쟁점특허권 양도가 기술이전소득에 대한 과세특례에 해당된다는 청구주장의 당부

○○세무서장이 2007.8.24. 청구인에게 한 2005년 귀속 종합소득세 20,221,930원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 인터넷폰이 결합된 비디오폰과 관련된 특정기술에 대한 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 최초로 취득한 자로서 2005. 5.6. 쟁점특허권을 주식회사 ○○○(20○○.○.○. 미○○○○주식회사로 상호를 변경하였으며, 이하 “미○○○○”라 한다)에 양도대가를 590백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 양도하고, 2005.1.20. 쟁점특허권을 미○○○○에 양도하기로 하는 양도양수계약을 체결하면서 당초에는 부가가치세를 별도로 하였다가 나중에 부가가치세 없이 쟁점금액만을 양도대가로 하여 같은 날짜의 계약서를 다시 작성하였으나, 2005년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점금액을 합산누락하였다.
• 나. 처분청은 2007.5.21. ～ 2007.5.28. 기간동안 쟁점특허권 양도에 따른 관련제세 적정신고 여부를 현지확인조사하여 쟁점특허권 양도가 일시재산소득임에도 불구하고 청구인이 2005년 귀속 종합소득세 신고시 이를 합산누락한 사실을 확인하여 2007.6.7. 청구인에게 종합소득세 46,222,835원을 예상고지세액으로 하는 과세예고통지서를 발송하였다.
• 다. 청구인은 합산누락한 일시재산소득에 대하여 쟁점특허권 양도가 조세특례제한법 제12조 제1항 에서 규정하는 기술이전소득 등에 대한 과세특례에 해당되는 것으로 보아 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 2007.6.13. 수정신고․납부하였다.
• 라. 처분청은 쟁점특허권 양도가액이 부가가치세액을 포함한 649백만원이며, 소득금액 계산시 기술이전소득에 대한 과세특례에 해당하지 아니한다고 보아 기납부세액을 차감하고 2005년 귀속 종합소득세 20,221,930원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점(1) 관련 청구인은 당초 쟁점특허권 양도가 종합소득세 과세대상이 아닌 것으로 잘못 알고 확정신고시 신고누락하였으나, 2007.6.13.에 조세특례제한법 제12조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 100분의 50에 상당하는 세액감면을 적용하여 적법하게 수정신고하고 추가납부한 바, 조세특례제한법 제128조 제3항 에서 규정하는 세무조사에 관한 사전통지를 받은 사실도 없고 처분청으로부터 납세고지서(2007.8.24. 수령)는 물론 과세예고통지(2007.6.18. 수령)를 받기 전에 적법하게 수정신고․납부하였으므로, 처분청이 기술이전소득에 대한 과세특례에 따른 세액감면을 부인한 것은 부당하다.

