지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 적용 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1993.12.1. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○-1 전 205m²(이하 “쟁점1토지”라 한다), 같은 리 ○○-2 임야 88m²를, 1995.6.1. 같은 리 ○○-3 임야 11m², 같은 리 ○○-4 임야 231m²을 2001.12.17. 같은 리 ○○-5 임야 7m²(쟁점1토지 외의 토지를 이하“쟁점2토지”라 하고, 쟁점1토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다가 2005.7.25. 쟁점토지를 주식회사 ○○(이하 “청구외법인”라 한다)에 양도한 후, ○○도 ○○군 지역이 2004.8.25. 토지투기지역으로 지정된 관계로, 쟁점토지를 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 쟁점1토지는 8년 이상 자경농지라 하여 감면신청하여 2005년 귀속 양도소득세 21,756,350원을 예정신고납부하였다가 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 에 정한 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당된다는 이유로 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 재산정하여 2006.5.26. 처분청에 청구인이 기납부한 양도소득세 중 20,801,850원을 환급할 것을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 이에 처분청은 쟁점토지를 취득한 청구외법인이 주택법 제18조 제2항 에 의한 국민주택을 건설하기 위하여 대지를 조성하는 사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업시행자에 해당되지 않으므로 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 의 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라는 이유로 2006.7.20. 청구인의 경정청구를 거부처분하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.6. 이의신청을 거쳐 2007.1.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 1993.12.1.부터 2001.12.17. 기간 중에 취득하였고 2005.7.25. 주택법에 의한 주택건설사업시행자인 청구외법인에게 양도하였는 바, 청구인의 쟁점토지 취득일은 동 지역에 대한 토지투기지역 지정일인 2004.8.25. 이전이고, 사업계획승인일(2005.6.30)로부터 소급하여 2년 이전이며, 주택사업계획승인일 이후 2006.12.31. 이전인 2005.7.25. 주택법 제16조 에 의하여 주택건설사업시행자로 지정된 청구외법인에게 양도하였으므로 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 제85조 의 규정에 정한 기준시가 과세특례 요건을 모두 충족하고 있음에도 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 양수자인 청구외법인은 민간건설업체로서 공익사업 시행자로 지정된 사실이 없어 주택법 제18조 제1항 및 제2항에 정한 국민주택을 건설하기 위한 사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용 할 수 있는 사업시행자에 해당되지 아니하고, 쟁점토지의 매매계약은 쟁점토지의 소재지에 대한 주택사업계획승인일 이전에 체결한 것으로 동 매매계약은 공익사업을 위해 사업인정고시 등에 따른 강제성이 있는 사업계획에 의한 것이 아니라 청구인의 자율적인 의사에 따라 사인간에 체결한 매매계약에 해당되어 쟁점토지의 양도는 공익사업용 부동산의 양도에 해당되지 아니하므로 이 건 경정거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지투기지역으로 지정된 지역내의 쟁점토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제85조 에 정한 공익사업용 부동산의 양도로 보아 양도차익을 기준시가로 산정하는 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2조의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액” 이라 한다)에 의한다. 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우.

○ 같은 법 시행령 제162조의 3【지정지역 기준 등】

① 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 “대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정 심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다)을 말한다. (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2004.12.31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 조세특례제한법시행령 제79조 의 2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이하 함은 별표7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. 【 별표 7 】 기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)

15. 주택법 제16조 의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날

○ 주택법 제16조 【사업계획의 승인】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사설계도서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 시·도지사(국가·대한주택공사 및 한국토지공사가 시행하는 경우와 대통령령이 정하는 경우에는 건설교통부장관을 말한다. 이하 이 조 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 그 사업계획승인을 얻어야 한다. 다만, 주택외의 시설과 주택을 동일건축물로 건축하는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의하여 주택건설사업계획의 승인을 얻고자 하는 자는 당해 주택건설대지의 소유권을 확보하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 국토의계획및이용에관한법률 제49조 의 규정에 의한 지구단위계획(이하 “지구단위계획”이라 한다)의 결정(제17조의 제1항 제5호의 규정에 의하여 의제되는 경우를 포함한다)이 필요한 주택건설사업으로서 당해 대지면적의 100분의 80 이상을 사용할 수 있는 권원을 확보한 경우

