중소기업특별세액감면 적용 대상 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 ○○○에서 영화․방송드라마를 촬영 제작하는 사업자로서 2003사업연도부터 2005사업연도까지에 대한 법인세 신고를 하면서 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “세액감면”이라 한다)을 신청하여 법인세 2003사업연도분 41,696,650원, 2004사업연도분 43,113,920원, 2005사업연도분 94,823,690원을 산출세액에서 차감하고 납부하였다. 처분청은 청구법인이 세액감면을 적용받을 수 있는 소기업의 요건(상시근로자가 10인 미만)을 충족하지 못한다고 보아 당해 세액감면을 배제하여 2007.4.11. 법인세 2003사업연도분 41,696,650원, 2004사업연도분 43,113,920원, 2005사업연도분 105,320,670원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.30. 이의신청을 거쳐 2007.10.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법시행령 제2조 제5항 에서 “ 중소기업기본법시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도(이하 “유예기간”이라 한다)까지 중소기업으로 본다.”라고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제2조 제2항 에 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에도 유예기간 동안에는 중소기업에 해당한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법기본통칙 4-2-5(중소기업유예기간의 적용범위)제1항에서 “중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당 업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용한다.”라고 규정하고 있으므로 2003년부터 청구법인의 업종이 제조업에서 기타서비스업으로 변경되어 감면혜택을 적용받을 수 없게 되었다 하더라도 유예기간 동안은 제조업으로 보고 세액감면을 적용함이 타당하다.

(2) 청구법인은 1998.2.19. 개업 이후 2002.12.31.까지는 제조업체로 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정에 따라 세액감면을 적용받아 왔고, 소득세법시행령 제145조 제1항 및 법인세법시행령 제104조 제2항 의 규정에 따라 국세청장이 국세청 홈페이지에 게재하는 기준경비율 관련 업종분류에서도 2002년부터 2004년까지 일반영화제작업(기준경비율 코드 381002)은 업태가 제조업으로 되어 있었고(2005년부터는 사회 및 개인서비스업으로 변경됨), 통계청 고시 한국표준산업분류상으로도 일반영화제작업이 영화, 방송 및 공연산업(87)으로 되어 있어 중소영화제작업자인 청구법인이 영위하는 영화제작업(한국표준산업분류코드 87112)이 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 저목에서 규정하는 영화산업에 해당하나 청구법인이 같은 항 제2호 가목의 소기업에 포함되지 아니한다는 사실을 알기 어려웠던 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 감면신청을 잘못한 책임은 전적으로 정부에 있으므로 공제받은 감면세액을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위반되어 당연히 취소되어야 한다. 인정이자를 계산한다 하더라도 적수계산 대상일수는 12일로 제한하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 중소기업 중 청구법인과 같이 수도권 내에 소재하는 영화산업을 영위하는 사업자인 경우 세액감면을 적용받기 위해서는 조세특례제한법시행령 제6조 제5항 에서 규정하는 요건인 상시 사용하는 종업원 수가 10명 미만인 소기업에 해당하여야 하나, 청구법인은 상시 종업원수가 2003년 22명, 2004년 24명, 2005년 25명으로 위 요건에 해당되지 아니하며, 중소기업 유예기간을 적용받는 법인이라 하더라도 수도권 내에 소재하는 법인인 경우 세액감면을 적용받기 위해서는 조세특례제한법시행령 제6조 제5항 에서 규정하는 소기업 요건을 충족하여야 하는 것이므로 소기업 요건을 충족하지 아니한 청구법인에게 당해 세액감면을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 적법하다.

