1997사업연도 법인세 부과처분을 취소한 쟁점대법원판결은 1999사업연도 법인세에 대한 관계에서 같은 법 제45조의2 제2항 제5호， 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보기도 어려우므로 본 이 건 경정청구거부처분은 정당하다고 판단됨.
1997사업연도 법인세 부과처분을 취소한 쟁점대법원판결은 1999사업연도 법인세에 대한 관계에서 같은 법 제45조의2 제2항 제5호， 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보기도 어려우므로 본 이 건 경정청구거부처분은 정당하다고 판단됨.
심판청구를 기각합니다.
(1) 쟁점대법원판결은 단순히 부채계정에서 자본계정으로 대체한 회계처리만으로는 수익사업으로의 전출로 볼 수 없어 익금산입사유에 해당하지 아니한다고 판시하여 다른 사업연도의 경우에도 위와 동일한 회계처리가 있다면 이는국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 규정에 의한 후발적 경정청구 사유로 보아야 하는바， 쟁점대법원판결은 종전회계처리와 동일한 내용의 이 사건 회계처리에 대 하여도 익금산입 사유가 아니라고 보아 그 사실관계 및 법적효과를 확정한 것이므로 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액과 관련한 후발적 경정청구사유에 해당한다.
(2) 대법원(대법원 2005두7006， 2006.1.26.)은 후발적 경정청구사유가 발생한 때에는 납세의무자는 국세부과의 제척기간이 경과한 후라도국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다고 판결하였고， 감사원(감심 제2003-170호， 2003.11.25.)도 제척기간이 경과한 뒤에 후발적 경정청구사유가 발생 한 때에는 경정청구가 가능하다고 결정하였으며， 경정청구기한을 국세부과의 제척기간 이내로 제한하여 해석하였던 국세기본법 기본통칙(45의2-0···1)도 2007.1.1. 삭제되었던바， 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
(1) 쟁점대법원판결은 1997사업연도 법인세 부과처분이 부당하다는 판결일 뿐， 1999사업연도 법인세 신고납부에 대해서는 어떠한 구속력도 가지지 아니하는바 쟁점대법원판결을 1999사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구사유로 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 1999사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 도과한 이후인 2007.7.23.에 경정청구를 하였던바，국세기본법제26조의2에 규정한 부과제척기간 도과로 어떠한 결정 ㆍ 경정처분이 불가하므로， 청구인의 경정청구를 받아들일 수 없다.
① 쟁점대법원판결이 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액과 관련한 후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부
② 국세부과 제척기간이 경과한 이후 후발적 경정청구사유가 발생한 경우 국세부과 제척기간에 관계없이 경정청구가 가능한지 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 구○○법(1999.9.7. 법률 제6018호로 전문개정되기 전의 것) 제153조 제6항， 청구법인 정관 제6조 및 1981.12.18.자 ○○장관의 지시에 근거하여 청구법인의 회원 중 경영약체 또는 재해피해를 입은 회원조합에 대한 무이자자금지원으로 회원조합의 안정적이고 균형 있는 발전을 도모하기 위하여 청구법인의 수익사업부문에서 고유목적사업부문으로 전출시켜 조합상호지원기금을 적립 ㆍ 운용하였다. (나) 청구법인은 수익사업과 비영리사업의 회계를 구분하여 경리하여 왔는데， 그 중 조합상호지원기금의 조성 및 운용의 회계처리는 수익사업회계에서 ‘고유목적사업전출’ 항목으로 계상하여 이를 비용 처리하고， 비영리사업회계인 지도사업특별회계에서는 이를 부채계정의 ‘조합상호지원기금’ 항목으로 계상하는 방법으로 회계처리를 해 왔으나， 1997사업연도 결산시에는 종전과 달리 지도사업특별회계의 부채계정의 하나로 기재하였던 조합상호지원기금을 동일 회계내의 자본계정의 이익잉여금 항목에 ‘조합상호지원적립금’이라는 항목을 신설하여 그 항목에 이를 계상하는 것으로 회계처리를 하였다. (다) 청구법인은 위와 같은 회계처리를 통해 국제결제은행(BIS) 자기자본비율(이하 "BIS비율"이라 한다)을 높이고자 하였으나， 1999년 2월경 감사원으로부터 BIS비율 산정시 조합상호지원기금은 이를 자기자본에서 제외하는 것이 타당하다는 내용의 지적을 받았고， 