영세율 첨부서류 미제출 가산세의 정당성 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 건설교통부와 협약을 체결하여 민간투자방식으로 신분당선 전철을 건설․운영하는 법인으로 2006.12.27. 판교통합역사 수탁사업과 관련하여 한국철도시설공단에게 위 수탁사업에 대한 공급가액 781,102,727원 상당의 세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 발행하고 2007.1.25. 2006년 2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서에 기재된 78,110,270원을 매출세액으로 하여 신고․납부하였다가 2007.6.25. 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 규정에 의거 영세율 적용대상으 로 경정청구하여 영세율과세표준신고불성실가산세 7,811,020원을 차감한 70,299,240 원을 환급받았다. 청구법인은 2007.10.12. 영세율과세표준신고불성실가산세 7,811,020원을 환급하여 줄 것을 재경정청구하였으나 처분청은 2007.11.14. 청구법인에게 환급거부통지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 건설교통부에 영세율 적용에 대한 질의를 하여 국세청 소관사항이라는 답변을 받는 노력을 기울였으며, 정상신고 대비 납부세액을 과다하게 신고한 것은 조세포탈의 목적이나 부당과소 납부한 사실이 없는 것으로 이 건 가산세를 부담하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2007.1.25. 부가가치세 확정신고시 영세율 과세표준 신고를 누락하였을 뿐만 아니라 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였음이 확인되므로 부가가치세법 제22조 제7항 및 부가가치세법시행령 제65조 제4항 규정에 의거하여 부과된 이 건 가산세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 영세율거래에 대하여 영세율과세표준신고를 누락하고 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다 하여 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제19조 【확정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법시행령 제65조 【확정신고와 납부】

① 법 제19조제1항의 규정에 의한 부가가치세의 확정신고에 있어서는 기획재정부령이 정하는 다음 각호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 각호생략)

② 법 제11조제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세확정신고서에 제64조제3항의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. (단서생략)

④ 제1항에 규정에 의하여 확정신고를 하는 때에 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에 규정하는 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다.

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

• 가. 국가 및 지방자치단체
• 나. 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사
• 다. 부산교통공단법에 의한 부산교통공단
• 라. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단

○ 조세특례제한법시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑫ 법 제105조 제1호 내지 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호․제4호의 규정이 적용되는 경우에는 부가가치세법에 의하여 예정신고․ 확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 법 제105조 제1호 내지 제3호의 2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 건설교통부에 영세율 적용에 대한 질의를 하여 국세청 소관사항이라는 답변을 받는 노력을 기울였으며, 정상신고 대비 납부세액을 과다하게 신고한 것은 조세포탈의 목적이나 부당과소 납부한 사실이 없는 것으로 이 건 가산세를 부담하는 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가)이 건 부가가치세 납부 및 환급경위를 살펴보면, 청구법인이 2006.12.27.에 한국철도시설공단과 판교통합역사 위․수탁 협약을 체결하고, 부가가치세를 포함한 일반과세자로 하여 1차 자금(공급가액 781,102,727원, 부가가치세 78,110,273원 합계 859,213,000원)을 청구하여 2006.12.29.에 위 금액을 수령하였으며,2007.6.8. 한국철도시설공단으로부터 영세율 청구공문을 접수하여 2007.6.13.자에 2차 자금(공급가액 5,000,000,000원, 부가가치세 0원)은 영세율을 적용하여 자금을 청구하여 수령하였으며, 2007.6.25.자에 위 1차 자금 수령분에 대하여 영세율을 적용하여 경정청구를 하였고 2007.7.18. 영세율과세표준신고불성실가산세(7,811,020원)를 제외한 경정청구분을 환급받은 사실이 처분청 심리자료 등을 통해 확인된다. (나) 위 판교통합역사 위․수탁 협약서에는 성남~여주 복선전철 및 신분당선의 판교정거장이 변경되어 판교통합역사로 시행됨에 따라 효율적인 사업추진을 위해 한국철도시설공단과 신분당선주식회사가 위․수탁협약을 체결하고, 사업기간은 45개월로 하며, 사업비는 50%씩 부담하고, 한국철도시설공단이 위탁사업비 부담 및 기타 이 협약에서 의무로 정한 사항을 분담하며, 신분당선주식회사는 위 외에 계약, 기성 준공 등에 필요한 행정, 자금, 관리, 감독 등 본 사업에 필요한 모든 제반 업무수행을 하는 것으로 업무 분담한 내용이 나타나고 있다. (다)청구법인이 제시한 한국철도시설공단의 회신공문(2007.6.8.)사본에는 판교통합역사가 조세특례제한법 제105조 에서 정한 영세율 적용이 가능하므로 2차자금은 부가세를 제외하고 재요청하시기 바란다는 내용이 나타나고, 청구법인이 건설교통부에 질의한 공문(2007.6월) 사본에는 성남~여주간 복선전철이 도시철도법 제3조 에서 정의하는 도시철도에 해당하는지 여부 및 청구법인이 한국철도시설공단과 체결한 성남~여주간 복선전철의 판고통합역사 건설용역이 도시철도건설용역에 해당하는지 여부에 대한 질의한 내용이 나타나고 있으며, 이에 대한 건설교통부 회신공문(2007.7.3.)에서 성남~여주 복선전철사업이 조세특례제한법상 부가가치세 영세율의 적용대상 여부에 대한 판단은 국세청 소관사항으로 판단된다고 회신한 내용이 나타나고 있다. (라) 조세특례제한법 제105조 및 동법시행령 제106조 제12항에서는 도시철도건설용역을 공급한 경우 부가가치세 신고시 도시철도건설용역을 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있다. (2)살피건대, 조세특례제한법시행령 제106조 제12항 에서는 도시철도건설용역을 제공한 경우, 부가가치세 신고서에 영세율 첨부서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있고 조세특례제한법의 규정은 특별한 사정이 없는 한 엄격하게 적용하는 것이 원칙이라 할 것임에도 청구법인은 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 영세율과세표준신고를 누락하고 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였고, 청구법인이 제시하고 있는 한국철도시설공단의 회신공문 등이 청구법인에게 협력의무불이행에 대한 가산세 적용을 배제할 만한 사항은 아닌 것으로 판단되므로 처분청이 도시철도건설용역에 대하여 영세율 과세표준 신고를 누락하고 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다 하여 청구법인에게 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심 2007서008, 2007.9.10. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.