장기 임대주택의 경우 3주택 수를 계산함에 있어 포함하여야 하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2002.10.1. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 아파트 205-203(191.97㎡-58평형, 이하󰡒쟁점주택󰡓이라 한다)를 취득하여 소유하고, 배우자인 김○○이 2002.8.14. 및 2003.3.3.

○○ 시

○○ 구

○○ 동 720-25

○○ 아파트 1620호(59.145㎡-18평형)․

○○ 시

○○ 구

○○ 동 107-36

○○ 아파트 101-508(34.64㎡-10평형) ․101-903(37.57㎡-11평형, 이상의 3주택을 이하󰡒임대주택 3호󰡓라 한다)를 취득하며, 청구인과 김○○이 공동으로 2005.2.21.

○○ 시

○○ 구

○○ 동 1685-3

○○ 스타 B-801(이하󰡒다른주택󰡓이라 한다)를 취 득하고 2006.7.28. 쟁점주택을 양도하면서 2006.8.31. 당해 주택의 양도를 1세대 2주택의 양도로 보아 양도소득세 일반세율(36%)을 적 용하여 양도소득과세표준 예정신고하고 납부하였다. 처분청은 청구인 세대가 한 쟁점주택 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하면서 중과세 양도소득세 세율(100분의 60)을 적용하여 2007.4.11. 청구인에게 2006 년 귀속 양 도소득세 101,467,740원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.7.9. 이의신청을 거쳐 2007.12.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 조세특례제한법 제97조 제2항 에 따라 주택임대사업 을 영위하기 위하여 국민주택규모인 임대주택 3호를 매입하여 사업자등록 및 임대사업자등록을 하는 등의 감면요건을 갖추고 쟁점주택을 취득 한 상태에서 거주이전 목적으로 다른주택을 취득하고 1년 내에 쟁점주택을 양도하려 하였으나, 정부가 강화된 부동산정책을 시행한 결과 부동산 수요가 급격하게 감소함에 따라 일시적인 1세대 1주택 적용 유예기간(1년)을 경과하여 쟁점주택을 양도하고 임대주택 3호 를 주택의 수에서 제외하며 1세대 2주택자로 보아 예정신고하였다. 조세특례제한법 제97조 의 2 제2항과 제97조 제2항에 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용함에 있어 임대주택은 거주자의 소유주 택 으로 보지 아니한다고 규정하고 있음에도, 소득세법시행령 제167조 의 3 제1항에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 국내에 주택을 3 개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로 규정하여 임대주택인지 거주주택인지 여부를 불문하고 소유주택으로 보게 되는 것인 만큼 청구인 세대는 결국 1세대 5주택을 소유하는 경우에 해당된다. 조세특례제한법 제97조 및 제97조의 2는 양도소득세의 비과세 특례규정의 적용에 있어 임대주택을 소유주택에서 제외한다는 특별 법 규정인 반면, 소득세법 제104조 와 같은법시행령 제167조의 3은 양도소득세 감면과 관련한 일반법 규정인 만큼, 조세특례 제한법 규정과 충돌하는 소득세법령 규정은 적용이 배제되어야 한
• 다. 정부의 세제지원정책에 따라 임대주택 3호를 소유하는 청구인 세대와 같은 주택임대사업자는 정부에서 하여야 하는 주택임대사업 을 민간에서 분담한다는 입장에서 사업운영상 불가피하게 임대주택 3호를 소유하는 것이므로 투기목적으로 소유하는 경우와 구별하여야 함에도, 주택임대사업자가 소유한 임대주택을 소유주택에 포함하여 청구인 세대를 다주택자로 취급하여 거주목적으로 소유하던 주택을 양도한 것에 대하여 중과세 세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 관련법령상 입법목적을 달성하기 위하여 필요한 정도를 넘 어 과도하게 재산권을 침해한 것이며 헌법상 평등원칙에도 위배된다. 국민주택규모인 주택을 임대하는 사업자는 다수의 임대주택을 소유하지 아니할 수 없고 이 때 중과세를 회피하기 위하여 거 주 목적 주택을 소유하지 아니하거나 일반주택 1개만을 소유하여야만 하는 데, 청구인과 같이 부동산 경기의 불황으로 인하여 다른주택을 취득하 고 1년 이내에 쟁점주택을 양도하지 아니하여 불가피하게 2주택자가 된 경우에도 일률적으로 중과세하는 것은 헌법상 비 례원칙에 위반된다. 위와 같이 이 건 처분은 특별법의 우선적용원칙, 헌법상 평등원칙, 신뢰보호원칙 등을 위배될 뿐만 아니라, 주택투기수요의 억제라는 입법목적을 벗어나 과도하게 재산권을 침해하여 위법하다.
• 나. 처분청 의견 1세대 3주택 이상임에도 중과세의 세율을 적용받지 아니하기 위하여는 임대주택을 제외하고 일반주택 1개만을 소유하여야 하고, 조세특례제한법 제97조 및 제97조의 2는 1세대 1주택 요건을 판정함에 있어 장기임대주택을 소유주택으로 보지 아니한다는 규정이지 1 세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세 세율을 적용하 는 경우에도 소유주택으로 보지 아니한다는 규정은 아니다. 조세특례제한법 제97조 와 제97조의 2는 장기임대주택과 신축 임대주택에 대한 양도소득세 감면규정이고 소득세법 제104조 와 같 은법시행령 제167조의 3은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세 세율의 적용규정으로 각각 입법목적을 달리 하는 것이므로 조세특례제한법 규정과 소득세법 규정이 일반법과 특별법의 관계에 있다거나 또는 전자가 후자보다 우선적용관계에 있는 것은 아니다. 따라서 1세대가 소득세법시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 및 제3호에 해당하는 주택을 제외하고 일반주택 1개만을 소유하고 있 는 경우로 당해 일반주택을 양도하는 경우 제10호에 따라 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도임에도 중과세 세율 적용대상에서 배 제 하지만, 청구인 세대는 일반주택인 쟁점주택의 양도일 현재 임대주 택 3호를 제외하고 일반주택(쟁점주택과 다른주택) 2개를 소유하고 있는 만큼 당해 주택의 양도는 중과세 세율의 적용대상에 해당된
• 다. 그렇다면, 쟁점주택의 양도일 현재 1세대 3주택 이상을 소유 하고 있는 청구인 세대가 한 쟁점주택 양도에 대하여 중과세 세율 을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법․타당하다.

