특수관계자로부터 부동산 고가매입에 따른 차액을 부당행위계산부인한 처분의 당부

○○○세무서장이 2007.8.9. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 40,723,840원, 2005사업연도 법인세 318,584,790원의 부과처분과 대표이사 상여 처분에 따른 2003년도분 2,600,000,000원 및 2005년도분 777,264,400원의 소득금액변동통지는, 2003사업연도 부당행위부인 대상금액을 1,888,000,000원으로 하여 법인세과세표준과 세액을 경정하고, 2003년도분 대표이사 ○○○에 대한 상여처분 금액을 1,888,000,000원으로 하여 소득금액변동통지를 하는 것으로 하고, 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 대표이사 ○○○ 소유의 ○○○ 대지 2,318.30㎡ 및 건물 7,580.32㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2003.6.30. 취득하기로 부동산매매계약을 체결하고 2005.4.11. 잔금을 포함하여 매매대금 6,477,264,400원을 지급하고 2005.4.12. 소유권이전등기를 하였다. ○○○국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점부동산의 시가를 ○○○이 2003.5.20. 취득한 쟁점부동산의 매매가액 3,100,000,000원으로 보아 청구법인이 특수관계자로부터 시가 보다 고가로 매입한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 시가를 초과하는 3,377,264,400원(2003년도분 2,600,000,000원, 2005년도분 777,264,400원)을 손금불산입하고 동 금액을 대표자 ○○○에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하도록 처분청에 과세자료를 통보하였다. 처분청의 위 통보내용에 따라 2007.8.9. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 40,723,840원, 2005사업연도 법인세 318,584,790원을 각각 경정고지하고, 2003년분 2,600,000,000원, 2005년분 777,264,400원을 대표이사 ○○○에게 상여로 소득 처분하여 소득금액변통통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산은 ○○○이 취득한 후 ○○○에 의해 리모델링을 통하여 가치가 상승되었으므로 리모델링으로 가격이 상승분을 고려할 경우 쟁점부동산의 매매가액은 부당하게 시가를 초과한 것이라고 볼 수 없고, 청구법인과 ○○○은 쟁점부동산의 매매가액을 실제 소유권이전 하는 시점에 2개의 감정기관에 의뢰하여 감정한 평균가액을 매매금액으로 확정하기로 한 약정서(2003.6.30)에 따라 리모델링을 한 후 2005.1.28. ○○○이 6,427,771,400원으로, ○○○이 6,526,757,400원으로 감정 평가한 가액의 평균가액인 6,477,264,400원을 매매가액으로 한 것이므로 동 매매가액은 시가로서 정당한 가액이므로 부당행위계산부인 대상에 해당되지 아니하며, 또한 ○○○지점장이 쟁점부동산의 전소유자인 ○○○의 채무 담보 목적으로 ○○○에게 감정 의뢰하여 2003.1.2. 감정한 가액이 4,919,782,800원인 점에 비추어 보아도 청구인이 취득하여 리모델링한 비용과 지가 상승분을 감안할 때 쟁점부동산의 매매가액은 시가로서 정당한 가액에 해당되므로 이 건 과세처분은 부당하다.

(2) ○○○이 취득한 쟁점부동산의 취득가액을 시가로 본다고 하더라도 적어도 ○○○이 취득 이후 리모델링을 위하여 지출한 리모델링 비용 712,000,000원과 ○○○이 취득시 납부한 취득세 및 등록세 216,710,980원은 시가로 본 가액에서 차감하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) ○○○이 2005.1.28. 기준으로 쟁점부동산에 대하여 감정한 가액의 평균액이 적정한 매매가액이라는 주장은 당해 거래의 거래기준일인 계약일(2003.6.30)을 기준으로 평가한 것이 아닌 소급감정이므로 소금감정가액을 시가로 볼 수 없으며, 계약일 전 3개월 이내인 2003.5.20. 쟁점부동산에 대한 거래가액 3,100,000,000원이 있으므로 동 금액을 시가로 본 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 ○○○이 지출한 리모델링 비용 712,000,000원과 취득세 및 등록세 등 216,710,980원을 포함하여 시가에 포함하여야 한다고 주장하나, 리모델링비용은 청구법인은 리모델링에 대한 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, ○○○이 지출한 쟁점부동산의 리모델링 비용 중 상당부분을 차지하는 ○○○와의 거래분은 550백만원으로 ○○○는 청구법인의 공사를 하도급하는 업체로 청구법인에 대한 조사과정에서도 공사대금 1,300백만원을 부풀려 계약하게 하여 청구법인으로부터 1,300백만원의 가공원가를 계상토록 한 사실이 확인되어 거래의 진실성 여부도 불투명한 상태인 점 등으로 볼 때 계약 체결일 이후에 지출한 리모델링 비용 등을 포함하여 시가로 보아야 한다는 청구법인 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 대표이사로부터 쟁점부동산을 시가보다 고가 매입한 것으로 보아 시가 초과액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고 대표이사에게 상여 처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조 의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족(이하 생략)