(2) 쟁점(2) 관련 (가) 재화는 사업자에 의하여 공급되는 경우에만 부가가치세 과세대상이 되는 바, 청구인은 쟁점특허권 양도 당시 사업자로 볼 수 없으므로 청구인은 부가가치세 납세의무자가 아니고 따라서 쟁점특허권 양도는 부가가치세 과세대상이 아닐 뿐만 아니라, 쟁점특허권 양도와 관련하여 세금계산서를 교부한 사실도 없으며, 쟁점특허권 양수자인 미○○○○ 또한 매입세액을 공제받은 사실이 없으므로 종합소득세 수입금액 계산시 처분청이 쟁점금액에 부가가치세를 가산한 것은 부당하다. (나) 2007.6.13. 수정신고를 하면서 신고를 대행한 세무사사무실에서 수입금액을 착오로 6억원으로 잘못 기재하였으나, 청구인이 쟁점특허권 양도대가로 쟁점금액만을 수령한 사실이 현금출납장, 계정별원장 및 통장사본 등에 의하여 확인되므로, 처분청이 총수입금 누락액을 쟁점금액에 부가가치세를 가산하여 649백만원으로 계산한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점(1) 관련 조세특례제한법 제128조 제3항 에서는 소득세법 제80조 제2항 에 해당하는 경우에는 조세특례제한법 제12조 제1항 의 세액감면 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 처분청은 청구인의 당초 확정신고내용에 탈루가 있는 것에 대하여 조사하고 쟁점특허권 양도가액을 수입금액에 가산하여 일시재산소득으로 종합소득세 합산과세한 것이고, 쟁점특허권 양도와 관련하여 세무조사 사전통지를 한 사실은 없으나, 현지확인조사를 실시한 후 청구인이 수정신고를 하였으므로 쟁점특허권 양도에 있어서 기술이전소득에 대한 과세특례를 부인한 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점(2) 관련 부가가치세법 제1조 에서 규정하는 바, 쟁점특허권은 무체재산권의 양도로서 재화의 공급에 해당되고, 2005년 제1기 부가가치세 과세기간동안 쟁점특허권 양도에 대하여 미○○○○와 대△△△△주식회사(이하 “대△△△△”이라 한다)가 부가가치세 신고를 하였으므로 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점특허권 양도가 조세특례제한법 제12조 제1항 에서 규정하고 있는 기술이전소득에 대한 과세특례에 해당된다는 청구주장의 당부

(2) 쟁점특허권 양도가액 계산시 청구인이 사업자가 아니므로 부가가치세를 포함하여서는 아니된다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련

○ 조세특례제한법 (2005.7.13. 법률 제7577호로 개정되기 전의 것) 제12조【기술이전소득 등에 대한 과세특례】

① 다음 각호의 1에 해당하는 기술이전소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2호의 소득중 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자에게 동호의 규정에 의한 기술비법을 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 세액감면을 하지 아니한다.

1. 특허권 또는 실용신안권의 설정등록을 한 내국인이 당해 특허권 또는 실용신안권을 2005년 12월 31일까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득

○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의6 의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조제1항, 제30조의2, 제31조제4항·제5항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 소득세법(2005.7.13. 법률 제7579호로 개정되기 전의 것) 제20조의2 【일시재산소득】

① 일시재산소득은 당해 연도에 발생한 광업권․어업권․산업재산권․산업정보, 산업상 비밀, 상표권․영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발․이용권 그밖에 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 한다.(2006.12.30. 삭제)

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

○ 국세기본법 (2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

○ 국세기본법 제81조 의 6【세무조사의 사전통지와 연기신청】

① 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부·서류 기타 물건등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조의 규정에 의하여 납세관리인을 정하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말하며, 이하 이 조에서 같다)에게 조사개시 7일전에 조사대상 세목 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 국세기본법 시행령 (2005.5.31. 대통령령 제18849호로 개정되기 전의 것) 제63조의 5【세무조사의 사전통지】 법 제81조의6 제1항의 규정에 의하여 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사에 관한 사전통지를 하는 경우에는 다음 각호의 사항을 기재한 문서로 하여야 한다.

(2) 쟁점(2) 관련

○ 부가가치세법 (2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

2. (생략)