• 가. 쟁 점 1세대가 일반주택과 3호의 임대주택(모두 수도권 소재)을 취득 하고 주택임대사업을 영위하다가 다른 일반주택을 취득한 뒤 1년을 경과하여 먼저 취득한 일반주택을 양도하였다 하여 3호의 임대주택 을 양도자 세대가 소유하는 주택의 수에 포함하여 당해 일반주택 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 인정하고 중과세의 세율(100분의 60)을 적 용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하󰡒양도소득세󰡓라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토 지 로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정 한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서󰡒주택부수토지󰡓라 한다)의 양 도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금 액(이하󰡒양도소득산출세액󰡓이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해 당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호․제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 〈양도소득과세표준〉 〈세 율〉 1천만원 이하 1천만원 초과 4천만원 이하 4천만원 초과 8천만원 이하 8천만원 초과 100분의 9 90만원＋1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18 630만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 1천710만원＋8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같 다) 양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법시행령 제167조 의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서󰡒대통령령 이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택󰡓이라 함은 국내에 주택(제1호에 해당하는 주택을 제외한다)을 3개 이상 소유하고 있는 1세 대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택 을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서󰡒수도권󰡓이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조 제3항 ․제4항의 규정 에 의한 읍․면
• 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률․주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대 사업자등록(이하 이 조에서󰡒사업자등록 등󰡓이라 한다)을 한 거 주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 국민주택으로서 다음 각목의 1에 해당하는 주택(이하 이 조에서󰡒장기임대주택󰡓이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서󰡒기존사업자기준일󰡓이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자 등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본

• 다. 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)군에서 5호 이상의 국 민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로 서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존 사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한 한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양 도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 다. 임대주택법에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(생략)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(생략)하는 주
• 택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(생략)이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

3. 조세특례제한법 제97조 ․제97조의 2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주 택(이하 이 조에서󰡒감면대상장기임대주택󰡓이라 한다)

5. 조세특례제한법 제99조 및 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의 2에 해당하는 주택을 제외하 고 1개의 주 택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서󰡒일반주택󰡓이라 한다)

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등 록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포 함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경 우에는 당해 주택(이하󰡒임대주택󰡓이 라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100 분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택 과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주 택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축 된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1 월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택 은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특 례】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택 (이에 부수되는 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이 상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서󰡒신축임대주 택󰡓이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 를 면제한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주 택

• 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중 에 신축된 주택
• 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20 일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주 택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31 일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우 에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없 는 주택에 한한다)

• 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택
• 나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 배우자 김○○은 2002.7.26. 임대 주택법 제6조 에 따라 ○○구청장에게 주택임대사업자로 등록한 뒤 2003.12.12. 개업 일자를 2002.8.19.로 하며 쟁점주택을 사업장으로 하여 2003.12.12.

