아파트의 취득일을 사용승인일로 보아 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2003.6.26자로 재건축사업계획승인을 받은 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○번지 ○○○아파트 25동 106호(토지 90.37㎡, 건물 87.92㎡이고, 이하 “쟁점입주권”이라 한다)를 2003.10.31 취득하였고, 재건축하여 2006.9.28자로 준공검사를 받은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○번지 ○○○○아파트 205동 1001호(토지 59.767㎡, 건물 130.143㎡이고, 이하 “쟁점 아파트”라 한다)를 2006.12.15 양도하고 2007.2.28 실지거래가액(양도가 액 1,900,000,000원, 취득가액 1,323,287,833원)에 의하여 양도차익을 산정하 고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니하여 양도소득금액을 911,774,640원으로 산정한 후 2006년 귀속 양도소득세 409,173,580을 자진신고․납부하였다. 그 후 청구인은 쟁점아파트 중 토지의 취득시기는 입주권 취득일인 2003.10.31로 보아야 한다는 사유로 토지에 대한 장기보유특별공제 47,772,302원을 적용하고, 동 토지에 대한 양도세율을 당초 단기세율인 50%에서 일반세율인 36%로 적용하여 기 납부한 양도소득세 중 81,449,320원의 환급을 구하는 경정청구를 2007.8.13 제기하였다. 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점아파트의 취득시기는 사용검사필증 교부일인 2006.9.28로 보아야 하고, 사업계획승인인가일 이후 취득한 부동산은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 장기보유특별공제의 적용대상이 아니라고 하여 2007.9.12 청구인의 경정청구를 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.15 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트는 입주권 상태로 취득하여 재건축한 아파트의 준공일 후 1년 이내에 양도하였으나, 쟁점아파트의 토지분에 대한 실질적인 취득시점은 입주권을 취득한 2003.10.31로 보아야 하므로 토지분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 1년 이상 보유한 부동산의 세율(36%)을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점아파트는 재건축사업계획승인일(2003.6.26)이후 부동산을 취득할 수 있는 권리인 입주권 상태로 취득하여 재건축 후 양도한 부동산으로 소득세법시행령 제162조 제2항 에 의하여 쟁점아파트가 완성된 날인 사용승인일(2006.9.28)을 취득시기로 보아야 하고, 이 날로부터 1년 이내에 양도하여 장기보유특별공제 및 1년 이상 보유한 경우의 양도세율(36%)을 적용할 수 없는 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축 사업계획승인일 이후 입주권을 취득하여 재건축한 아파트를 준공일후 1년 이내에 양도한 경우, 토지에 대하여는 그 취득시기를 입주권의 취득일로 보아 장기보유특별공제를 적용하고, 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지정공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 <양도소득과세표준> <세율> 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 50

② 제1항 제2호ㆍ제2호의 2 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

(4) 소득세법시행령(2007.2.28. 개정 전의 것) 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑰ 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

(5) 소득세법시행령(2007.2.28. 개정 전의 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 재건축사업계획승인일(2003.6.26)이후인 2003.10.31 쟁점입주권을 취득하여 재건축한 쟁점아파트를 준공일(2006.9.28)로부터 1년 이내인 2006.12.15 양도하고, 당초 신고시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 장기보유특별공제는 적용하지 아니하고, 보유기간 1년 미만의 단기세율(50%)을 적용하여 양도소득세를 신고납부하였다가, 쟁점아파트 중 토지에 대하여는 그 취득시기가 입주권 취득일이라고 하여 아래표와 같이 장기보유특별공제 44,702,302원 및 양도세율 36%를 적용하여 이 건 경정청구를 한 사실에 대하여는 다툼이 없다. <당초신고 및 경정청구 내용 비교표> (단위:원) 구 분 당초신고 경정청구 비 고

① 양도가액 1,900,000,000 1,900,000,000

② 취득가액 953,437,000 953,437,000

③ 필요경비 34,788,360 34,788,30

④ 양도차익 911,774,640 911,774,640

⑤ 장기보유특별공제 0 44,772,302 토지분에 대하여 적용

⑥ 양도소득금액 911,774,640 867,002,338

⑦ 과세표준금액 909,274,640 864,502,338

⑧ 세율 50% 50%, 36% 토지분은 36% 적용

⑨ 자진납부세액 409,173,588 327,724,260 81,449,320원 환급청구

(2) 처분청이 청구인에게 한 경정청구에 대한 처리결과 통지 공문(재산세과-865, 2007.9.5)에 의하면, 경정청구대상 부동산의 취득시기는 사용검사필증 교부일인 2006.9.28이 타당하고(소득세법시행령 제162조 제1항 제4호), 사업계획승인인가일 이후 취득한 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 장기보유특별공제를 배제한 당초 신고내용이 정당하므로 경정할 이유가 없음을 국세기본법 제45조 의 2 제3항의 규정에 의하여 통지한다는 내용이 나타난다.

(3) 쟁점아파트의 등기부등본에 의하면, 쟁점아파트는 2006.11.24 청구인에게 소유권보존등기되었가가 2006.12.20 나○○에게 소유권이전등기된 사실이 확인된다.

(4) 청구인이 증빙자료로 제시하는 쟁점입주권의 매매계약서에 의하 면, 청구인이 2003.8.8 하○○과 매매계약을 체결하고 잔금약정일을 2003.10.31로 정하여 동 입주권을 850,000천원에 취득한 사실이 확인되고, 쟁점아파트공급계약서(2004.2.27)에 의하면, 청구인이 ○○○2차(저층)재개발조합등과 분담금 130,143천원을 추가 납부하기로 하고 쟁점아파트의 공급계약을 체결한 사실이 나타나고, 쟁점아파트 매매계약서(2006.10.20)에 의하면, 청구인이 2006.10.20 나○○에게 쟁점아파트를 1,900,000천원에 양도하는 계약을 체결한 사실이 확인된다.

(5) 관련법령인 소득세법 제95조 제2항 에서 장기보유특별공제는 토지 또는 건물(1세대 3주택, 미등기양도자산 등은 제외)을 3년 이상 보유하다가 양도하는 경우 양도차익에서 일정율(3년 이상 5년 미만 보유: 10%, 5년 이상 10년 미만: 15%, 10년 이상 보유: 30%)을 공제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제155조 제17항에서는 조합원입주권을 1개 소유한 1세대{관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 1세대 1주택에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우로 양도일 현재 다른 주택이 없거나 조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우에는 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제162조 제2항에서 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 취득한 경우 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 취득일로 본다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 이 건의 경우 재건축하여 양도한 쟁점아파트 중 토지의 취득시기를 청구주장과 같이 입주권 취득일인 2003.10.31로 본다면 그 보유기간이 3년을 초과하여 장기보유특별공제대상이 되는 것이고, 그 양도세율도 1년 미만의 단기세율(50%)이 아닌 일반세율(36%)를 적용할 수 있는 것이나, 청구인은 재건축 사업계획승인일 이후에 부동산을 취득할 수 있는 권리인 쟁점입주권을 취득한 것이고, 관련법령상 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 취득한 경우의 취득시기는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점아파트의 취득시기는 준공일인 2006.9.28로 보는 것이 타당하다(국심 2007서535, 2007.4.25 같은 뜻임)고 할 것이다

(7) 따라서, 이 건은 쟁점아파트의 취득시기인 준공일(2006.9.28)로부터 양도일(2006.12.15)까지의 보유기간이 1년에 미달하여 장기보유특별공제는 물론, 일반세율(36%)을 적용할 수 없는 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.