(4) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
(5) 국제조세조성에관한법률 제9조 【소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정】① 제4조 또는 제6조의2의 규정을 적용함에 있어서 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터 내국법인에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 동 금액은 법인세법 제67조 의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 국외특수관계자에 대한 배당 또는 기타 사외유출로 처분하거나 출자로 조정한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 소득처분의 방법 그 밖의 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (6) 국제조세조정에관한법률 시행령 제15조 【임시유보 처분 등】① 과세당국은 법 제9조에 따른 소득처분 및 세무조정을 하는 경우에는 제15조의2에 따른 반환 여부를 확인하기 전까지는 임시유보로 처분한다.
② 과세당국은 제1항에 따라 임시유보로 처분하는 경우 그 사실을 기획재정부령이 정하는 임시유보처분통지서에 의하여 소득세법 시행령 제192조제1항 을 준용하여 통지하여야 한다. (7) 국제조세조정에관한법률 시행령 제15조의2 【익금에 산입되는 금액의 반환 확인 등】법 제9조제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우"라 함은 제15조에 따른 임시유보처분통지서를 받은 날부터 90일 이내에 국외특수관계자가 내국법인에게 법 제4조 또는 법 제6조의2에 따라 익금에 산입되는 금액 중 반환하려는 금액에 다음 산식에 따라 산출한 반환이자를 가산하여 반환하였음을 확인하는 기획재정부령이 정하는 이전소득금액반환확인서를 과세당국에 제출하지 아니한 경우를 말한다. 반환이자 = 반환하려는 금액 × 거래일이 속하는 사업연도 종료일의 다음 날부터 이전소득금액반환확인서 제출일까지의 기간 × 국제금융시장의 실세이자율을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율 (8) 국제조세조정에관한법률 시행령 제16조 【반환이 확인되지 아니한 금액에 대한 처분 및 조정 등】① 제15조의2에 따른 반환이 확인되지 아니하는 경우 그 반환이 확인되지 아니한 금액은 다음 각 호에 따라 처분하거나 조정한다.
1. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인의 주주에 해당하는 경우(제2조제1항제1호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 해당국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 할 것
2. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인이 출자한 법인에 해당하는 경우(제2조제1항제2호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 해당국외특수관계자에 대한 출자의 증가로 할 것
3. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 법인세법 제94조 에 따른 외국법인의 국내사업장 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장인 경우에는 기타사외유출로 할 것
4. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 제1호 내지 제3호 외의 자인 경우에는 해당국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 할 것
② 과세당국은 제1항에 따라 처분 또는 조정을 하는 경우 그 사실을 제15조의2에 따른 이전소득금액반환확인서의 제출기한이 만료된 날부터 15일 이내에 기획재정부령이 정하는 이전소득금액통지서에 의하여 소득세법 시행령 제192조제1항 을 준용하여 통지하여야 한다. 이 경우 배당은 그 통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다. (9) 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 사업년도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)
2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액 (10) 법인세법시행령 제35조 【기부금의 범위】법 제24조제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.
1. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액
2. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.
