토지의 용도지구 변경을 위한 지출 컨설팅비용의 매입세액공제 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 도심재개발사업을 영위하는 법인으로서 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지에 소재하는 주식회사 〇〇청과(이하 “〇〇청과”라 한다)의 부지위에 주상복합건물을 신축・판매하기 위하여 〇〇청과의 주식을 인수하기로 하고 2006.08.07. 컨설팅회사인 주식회사 〇〇〇〇〇(이하 “ 〇〇〇〇〇”라 한다)와 기업인수 자문컨설팅 계약을 체결하여 〇〇청과의 주식 98.5% 지분을 인수한 후 2007.01.05. 〇〇〇〇〇에게 용역수수료 25억원(이하 “쟁점1금액”이라 한다)을 지급하고 매입세금계산서를 교부받았으며, 2007.01.09. 주식회사 〇〇산업개발 (이하 “〇〇산업개발”이라 한다)과 체결한 ‘도시환경정비사업 업무대행 용역계약’과 관련한 용역비 15억원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)을 지급하고 매입세금계산서를 교부받았고, 2007.02.05. 주식회사 〇〇엔지니어링(이하 “〇〇엔지니어링”이라 한다)과 체결한 ‘용역도급계약’과 관련한 용역비 15억원(이하 “쟁점3금액”이라 하며, 쟁점1,2,3금액을 합한 55억원을 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하고 매입세금계산서를 교부받아 동 매입세액을 공제하고 2007.04.25. 2007년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.(환급신청세액 665,067,490원) 처분청은 청구법인이 신청한 부가가치세 환급세액을 조사하면서 쟁점금액이 매입세액공제 대상인지 여부에 대하여 2007.07.09. 국세청장으로부터 과세자문결과를 통보받아 쟁점1금액은 사업과 직접 관련이 없고 쟁점2, 3금액은 토지와 관련되었다 하여 쟁점금액(55억원)의 매입세액 5억5천만원을 불공제함으로써 2007.09.03. 청구법인에게 118,569,770원의 환급만을 통지하여 2007년 제1기 부가가치세 546,497,720원의 환급을 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.11.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 주상복합건물 신축 및 판매사업을 하기 위하여는 토지 등 소유자의 5분의 4 이상의 동의를 얻어야 하고 이를 충족하기 위하여는 토지소유자 중 최대지주인 〇〇청과의 주식 매수가 불가피 하였으므로 청구법인이 〇〇청과의 주식매수를 위하여 지급한 쟁점1금액은 사업과 직접 관련이 있는 지출로 보아 관련 매입세액을 공제하여야 한다.

(2) 청구법인은 도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다) 제16조 제1항에서 정하고 있는 ‘토지 등 소유자의 5분의 4 이상의 동의’를 얻고 시공사(〇〇산업주식회사)를 선정한 상태에서 〇〇산업개발 및 〇〇엔지니어링과 컨설팅 용역계약을 체결하여 쟁점2, 3금액을 지급하였고, 위 계약서상 대행용역의 법위가 ‘균형발전촉진지구’ 사업시행인가, 설계자 및 시공자선정, 신축건축물의 주용도・건폐율・높이・연면적 계획수립 등‘으로 되어 있는 바, 이는 도정법상 필요한 일체의 용역과 건물 신축분양에 필요한 기술부분용역 및 행정대행용역으로서 건물 신축비용과 관련한 컨설팅용역에 해당하여 동 용역에 지급한 쟁점2, 3금액은 매입세액 공제대상이므로 이를 처분청에서 토지의 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 지급한 쟁점1금액은 주식을 취득하기 위하여 지출한 부수용역으로서 주식의 취득원가에 포함되어야 하고, 청구법인이 취득한 〇〇청과 주식은 청구법인이 시행한 주상복합건물의 신축 및 판매에 직접 사용되는 재화나 용역이 아니므로 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 및 법인세법 시행령 제49조 제1항 제2호 (법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 자산)에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다.

