매입세금계산서의 금액 일부를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2007.9.10. 청구인에게 한 2007년 제1기분 부가가치세 4,927,260원의 부과처분은 매입세액 2,145,457원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 2007.4.30. ○○시 ○○구 ○○ 동

○○번지 소재 건물(지하 1층부터 지상 3층까지를 말하며, 이하 “쟁점사업장”이라 한다) 중 지하 1층, 지상 1층 사업장(이하 “청구인 사업장”이라 한다) 에서 하루에(2007.6.5. ○○로 상호 변경) 라는 상호로 경양식 음식업을 개업한 사업자로서, 2007년 1기 부가가치세 확정신고시 사업장 인테리어공사 등을 하고 공급가액 227,272,725원 상당의 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 22,727,275원으로 하여 부가가치세 매입세액 조기 환급을 신청하였다. 처분청은 위 부가가치세 조기 환급신청 내용에 대하여 사업장 현지 확인 조사 결과, 쟁점사업장 인테리어 공사비 500,000,000원(공급대가)은 청구인 사업장(지하 1층 및 지상 1층), 청구외 권○○ 사업장(지상 2층), 청구외 이○○ 사업장(지상 3층)에 대한 총공사비로 조사 확인되었으나, 세금계산서는 청구인과 권○○의 요구에 따라 청구인 사업장과 권○○ 사업장 명의로 각각 250,000,000원(공급대가)씩 분할하여 수취한 사실이 확인됨에 따라 청구인의 사업장과 직접 관련이 없는 이○○ 사업장 인테리어 공사비에 해당하는 세금계산서 수취금액은 이를 사실과 다른 세금계산서로 보고 총공사비를 공사 관련 건물면적에 비례하여 층별 공사비를 안분계산한 후 이를 근거로하여 쟁점세금계산서 공급가액 중 청구인 사업장과 관련 없는 공급가액을 21,454,544원으로 보고 관련 매입세액 2,145,457원을 불공제하는 것으로 하는 등 하여 2007.9.10. 청구인에게 2007년 1기분 부가가치세 4,927,260원을 경정・고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 권○○은 당초 쟁점사업장에 공동명의로 사업장등록을 내기 위해 임대차 계약을 공동명의로 체결하였으나, 영업신고필증을 받는 과정에서 건물전체를 공동명의로 임차하면 건물의 비상구 및 피난계단이 설치되지 않았다는 이유로 영업신고필증 교부의 결격사유가 되어, 안전시설 등 완비증서가 필요치 않은 100㎡이하의 면적으로 맞추기 위해 부득이 지하 1층 및 지상 1층은 청구인, 지상 2층은 권○○, 지상 3층은 이○○(권○○의 딸)이 임차하는 것으로 하여 임대차계약서를 다시 체결하여 영업신고필증 및 사업장등록증을 각각 교부 받았다. 또한, 영업과정에서 청구인과 권○○은 사업용 계좌를 만들어 그 계좌에서 모든 수익과 비용을 지출 운영하는 것으로 하였으나, 계약당시 사업장 카운터가 1층에 존재하게 되어 있는 관계로 모든 수익이 1층 사업장 소유자인 청구인에게 귀속되는 형태로 되어 세무상 귀속의 구분이 복잡한 문제가 발생됨에 따라 쟁점사업장 및 2007.6.30.까지의 수익을 주식회사 ○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도하였는바, 청구인은 청구인 사업장에 대한 인테리어 공사비로 2억 5천만원을 지출한 것이고, 2층과 3층은 권○○의 사업장으로 이○○은 단지 명의만 추가된 사업자임에도 처분청이 3층 사업장의 사업자등록자인 이○○을 독립된 사업자로 보아 실제 공사비를 지출한 청구인 및 권○○의 인테리어 공사비에 대한 세금계산서 수취금액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 위법 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인과 권○○, 이○○은 개업일부터 폐업일까지 각각 독립된 사업장에서 층별로 구분된 식품접객업의 영업신고필증을 허가 받고 부가가치세를 정상적으로 신고・납부하여 온 사업자임을 알 수 있고, 2007.8.21. 환급 현지 확인조사시 세무대리인 및 청구인에게 층별 공사비 지출내역 등 수입금액 관련 장부 제시를 요구하였으나, 조사종결일까지 제출하지 아니한 관계로 조사자는 총공사비 5억원을 건물면적에 비례하여 층별 공사비를 산출하고, 이를 근거로 청구인 사업장과 직접 관련이 없는 3층 건물의 공사비에 해당하는 청구인의 세금계산서 수취금액에 상당하는 매입세액을 제외한 처분인 바, 처분청이 환급 현지 확인조사 과정에서 조사한 사실관계에 따라 공사와 관련된 견물면적에 비례하여 층별 공사비를 안분하여 산출하고 이를 근거로 하여 청구인이 수취한 쟁점세금계산서 중 3층 건물의 공사비에 해당하는 금액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 수취한 쟁점세금계산서의 금액 일부를 자기사업과 직접 관련이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