금융감독원도 감사원의 지적에 따라 회원조합의 지원 등을 위하여 중앙회 또는 회원조합이 적립한 기금으로서 출자금 또는 이익잉여금으로 전환된 자금은 BIS비율 산정에 있어서의 자기자본에서 제외하도록 하였으나， 청구법인은 감사원의 위와 같은 지적에도 불구하고 조합상호지원기금을 비영리사업회계인 지도사업특별회계의 자본계정 중 이익잉여금 항목의 하나로 회계처리를 해 오고 있으며， 다만， 위와 같은 회계처리에도 불구하고 BIS비율 산정에 있어서는 금융감독원의 산정기준에 따라 이를 자기자본에서 제외하여 왔고， 계정 대체 이후에도 이를 종전과 동일하게 다른 기금과 구분하여 별도로 관리하면서 경영약체 회원조합 지원 등 그 고유목적에 지출하여 오고 있다. (다) 처분청은 1999년도 중 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 1997사업연도 결산시 조합상호지원기금 1，712억 원을 지도사업특별회계의 부채계정에서 자본계정으로 대체함으로서 회원 조합에 대한 지분환급 및 배당이 가능한 출자자지분이 증대하게 되는 결과가 되었으므로， 이는 이미 수익사업의 손금으로 계상한 준비 금(기부금) 등을 환입하여 수익사업부문의 순자산을 증대시킨 것으로 익금에 가산한 후 잉여금 처분에 의하여 자본적립하여야 하는 것으로 보아， 1999.11.1. 청구법인에게 1997사업연도 법인세를 경정 ㆍ 고지하였다. (라) 이에 청구법인은 우리 원에 심판청구(국심 2001서1053， 2002.5.24.)를 하였으나 불복이 받아들여지지 아니하자 법원에 소를 제기하였고， 대법원(쟁점대법원판결)은 2007.6.28. 비영리법인으로서의 청구법인의 특수성， 고유목적사업준비금으로서 조합상호지원기금의 적립취지， 조합상호지원기금의 사용용도， 청구법인이 조합상호지원기금을 비영리사업회계인 지도사업특별회계의 부채계정에서 동일 회계내의 자본계정의 이익잉여금 항목으로 대체한 이유와 계정 대체 후 조합 상호지원기금이 당초의 조성목적대로 사용되고 있는 점， 조합상호지원기금은 5년이 경과되기 전에는 법정사유가 없는 한 임의환입이 불가능한 점 등 제반사정을 참작할 때 청구법인이 1997사업연도에 조합상호지원기금을 지도사업특별회계의 부채계정에서 자본계정으로 대체한 사정만으로는 조합상호지원기금을 수익사업회계로 환원한 것으로 볼 수 없어 익금산입사유에 해당하지 않는다고 하여 청구법인의 주장을 인용하는 판결을 하였다. (마) 청구법인은 1999사업연도 결산시에도 지도사업특별회계의 고유목적사업용으로 적립 ㆍ 운용하고 있는 조합상호지원기금 500억 원 (쟁점금액)을 부채계정에서 자본계정(조합상호지원적립금)으로 대체 처리하였으나， 1999년도 중의 처분청 세무조사 지적내용을 반영하여 이 사건 쟁점금액을 익금에 산입하고 과세표준 및 세액을 신고하였 다가， 2007.6.28. 쟁점대법원판결이 선고되자 쟁점대법원판결이 1999 사업연도 법인세 과세표준 및 세액과 관련한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보아，2007.9.18. 처분청에 1999사업연도 법인세 과세 표준 및 세액의 경정청구를 하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미한다 할 것인바(대법원 2006두10023， 2008.7.24. 같은 뜻임)，청구법인이 1997사업연도 법인세와 관련하여 신고한 사실관계를 바탕으로 익금산입여부만을 달리 본 처분청의 부과처분을 위법하다고 판단하여 취소한 쟁점대법원판결은 1999사업연도 법인세에 대한 국세기본법제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에 포함되지 아니한다고 봄이 상당하다. (나) 또한,국세기본법제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호의 각 규정 내용에 비추어 볼 때， 위와 같이 조합상호지원기금을 지도사업특별회계의 부채계정에서 자본계정으로 대체한 사정만으로는 조합상호지원기금을 수익사업회계로 환원한 것으로 볼 수 없어 처분청의 익금산입방법이 위법하다고 판단하여， 1997사업연도 법인세 부과처분을 취소한 쟁점대법원판결은 1999사업연도 법인세에 대한 관계에서 같은 법 제45조의2 제2항 제5호，같은 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보기도 어렵다. (다) 따라서， 1997사업연도 법인세의 익금산입여부와 관련된 쟁점대법원판결이 1999사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 본 이 건 경정청구거부처분은 정당하다고 판단된다.
(3) 쟁점①에서 후발적 경정청구 사유가 되지 아니한다고 보는 이상 쟁점②에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.