사업과 직접 관련된 매입세액 공제대상인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2002.10.15. “○○○○테마파크” 조성사업(이하 “쟁점건설사업”이라 한다)을 위하여 ○○도 ○○군 (이하 “○○군”이라 한다) 및 ○○도 3자간 협약을 체결한 후, 2003.9.9.부터 2005.9.13.까지의 기간 중 ○○도 및 ○○군으로부터 공사보조금 40억원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 수령하여 사업시행업체인 주식회사 ○○(○○)(이하 “청구외법인”이라 한다)에 전액 지급하고, 2003년 제2기․2004년 제1기․2005년 제1기 및 제 2기 부가가치세 과세기간 중 청구외법인으로부터 공급가액 3,936백만원의 매입세금 계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 매입세액을 공 제하여 신고하였다.

○○ 지방국세청장은 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 국고보조금을 지급한데 따른 것이고, 국고보 조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다는 자료를 처 분청에 통보함에 따라, 2007.7.13. 처분청은 쟁점세금계산서 관련 매입세 액을 불공제하고, 매입세금계산서합계표불성실가산세를 포함하여 청구법인에게 부가가치세 518,148,800원(2003년 제2기 25,454,550원, 2004년 제1기 353,761,410원, 2005년 제1기 85,511,760원, 2005년 제2기 53,421,080원)을 경정 ․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인이 수령한 쟁점보조금은 쟁점건설사업을 위하여 청구외법인에게 지급한 공사비이므로 부가가치세법 제13조제2항제4호 및 같은 법 시행령 제48조제10항에서 규정된 손실보전 목적의 국고보조금과 달리 재화 및 용역의 공급에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상거래에 해당하므로 처분청이 쟁점보조금을 지급하고 교부받은 쟁점세금계산서관련 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.

(2) 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 금액이 부가가치세 과세대상이 아니라 하더라도, 청구법인의 착오에 의한 것이라면 가산세 중 매입세금계산서합계표불성실가산세의 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점건설사업을 수행할 수 없는 법률상 제약으로 인하여 본 협약서 체결 후 청구외법인과 위임공사계약을 체결하고, 단지 쟁점보조금을 수령하여 청구외법인에게 지급하는 도관업무만 하였을 뿐 청구외법인이 재화 및 공급의 공급행위인 쟁점건설사업을 실질적으로 수행하고 장부상 자산․부채 등을 계상하고 완료시 건설중인 자산으로 계상하였으며, 완공즉시 기부채납 후 현재까지 동 시설물을 관리․운영하고 있는 등 기부채납주체는 청구외법인인 바, 청구법인이 청구외법인에 지급한 쟁점보조금은 재화 또는 용역의 공급행위가 없어 매출세금계산서 발행대상이 아니고, 사업과 직접 관련없는 매입세액이므로 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 사업과 관련없는 쟁점세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고하였고, 부가가치세법에 의하면 사업과 관련없는 세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 매입세액을 공제받은 경우 가산세 부과대상으로 규정하고 있어 매입세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인의 매입세금계산서를 사업과 직접 관련없는 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

(2) 청구법인에 대하여 매입세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분한 당부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 부가가치세법(2006.12.30., 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하 거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계 표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조제4항 또는 제19조제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑩ 법 제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2002.10.15. 쟁점건설사업을 위하여 ○○도 ○○군 및 ○○도 3자간 협약을 체결한 후, 2003.9.9.부터 2005.9.13.까지의 기간 중 ○○도 및 ○○도 ○○군으로부터 쟁점보조금을 수령하여 사업시행업체인 청구외법인에 전액 지급하고, 2003년 제2기․2004년 제1기․2005년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서 를 교부받아 부가가치세 매입세액을 공 제하여 신고하였고, 처분청은 쟁점세금계산서는 국고보조금을 지급한데 따른 것이고, 국고보 조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다고 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세 액을 불공제하고 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정 ․고지한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다. (2) 청구법인은 쟁점보조금이 쟁점건설사업을 위하여 청구외법인에게 지급한 공사비이므로 부가가치세법에서 규정된 손실보전 목적의 국고보조금과 달리 재화 및 용역의 공급에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상거래에 해당되므로 쟁점세금계산서관련 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 등 가산세의 부과처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 이 건 거래경위를 보면, 청구법인은 2002.10.15. 쟁점건설사업을 위하여