(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다. (가) ○○청은 청구법인에 대하여 2004.12.20.부터 2005.2.4.까지 2001사업연도 및 2002사업연도를 세무조사 대상기간으로 사전통지하여 세무조사를 실시한 후 1999사업연도분부터 2003사업연도분까지의 법인세에 대하여 경정결정하였으며, 이 중 2001사업연도부터 2003사업연도까지는 붙임<표1>과 같은 내용으로 경정한 바 있고 이후 ○○청은 2006.4.28.부터 2006.10.31.까지 청구법인에 대하여 2003사업연도부터 2005사업연도까지를 조사대상기간으로 통지하여 세무조사를 실시하고 청구법인의 2001사업연도부터 2005사업연도까지의 법인세에 대하여 경정처분하였음이 ○○청의 심리자료에 나타난다. (나) 이 건 심판청구의 쟁점(2)와 관련된 경영자문료에 대하여 ○○청의 세무조사시 경영자문료중 재무 및 기타서비스에 대한 비용은 주주활동비용에 해당하는 것으로 하여 1999사업연도분부터 2003사업연도분까지 손금불산입하였고, ○○청의 세무조사시 경영자문료중 자산관리서비스에 대한 배분기준을 매출액에서 점포증가율을 적용, 청구법인이 부담할 경영자문료의 재계산에 따른 초과분을 손금불산입하여 2001사업연도부터 2005사업연도분까지 재경정하였으며, 쟁점(3)의 경우, ○○○도 ○○시 소재 토지 및 ○○광역시 ○○구 소재 토지의 매도계약과 관련하여 잔금지급일 이후 지연이자 지급약정에 다른 미수이자 상당액을 2003사업연도에 익금산입하는 세무조사가 ○○청에서 이미 이루어졌고, ○○청의 조사시 쟁점토지의 지연이자에 대한 이자율을 18%에서 6%로 소급하여 적용한 사례에 대하여 소급적용한 기간의 이자율 차이에 대한 금액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하였음이 ○○청의 심리자료에 나타난다. (다) 청구법인이 ○○청의 세무조사시 2003사업연도분에 대하여 이미 세무조사가 이루어졌으므로, ○○청에서 2003사업연도를 재조한 것은 국세기본법상 중복조사 금지규정을 위반한 것이므로 부당하다고 주장하면서 제시한 주요논거는 다음과 같다.
○○청에서 2003사업연도에 대한 장부 및 관련서류를 2001사업연도 및 2002사업연도분과 동일한 기준에 의하여 일괄적ㆍ포괄적으로 제출받아 2003사업연도 법인세 과세요건 사실 전반에 걸쳐 조사가 이루어졌고, ○○청의 조사공무원이 청구법인의 사무실에 출장하여 직접 청구법인 담당자 및 관련자를 상대로 2003사업연도 법인세 관련항목에 대한 조사를 실시하였으며, 조사결과에 따라 2003사업연도분 법인세에 대한 경정처분이 이루어졌다. 특히, 쟁점(2)와 관련된 경영자문료에 대해서는 ○○청에 의하여 이미 세무조사가 이루어진 2001사업연도부터 2003사업연도까지의 기간에 대하여 동일한 세목과 항목에 대하여 세무조사가 이루어진 것이고, 쟁점(3)의 경우 토지매각 대금중 미수령 잔금과 관련한 지연이자를 2003사업연도의 익금산입하는 조사적출내용을 청구법인에게 통지하였으므로 토지매각대금중 지연이자에 대한 조사는 중복조사에 해당되어 위법ㆍ부당한 처분이라는 주장이다. (라) 중복조사에 해당한다는 청구법인의 주장에 대하여 ○○청 다음과 같은 의견을 제시하고 있다.
