조세심판원 심판청구

주식의 취득가액을 얼마로 할 것인지 여부(기각)

사건번호 국심 2007전0039 선고일 2007-07-11

[요지] 전체 대금 중 주식의 양수와 관련없는 특허권 양도금액을 제외한 것을 주식의 취득원가로 보아 양도소득세를 과세한 것은 정당함

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인의 남편 OOO(2005.1.25 사망)은 (O)OOOOO가 발행한 협회등록주식 71,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2000.1.20. 취득하여 2000.8.22.부터 같은 해 10.18.까지 협회중개시장을 통하여 42,472주(이하 “양도주식”이라 한다)를 양도하고 양도가액을 3,932,195,990원으로, 취득가액을 2,590,792,000원(1주당 61,000원)으로 하여 2001.5.31. 양도소득세 131,137,860원을 신고 납부하였다. 처분청은 OO지방국세청으로부터 쟁점주식의 1주당 취득가액이 16,260원이라는 과세자료 통보내용에 따라 양도주식의 취득가액을 690,594,720원으로 하여 2006.5.4. 청구인(OOO의 사망으로 국세기본법 제24조의 규정에 의거 청구인에게 납세의무 승계)에게 2000년귀속 양도소득세 308,731,980원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.2. 이의신청을 거쳐 2006.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 청구인은 남편 OOO이 OOOOOO(주)의 대주주인 OOO등으로부터 쟁점주식의 대금을 지급하고 주식을 양수한 사실이 없고, 특허권을 양도하고 그 대가로 주식 71,000주를 받은 것으로 1심 및 2심의 법원 판결은 사실관계를 오인한 위법한 판결이고 이에 근거하여 취득가액을 1주당 16,260원으로 하여 이건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청의견 OOO은 OOO이 대금을 지급하고 쟁점주식을 취득한 것이 아니라 OOO이 개발한 “음식물 쓰레기 및 생활오페수 정화물질 관련 특허권”을 양도하고 그 대가로 쟁점주식을 받은 것이라고 주장하나, 특허권의 양도대가는 1,154,460,000원이었고, 그 대가로 취득한 주식은 71,000주이므로 1주당 취득가액은 16,260원(1,154,460,000÷71,000주)으로 쟁점주식의 취득가액을 690,594,720원으로 하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점주식의 취득가액을 얼마로 할 것인지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 국세기본법 제24조【상속으로 인한 납세의무의 승계】① 상속이 개시된 때에 그 상속인(수유자를 포함한다. 이하 같다) 또는민법 제1053조에 규정하는 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를상속으로 인하여 얻은 재산을 한도로 하여 납부할 의무를 진다.

(3) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인한 소득

(4) 소득세법 제96조 【양도가액】② 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

(5) 소득세법제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

  • 나. 제94조 제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액 4.양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

(6) 소득세법시행령 제157조【토지등의 범위】④ 법 제94조 제3호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 증권거래법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호ㆍ 제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계자에 있는 자(이하 이 장에서 “기타 주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주주 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 남편인 OOO(2005.1.25 사망)은 본인 소유의음식물 쓰레기 및 생활오페수 정화물질 관련 특허권 일명 ‘OOO’를 OOO에게 양도하기로 특허권 등 기술 양도계약을 2000.1.20. 체결하고, OOO은 특허권의 양도대가로 OOO이 취득한 OOOOOO(주)(2000.5.31. 주식회사 OOOOO로 상호가 변경됨)의 주식 71,000주를 그 대가로 지급하기로 하였다.

(2) 그 후 OOO은 2000.3.30. OOO과 계약에 의하여 취득한 특허권을 OOOOOO(주)에게 양도하기로 계약상 지위의 양도계약을 OOOOOO(주)와 체결하고, OOOOOO(주)는, OOO이 OOO에게 지급하기로 한 금액 1,154,460,000원을 OOO에게 지급하기로 하고, OOOOOO(주)는 OOO에게 매년결산기후 3개월 이내에 신물질로 인한 순매출액의 1%를 현금으로 지급하기로 하였다.