○○ 도,

○○ 도

○○ 군과 3자간 협약을 체결하였으나, 2002.11.15. 민자유치를 할 수 없다는 법률적 제약으로 인해 사업수행을 할 수 없게 되자 이를 대행할 민간회사인 청구외법인을 설립한 후, 2002.12. 청구외법인과 쟁점건설사업을 대신할 업 무협약을 체결하였고, 2003.9.9.부터 2005.9.13.까지의 기간 중

○○ 도

○○ 군으로부터 쟁 점보조금을 수령하여 청구외법인에게 지급한 후, 2003년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공사진척도에 따라 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았으며, 이 중 700백만원에 대하여

○○ 도

○○ 군에 매출세금계산서를 교부하고, 나 머지 금액에 대하여는 미교부하고, 2005.7.20. 쟁점건설사업을 완공한 후 2,859백만원으로 평가하여

○○ 도

○○ 군에 기부채납한 후, 매출세금계산서 미교부하였으며, 청구외법인은 쟁점건설사업 완공 후 현재까지 동 시설물을 관리․운영하면서 입장료 수입 등은 수익으로, 관리비 등을 비용으로 계상하고 있고, 청구법인은 동 시설물과 관련하여 자산․수익․비용 등으로 계상하고 있지 아니한 사실이 제출된 심리자료 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 2002.10.15. 쟁점건설사업을 위하여

○○ 도,

○○ 도

○○ 군 과 3자간 체결한 협약서 주요내용을 보면, 사업기간은 2002.9.부터 2005.12.31.까지이고, 총사업비는 190억원(촬영시설비 70억원, 기타시설비 120억원)하되,

○○ 도

○○ 군 20억원,

○○ 도 20억원,

○○ 30억원을 각각 부담하고 기타시설은 청구법인이 2005.12.31.까지 120억원을 민자유치하며,

○○ 도

○○ 군은 사업부지(4만5천평)을 제공하고

○○ 도는 행정지원, 청구법인은 조성사업주체로서의 역할을 한다고 되어 있고, 기타조건으로 청구법인은 동 시설에 대해 15년간 배타적 무상사용권을 취득한 후 촬영시설물(민자유치시설물은 제외) 완공즉시

○○ 도

○○ 군에 기부채납하되, 동 시설물 운영은 청구법인 또는 청구법인이 설립한 민간개발회사가 협약기간(15년)동안 동 시설을 관리․운영하고 이후에는

○○ 도

○○ 군이 운영한다고 되어 있다. (다) 청구법인이 2002.12. 쟁점건설사업을 위하여 청구외법인과 체결한 업무협약서 주요내용을 보면, 청구법인은 공기업인

○○ (

○○) 계열사로 민자유치와 동 조성사업 수행의 부적합성이 대두됨에 따라 지분을 출자하여 민간개발회사인 청구외법인을 설립하고, 청구외법인은 본 협약서(2002.10.15.)상

○○ 의 역할과 의무인 개발계획수립․민자유치․시공․관리운영 등에 실질적인 수행업체로 참여하되, 청구법인은 동 사업관련

○○ 도

○○ 군과

○○ 도에 법률적 책임과 대표성을 갖고 각종 공식문서수발 및 보조금(40억원)에 대한 집행권을 행사, 씨이오(CEO) 및 직원파견․현장관리하며, 청구외법인은 동 사업의 주체로서 권리를 행사,

○○ 이 투자하기로 한 촬영시설건립비 30억원과 기타시설건립비용 120억원을 민자 유치하여 촬영시설 건립하고,

○○○○ 파크내의 소유권․관리운영권․배타적 우선사용권에 대한 사항은

○○ 도․

○○ 도

○○ 군과 협약한 협약서에 따르며, 청구외법인은 협약기간(15년)동안 동 시설을 관리․운영하고 이후에는

○○ 도

○○ 군이 운영한다고 되어 있다. (라) 청구법인이

○○ 도

○○ 군으로부터 수령하여 청구외법인에게 지급한 쟁점보조금 및 쟁점세금계산서 수수현황은 아래와 같이 처분청의 조사복명서 등에 의하여 확인된다. (천원) 공사비 보조금 매출세금계산서 차입금발생내역 일 자 금액 과세기간 금액 차입일 금액 ‘03.09.08 700,000 ‘03.1기

