종교재단법인 산하 개별교회가 종합부동산세의 납세의무가 있다는 주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2006.12.15. 처분청에 2006년 귀속 종합부동산세 납세기준일 현재 청구법인 명의로 되어 있는 부동산에 대하여 2006년 귀속 종합부동산세를 신고하였다가, 주택분 과세대상으로 신고한 516건 중 453건, 토지분 종합합산 과세대상으로 신고한 253건 중 218건, 토지분 별도합산 과세대상으로 신고한 86건 중 80건 부동산(그 내역은 별지 목록과 같으며, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 사실상 소유자는 청구법인 산하 개별교회이어서 청구법인은 이에 대하여 종합부동산세 납세의무가 없다며 2007.8.31. 처분청에 2006년 귀속 종합부동산세 983,029,944원의 과세표준과 세액(972,418,385원 감액)의 경정청구를 하였다. 처분청은 2006년 귀속 종합부동산세 납세기준일 현재 쟁점부동산에 대한 소유권내역에 변동이 없어 그에 대한 종합부동산세 납세의무자는 청구법인이라며 2007.11.14. 경정청구를 거부하였다.

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세 납세의무자는 재산세 납세의무자 중 소정의 요건을 충족할 것을 요하는데 ‘재산을 사실상 소유하는 자’가 재산세 납부할 의무가 있고, ‘재산을 사실상 소유하는 자’라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 부동산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말하므로, 명의신탁부동산의 경우 명의신탁자를 종합부동산세 납세의무자로 보아야 한다. 청구법인은 ○○○의 정통성 유지 및 교회재산의 사유화 방지, 재산문제로 인한 교회분열방지 등을 목적으로 기독교대한감리회 소속 개별교회들로 하여금 재산을 편입·등기하도록 하고 개별교회들로부터 명의를 이전받은 각 부동산을 청구법인 고유의 부동산과 분리하여 목록을 작성하고 관리하여 왔다. 즉, 쟁점부동산도 개별교회가 교인들의 헌금 등으로 마련한 자금을 출연하여 취득하거나 교인들이 개별교회를 위하여 사용하도록 증여한 것으로, 개별교회는 쟁점부동산을 개별교회의 예배당, 교육관, 목사관 및 그 부속토지, 기도원, 수련원 등으로 상시 사용⋅수익하고 있으며 그에 대한 각종 세금도 부담해 왔고, 이를 담보로 하여 대출을 받기도 하거나, 제3자에게 양도하여 그 대금을 사용하는 등 그 사실상 소유자는 개별교회이므로 그에 대한 종합부동산세 납세의무자는 청구법인이 아닌 개별교회이다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제7조, 제12조 및 제21조에 비추어 종합부동산세 납세의무자는 처분청이 판단하는 것이 아니고 행정자치부장관이 종합부동산세 납세의무자 여부를 조사하여 통보하면 그에 따라야 하는 것이지 처분청의 판단이 개입될 여지가 없는 것이며 다만, 처분청은 과세물건 소재지 관할시장⋅군수에게 의견조회를 하여 처리할 수 있다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 관할 시장⋅군수에게 소유자변동여부, 재산세납세의무자 변동여부, 재산세납세의무자 변경여부 등에 대하여 의견조회한 결과 2006년 과세기준일 현재 쟁점부동산의 소유자가 변경되었거나 재산세납세의무자를 변경하여 달라는 불복청구가 접수된 사실이 없다는 회신을 받고 이 건 과세를 한 것이며, 부동산이 명의신탁된 것인지 여부는 당초 이에 대하여 재산세가 과세되었을 당시 청구법인이 불복기관에 이의를 제기하고 불복절차를 거쳐 판단을 받았어야 하고 그렇지 않았다면 종합부동산세 과세시 재산세 납세의무자 해당여부에 대하여 다툴 수 없는 것이어서 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인 명의 쟁점부동산의 사실상소유자인 그 소속 개별교회가 쟁점부동산에 대한 종합부동산세 납세의무자라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “주택분 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. (후문 생략)

○ 종합부동산세법 제12조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 당해 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 당해 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액이 3억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “토지분 종합합산 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자. (단서 생략)

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 당해 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액이 40억원(이하 “토지분 별도합산 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자

○ 종합부동산세법 제21조 【과세자료의 제공】

① 시장ㆍ군수는 지방세법의 규정에 의한 당해연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 행정자치부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수는 지방세법 제191조 제2항 의 규정에 의한 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 분기별로 당해 분기의 종료일부터 10일 이내에 행정자치부장관에게 제출하여야 한다.

