부당행위계산의 부인 규정을 적용함에 있어 시가 적용 방법

심판청구를 기각합니다.

○○○ 주식회사는 1988.1.1. 개업하여 ○○○에서 가구제조업을 영위하여 온 법인으로, 2005.12.28. 대표이사인 ○○○으로부터 코스닥상장법인인 주식회사 ○○○의 주식 1,030,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2,832,500천원(1주당 2,750원)에 매입하였다. 처분청은 국세청의 감사지적에 따라 ○○○ 주식회사가 ○○○으로부터 쟁점주식을 법인세법에서 규정하는 시가인 2,497,750천원(1주당 2,425원) 보다 높은 가액으로 매입하여 ○○○에게 334,750천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 이익을 분여한 것으로 보고 ○○○에게 상여로 소득처분하고, 2007.5.29. ○○○ 주식회사에게 2005귀속 상여 334,750천원에 대한 소득금액변동통지를 하였다. 주식회사 ○○○는 2007.8.3. ○○○ 주식회사를 흡수합병하였고, 동 법인의 권리의무를 승계한 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○ 주식회사와 그 대표이사 ○○○ 간의 주식 매매거래에 대하여 개인인 ○○○은 소득세법에서 규정하는 시가를 기준으로 양도가액을 산정하여 적법한 양도소득세 신고를 하였으므로, 처분청이 법인세법에서 규정하는 시가를 기준으로 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 ○○○에게 상여처분하고, ○○○ 주식회사에게 소득금액변동통지한 처분은 취소함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점주식의 거래는 거주자가 특수관계자인 법인과 경제적 합리성을 결여한 거래로 인하여 거주자의 조세의 부담을 감소시킨 경우가 아니라, 법인이 특수관계자인 개인과의 경제적 합리성을 결여한 거래로 인하여 법인의 조세부담을 감소시킨 경우에 해당하므로 법인세법에서 규정하는 시가를 기준으로 부당행위계산의 부인규정을 적용하는 것이다. 따라서, 처분청이 ○○○에게 상여처분하고, ○○○ 주식회사에게 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인과 특수관계자인 개인간의 거래에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용함에 있어 법인세법상 시가와 소득세법상 시가 중 어느 것을 우선 적용할 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제23조 (법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 때에 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다. (2) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. 법인세법시행령 제87조 (특수관계자의 범위)

① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 법인세법시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우 법인세법시행령 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. 법인세법시행령 제89조 (2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 후의 것)

① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 한국증권선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. (3) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등 소득세법 제96조 (양도가액)

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

1. 제89조제1항제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제1항제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

③ 제1항 및 제2항 각호의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조제1항 각호의 자산을 법인세법 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다. 소득세법 제101조 (양도소득의 부당행위계산)

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다. 소득세법시행령 제98조 (부당행위계산의 부인) ①법 제41조 및 법 제101조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인

② 법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 소득세법시행령 제167조 (양도소득의 부당행위 계산)

③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 제98조제2항 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

④ 제98조제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조제1항 본문중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 본다.

⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 상속세및증여세법 제63조 (유가증권등의 평가)

① 유가증권등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 가. 한국증권선물거래소에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권선물거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일이전·이후 각 2월의 기간중에 증자·합병등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2007.8.3. ○○○ 주식회사를 흡수합병하였고, 주식매매계약서 및 양도소득세과세표준 신고 및 자진납부계산서에 의하면 ○○○ 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다) 대표이사 ○○○(이하 “특수관계 대표이사”라 한다)은 2005.12.28. 청구법인 주식 1,030,000주를 주당 2,750원, 총 2,832,500천원에 피합병법인에 양도하고, 2006년 5월 동 주식거래에 대하여 특수관계 대표이사의 주소지 세무서장에게 양도소득세를 신고한 사실이 확인된다.

(2) 처분청은 국세청의 감사지적에 따라 피합병법인이 특수관계 대표이사로부터 쟁점주식을 법인세법에서 규정하는 시가인 2,497,750천원(1주당 2,425원) 보다 높은 가액으로 매입하여 특수관계 대표이사에게 334,750천원의 이익을 분여한 것으로 보고, 특수관계 대표이사에게 상여로 소득처분하고, 2007.5.29. 피합병법인에게 2005귀속 상여 334,750천원에 대한 소득금액변동통지한 사실이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 피합병법인과 특수관계 대표이사 간의 주식 매매거래에 대하여 개인인 특수관계 대표이사는 소득세법에서 규정하는 시가를 기준으로 양도가액을 산정하여 적법한 양도소득세 신고를 하였으므로 처분청이 법인세법에서 규정하는 시가를 기준으로 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 특수관계 대표이사에게 상여처분하고 피합병법인에게 소득금액변동통지한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, (가) 법인세법 제52조 제1항 에서 납세지 관할세무서장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 소득세법 제101조 제1항 에서 납세지 관할세무서장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있어, 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위를 행한 주체에 따라 법인세법이 또는 소득세법 중 어느 법이 적용되는 지 결정되어진다고 판단된다. (나) 거주자와 내국법인간 양도소득 대상자산을 거래한 경우에 거래의 기준이 되는 시가에 대하여 거주자는 소득세법시행령 제167조 제5항 에서 규정하고, 내국법인은 법인세법시행령 제89조제1항 에서 각각 규정하고 있어서 동일한 거래에 대하여 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가가 다를 수 있으나 소득세법 제96조 제3항 에서 “거주자가 제94조제1항 각호의 자산을 법인세법 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다.”라고 규정하고 있고, 시행령 제98조 제6항에서 “개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조제1항의 규정을 적용하지 아니한다.”라고 규정하여 소득세법에서 규정하는 시가보다 법인세법에서 규정하는 시가를 우선적으로 적용하도록 하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 거주자와 내국법인간 양도소득 대상자산을 거래한 경우 내국법인에게 법인세법상 부당행위부인 규정이 적용되는 경우에는 법인세법상 시가를 개인의 양도가액으로 보도록 하고 있고, 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 소득세법에서도 부당행위계산을 하지 않도록 규정하고 있으므로 처분청이 피합병법인이 특수관계 대표이사로부터 법인세법에서 규정하는 시가보다 고가로 취득한 쟁점금액에 대하여 대표자 상여로 처분하고, 피합병법인에게 소득금액변동통지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.