○ 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우(이하 생략)

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

○ 법인세법 제87조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제84조 및 제85조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우에는 당해 법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제84조 및 제85조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 그 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 결정 또는 경정의 경우에는 제66조 제3항의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 보면, (가) 쟁점부동산의 등기부등본을 보면, 2003.5.20. 청구법인의 대표이사인 ○○○ 앞으로 소유권이전등기된 후 2005.4.12. 청구법인 앞으로 소유권이전등기 되었으며, ○○○은 2003.5.20. 쟁점부동산을 매매대금 3,100,000,000원에 전 소유자인 ○○○과 ○○○으로부터 취득한 것으로 부동산매매계약서에 나타난다. (나) ○○○은 쟁점부동산을 취득한 후 ○○○)이라는 상호로 부동산 임대업으로 사업자등록을 하여 2003.10.24. 개업하여 2005.4.20. 폐업 시까지 임대소득에 대하여 부가가치세를 신고(2003년 2기 과세표준 0원, 환급세액 5,542천원, 2004년 1기 과세표준 989천원, 환급세액 57,023천원, 2004년 2기 과세표준 105,0007천원, 환급세액 2,994천원, 2005년 1기 과세표준 49,539천원, 납부세액 2,592천원)하였음이 동대구세무서장이 발급한 폐업사실증명서 및 부가가치세과세표준증명에 나타난다. (다) 쟁점부동산의 일반건축물관리대장을 보면, 2004.6.18. ○○○한 것으로 2004.6.22. 등재되어 있는 바, ○○○이 쟁점부동산을 취득하여 대수선을 한 것으로 보이고, 대수선 전ㆍ후의 건물의 이용현황은 아래와 같이 층별ㆍ용도별ㆍ면적이 구체적으로 구분되어 있다. 구 분 대수선 이전 (2004.6.18 이전) 대수선한 후 (2004.6.18 이후) 용도 면적(㎡) 용도 면적(㎡) 지하 주차장,판매시설 1913.27 주차장,판매시설 1,913.27 1층 판매시설 1,465.51 판매시설 1,465.51 2층 판매시설 1,448.67 찜질방 417,47 한의원 171.52 헬스장 464.14 체육도장 395.54 3층 판매시설 1,440.91 의원 1,119.15 치과의원 196.99 휴게음식점 124.77 4층 판매시설 및 운동시설 1,311.96 수리점 309.2 사무소 444.8 학원 380.2 비디오감상실 177.76 (라) 청구법인은 ○○○이 쟁점부동산을 취득한 후 리모델링을 하였다고 주장하면서 제시한 증빙자료를 보면, ‘본동 판매시설 리노베이션 설계 및 용도변경’을 2003.10.월 ○○○ 도시건축에 계약금액 44,000,000원에 설계용역을 준 것으로 설계계약서 및 세금계산서 2매(2003.10.27. 공급대가 12,000,000원, 2003.12.30. 공급대가 32,000,000원)를 제시하고 있고, ○○○ 리노베이션(구조변경) 공사’를 2004.6.1. ○○○에게 공사금액 550,000,000원(당초 374,000,000원)에 도급을 준 것으로 공사도급(변경)계약서 및 세금계산서 3매(2004.3.16. 공급대가 70,000,000원, 2004.4.27. 공급대가 30,000,000원, 2004.6.21. 공급대가 450,000,000원)를 제시하고 있으며, ○○○ 건물 리모델링 전기공사’를 2004.5.24. ○○○에게 공사금액 118,000,000원(당초 75,000,000원), 공사기간 2004.3.20~2004.6.30에 도급을 준 것으로 건설공사하도급(변경)계약서 및 세금계산서 2매(2004.6.14. 공급대가 46,200,000원, 2004.7.24. 공급대가 71,800,000원)를 제시하고 있다. 또한, 공사 전ㆍ후 현장사진에도 공사전 건물의 외관은 흰색 타일 소재로 되어있으며, 외관공사를 위하여 비계 공사를 하고 휀스를 둘러 친 상태인 반면, 공사 후 건물의 외관은 푸른색 유리창으로 리모델링 된 상태이며, 공사 전 내부는 천정에 배관이 드러난 어수선한 상태이나 공사 후 내부는 마무리된 상태이며, 쟁점부동산의 건축물관리대장상 2004.6.월 대수선을 한 것으로 나타나고, ○○○이 이 건 리모델링 공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서에 대하여 거래 사실을 부인하여 추징한 바 없이 환급한 점 등으로 보아 ○○○이 쟁점부동산의 리모델링 비용으로 712,000,000원을 지출하였다는 청구법인 주장은 일응 타당한 것으로 보인다. (마) 한편, 청구법인은 ○○○이 쟁점부동산 취득시 납부한 취득세 및 등록세 등 216,710,980원의 영수증을 제시하면서 쟁점부동산의 시가에 포함되어야 한다고 주장하고 있으나 동 취득세 등은 쟁점부동산의 자본적 지출에 해당될 뿐 이 건의 시가에 포함할 것은 아닌 것으로 보인다. (바) 한편, 청구법인이 대표이사 ○○○로부터 쟁점부동산 취득당시의 부동산매매계약서 내용을 보면, 2003.6.30. 부동산매매계약을 체결하면서 매매대금은 6,477,264,400원으로 하고, 계약금 700,000,000원은 계약 시에 지급하고, 중도금 2,700,000,000원은 2003.8.20에2,300,000,000원은 2003.9.30.에 각각 지급하며, 잔금 777,264,400원은 2005.4.11.에 지급하기로 되어 있으며, 특약사항에 ‘매매금액은 2개 기관 감정평가를 실시하여 평균산정금액으로 하며’, 특약에 따라 작성된 별도의 약정서에는 ‘상기 부동산을 약정함에 있어 매도인과 매수인은 향후 매매금액은 2개 감정평가기관이 감정평가를 실시하여 평균산정 금액을 기준으로 한다.’고 되어 있고 동 약정에 따라 ○○○이 2005.1.28.을 가격시점으로 하여 아래와 같이 감정한 가액의 평균액 6,477,264,400원을 매매대금으로 한 것으로 보인다.○○○