○○청의 조사대상 사업연도는 2003사업연도부터 2006사업연도이고 ○○청의 조사대상 사업연도는 2001및 2002사업연도이므로 중복하여 조사대상 기간을 선정하지 아니하였고, ○○청은 조사대상기간인 2003사업연도를 포함항려 조사대상 사업연도에 적출된 항목에 대해서만 2001및 2002사업연도 확인조사 경정한 것이며, 조사대상 사업연도와 전혀 관련없는 사업연도에 대한 자료제출 요구에 대해 청구법인은 문제제기를 할 수 있었음에도 자발적으로 제출한 이유는 조사대상 사업연도와 관련되거나 참고자료이기 때문이다. 이 건 심판청구와 관련된 쟁점(2)의 경영자문료에 대하여 ○○청에서 2003사업연도를 경정한 것은 2002사업연도를 조사하면서 잘못된 부분을 적출하였는 바, 이는 2003사업연도도 동일한 사안이기 때문에 경정한 것으로 실지조사에 해당되지 않는 것이고, ○○청에서는 2003사업연도 이후분에 대하여 조사결과 경영자문료중 자산관리 서비스 부분의 비용배부기준이 점포증가율이 가장 합리적이라는 사실을 확인하여 그 이전 사업연도와 동일한 사안으로 당초 경정의 오류를 시정하는 차원에서 경정한 것이다. 또한, ○○○도 ○○시 ○○동 000-00외 11필지에 대해서는 2002.12.6. 토지매매계약이 체결되었기에 ○○청의 조사대상 사업연도인 2002사업연도에 해당하므로 지연이자에 대해 적법하게 조사한 것이고, ○○광역시 ○○구 ○○동 산 00외 0필지의 2003.2.19. 매매계약 체결분에 대해서는 2002사업연도에 대한 지연이자와 동일한 유형에 해당되어 확인조사한 것에 불과하다. (마) 이상과 같은 사실관계하에서 ○○청의 세무조사에 의하여 경정한 2001~2003사업연도분에 대하여 ○○청에서 재경정한 것이 중복조사에 해당하는 지 여부를 살펴본다. 국세기본법에서는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복조사를 할 수 없도록 규정하고 있으나 조세탈루를 이정할 만한 명백한 자료가 있거나, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 또는 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 등의 경우에는 중복조사의 예외를 허용하고 있는 바, ○○청은 청구법인에 대하여 2001사업연도 및 2002사업연도를 세무조사 대상기간으로 하여 세무조사를 실시하였으나 1999사업연도부터 2003사업연도분까지 법인세를 경정하였고, ○○청에서는 2003사업연도부터 2005사업연도까지를 세무조사 대상기간으로 하여 세무조사를 실시하였으나 2001사업연도부터 2005사업연도분까지 법인세를 경정하였으므로 결국 2001사업연도부터 2003사업연도까지의 법인세 경정처분이 중복조사에 해당한다는 청구법인의 주장에 대하여 ○○청은 ○○청과 조사대상 기간을 각각 달리하여 세무조사를 실시하였고, 쟁점 경영자문료등의 경우 당초 ○○청의 세무조사에서는 주주활동과 관련있는 재무 및 기타서비스에 대한 비용만을 직접 부인한 것인 반면, ○○청의 세무조사에서는 당초 매출액을 기준으로 비용을 배분하였던 자산관리서비스 관련 경영자문료에 대해 점포증가율이 더 합리적인 배분기준이라고 판단하여 조사대상 기간의 경영자문료 비용을 재계산하였으며, 이는 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당되어 ○○청에서 이미 경정처분한 2001사업연도 및 2002사업연도를 재경정한 것이므로 중복조사의 예외를 허용하고 있는 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당괸다고 판단된다. 따라서 ○○청의 청구법인에 대한 세무조사는 중복조사에 해당되지 아니한다 할 것이다.