(2) 청구법인이 제공받은 쟁점2, 3금액의 용역은 청구법인의 주상복합 사업지역을 상업지구에서 〇〇〇균형발전촉진지구로 변경하기위한 용역을 제공받은 것으로서(상업지역은 10층까지 지을 수 있으나 균형발전촉진지구는 34층까지 지을 수 있음), 토지의 이용효율을 높이기 위한 용역이지 건물신축을 위한 용역이 아니므로 쟁점2, 3금액을 토지관련 금액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 주상복합건물의 신축・판매와 관련하여 사업계획지역내 토지소유주인 타법인의 주식 취득을 위하여 지급한 용역비가 사업과 직접관련이 없는 지출이라 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(2) 용도지구변경 등과 관련한 용역비 지급에 대하여 토지관련 지출이라 하여 동 매입세액을 불공제한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것 〇 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 〇 부가가치세법 시행령 제33조 【금융・보험용역의 범위】

① 법 제12조제1항제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

1. 은행법에 의한 은행업

2. 증권거래법에 의한 증권업(한국선물증권거래소 및 증권예탁결제원의 업무를 포함한다)

② 제1항 각호의 사업 이외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 동항의 금융·보험용역과 동일 또는 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제12조 제1항 제10호의 금융·보험용역에 포함되는 것으로 본다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

1. 복권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납·지급대행용역 및 국가·지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다.

2. 기업합병 또는 기업매수의 중개·주선·대리, 신용정보서비스 및 은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역 〇 제60조【매입세액의 범위】

③ 법 제17조제2항제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 〇 소득세법 시행령 제78조 【업무와 관련없는 지출】 법 제33조 제1항 제13호에서 "직접 그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지·건물등의 유지비·수선비·사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자

4. 사업자가 사업과 관련 없이 지출한 접대비

5. 제1호 내지 제4호의2에 준하는 지출금으로서 재정경제부령이 정하는 것 〇 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. (단서 생략)
• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. (단서 생략)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

