1세대1주택 비과세요건 아닌 경우 입주권 양도차익 장기보유특별공제 적용 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인 은 2002.9.26. ○○시 ○○구 ○○동 00-0외 2필지 ○○아파트 000동 000호(이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2005.10.21. 기존주택 소재 아파트단지가 재건축사업 관리처분계획인가를 받음에 따라 기존주택을 제공하고 조합원자격으로 배정받은 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2006.2.15. 양도하고, 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다가, 2007.7.27. 처분청에 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합하여 장기보유특별공제(10%) 적용을 요구하는 양도소득세 경정청구를 하였다. 처분청은 2007.9.6. 청구인의 경정청구에 대하여 기존주택 부분에 대하여만 장기보유특별공제(10%)를 적용하는 것으로 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령 제155조 제17항 에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불고하고 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있으므로, 청구인은 1세대 1주택에 해당하는 쟁점입주권을 양도하였는 바, 장기보유특별공제의 적용은 기존주택의 보유기간만이 아니라 입주권의 보유기각ㄴ도 통산하여야 한는 것이므로, 청구인의 경우 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합산하여 장기보유특별공제 10%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간이 3년 이상에 해당하나 기존주택에 2년 이상 거주한 사실이 없어 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 1세대 1주택의 요건을 충족하지 못하고 있으므로 입주권 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가액을 8,007,450,000원이 아닌 10,185,000,000원으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(단서 생략)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】 <17>법 제89조제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조제1항제2호가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유긱간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비]

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 기존 주택의 등기부등본, 양도소득세 과세표준 및 세액신고서, 청분청 과세자료 등에 따른면, 청구인은 기존주택을 2002.9.26. 매매로 취득하였다가 2005.5.11. 반포주공2단지주택재건축정비사업조합에 대한 신탁을 원인으로 그 소유권을 이전하였고ㅛ, 이에 따라 취득한 쟁점입주권을 2006.2.15. 청구외 김○○에게 1,442,000천원에 양도하고 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다가, 2007.7.27. 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합하여 장기보유특별공제(10%) 적용을 요구하는 양도소득세 경정청구를 한데 대해, 처분청은 2007.9.6. 기존주택 보유기간에 대한 양도차익(225,001천원)에 대하여만 장기보유특별공제(10%)를 적용(22,500천원)하여 7,290,032원을 환급처리하였음이 확인된다.

(2) 청구인의 주민등록정보에 따르면 청구인은 기존주택 취득일부터 매도일까지 기존주택 소재지에 주민등록한 사실이 없음이 확인되므로 쟁점입주권의 양도는 1세대 1주택에 해당하지 않는 것으로 인정된다.

(3) 위의 사실 및 관련법령 등을 살펴보면, 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항 등은 장기보유특별공제는 토지․건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유긱나에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있으며(국심2004서4696, 2006.6.28. 같은 뜻), 다만, 같은 법 시행령 제155조 제17항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주권에 대하여는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 비과세되는 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있어 이 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당할 것이나(국심 2006서848, 2006.5.9. 같은 뜻), 청구인은 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간이 3년 이상에 해당하나 2년 이상 거주한 사실이 없어서 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하고 있으므로 쟁점입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.(구심 2006서3264. 2006.11.24. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.