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

○ 부가가치세법 시행령 (2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제1조【재화의 범위】

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력․열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 특허등록원부(○○○, 20○○.○.○)에 의하면, 청구인은 2004. 7.27. 쟁점특허권을 개인자격으로 취득하고, 2005.5.6. 미○○○○에 이를 양도하였으며, 미○○○○는 2005.5.9. 대△△△△에 이를 다시 양도한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다. 처분청은 탈루세액에 대하여 경정한 것이므로 조세특례제한법상 기술이전소득에 대한 세액감면이 배제되어야 한다는 의견인 반면, 청구인은 과세예고통지나 납세고지서를 수령하기 전에 적법하게 수정신고한 것이므로 기술이전소득에 대한 과세특례에 해당한다는 주장이다. (가) 국세청 조사사무처리규정 제2조(용어의 정의) 제2호에 의하면, “현지확인”이라 함은 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목에서 예시하는 업무를 처리하기 위하여 납세자 또는 당해 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현지출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말하는 것으로서, 대상업무는 민원처리 등을 위한 현지출장․확인이나 기타 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등이라고 되어 있음이 확인된다. (나) 처분청의 이 건 현지확인조사에 대하여 당시 담당공무원은 우리원 조사담당자와의 전화통화(2008.5.29)에서 청구인에게 현지확인을 위한 사전통지서를 발송하거나 현지출장하여 청구인으로부터 확인서 등을 받은 사실이 없으며, 다만 대△△△△ 여직원과 통화하여 청구인의 통장 및 양도양수계약서를 제출받아 종결처리한 사실이 있음을 확인한 바 있다. (다) 처분청의 현지확인조사 종결보고서(2007.6.7)에 의하면, 처분청이 2007.5.21. ～ 2007.5.28. 기간동안 쟁점특허권 양도에 따른 관련제세 적정신고 여부에 대한 확인조사를 실시한 결과, 2005.5.6. 청구인이 미○○○○에 쟁점특허권을 590백만원에 양도하였고, 2005. 5.9. 미○○○○가 이를 다시 대△△△△에 쟁점특허권을 6억원에 양도하였으며, 수입금액은 쟁점금액에 부가가치세를 가산한 649백만원으로 하여 청구인의 일시재산소득으로 종합소득세 경정한다고 되어 있으나, 청구인에 대한 조사문답서 또는 확인서는 첨부되지 아니하였고, 청구인은 이에 대하여, 2008.4.3. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 처분청이 현지확인조사를 실시하였다고는 하나, 청구인이 직접 조사를 받은 사실이 없고 처분청 담당자가 대△△△△ 직원에게 전화로 관련 자료를 요청하여 처분청에 팩스로 송부하여 주었을 뿐이라고 진술하였다. (라) 처분청은 현지확인조사를 실시한 후 2007.6.7.자 과세예고통지서를 등기우편물이 아닌 일반우편물로 발송하여 송달일자를 확인할 수 없다는 의견인 반면, 청구인은 과세예고통지서를 2007.6.18. 수령하였다고 주장하고 있고, 납세고지서는 2007.8.24. 청구인에게 송달된 사실이 확인된다. (마) 또한, 국세기본법 제45조 제1항 본문에서 “당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다”함은 당해 국세의 납세고지서가 납세자에게 도달되기 전까지 과세표준수정신고서 제출할 수 있다는 것을 말하는 것으로 해석할 수 있고, 수정신고시 기술이전소득에 대한 과세특례 적용 여부에 대하여는 소득세법 제80조 제2항 의 규정에 따라 과세관청이 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의6 의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 과소신고금액에 대하여 조세특례제한법 제12조 제1항 의 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 적용받을 수 없는 것이나, 국세기본법 제81조의6 의 규정에 의한 세무조사 사전통지 전에 수정신고를 하는 경우(기타소득을 사업소득으로 수정신고하는 경우 포함)에는 과소신고금액에 대하여도 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠다. (바) 살피건대, 처분청이 현지확인조사를 실시하였다고는 하나 청구인에게 현지확인을 위한 사전통지서를 발송하거나 청구인으로부터 확인서 등을 받은 사실이 