(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1999사업연도부터 ○○○ 아시아 등과의 사이에서 체결된 경영지원서비스계약에 따라 상품구매 및 판매관리, 전산, 개발 및 자산관리, 물류, 상표, 재무관리, 기타의 7개부문의 관련 서비스를 제공받고 이에 대한 대가로서 경영자문료를 지급하고 있으며, 이 건 경영자문료는 서비스의 제공에 소요된 직ㆍ간접 비용에 3%의 마진을 가산한 후, 당해 금액을 청구법인을 포함한 아시아 지역내의모든 판매자회사의 총매출액 대비 청구법인을 포함한 아시아 지역내의 모든 판매자회사의 총매출액 대비 청구법인의 총매출액 비율에 비례하여 산정하고 있음이 청구법인이 제시한 자료에 나타나며, 청구법인이 2001사업연도부터 2005사업연도까지 지급한 경영자문료 비용은 별첨 <표2>와 같다. (나) 청구법인의 경영자문료에 대한 ○○청의 세무조사에서 자산관리서비스는 주로 매장신축과 관련된 것으로 설계도면, 건축방법, 안전요소 확인 등과 관련된 컨설팅 용역과 토지의 매입단계에서부터 매장의 개업까지의 건축방법, 표준도면 등에 대한 기준의 제공 및 관련 직원에 대한 교육 등의 서비스만을 제공하고 실제 활동은 청구법인의 비용으로 직접 수행하고 있음을 확인하여 매출액 보다는 점포증가율에 따라 비용을 배분하는 것이 합리적이라고 보아 청구법인이 부담할 경영자문료를 재계산하여 초과지급된 <표3>의 금액을 손금불산입하였다. 또한, ○○청은 <표3>의 금액을 청구법인이 국외의 특수관계자에게 과다지급한 것으로 보아 청구법인에게 2006.12.11. 임시유보처분통지 및 2007.3.19. 이전소득금액 통지 및 지급 당시의 주주인 C○○ S.에 대하여 배당처분 한 사실이 처분청의 심리자료에 나타난다. (다) ○○청에서는 청구법인의 경영자문료에 대한 세무조사를 실시하여 1999사업연도에 대해서는 경영자문료 전액을 손금부인하였고, 2000사업연도부터 2003사업연도까지의 경영자문료에 대해서는 재무관리 및 기타서비스의 2개부문에 대해서는 청구법인이 부담할 비용이 아니라고 보아 손금불산입하였는 바, 청구법인은 ○○청에서 경영자문료 전액을 손금부인한 1999사업연도에 대해서만 심판청구 (국심 2005전2435, 2006.9.4.)를 제기하여 인용결정된 바 있고, 그 주요내용은 실제로 제공된 용역에 대하여 그룹내 경영지원 용역을 제공받는 청구법인을 비롯한 자회사들의 매출액에 대비하여 일정률의 마크업을 한 금액을 수수료로 청구하고 있음이 확인되고, 이러한 과정을 거쳐 청구법인이 지급한 수수료는 매출액 대비하여 1%내외이고 전세계적으로 비용분담 기준도 각 국가가 차지하고 있는 매출액 대비로 배분하고 있어 ○○○그룹 내 다른 지역에 비하여 부당하게 과도한 수준은 아닌 것이라고 판단하였다. (라) 청구법인은 ○○○ 그룹의 매장형태는 Hypermarket, Supermarket, Harddiscount, Convenience&other business의 4가지 형태로 구분되는 바, 한국내 초대형 할인점인 Hypermarket형태를 운영하는 청구법인과 편의점 형태의 소형매장인 Convenience store를 운영하는 중국내 판매자회사가 점포수에 따라 동일한 자산관리 비용을 부담하는 것은 불합리한 결과를 초래하므로 경영자문서비스중 자산관리서비스에 대한 비용배분방식으로 점포증가율이 더 합리적인 배분방법이라는 처분청의 의견이 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (마) 그룹내부 용역의 비용배분에 대한 OECD 가이드라인에서는 비용배분을 매출, 종업원 수 또는 여타 기준에 의하여 합리적인 기준에 의할 수 있으며, 배분방법의 적합성은 관련용역의 성격과 사용양상에 따라 결정하도록 하고 있는 바(OECD 이전가격 과세지침 7.22~7.25. 참조), 자산관리서비스가 주로 매장신축과 관련된 서비스이므로 이에 대한 비용의 배분은 점포증가율이 타당한 측면이 있으나, 청구법인의 복합매장형태의 대규모 매장과 중국 등의 편의점 현태의 소규모 매장에 대한 규모와 성격의 차이를 반영하지 아니하고 단순한 점포증가율을 기준으로 한 배분방식은 불합리한 측면이 있다고 보이는 반면, 청구 법인에 대한 ○○청의 세무조사시에도 경영자문료중 주주비용에 해당하는 자문 및 기타서비스에 대한 비용을 손금불산입한 점으로 보아 경영자문료 전반에 대한 검토가 있었다고 보이나 배분방식에 대한 지적은 없었던 점, ○○청의 1999사업연도 경영자문료 과세에 대한 선결정례(국심2005전2435, 2006.9.4.)