• 가. 서화 및 골동품. (단서 생략)
• 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차·선박 및 항공기.(단서 생략)
• 다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)에 대하여 본단 (가) 청구법인은 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지에 소재하는 〇〇청과 부지위에 주상복합건물을 신축・판매하기 위하여 도정법(2007.05.17. 법률 제8466호에 의하여 개정된 것) 제16조 제1항의 규정에 따라 토지 등 소유자의 5분의 4 이상의 동의가 필요하였고 이를 충족하기 위하여 토지소유자 중 최대지주인 〇〇청과의 주식을 인수하는것이 불가피하였다고 주장하는 바, 위 규정에 의하면 “주택개발사업 및 도시환경정비사업의 추진위원회가 조합을 설립하고자 하는 때에는 토지 등 소유자의 5분의 4 이상의 동의를 얻어 정관 및 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장・군수의 인가를 받아야 한다”고 되어 있다. (나) 청구법인은 도정법 제16조 제1항의 규정에 의하여 도시환경정비사업의 추진위원회가 조합설립을 하기 위한 요건으로 사업부지내 토지・건물 소유자 5분의 4 이상 (인원수 기준)의 동의가 필요하여 동 사업부지내 최대지주(사업예정부지의 75.6%를 차지)인 〇〇청과를 비롯하여 26인의 토지・건물 소유주 중 21인으로부터 사업동의를 얻어 인원수 기준에 의한 요건을 충족한 것으로 확인된다. (다) 청구법인이 〇〇청과 주식을 취득하기 위하여 〇〇〇〇〇와 2006.08.07. 기업인수자문 컨설팅계약을 체결하였는 바,동 계약에 따른 〇〇〇〇〇의 업무범위를 보면, 기업인수 대상기업의 정보수집・분석・평가 및 선정을 위한 자문, 대상기업체 주주와의 교섭 및 투자의향서 작성을 위한 자문, 청구법인과 인수기업 주주와의 90% 이상 주식양수도 계약체결 자문, 기타 기업인수의 성공적 종료를 위하여 필요하다고 인정되는 각종 자문업무 등으로 되어 있으며, 위 기업인수 자문에 따른 수수료는 〇〇청과 주권발행액의 90% 이상 인수시 쟁점1금액(25억원)을 지급하는 것으로 하였다. (라) 한편, 처분청은 청구법인에 대한 환급조사보고서(2007.07.27)를 근거로 이 건 처분을 하였는 바, 위 보고서를 보면 처분청이 쟁점(1)과 관련하여 국세청장에게 과세자문 신청을 하였고, 국세청장은 이에 대하여 “주식인수와 관련한 컨설팅 비용(25억원)인 〇〇〇〇〇와의 거래분은 정상거래로 판단되나 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 의 규정에 의거 사업과 직접 관련없는 매입으로 매출세액에서 공제하지 않는다”는 취지의 회신을 함에 따라 처분청은 동 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다. (라) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인은 관련법령에 의하여 사업추진을 위한 조합설립의 요건으로 사업부지내 토지 등 소유자의 5분의 4 이상 동의가 필요하였고, 이에 사업부지내 26인의 토지・건물 소유주 중 최대지주인 〇〇청과를 비롯한 21인의 동의를 얻어 그 요건을 충족한 바 있으나, 위와 같은 동의를 얻지못한 토지・건물에 대하여는 도정법 제38조에 의하여 사업시행자가 도시환경정비구역 안에서 정비사업에 필요한 경우 토지・건물의 수용이 가능하다 할 것이고, 토지 등 소유자의 수 계산시 법인의 경우에도 개인과 동일하게 1인으로 계산되므로 청구법인의 사업추진에 있어 〇〇청과의 동의가 위 조합설립을 위한 요건으로서 불가피하였다고 보기는 어려운 측면이 있고, 이러한 면에서 청구법인이 〇〇청과의 동의를 얻기 위하여 부득이 그 주식을 취득하였다는 청구주장은 설득력이 떨어지는 것으로 보인다. 다만 〇〇청과가 사업부지내 최대지주로서 그 동의가 없다면 사실상 청구법인의 사업추진에 어려움이 없지는 아니할 것으로 보이나, 그러한 사정이 있다고 하여 반드시 〇〇청과의 주식의 취득이 불가피한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되는 바, 청구법인이 〇〇청과의 주식을 취득하기 위한 용역비로 쟁점1금액을 지출한 것은 위에서 살펴본 바와 같이 그 사업추진에 있어서 불가피한 것으로 인정하기 어려워 보여 동 금액의 지출을 청구법인의 사업과 직접적으로 관련성이 있는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로, 쟁점1금액의 지출을 청구법인이 영위하는 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁정(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인이 쟁점2, 3금액과 관련하여 〇〇산업개발 및 〇〇엔지니어링과 체결한 용역계약서를 보면 위 용역대행업체의 업무범위가 균형발전촉진지구로의 편입, 기본계획수립 및 구역지정으로 되어 있고, 그 특약사항을 보면 “구역결정시 주상비율 9:1 및 용적율 800%(〇〇산업개발) 또는 900%(〇〇엔지니어링)이상 인가에 최대한 노력할 것”으로 되어 있다. (나) 한편, 처분청은 국세청장의 과세자문회신(2007.07.09) 내용을 참고하여 이 건 처분을 하였는 바, 국세청장의 위 회신내용을 보면 주상복합건물 신축부지를 취득하기 전에 토지의 용도지구 변경 등을 위하여 지급한 용역비와 관련된 매입세액의 공제여부에 대하여 구 재정경제부의 질의회신 사례(재소비-141, 2005.09.05)를 참고하도록 하였고, 위 사례에서는 사업자가 토지 취득전에 사업성 검토를 위한 토지적성평가용역, 생태계식생조사용역, 환경영향평가용역 등의 사전평가용역을 제공받은 경우 토지의 취득여부에 관계없이 동 사전평가용역비를 지급하면서 부담한 부가가치세는 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 의 규정에 의한 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 판단하고 있다. (다) 살피건대, 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액은 부가가치세법 제60조 (매입세액의 범위) 제6항의 규정에 의하여 토지의 취득 및 토지조성 등을 위한 자본적 지출 이외에도 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 관련된 매입세액도 해당하는 바, 청구법인이 쟁점2, 3금액을 지급하고 제공받은 용역은 당해 사업지구를 상업지구에서 균형발전촉진지구로 변경하는 것이 주된 내용인 것으로 보여지고, 이는 토지의 이용효율을 높임으로써 현실적으로 토지의 가치를 증가시키기 위한 용역에 해당한다고 보여지므로 이 건 징점2, 3금액 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항 제4호의 규정을 적용하여 동 매입세액을 불공제하여 과세한 당초의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.