(2) 처분청의 과세처분 내용을 보면, 청구법인이 2005.4.11. 쟁점부동산을 6,477,264,400원에 청구법인의 대표이사인 ○○○로부터 취득하였으나, ○○○이 2003.5.20. 쟁점부동산을 3,100,000,000원에 매입한 뒤 2003.6.30. 청구법인에게 매매하기로 매매계약을 체결하고 대금을 지급한 사실이 확인되어, 쟁점부동산의 시가를 ○○○이 쟁점부동산을 2003.5.20. 취득한 가액을 시가로 보아 시가를 초과하여 지급한 금액에 대하여 손금산입 및 익금 산입하여 ○○○에게 상여로 처분한 것으로 심리자료에 나타난다.

(3) 살피건대, 법인세법 소정의 부당행위계산 부인에 있어 법인과 특수관계에 있는 자 사이의 거래행위가 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것인지 여부를 판단함에 있어서는 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것인지 여부에 따라 판단하는 것인 바(○○○, 2007.7.27. 같은 뜻), 이 건의 경우 청구법인이 2005.4.11. 쟁점부동산을 6,477,264,400원에 청구법인의 대표이사인 ○○○로부터 취득하였으나, ○○○이 2003.5.20. 쟁점부동산을 3,100,000,000원에 매입한 뒤 2003.6.30. 청구법인에게 매매하기로 매매계약을 체결하고 대금을 지급한 사실로 보아 처분청이 시가를 초과하여 지급한 금액을 손금불산입하고 ○○○에게 상여로 처분한 것은 정당하다고 판단된다. 다만, ○○○이 쟁점부동산을 취득하여 대수선을 위하여 지출한 712,000,000원은 처분청이 시가로 본 금액에 포함하는 것이 합리적이므로 712,200,000원을 2003사업연도 부당행위계산 부인대상에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.