○○ 세무 서장에게 주택임대사업자등록한 사실이 임대사업자등록증, 면세사업자등록증 등에 나타나며, 김○○의 쟁점주택 임 대사업의 수입금액은〈표 1〉과 같고, 쟁점주택의 양도당시 청구인 세대가 소유하는 주택은 〈표 2〉와 같은 사실이 국세통합전산망과 등기부등본에 의하여 확인된다. 〈표 1〉 (단위: 원) 과세연도 2003년 2004년 2005년 수입금액 10,150,000 21,000,000 21,300,000 〈표 2〉 (단위: ㎡, 원) 소 재 지 면 적 취 득 일 자 비 고 일반주택1

○○도 ○○시 ○○구

○○동 1580 ○○아파트 205-203 191.97 원인: 2000.9.23. 접수: 2002.10.1. 매매계약 2006.5.10. 양 도 2006.7.28. 일반주택2

○○별시 ○○구

○○동 1685-3 ○○스타 B-801 149.17 원인: 2001.4.25. 접수: 2005.2.21. 청구인 1/2 김○○ 1/2 임대주택1

○○시 ○○구

○○동 720-25 ○○빌 1620 59.145 신축: 2002.7.26. 원인: 2002.5.13. 접수: 2002.8.14. 김○○ 소유 256,000,000 (기준시가) 임대주택2

○○시 ○○동 107-36

○○빌 101-508 34.64 신축: 2003.1.9. 원인: 2000.4.29. 접수: 2003.3.3. 김○○ 소유 91,000,000 (기준시가) 임대주택3

○○시 ○○동107-36

○○빌 101-903 37.57 신축: 2003.1.9. 원인: 2000.4.28. 접수: 2003.3.3. 김○○ 소유 91,000,000 (기준시가) (2) 소득세법시행령 제167조 의 3 제1항에서 주택의 수를 계산함에 있어 수도권 및 광역시 외의 지역에 소재하는 주택으로 당해 주택 및 부수토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 경우 산입하지 아니한다고 규정하고 있는데, 청구인 세대가 소유하는 임대주택 3호는 모두 수도권에 소재하고 있기 때문에 주택의 수에 포함되고 결과적으로 쟁점주택의 양도당시 청구인 세대는 1세대 5주택을 소유하고 있는 셈이다. (3) 소득세법 제104조 제1항 제2호 의 3에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 양도소득과세표준의 100분의 60의 중과 세 세율을 적용하여 계산한 금액을 양도소득세의 세 액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제167조의 3 제1항에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 국내에서 주택을 3개 이상 소유하는 1세대가 소유하는 주택으로 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택으로 규 정하고 있고, 제10호에 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의 2에 해당 하는 주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유하고 있는 경우의 당 해 주택을 규정하고 있는데, 위의 규정을 감안하면 1세대 3주택 이상을 소유하고 있는 청구인 세대가 일반주택인 쟁점주택의 양도당시 역시 일반주택인 다른주택을 소유하고 있어 당해 주택 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도이므로 중과세 세율의 적용대상이다.

(4) 청구인은 조세특례제한법 제97조 제2항 및 제97조의 2 제2항에서 임대주택(각각 장기임대주택과 신축임대주택)은 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있음에도, 소득세법시행령 제167조 의 3 제1항에서 임대주택도 소유주택으로 보면서 중과세 세율 적용배제주택의 요건으로 임대주택 외에 1개의 일반주택을 소유하고 있는 경우의 당해 일반주택으로만 규정하고 있는 것은 적용법규간의 충돌금지원칙, 특별법 우선적용원칙, 헌법상 평등원칙, 신뢰보호원칙, 입법목적과 수단간의 비례원칙 등에 위배된다고 주장하고 있다.

(5) 그렇지만, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 이상 법문 그대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유도 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감 면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 인정할 수 있는 것은 더욱 엄격하게 해 석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합되는데, 소득세법 제89조 제1항 제3호, 조세특례제한법 제97조 제2항 및 제97조의 2 제2항, 소득세법시행령 제167조 의 3 제1항의 입법목적, 내용, 규정방식, 체제 등을 고려하면, 조세특례제한법 제97조 제2항 과 제97조의 2 제2항은 임대사업자가 소유하는 거주주택이 1세대 1주택으로 비과세대상에 해당할 경우 임대주택으로 인하여 비과세 혜택을 받지 아니하는 것을 방지하고자 그와 같은 경우에만 임대주택을 소유주택으로 보지 아니한다는 것이 입법취지이고, 이는 소득세법 제89 조 제1항 제3호에서 규정한 1세대 1주택 여부를 판정하는 경우에 제한적으로 임대주택을 소유주택으로 보지 아니한다는 것으로 해석되며, 그 규정을 유추해석 또는 확장적용하여 3주택 이상을 소유하는 다주택의 소유자에 게 실지거래가액으로 양도가액을 산정하고 중과세의 세율을 적용하는 경우에 있어서까지 임대주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 해석하는 것은 조세법규의 엄격해석원칙상 허 용되 지 아니한다(대법원 2006두16182, 2007.5.10. 같은 취지).

(6) 그렇다면, 위와 같이 일반주택 2개과 임대주택 3호를 소유하여 1세대 5주택자인 청구인의 세대가 한 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세의 세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법․타당한 반면 이와 다른 청구인 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다(국심 2004중1934, 2004.9.16. 같은 취지).

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.