○ 부가가치세법시행령 제7조 【등록신청과 등록증교부】

① 법 제5조제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일

② 제1항의 신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 법 제5조제1항 단서의 경우에 해당 법인의 설립등기 전 또는 사업의 허가·등록이나 신고 전에 등록을 하는 때에는 법인설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본이나 사업계획서로 이에 갈음할 수 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (단서 생략)

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 청구인 사업장에 대한 인테리어공사 등을 하고 개인사업자인 주○○(상호: ○○, 사업자번호: 000-00-00000)로부터 쟁점세금계산를 교부받아 고나련 매입세액 22,727,275원을 공제받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서 공급가액 중 21,454,544원은 청구인 사업장과 관련이 없는 이○○ 사업장에 대한 공사비로 보고 관련 매입세액 2,145,457원을 불공제하는 것으로 하여 청구인에게 2007년 1기분 부가가치세를 경정고지한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청이 2007년 8월경 청구인 사업장에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 하고 작성한 복명서에 의하면, 쟁점사업장 인테리어공사 등과 관련하여 각 층별 실제 공사비의 산정이 불가하여 총공사비를 건물 면적에 비례하여 아래와 같이 층별 공사비를 산출하고 이를 근거로 청구인 사업장과 직접 관련이 없는 것으로 조사된 매입세액을 불공제한 것으로 나타난다. (단위: 원) 상호 (사업자) 사용면적 (위치) 총공사비 세금계산서 수취분 (매입세액) 면적 대비 안분한 층별공사비 공제가능 매입세액 비 고

○○ (청구인) 113.72㎡(지하1층, 지상1층) 500,000,000 227,272,725 (22,727,275) 226,400,000 (부가가치세포함) 20,581,818 2,145,457 (불공제액)

○○ (권○○) 72.79㎡ (지상2층) 227,272,725 (22,727,275) 144,900,000 (부가가치세포함) 13,172,727 9,554,548 (불공제액)

○○ (이○○) 64.66㎡ (지상3층)

• 128,700,000 (부가가치세포함)

• 세금계산서 미수취 계 251.17㎡

• 454,545,450 (45,454,550) 500,000,000

(3) 청구인은 당초 권

○○과 2분지 1의 지분으로 공동으로 출자하여 쟁점사업장을 임차하고 인테리어공사를 한 후 사업을 영위하고자 하였으나 안전시설 설치의무를 면하고자 각 층별로 영업신고를 하고 사업자등록을 하게 되었으며, 3층 사업장의 이○○은 권○○의 딸로서 쟁점사업장과 관련하여 출자하거나 수익을 분배받은 사실이 없는 명의상 사업자에 불과하고 지하 1층과 지상 1층은 청구인의 사업장이라는 사실이 입대차계약서에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서는 청구인 사업장의 인테리어공사 등을 하고 교부받은 것임에도 일부가 청구인 사업과 관련이 없다고 하여 그 매입세액을 불공제함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 제시한 쟁점사업장 관련 부동산입대차계약서(2007.2.1.자), 처분청이 심리자료로 제시한 사업자등록신청서류 등에 의하면, 청구인과 권

○○ 은 2007.2.1. 임차보증금을 2억원, 연 임대료를 650만원(매년 50만원씩 인상)으로 하여 2007.4.1.부터 5년간의 기간 동안(1차임대차기간 종료시 5년 연장) 건물주로부터 쟁점사업장을 임차하였다가 2007.7.7.에는 청구외법인에 임차인 지위를 승계시켜주었고, 2007.6.1. 처분청에 사업자등록을 신청하면서는 지하 1층과 지상 1층은 청구인으로, 지상 2층은 권

○○으로, 지상 3층은 이○○으로 하여 각각 건물주와 임대차계약을 체결한 것처럼 별도의 부동산임대차계약서를 작성하여 처분청에 제출한 것으로 나타난다. (나) 청구인 및 권