② 행정자치부장관은 제7조에 규정된 주택에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 8월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

③ 행정자치부장관은 제12조에 규정된 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 10월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

○ 종합부동산세법 제22조 【시장ㆍ군수의 협조의무】

① 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 종합부동산세의 과세와 관련하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세물건 소재지 관할 시장ㆍ군수에게 의견조회를 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 의견조회를 받은 시장ㆍ군수는 의견조회 요청을 받은 날부터 20일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신하여야 한다.

○ 지방세법 제183조 【납세의무자】

① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. (단서생략)

② 제1항의 규정에 불구하고 재산세 과세기준일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다.

1. 공부상의 소유자가 매매 등의 사유로 소유권에 변동이 있었음에도 이를 신고하지 아니하여 사실상의 소유자를 알 수 없는 때에는 공부상의 소유자

2. 상속이 개시된 재산으로서 상속등기가 이행되지 아니하고 사실상의 소유자를 신고하지 아니한 때에는 행정안전부령이 정하는 주된 상속자

3. 공부상에 개인등의 명의로 등재되어 있는 사실상의 종중재산으로서 종중소유임을 신고하지 아니한 때에는 공부상의 소유자

4. 국가⋅지방자치단체⋅지방자치단체조합과 재산세 과세대상 재산을 연부로 매매계약을 체결하고 그 재산의 사용권을 무상으로 부여받은 경우에는 그 매수계약자

5. 신탁법에 의하여 수탁자명의로 등기⋅등록된 신탁재산의 경우에는 위탁자. 이 경우 수탁자는 제37조의 규정에 의한 납세관리인으로 본다.

6. 도시개발법에 의하여 시행하는 환지방식에 의한 도시개발사업 및 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행에 따른 환지계획에서 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 체비지 또는 보류지로 정한 경우에는 사업시행자

③ 재산세 과세기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 재산세를 납부할 의무가 있다.

○ 조세특례제한법 제104조 의 13(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 신설된 것)【향교 및 종교단체에 대한 종합부동산세 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 개별 향교 또는 개별 종교단체(이하 이 조에서 “개별단체”라 한다)가 소유한 주택 또는 토지 중 개별단체가 속하는 향교재산법에 따른 향교재단 또는 대통령령으로 정하는 종교단체(이하 이 조에서 “향교재단 등”이라 한다)의 명의로 2005년 1월 4일 이전에 조세포탈을 목적으로 하지 아니하고 등기한 주택 또는 토지(이하 이 조에서 “대상주택 또는 대상토지” 라 한다)가 있는 경우, 대상주택 또는 대상토지를 실제 소유한 개별단체를 종합부동산세법 제7조 제1항 및 제12조 제1항에도 불구하고 과세기준일 현재 각각 주택분 재산세 납세의무자 및 토지분 재산세 납세의무자로 보아 개별단체가 종합부동산세를 신고할 수 있다. 이 경우 대상주택 또는 대상토지는 종합부동산세의 과세에 한하여 개별단체의 소유로 본다.

② 개별단체가 제1항에 따라 종합부동산세를 신고하는 경우 향교재단 등은 대상주택 또는 대상토지의 공시가격을 한도로 당해 개별단체와 연대하여 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

③ 개별단체가 제1항에 따라 종합부동산세를 신고하는 경우 향교재단 등은 대상주택 또는 대상토지를 소유하지 아니한 것으로 보아 종합부동산세를 신고하여야 한다.

