지정지역 안에 소재하는 1억원 초과하는 소형주택의 실지거래가액 계산 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1977.6.28. 취득한 ○○○○시 ○○구 ○○동 000-000 소재 단독(다가구)주택(건물연면적 123.8㎡, 대지 116㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2006.9.21. 양도하고 2006.11.30. 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하여 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 5,833,590원을 납부하였다. 처분청은 청구인이 1세대 2주택자이고, 쟁점주택이 지정지역 안에 소재하고 있어 실지거래가액 적용대상에 해당한다고 보아 기준시가에 의한 신고를 부인하고 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하여 2007.10.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 9,711,660원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 지정지역 안에 소재하는 소형주택으로서 기준시가가 1억원을 초과하나, 청구인이 30여년 이상 보유한 주택으로 건물이 노후하여 주거생활이 곤란하고 현행 건축법상 재건축이 불가능한 주택이어서 양도가 여의치 않아 부득이 일시적 1세대 2주택의 종전주택 양도기한인 1년을 경과하여 양도하였는 바, 이러한 사실정황을 감안하지 아니하고 기준시가로 신고한 내용을 부인하고 실지거래가액에 의하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택은 양도일 현재 기준시가가 000백만원으로 소득세법 시행령 제168조의3 제3항 제4호 의 주택투기지정지역내에 소재한 실지거래가액 적용제외 대상인 기준시가 1억원 이하의 소형주택에 해당되지 아니하고, 청구인은 1세대 2주택자이므로 쟁점주택의 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 지정지역 안에 소재한 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 청구인이 1세대 2주택자라 하여 실지거래가액에 의하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005.12.31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.(2005.12.31. 개정) 1.～ 6. (생략)

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

8. (생략)

9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

○ 소득세법 제104조 의 2 【지정지역의 운영】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

○ 소득세법시행령 제168조 의 3 【지정지역 지정의 기준 등】

③ 법 제104조의 2 제2항에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각 호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조 제15항의 규정에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다. (2005.12.31. 신설) 1.～ 3. (생략)

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 생략)

• 가. 나. (생략)
• 다. 건축법 시행령 별표 1의 규정에 따른 단독주택으로서 대지면적이 170제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 85제곱미터 이하이며, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것

○ 소득세법시행령 제162조 의 2 【양도가액】

⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의 3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1세대 2주택자이고, 쟁점주택은 소득세법 제104조 의 2에서 규정한 지정지역 안에 소재하고 있으며 양도당시 기준시가가 1억원을 초과하는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (2) 소득세법 제96조 제1항 에 의하면 ‘양도가액은 실지거래가액에 의한다’라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제7호에서는 ‘지정지역 안의 부동산인 경우에는 실지거래가액에 의한다’라고 규정하고 있으며, 같은 항 제9호와 소득세법시행령 제162조 의 2 제5항에서는 1세대 2주택 이상 소유자가 주택을 양도하는 경우에는 실지거래가액에 의한다’라고 규정하고 있다.

(3) 한편, 소득세법 96조 제2항 제7호 에서 규정한 지정지역 안의 부동산이라도 동법 시행령 제168조의 3 제3항 제4호에서 규정한 소형주택에 대하여는 기준시가에 의하여 과세할 수 있도록 하는 예외규정을 두고 있으나, 쟁점주택의 경우 양도당시 기준시가가 1억원을 초과하여 위 소형주택에는 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 동법 제96조 제2항 제9호에서 규정한 1세대 2주택 이상 소유자가 주택을 양도하는 경우에 대하여는 그 적용범위에 대한 별도의 규정이 없어 실지거래가액에 의하여 과세가 이루어져야 한다고 해석(국심 2007중2186, 2007.8.31. 같은 뜻임)되므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 계산하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.