사업자등록 하지 아니한 경우 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2007.3.21 청구인에게 한 2006년 귀속 종합부동산세의 경정거부처분은 ○○○소재 다가구주택과 같은 곳 879-9 소재 다가구주택(면적이 96.22㎡인 3층 소재 1호를 제외한다)을 종합부동산세법 시행령 제3조 의 규정에 의한 합산배제 임대주택으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006년 귀속 종합부동산세를 신고하면서 청구인이 보유한 ○○○ 및 같은 곳 879-9 소재 건물 2동(모두 지층과 1층은 상가, 2~3층은 다가구주택임)의 다가구주택(이 중 위 ○○○ 소재 주택은 “쟁점1주택”, ○○○ 소재 주택은 “쟁점2주택”이라 하고, 쟁점1주택과 쟁점2주택을 합하여 “쟁점주택”이라 한다)을 과세표준에 합산하여 신고하였다가, 쟁점주택은 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되는 임대주택이라 하여 2006년 귀속 종합부동산세 3,672,237원을 환급해야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 임대주택으로서 종합부동산세 합산배제요건을 충족하려면 종합부동산세 과세기준일 현재 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 하여야 하나, 쟁점주택의 주택임대에 대하여 사업자등록을 신청한 사실이 없다 하여 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준에서 합산배제되는 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아 2007.3.21 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.6.19. 이의신청을 거쳐 2007.10.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택 소재 건물에 대하여 ○○○세무서장이 2004.1.14. 업태와 종목을 부동산·임대로 하여 직권으로 사업자등록증을 교부하였으나, 처분청은 위 사업자등록은 상가만 직권등록된 것으로 주택부분의 임대에 대하여는 사업자등록을 신청하지 아니하였으므로 종합부동산세법상 과세표준 합산배제 요건을 불충족한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 청구인은 처음(신축)부터 현재까지 위 건물 중 점포·주택부분 모두를 사업자등록증에 기재된 바와 같이 부동산임대업에 공하고 있고, 청구인으로서는 부동산 임대업으로 등록되어 있는 이상 의심없이 같은 건물 내 점포 및 주택 모두 등록된 것으로 보았으며, 다가구주택의 장기임대업은 부동산 임대업의 세세분류에 불과한 것이고, 부가가치세법 기본통칙 5-7-2의 해석을 보아도 당해 건물 중 주택에 대한 사업자등록을 추가로 신청하여야 할 여지는 없어 보이는 바, 주택임대부분에 대해 사업자등록을 신청한 사실이 없다고 하면서 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 상가·주택 겸용인 쟁점주택 소재 건물에 대하여 그 상가 임대에 대해서는 사업자등록을 고양세무서장이 직권으로 하였으나 2007.10.15. 현재까지 주택 임대부분에 대해서는 업종 추가를 하지 아니하였는 바, 주택 임대에 대하여 추가로 사업자등록을 하지 아니한 경우 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택에 대하여 주택임대 사업자등록이 되지 않았다 하여 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준에서 합산배제되는 임대주택으로 보지 아니한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1.임대주택법제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택 (2) 종합부동산세법시행령 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 임대 주택법 제2조 제4호 의 규정에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 따른 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 1.임대주택법제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 2.임대주택법제2조 제3호의 규정에 의한 매입임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 가.주택법제2조 제3호의 규정에 의한 국민주택(이하 “국민주택”이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격 3억원 이하일 것
• 나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

② 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 다가구 임대주택" 이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 “다가구주택”이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 임대 주택법 시행령 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 지방세법 시행령 제140조 의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

(3) 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사·지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)·제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의 2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. 제6조【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 소재 건물의 등기부등본, 일반건축물 대장, 주택분 과세대상 물건명세서 등에 의하면 청구인이 보유하는 쟁점주택 소재 건물은 1998.10.27., 1998.11.25. 청구인 명의로 소유권보존등기되었고, 당해 건물의 내역은 아래 <표1>과 같으며, 쟁점주택의 각 호의 면적 및 2005년(청구인이 최초로 합산배제 신청) 공시가격은 아래 <표2>와 같다. <표1><표2> ○○○

(2) 쟁점주택 관련, 청구인이 당초 제출한 임대주택 합산배제 신청서(과세기준일: 2006.6.1.)의 기재내용은 아래 <표3>과 같고, <표3> ○○○ 이후 청구인은 이 건 심판청구에서 당초 임차인 변동 등을 제대로 반영하지 못하였다고 하면서 쟁점주택 7개 호의 이 건 과세기준일(2006.6.1.) 현재 임차인은 아래 <표4>와 같다며 관련 임대차계약서 7매를 제출하였고, 그와 같이 이 건 과세기준일 현재 청구인이 쟁점주택을 임대하고 있다는 점에 대해 처분청도 다툼이 없다. <표4> ○○○

(3) 쟁점주택 소재 건물 상가부분에 대하여는 2004.1.14. ○○○세무서에서 부동산임대업으로 직권등록하였고, 주택임대부분에 대하여는 심리일 현재까지 기존 등록증에 업종을 추가하거나 별도로 면세사업자등록을 신청한 사실이 없으며, 청구인은 관할구청에 2005.12.13. 쟁점주택에 대해 임대사업자등록 신청을 하여 다음 날인 2005.12.14. 매입임대주택으로 임대사업자등록증을 발급받은 것으로 심리자료에 나타난다. (4) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 임대 주택법 제2조 제1호 에서 규정한 임대주택 또는 다가구 임대주택으로 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 주택은 과세표준 합산대상이 되는 주택 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 법 제8조 제2항 제1호에서“대통령령이 정하는 주택”이라고 함은 임대 주택법 제2조 제4호 규정에 따른 임대사업자로 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택, 매입임대주택, 기존임대주택(임대사업자의 지위에서 종합부동산세법 시행일인 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 주택) 중 일정 요건을 충족하고 있는 주택이라고 규정하고 있다.

(5) 한편, 소득세법 제168조 제1항 과 제2항에서 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 하고 부가가치세법 규정에 의하여 (과세)사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 (면세)사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니한다(부가가치세법 기본통칙 5-7-2 참고). (6) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항 등을 보면 이미 부동산 임대업으로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택 임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니한다 하더라도 소득세법상 면세사업자등록을 한 것으로 본다고 해석되는 점, 종합부동산세법 시행령 제3조 제3항 에서 합산배제 임대주택의 요건으로 주택임대로 사업자등록을 하는 경우라 규정하지 아니하고 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우라고만 규정하고 있는 점, 부동산(상가) 임대업으로 사업자등록을 하였다 하더라도 주택 임대업을 영위하는 것이 가능한 점, 청구인이 동일한 사업장인 이 건 전체 부동산에서 실제 과세사업인 상가 임대업 뿐만 아니라 면세사업인 주택 임대업을 함께 영위한 점 등을 감안하면, 이 건 과세기준일 현재 쟁점주택에 대하여 주택임대업을 추가등록하지 아니하였다 하더라도 2004.1.14. 이미 부동산(상가) 임대업을 등록한 이상 실질과세의 원칙상 당해 쟁점주택은 합산배제 임대주택에 해당하는 것으로 보인다(○○○, 2007.12.12. 등 참조). 다만, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 규정에 의하면 합산배제 임대주택은 매입임대주택으로서 국민주택 규모 이하로 5호 이상의 임대를 개시한 날 또는 최초로 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하 등 요건도 충족하여야 하는 바, 쟁점2주택 중 3층 소재 1호의 경우에는 면적이 96.22㎡로서 국민주택규모(85㎡)를 초과하므로 이는 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.