(2) 2002.12.30. 소득세법시행령(대통령령 제17825호) 제31조 제1호에서 일반영화제작업을 제조업에서 서비스업으로 개정하면서 사업자등록증상 업태 정정에 대한 별도의 경과조치를 두지 아니한 점, 2002년부터 2004년까지 국세청 홈페이지에 게재된 기준경비율 관련 업종분류에서 일반영화제작업의 업태가 제조업으로 되어 있었던 점(2005년부터는 사회 및 개인서비스업으로 분류), 과세관청의 사업자등록증과 법인사업자 기본사항에도 계속 제조업으로 등재하고 있었던 점 등을 고려하여 청구법인의 2003 및 2004사업연도 세액감면 적용분에 대하여는 가산세를 부과하지 아니하였으나, 이 건은 명백히 세액감면요건에 맞지 아니함에도 감면을 적용한 법령위반사항이므로 세액감면을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

• 가. 쟁 점

(1) 법령의 개정에 따라 중소기업이 제조업 소기업에서 서비스업 소기업으로 업종이 변경된 경우 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업 특별세액감면을 적용할 수 있는지 여부(주위적 청구)

(2) 위와 같은 경우 중소기업 특별세액감면을 배제하고 법인세를 부과한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(예비적 청구)

• 나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 가. 제조업
• 저. 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다)

• 가. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업: 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 소기업은 100분의 10
• 나. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업，의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

○ (나) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 1)제6조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

③ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 소기업" 이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

○ 2)제2조 (중소기업의 범위)

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조제8항의 규정에 의한 물류산업, 해운법에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운용 관련업, 제54조제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업"이라 한다), 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 "폐수처리업"이라 한다), 종자 및 묘목생산업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 "영화산업"이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다) 및 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 증권거래법에 의한 주권상장법인·협회등록법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법시행령 제3조제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다.

○ (다) 구 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제31조(제조업의 범위) 법 제19조의 규정에 의한 사업소득에 관한 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 법 제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업으로 본다.

1. 일반영화제작업 또는 광고영화제작업

○ (라) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제31조 (제조업의 범위) 법 제19조의 규정에 의한 사업소득에 관한 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 법 제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업으로 본다.

(2) 쟁점(2) 관련

○ (가) 국세기본법

1. 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 2) 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지)

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 청구법인은 2003사업연도부터 2005사업연도까지에 대한 법인세 신고를 하면서 중소기업 특별세액감면을 신청하여 법인세 2003사업연도분 41,696,650원, 2004사업연도분 43,113,920원, 2005사업연도분 94,823,690원 합계 179,634,260원을 산출세액에서 차감하여 납부하였고, 처분청은 청구법인이 세액감면을 적용받을 수 있는 소기업의 요건(상시 근로자가 10인 미만)을 충족하지 못한다고 보아 당해 세액감면을 배제하여 2007.4.11. 법인세 2003사업연도분 41,696,650원, 2004사업연도분 43,113,920원, 2005사업연도분 105,320,670원 합계 190,131,240원을 부과하였음이 확인된다. (나) 청구법인은 영화․방송드라마를 촬영 제작하는 제조업체로서 2002사업연도까지는 중소기업에 해당하여 세액감면을 적용받았으며, 2003년 소득세법시행령 제31조 제1호 의 개정으로 제조업인 방송 및 영화관련 산업이 기타서비스업으로 업종이 변경되었으나, 조세특례제한법시행령 제2조 제2항 과 제5항의 유예기간의 적용을 받는 경우에 해당되므로 유예기간동안은 세액감면의 적용이 가능함에도 세액감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 1) 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 에서 중소기업에 해당되기 위해서는 본문에서 규정하는 업종을 영위하여야 하고, 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 중소기업기본법시행령 별표 1의 규정(이하 “중소기업기준”이라 한다)에 의한 규모기준 이내이어야 하며, 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합하여야 한다고 규정하고 있다.

2. 중소기업이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 중소기업에 대한 조세특례를 적용받을 수 없게 되어 갑자기 세금부담이 증가할 소지가 있으므로 조세특례제한법시행령 제2조 제2항 에서 그 규모의 확대 등으로 인하여 중소기업기준에 의한 규모기준을 초과하거나 상시 사용하는 종업원수․자기자본금․매출액 또는 자산총액이 제2조 제1항 각호 외의 부분 단서에서 규정하는 기준금액을 초과하는 경우에도 유예기간 동안에는 중소기업으로 보아 조세특례를 적용하도록 규정하고 있으며, 조세특례제한법시행령 제2조 제5항 에서는 중소기업기본법시행령 별표 1의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 유예기간동안 중소기업으로 보도록 규정하고 있다.