④ 제1항에 따른 종합부동산세액의 계산 및 신고⋅납부 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2006년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인 명의로 되어 있는 부동산에 대하여 종합부동산세 신고를 하였다가, 그 중 쟁점부동산의 사실상 소유자는 청구법인 산하 개별교회이어서 개별교회가 종합부동산세 납세의무자라고 주장하면서 처분청에 2006년 귀속 종합부동산세의 과세표준과 세액의 경정을 구하였으나 처분청은 이를 거부하였으므로 이에 대하여 본다.

(2) 처분청은 쟁점부동산 소재지 지방자치단체(시⋅군)에 대하여 쟁점부동산의 2006년 귀속 종합부동산세(재산세)납세의무자가 변경되었는지 여부 및 변경되었다면 그 내역과, 쟁점부동산의 실질소유자가 청구법인이 아닌 개별교회라는 내용의 불복청구가 접수된 사실이 있는지 및 있다면 그 결과와 쟁점부동산의 실질소유자가 개별교회라는 청구법인의 주장에 의하여 쟁점부동산의 종합부동산세 납세의무자가 변경되는지 여부 및 변경된다면 변경된 납세의무자의 인적사항을 조회하였으나 쟁점부동산 소재지 지방자치단체(시⋅군)는 해당사항이 없음을 회신하여 왔음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인의 교리와 장정 제22조는 감리회본부와 개체교회 및 감리회 산하 단체, 기관 등이 소유, 관리하는 모든 토지, 건물 및 시설물은 재단법인 기독교 대한감리회 유지재단에 편입보전되어야 하고 재단법인 ○○○, 사회복지법인 ○○○, 사회복지법인 ○○○ 소유의 토지, 건물 및 시설물은 해당법인의 재단에 편입 보전하여야 한다고 규정되어 있으며, 제23조에는 유지재단에 편입 보전 중에 있는 토지, 건물 및 시설물을 처분하거나 기채 등 의무부담 행위를 하고자 할 경우에는 유지재단이사회의 사전 승인을 받아야 한다고 규정되어 있는 사실이 확인된다. (3) 종합부동산세법 제7조 제1항 및 제12조 제1항은 종합부동산세 과세기준일 현재 과세대상 부동산에 대한 재산세의 납세의무자로서 동 조항 소정의 요건을 충족하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 지방세법 제183조 제1항 은 재산세과세기준일 현재 재산을 사실상으로 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다고 규정되어 있다.

(4) 위 조항에서 재산세 납세의무자는 재산을 사실상으로 소유하고 있는 자로서 이는 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다고 보아야 할 것이다. 즉, 실질적인 소유권이라 함은 그 소유물을 자유로이 사용⋅수익⋅처분할 수 있어야 하는 바, 이 사건의 경우 개별교회들이 청구법인(재단법인)에게 출연한 재산은 사용⋅수익은 어느 정도 자유롭다 할지라도 처분 등의 행위를 하고자 할 경우에는 유지재단이사회의 사전승인을 받아야 하는 등의 제한을 두고 있으므로 개별교회의 처분이 자유롭다고 볼 수 없는 것으로 보인다.

(5) 2007.12.31. 신설된 조세특례제한법 제104조 의 13은 향교 및 종교단체에 대한 종합부동산세 과세시 실질과세원칙을 적용하여 부동산의 사실상 소유자인 개별 향교 및 종교단체별로 종합부동산세를 신고할 수 있도록 규정되어 있고, 적용시기는 2008.1.1.이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 청구법인은 과세된 쟁점부동산의 재산세에 대하여는 실질과세원칙을 다투지 아니하고 이 건 종합부동산세에 대하여 개별교회가 납세의무자임을 주장하고 있는 점, 개별교회들이 청구법인(재단법인)에게 출연한 재산은 사용⋅수익은 어느 정도 자유롭다 할지라도 처분 등의 행위를 하고자 할 경우에는 유지재단이사회의 사전승인을 받아야 하는 등의 제한을 두고 있는 점, 향교⋅종교단체에 대한 실질과세원칙 적용 조항(2007.12.31. 개정된 조세특례제한법 제104조 의 13)이 2008.1.1.이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되어 창설적 규정으로 보여지는 점 등을 종합하여 보면, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 각 주문과 같이 결정한다.