없음이 확인되고, 납세고지서 또한 수정신고 이후에 송달된 사실이 확인되며, 과세예고통지서가 수정신고 전에 송달된 사실이 확인되지 아니하므로, 청구인이 조세특례제한법 제12조 제1항 에서 규정하는 기술이전소득에 대한 과세특례규정을 적용하여 수정신고한 것에 대하여, 처분청이 같은 법 제128조 제3항의 규정을 적용하여 그 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 것에 대하여 경정을 하는 경우로 보아 이를 감면배제사유에 해당한다는 이유로 부인한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구인은 쟁점특허권 양도대가로 590백만원을 수령한 것이 사실이며 청구인이 사업자가 아니므로 부가가치세를 가산할 이유가 없다는 주장인 반면, 처분청은 쟁점특허권은 무체재산권의 양도로서 재화의 공급에 해당되고, 2005년 제1기 부가가치세 과세기간동안 쟁점특허권 양도에 대하여 미○○○○와 대△△△△이 부가가치세 신고를 하였으므로 청구주장은 이유가 없다는 의견이나, 쟁점특허권 양도가 재화의 공급에 해당된다는 점에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없으므로 청구인을 사업자로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다. (가) 우선, 처분청 의견대로 미○○○○와 대△△△△이 부가가치세 신고를 한 것은 사실로 확인되고 있고, 청구인이 2005.5.6. 쟁점특허권을 미○○○○에 양도하였으며, 2005.5.9. 미○○○○가 대△△△△에 쟁점특허권을 6억원에 다시 양도하였음이 미○○○○와 대△△△△의 세금계산서합계표 및 부가가치세 일반과세자 신고서 조회내역에 의거 확인되고 있으나, 이러한 사실들은 청구인을 사업자로 볼 수 있는 지 여부와는 직접 관련이 있다고 보기 어렵다 할 것이다. (나) 당초 특허권 및 기술 양도양수계약서(2005.1.20)에는 양도대가가 계약금 40백만원, 잔금 550백만원, 총 590백만원(부가가치세 별도)으로 되어 있으나, 같은 날짜의 다른 계약서에는 부가가치세 없이 총액 590백만원으로 되어 있으며, 미○○○○가 대△△△△에 양도한 계약서에는 양도대가가 6억원(부가가치세 별도)으로 되어 있다. (다) 청구인의 ○○은행 계좌(○○○-○○○○)에는 2005.5. 23. 미○○○○로부터 550백만원을 계좌입금 받은 것으로 나타나는 바, 이는 ○○은행 ○○지점에서 조회한 수신기간별 거래내역에 의거 확인되며, 청구인은 쟁점금액 중 나머지 40백만원은 2005.5. 20. 현금으로 지급받았다고 주장한다. (라) 미○○○○의 계정별 원장(계정과목: 특허권 및 보통예금), 거래처 원장(계정과목: 미지급금) 및 현금출납장을 보면, 미○○○○가 청구인으로부터 쟁점특허권을 590백만원(부가세 없음)에 매입하였다가 대△△△△에 660백만원(부가세 포함)에 다시 양도하고 대금을 수령․상환한 것으로 나타난다. (마) 부가가치세법 제2조 제1항 은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사람을 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는 바, 여기서 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사람이란 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 사람을 뜻하는 것으로 볼 수 있다(대법원 19○○.○.○. 선고, ○○누○○○○ 판결 참고)/. (바) 살피건대, 쟁점특허권 양도가 부가가치세 과세대상인 것은 부인하기 어려우나, 청구인이 개인자격으로 쟁점특허권을 취득하였고 쟁점특허권 양도와 관련하여 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사를 갖고 사업자의 지위에서 재화 또는 용역을 공급하였다고 보기에는 어려움이 있으며, 쟁점특허권 양도가액이 590백만원인 것이라는 청구주장 또한 금융증빙 및 미○○○○의 장부 등에 비추어 타당성이 있다 할 것이므로, 처분청이 쟁점특허권 양도에 따른 누락수입금액을 부가가치세액을 포함한 649백만원으로 계산하여 이 건 종합소득세를 경정․고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 처분청이 쟁점특허권 양도에 대하여 현지확인조사 결과 누락수입금액을 청구인의 일시재산소득으로 보아 2005년 귀속 종합소득세 합산과세한 것은 정당하다고 하겠으나, 청구인이 이를 조세특례제한법 제12조 제1항 에서 규정하는 기술이전소득에 대한 과세특례에 해당하는 것으로 보아 수정신고한 것에 대하여 처분청이 같은 법 제128조에서 규정하는 감면배제사유에 해당한다고 보아 누락수입금액을 부가가치세액을 포함한 649백만원으로 계산하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.