2. 사업주체가 주택건설대지의 소유권을 확보하지 못하였으나 당해 대지를 사용 할 수 있는 권원을 확보한 경우

3. 국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 주택건설사업을 하는 경우

○ 주택법 제18조 【토지에의 출입 등】

① 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공사인 사업주체가 사업계획의 작성을 위한 조사 또는 측량을 하고자 하는 경우와 국민주택사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 타인의 토지에 출입하거나 특별한 용도로 이용되지 아니하고 있는 타인의 토지를 재료적치장 또는 임시도로로서 일시사용할 수 있으며, 특히 필요한 때에는 죽목·토석 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 사업주체가 국민주택을 건설하거나 국민주택을 건설하기 위한 대지를 조성하는 경우에는 토지나 토지에 정착한 물건 및 그 토지나 물건에 관한 소유권외의 권리(이하 “토지등”이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본, 충청남도 고시(제2005-116호) 등에 의하면, 쟁점토지는 청구인이 1993.12.1.~2001.12.17. 기간 중에 취득하였다가 2005.7.25. 청구외법인에 양도되었고, 쟁점토지를 양수한 청구외법인은 2005.6.30. 충청남도지사로부터 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 일대 대지면적 34,415m²지역에 건축연면적 95,267.50m², 10개동 625세대(33A평형 184호, 33B평형 186호, 38평형 110호, 47평형 146호)에 대한 주택건설사업시행자로서 공동주택건설사업계획승인을 받았으며, 쟁점토지가 소재한 ○○도 ○○군 지역은 2004.8.25. 부동산가격안정심의위원회(위원장 재정경제부차관)로부터 토지투기지역으로 지정된 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 에 정한 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의한 당해 사업시행자에게 양도한 경우로서 기준시가 과세특례 적용대상이 됨을 주장하면서, 충청남도 고시(제2005-116호), 쟁점토지의 등기부등본 등을 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법 제96조 제1항 단서 제6의 2호 및 같은법 시행령 제162조의 3 제1항에 의하면, 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 같은법 시행령 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역의 부동산의 양도가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 2004.12.31. 법률 제7322호로 신설된 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의하면, 소득세법령에 의한 지정지역내의 부동산의 경우라도 공익사업 관련 법률에 의하여 당해 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)하여 2006년 12월 31일 이전에 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함)하는 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제79조의 2 및 별표 7 제15호에 의하면, 주택법 제16조 의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날을 위의 규정에 의한 기준시가 과세기준일로 정하고 있다. (나) 먼저, 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도일이 조세특례제한법 제85조 의 규정에 정한 요건을 충족하고 있는지 여부에 대하여 보면, 이 건의 경우 쟁점토지 소재지역을 사업부지로 한 청구외법인에 대한 주택건설사업계획승인일을 위의 규정에 의한 기준시가 과세기준일로 볼 수 있고, 동 주택건설사업계획승인일(2005.6.30.)로부터 소급하여 2년이 되는 날(2003.6.30.)이 쟁점토지의 소재지역에 대하여 토지투기지역으로 지정한 날(2004.8.25.) 이전이므로 동 규정에 정한 요건을 갖추기 위하여는 해당 토지 등을 2003.6.30. 이전에 취득하여야 하고 2006.12.31. 이전에 양도하여야 하는 바, 청구인은 1988.3.29. 쟁점토지를 취득하여 2006.8.16. 양도하였으므로 동 규정에 정한 취득일 및 양도일 요건을 충족하고 있는 것으로 보인다. (다) 다음으로, 쟁점토지의 양도가 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 보면, 1) 조세특례제한법 제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 입법취지를 보면, 투기지역으로 지정된 지역내의 부동산이라도 공익목적을 위해 소유자의 의사와 관계없이 수용등이 되는 부동산의 경우에 실지거래가액 대신 기준시가로 과세하여 납세자의 세부담을 완화하여 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위한 것이라 할 수 있으므로 동 조항은 원칙적으로 공공기관이 공익목적으로 시행하는 사업계획에 의하여 수용 또는 협의매수되는 부동산의 경우가 그 적용대상이라 할 수 있고, 민간건설업자가 시행하는 경우에는 공익목적사업에 의하여 양도 등이 되는 부동산의 경우에 한하여 예외적으로 적용된다고 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.

2. 또한, 주택법 제16조 는 국가, 지방자치단체, 대한주택공사 또는 지방공사인 공공기관이 시행하는 주택건설사업과, 민간건설업자가 시행하는 주택건설사업의 경우에 주택건설사업계획승인을 얻어야 하는 것으로 규정하고 있고, 주택법 제16조 제2항 본문에는 주택건설사업계획의 승인을 얻고자 하는 민간주택건설업자의 경우는 사전에 당해 주택건설대지의 소유권을 확보하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

3. 청구인이 증빙자료로 제출한 충청남도 고시(제2005-116호)를 보면, 쟁점토지를 양수한 청구외법인은 2005.6.30. 충청남도지사로부터 주택법 제16조 에 의하여 쟁점토지의 소재지역 일대 34,415m²에 공동주택 10개동 625세대(33A평형 184호, 33B평형 186호, 38평형 110호, 47평형 146호)에 대한 주택건설사업계획을 승인받은 사업시행자로 되어 있고, 첨부된 토지조서에 의하면, 쟁점토지를 포함한 대부분의 사업부지가 2005.6.30. 이전에 그 소유권이 대한토지신탁 주식회사로 이전되어 있는 것으로 기재되어 있는 바, 이와 같이 청구외법인은 민간주택건설업자로서 주택건설사업계획 승인을 받기 이전에 주택법 제16조 제2항 본문에 의하여 주택건설대지의 소유권(매매계약에 의한 가처분권 포함)의 대부분을 확보한 것으로 보여진다. 그렇다면, 청구외법인은 이 건 주택사업과 관련하여 수용재결등의 강제적인 방법으로 취득한 사업부지는 없는 것으로 보이고, 또한 공익목적이 아닌 영리목적으로 주택사업계획승인을 받은 것이므로 공익 사업시행자의 지위에서 쟁점토지를 취득하였다고 보기 어렵고, 청구인의 경우도 쟁점토지를 양도함에 있어 강제성이 있는 공익사업계획에 의한 것이 아닌 자유의사에 의하여 매매계약을 체결하고 쟁점토지를 양도한 것으로 보여진다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령의 규정을 종합하여 볼 때, 쟁점토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제85조 의 기준시가에 의한 양도차익 계산의 특례를 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려우므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.