○○이 주○○과 각 체결한 쟁점사업장 인테리어공사 계약서(2007.2.20.자), 주○○의 확인서(2007.8.21.자 및 2008.3.2.자) 및 주○○의 ○○은행계좌(0000000000) 거래내역등에 의하면, 청구인 및 권○○은 주○○과 쟁점사업장의 리모델링 및 인테리어, 주방기기설치 일체에 대한 계약을 부가가치세를 포함하여 각각 250,000,000원 합계 500,000,000원에 하기로 하였고, 청구인과 권○○은 위 쟁점사업장 인테리어 등 공사와 관련하여 주○○에게 각각 250,000,000원을 지급하였으며, 주○○은 청구인과 권○○의 요구로 청구인과 권○○에게 각각 공급대가 250,000,000원 상당의 세금계산서를 교부한 사실이 나타난다. (다) 청구인은 2007년 1기 확정신고(2007.4.30~6.30)시 매출과표를 76,665천원, 매입과표를 268,663천원, 환급세액을 19,391천원으로하여 부가가치세를 신고하였고, 2007년 2기 확정신고(2007.7.1~2007.7.31)시 매출과표를 67,207천원, 매입과표를 19,087천원, 납부세액을 3,911천원으로 하여 부가가치세를 신고한 후 사업의 포괄적 양도를 이유로 폐업하였고, 권

○○은 2007년 1기 확정신고(2007.5.31~6.30)시 매출과표를 0천원, 매입과표를 227,272천원, 환급세액을 22,727천원으로하여 부가가치세를 신고하였고, 2007년 2기 확정신고(2007.7.1~2007.7.31)시에는 무실적으로 부가가치세를 신고한 후 사업의 포괄적 양도를 이유로 폐업하였으며, 이○○은 개업일(2007.5.31)부터 폐업일(2007.7.31)까지 부가가치세 매출과세표준을 무실적으로 신고한 후 사업의 포괄적 양도를 이유로 폐업한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 청구인・권

○○ ・이

○○과 청구외법인 사이에 체결한 포괄적양수・도계약서(2007.7.31.자), 청구인의 ○○은행계좌(0000000000) 거래내역 및 청구외법인의 ○○은행계좌(0000000000) 거래내역에 의하면, 위 계약서상 양도인으로 이○○의 명의가 나타나나 청구외법인은 이○○에게 쟁점사업장과 관련하여 어떠한 대가를 지급하거나 지급받은 사실이 없다고 확인(2008.2.28.자)하고 있고, 청구외법인의 위 ○○은행계좌에서 2007.7.18. 청구인에게 345,600천원, 권○○에게 345,600천원이 각 이체되었으나 이○○에게는 이체된 금원이 없는 것으로 나타나는 것으로 보아 청구인과 권○○은 청구외법인에 쟁점사업장을 포괄적으로 양도하고 그 대금으로 각 345,600천원을 수령한 것으로 보이고, 이○○은 쟁점사업장 양도와 관련한 대가를 수령하지는 아니한 것으로 보인다. (마) 청구인과 주

○○이 2007.2.20. 체결한 쟁점사업장 인테리어등 공사 계약서에는 쟁점사업장 관련 인테리어 시공 및 주방기구 구입 등의 계약내용과 계약금액이 기재되어 있으나 청구인 사업장 또는 층별 공사내역이 표기되어 있지는 아니한 것으로 나타나며, 주○○의 위 확인서에도 지하 1층에서 지상 3층까지의 공사비가 5억원이라는 사실은 확인하고 있으나 각 층별 공사비를 확인한 내용은 없는 것으로 나타나며, 청구인도 쟁점사업장 총공사비 중 청구인 사업장의 공사비 내역을 구분하여 확인할 수 있는 자료는 제시하지 못하고 있는 것으로 나타난다.

(4) 위의 사실관계를 종합해 볼 때, 청구인은 권

○○과 쟁점사업장에서 2분지 1의 지분으로 공동으로 사업을 영위하고자 쟁점사업장을 공동으로 임차하였고, 쟁점사업장에 대한 인테리어 등 공사를 시행하면서 그 2분지 1의 지분에 해당하는 부분에 대하여 주○○과 공사계약을 체결하고 주○○에게 해당 공사비로 2억 5천만원을 지급하였으며, 주○○로부터 청구인 사업장 명의로 쟁점세금계산서를 교부받은 사실이 확인되는 바, 이○○은 쟁점사업장 관련 공사비 등을 지출하거나 사업양도대금을 수령한 사실이 없는 것으로 보아 명의사 사업자 에 불과한 것으로 보이고, 쟁점사업장에 대한 청구인의 지분이 2분지 2에 해당하는 것으로 나타나므로, 청구인이 쟁점사업장 총공사비 5억원 중 2분지 1에 상당하는 부분을 청구인 사업장 명의로 하여 교부받은 쟁점세금계산서는 자기사업과 관련하여 정당하게 교부받은 세금계산서로 인정된다. 따라서 처분청이 3층 사업장의 공사금액에 해당하는 부분을 청구인에게 건물면적에 따라 안분하여 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.