3. 청구법인은 2002.12.30. 소득세법시행령 제31조 의 개정에 따라 2003.1.1.부터 일반영화제작업이 제조업에서 기타서비스업으로 분류되어 업태가 변경되었으나 변경된 후에도 영화제작업은 영화산업으로서 중소기업 업종에 해당되어 청구법인은 계속하여 중소기업인 만큼 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때 적용하는 규정인 유예기간을 적용할 여지가 없다. 4) 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 에서 소재하는 지역에 따라 중소기업 특별세액 감면요건을 다르게 규정하여 수도권 안에 소재하는 중소기업은 중기업과 소기업으로 구분하여 소기업에 대하여만 세액감면을 적용하고, 중기업에 대하여는 세액감면을 적용하지 아니하며(지식기반사업은 중기업도 세액감면을 적용) 수도권 외에 소재하는 중소기업은 중기업과 소기업으로 구분하지 아니하고 감면을 적용하도록 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제6조 제5항 에서 상시 사용하는 종업원 수를 기준으로 제조업은 100명 미만, 광업․건설업․물류산업 또는 운수업 중 여객운송업은 50명 미만, 기타의 사업은 10명 미만인 경우 소기업으로 규정하고 있다.

5. 청구법인은 수도권 안에 소재하고 2002.12.30. 소득세법시행령 제31조 의 개정 전까지 제조업이 업태이며 소기업 요건인 상시 종업원이 100명 미만에 해당하므로 세액감면이 가능하였으나, 소득세법시행령 제31조 가 개정됨에 따라 업종이 제조업에서 서비스업으로 변경되었고, 서비스업의 소기업 요건은 상시 종업원이 10명 미만이므로 상시 종업원이 2003년 22명, 2004년 24명, 2005년 25명인 청구법인은 중소기업 중 소기업이 아닌 중기업에 해당하므로 세액감면을 적용받을 수 없고, 수도권 안에 소재하는 중소기업을 중기업과 소기업으로 구분하여 소기업에 대하여만 세액감면을 적용하고, 중기업에 대하여는 세액감면을 적용하지 아니하는 것은 세액감면의 적용요건이므로 감면을 적용받는 당해 사업연도를 기준으로 중기업 또는 소기업 여부를 판단하는 것이며, 소득세법시행령 제31조 제1호 의 개정 전에 소기업에 해당하였다고 하여 유예기간동안 소기업으로 보는 것은 아니다. (다) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것이므로, 세액감면 관련법령에서 소기업이 중기업으로 변경되는 경우 중소기업 유예기간에 관한 규정을 적용 내지 준용한다는 규정이 없는 한 당해 규정을 적용하여 세액감면을 하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2003 및 2004사업연도 법인세 신고시 업태를 제조업으로 오인하여 세액감면을 적용할 수밖에 없었던 책임은 전적으로 정부에게 있으므로 청구법인에게 그 책임을 물을 수 없고, 감면세액을 추징한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장이다. (나) 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항에서 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되거나 비과세관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 아니한다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 대외에 표시될 것을 요한다 할 것이다(대법원 1995누9815,1995.10.12 같은 뜻). (다) 이 건의 경우 청구법인이 2003 및 2004사업연도에 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 있는지에 대하여 과세관청에게 질의하여 회신을 받은 사실이 없을 뿐만 아니라, 과세관청이 과세하지 아니한다는 명시적 또는 묵시적 의사를 대외적으로 표시하였다 할 수 없으므로, 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되거나 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수는 없다 할 것이다. (라) 따라서 청구법인이 위법․부당하게 적용받은 세액감면을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 적법․타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.