토지 양도 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 경우 과세특례 여부

심판청구를 기각 합니다.

• 가. 청구인은 2006.12.7. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 193.7㎡ 및 같은 동 388-13 대 136.5㎡ 2필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 주식회사 ○○○(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도하고, 2007.2.28. 2006년 귀속 양도소득세 468,507,740원을 실지거래가액으로 예정신고․납부한 후, 2007.5.30. 위 쟁점토지 양도가 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이므로 신고․ 납부한 위 양도소득세 468,507,740원 중 373,184,190원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 양도 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 사실을 확인하고, 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2007.8.7. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지가 소재하는 지역이 예정지구 등으로 지정되기 전인 1985.11.9. 및 1988.3.19. 쟁점토지를 각각 취득한 후, 도시 및 주거환경정비법에 의한 도시환경 정비사업 시행자인 양수인에게 2006.12.31. 이전인 2006.12.7. 양도하여 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용요건을 충족하였으므로 기준시가에 의하여 재계산하여 과다납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 양수인은 쟁점토지 양도 당시 공익사업 시행자로 지정되지 아니하였고, 쟁점토지 양도일(2006.12.7.) 이후인 2007.5.25. 당해 공익사업 시행자로 지정된 사실이 확인되는 바, 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니므로 위 조세특례제한법에 따라 기준시가를 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 경우 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법(2006.12.30., 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호의 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

○ 소득세법 제104조의2 【지정지역의 운영】

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하느 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

○ 소득세법시행령 제168조의3 【지정지역 지정의 기준 등】

① 법 제104조의2 제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙 행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제168조의 4의 규정에 따른 부동산가격안정시믜위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 어는 하나에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.

2. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역

• 가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 지가상승률이 전국지가 상승률의 100분의 130보다 높은 지역
• 나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 지가상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국지가상승률보다 높은 지역

③ 법 제104조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조 제15항의 규정에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

1. 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 따른 지정지역의 경우: 주택(그 부수토지를 포함한다)

2. 제1항 제2호의 규정에 따른 지정지역의 경우: 제1호 외의 부동산

○ 조세특례제한법(2006.12.30., 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보에 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조 의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과 미합중국간의 상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구․지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 부칙(2006.12.30., 법률 제8146호로 개정된 것) 제54조【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 종전의 제85조의 규정을 적용받기 위하여 공익사업용 부동산을 양도한 경우(수용되는 경우를 포함한다)에는 제85조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부 등본 및 양수인의 부동산매매대금 잔금 지급 안내문(2006.12.1.) 등에 의하면, 청구인이 1985.11.9. 쟁점토지 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지 토지를, 1983.3.19. 쟁점토지 중 같은 소재지 ○○-○번지 토지를 각각 취득하여 2006.12.7. 이를 양수인에게 양도하였음이 확인된다.

(2) 투기지역 지정․해제현황 및 ○○시 고시 제2006-○○호(2006.3.13.) 등에 의하면, 쟁점토지가 소재한 ○○시 ○○구는 2005.6.30. 주택외 투기지역으로 지정되었고, 쟁점토지는 2006.3.13. 도시환경경정비구역으로 지정․고시되었다.

(3) ○○시 ○○구 고시 제2007-○○호(2007.5.27.) 등에 의하면, ○○시 ○○구청장이 2007.5.17. 도시환경정비구역 사업시행인가를 고시하면서, 같은날 양수인을 사업시행자로 지정하였음이 확인된다.

(4) 한편, 청구인은 쟁점토지 양도가 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제85조 소정의 기준시가에 의한 양도소득세 과세특례를 적용받기 위하여 첫째, 양도자가 거주자이어야 하고, 둘째, 그 부동산이 공익사업 관련 법률에 의하여 당해 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 말한다)한 것이어야 하며, 셋째, 그 부동산을 2006.12.31. 이전에 양도(수용 포함)하여야 하고, 넷째, 그 부동산이 공익사업용으로 당해 사업의 사업시행자에게 양도되어야 하는 것으로 풀이된다.(국심 2006중3401, 2007.4.9., 같은 뜻). (나) 살피건대, 양수인이 쟁점토지 양도일(2006.12.7.), 이후인 2007.5.17. 공익사업시행자로 지정된 사실은 앞에서 살펴본 바와 같고, 조세특례제한법 제85조 에서 “당해 사업시행자에게 양도하는 경우” 양도소득세 기준시가 적용대상에 해당되는 것으로 규정하고 있으므로 이 건과 같이 양도 당시 양수인이 사업시행자로 지정되지 아니한 경우까지 위 조세특례제한법상 양도소득세 과세특례가 적용되는 것으로 보기 어렵다 하겠다.

(5) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 쟁점토지양도(2006.12.7.) 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 사실이 확인되고, 쟁점토지는 지정지역(2005.6.30. 주택외 투기지역으로 지정)내 소재하고 있는 토지이므로 소득세법 제96조 제2항 제7호 및 제104조의 2의 규정에 의한 양도소득세 실가 적용대상에 해당되는 것으로 보이므로 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.