에서도 전 세계적으로 매출액을 기준으로 배분하고 있음을 인정하고 있는 점 등을 감안할 때, 경영자문료중 자산관리서비스에 대하여 점포증가율을 적용하여 초과지급한 비용을 손금불산입한 처분청의 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 쟁점3에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 다음과 같은 자료를 제시하면서 처분청의 처분이 부당하다고 주장하고 있다. 청구법인은 2001.11.26. 주식회사 ○○○(이하 “매수법인”이라 한다)에게 청구법인 소유의 ○○시 ○○구 중계동 506번지 소재 토지 8,365.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다를 27,500백만원에 양도하기로 토지매매계약을 체결하면서 잔금 24,750백만원에 대해서는 2002.5.26. 수령하기로 하였다. 청구법인은 2001.12.26. 매수법인의 요청에 따라 토지매매계약서 일부를 수정하면서 당초 계약서상 지급기일을 위반하는 경우에는 지체된 금액에 대해서 연 18%에 해당하는 지연이자를 수령하기로 약정하였으나, 2002.6.26.까지 1개월 연장하기로 수정계약서를 체결하였다. 매수법인은 연장된 잔금지급일인 2002.6.26.에도 잔금을 지불하지 못하다가 2002.12.11. 제4차 수정계약서에 의해 청구법인과 잔금을 2003.1.30. 재연장하고, 2002.6.26.부터 연장된 지급기일까지의 기간에 대하여 연 6%의 이자를 수수하기로 합의하고 동 약정 내용에 따라 2003.1.29. 잔금과 지연이자를 수령하였다. (나) ○○청은 지연이자율이 변경된 2002.12.11.을 기준으로 변경전인 2002.6.26.~2002.12.10.까지는 연 18%의 이자율을 적용하고, 변경후인 2002.12.11~2003.1.29.까지는 연 6%의 이자율을 적용하여 지연이자를 재계산한 후 실제 수령한 금액과의 차익인 1,358,876천원을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (다) ○○청은 청구법인에 대한 세무조사시 ○○○도 ○○시 ○○동 000-00외 00필지에 대한 연18%의 지연이자에 대한 수입이자 147,633,332원과 ○○시 ○○구 ○○동 산 00 0 지에 대한 연 18%의 지연이자 476,328,329원 합계 623,961,661원을 계상하지 아니하였다는 청구법인 명의의 확인서를 제출받아 위 금액을 익금에 산입하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (라) 살피건대, 청구법인이 2002.12.11 제4차 수정계약서에 의하여 연 18%의 지연이자를 2002.6.26.부터 연 6%의 이자율을 지급받기로 소급적용한 것에 대하여 2002.6.26.부터 연 6%의 이자율을 지급받기로 소급적용한 것에 대하여 2002.6.26.부터 2002.12.10.까지는 계약서상 연 18%의 지연이자를 수령할 수 있음에도 연 6%의 이자율을 소급적용하는 수정계약서를 작성한 것은 지연이자를 청구법인과 매수법인이 합의하여 포기한 것으로서 이는 기부금에 해당하고(법인세법 기본통칙 34-62…5 참조), 쟁점토지가 중복자산에 해당되어 서둘러 매각할 필요가 있었고, 매수법인의 자급사정이 여의치 않아 채권의 포기에 정당한 사유가 있었다는 청구법인의 주장에 대하여 이러한 이유는 수표법ㆍ어음법ㆍ 회사정리법 등 법률에 의한 불가피한 사유에 해당되지 아니하며, 매수법인의 일시적인 자금압박을 이유로 청구법인이 채권을 포기한 것은 정당한 사유로 볼 수 없으며, 청구법인은 ○○청의 세무조사시 쟁점토지와 유사한 토지의 양도대금에 대해서 지연이자율을 익금에 산입한 점 등을 감안하여 지연이자의 포기금액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.