(3) OOO은 2000.1.20. 쟁점주식을 OOO으로부터 취득하여 2000.8.22부터 2000.10.18.까지 협회중개시장을 통하여 42,472주를 양도하고 취득가액을 2,590,792,000원(1주당 61,000원)으로 하여 2001.5.31. 양도소득세 131,137,860원을 신고 납부하는 한편, OOO은 특허권의 양도대가로 발생한 소득 866,200,000원을 일시재산소득으로 보아 2001년 5월 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.(처분청은 이건 양도소득세를 경정하면서 특허권의 양도에 따른 종합소득세를 취소함)

(4) 한편, OOO의 관할 OO세무서장은 OOO이 2000.1.20. 쟁점주식을 1주당 16,260원에 취득하여 같은 날 OOO에게 1주당 61,000원에게 양도한 것으로 보아 2003.4.1. OOO에게 2000년 귀속 양도소득세 451,983,290원 및 증권거래세 20,962,040원을 결정고지하자 OOO은 이에 불복하여 2004.1.15. OOOO법원에 양도소득세 등 부과처분 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다.

(4) OOOO법원은 OOO에게 부과처분된 양도소득세 등은 “실질적으로는 OOO이 원고(OOO)를 통하여 원고로부터 일시적으로 차용한 자금(1,154,460,000원)으로 (O)OOOOO의 대주주들로부터 쟁점주식을 직접 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 그렇다면 원고(OOO)이 (O)OOOOO 주식 71,000주를 취득하였다가 OOO에게 그 주식을 양도하였음을 전제로 한 피고의 양도소득세 부과 처분은 위법하다.”고 국가패소 판결을 하였고(2004구단476, 2005.11.18), OOOOOO도 피고(OO세무서장)의 항소에 대해 기각 결정(2005누29145, 2006.9.15 선고)되었고, OOOO OOOOO OO(OOOOOOOOOO, 2007.2.12)되었다.

(5) OO지방국세청의 소송수행자는 위 법원판결 결과 OOO(OOOOOOOOOOOOOO)의 2000.1.20. 쟁점주식의 취득가액이 1주당 16,260원인 사실을 처분청에 과세자료로 통보하자, 처분청은 위 과세자료 통보에 따라, 취득가액을 1주당 16,260원으로 하여 이건 양도소득세 경정결정하였음이 심리자료에 나타난다.

(6) 이에 청구인은 망(亡) OOO은 특허권을 양도하고 그 대가로 현금을 받아야 하나 현금 대신 쟁점주식 71,000주를 받은 것이며, 주식대금을 지급할 이유가 없고, OOO은 2000.2.28. 주식을 취득하고, 2000.3.30. 특허권의 양수자를 OOOOOO(주)로 변경하였으며, OOO의 특허권은 OOO이 아닌 OOOO공업(주)가 양수한 것이므로 법원의 판결은 사리에 맞지 않고, 앞ㆍ뒤가 맞지 않는 판결로 이를 근거로 청구인에게 이건 과세함은 부당하다고 주장하고 있으나, 위 법원판결에서 양도소득세등 부과처분은 ‘실질적으로는 OOO이 OOO을 통하여 OOO으로부터 일시적으로 차용한 자금(1,154,460,000원)으로 (O)OOOOO의 대주주들로부터 쟁점주식을 직접 취득한 것으로 보아야 할 것이다.’고 판시하고 있어 특별한 사정변경이 없는한 청구인의 주장이 받아 들여질 여지가 없고, 청구인 또한 소송진행 중 제출한 증빙외 다른 증빙의 제출이 없다. 따라서 처분청이 쟁점주식의 취득가액을 1주당 16,260원으로 하여 이건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2

원본 출처 (국세법령정보시스템)