• ‘03.09.08 500,000 ‘04.04.20 2,321,726 ‘03.2기 692,347 ‘04.01.19 500,000 ‘05.02.07 348,944 ‘04.1기 2,321,726 ‘04.9～12 2,000,000 ‘05.02.08 244,145 ‘05.1기 593,090 ‘05.09.13 385,183 ‘05.2기 329,183 계 4,000,000 계 3,936,346 계 3,000,000 주1) 매출세금계산서는 공사진척도에 따라 청구외법인에서 청구법인에게 교부 주2) 차입금은 청구외법인이 민간유치차원에서 청구법인으로부터 전액 차입 ․ ‘05년말 F/S상 건설중인자산 3,643,450천원(실제 35억원 차입) 계상 (마) 청구법인은

○○ 도 및

○○ 도

○○ 군으로부터 쟁점보조금을 수령하여 청구외법인에게 지급하는 전달업무만 하고, 재화 및 용역의 공급행위를 하거나 장부상 자산․부채․수익․비용 등을 계상하지 아니한 사실이 장부원장에 의하여 확인되고, 청구외법인은 재화 및 용역의 공급행위인 쟁점건설사업을 실질적으로 수행하였으며, 장부상 자산․부채․수익․비용 등을 계상하고 완료시 건설중인 자산으로 계상하고, 완공 즉시

○○ 도

○○ 군에 기부채납 후 현재까지 동 시설물을 관리․운영하면서 입장료 수입 등을 수익으로, 관리비 등을 비용으로 계상한 사실이 장부원장에 의하여 확인된 점으로 보아 쟁점건설사업의 기부채납주체는 청구외법인인 것으로 보인다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점건설사업을 수행할 수 없는 법률상 제약으로 인하여 청구외법인과 위임공사계약을 체결한 후,

○○ 도

○○ 군으로부터 쟁점보조금을 수령하여 청구외법인에게 지급하는 전달역할만 한 점, 재화 및 용역의 공급행위를 한 사실이 없고 장부상 자산․부채․수익․비용 등을 계상한 바 없는 점, 청구외법이 재화 및 용역의 공급행위인 쟁점건설사업을 실질적으로 시행하고 장부상 자산․부채․수익․비용 등을 계상하고 완료시 건설중인 자산으로 계상하고, 완공즉시 기부채납 후 현재까지 현재까지 동 시설물을 관리․운영하면서 입장료 수입 등을 수익으로 관리비 등을 비용으로 계상하고 있는 등 기부채납주체는 청구외법인인 점 등에 비추어 청구법인이 청구외법인에게 지급한 쟁점보조금은 재화 또는 용역의 공급행위가 없어 매출세금계산서 발행대상이 아니고

○○ 도

○○ 군과 공동사업에 해당하는 매입세액으로 청구법인의 사업과 직접 관련없는 매입세액이므로, 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 한편, 세금계산서합계표불성실가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자에게 세금계산서합계표의 기재사항을 사실대로 정확하게 기재하여 과세관청에 제출할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 이유없이 이를 위배하여 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호, 공급가액의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 사실과 다르게 기재한 때에 사업자의 고의․과실을 고려함이 없이 행정상 제재로 부과되는 가산세인 바, 재화를 공급하는 사업자가 가공거래로 인한 가공의 매출금액과 가공의 매입금액을 각각 합산하여 기재함으로써 매출·매입처별세금계산서합계표의 공급가액을 사실과 다르게 기재하였다면 사업자는 그 가공거래 부분에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하는지 여부와는 상관없이 사실과 다르게 기재된 세금계산서합계표의 공급가액에 대하여 소정의 매출·매입처별세금계산서합계표부실기재가산세를 납부할 의무가 있다 할 것이므로(대법원 2001두1772, 2003.5.16. 같은 뜻임), 청구법인의 경우, 2003년 제2기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 청구외법인으로부터 사업과 관련없는 쟁점세금계산서를 교부받아 가공의 매입금액을 매입처별세금계산서합계표에 기재한 점, 쟁점건설사업의 사업당사자로 직접적으로 관여하였기 때문에 매입처별세금계산서합계표를 단순착오로 잘못 기재하여 신고한 것으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 사실과 다르게 기재된 쟁점세금계산서상 공급가액에 대하여 세금계산서합계표불성실가산세를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.