부동산매매업을 영위하는 법인의 법인세 경정시 매출액에 대응하는 매출원가에 해당하는 재고자산(부동산)의 취득세 등은 필요경비에 산입하고 그 차액을 상여처분함
부동산매매업을 영위하는 법인의 법인세 경정시 매출액에 대응하는 매출원가에 해당하는 재고자산(부동산)의 취득세 등은 필요경비에 산입하고 그 차액을 상여처분함
1. 처분청이 2007.08.01. 청구인에게 한 2005년 귀속 종합소득세 43,890,920원의 부과처분은 (주)○○○가 쟁점토지 취득시 납부한 취득세 등 22,928,280원 및 등록세 등 24,552,000원 합계 47,480,280원에서 쟁점토지 면적(33,817㎡)에 대한 쟁점분할양도토지 면적(8,356㎡)의 점유비율에 47,480,280원을 곱한 것을 차감한 금액은 (주)○○○의 매출누락액에 대응하는 매출원가에 해당하므로 이를 제외하여 산정한 상여처분금액을 기준으로 청구인의 종합소득세 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구인은 부동산매매업을 영위하는 (주)○○○(이하 “청구외 법인”이라 한다)의 대표이사로, ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 112-3 임야 64㎡, 같은 리 112-4 임야 11,507㎡, 같은 리 112-5 임야 22,406㎡, 합계 3필지 33,817㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 ○○○으로부터 1,019,500천원에 취득한 후 31필지로 분할하여 청구외 ○○○ 등 43인에게 매도하였으나 2005사업연도 법인세 과세표준을 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구외 법인에 대한 법인세 실지조사를 실시하여 청구외 법인의 수입금액을 3,098,585천원으로, 소득금액을 459,668천원(익금산입하고 대표이사 상여처분)으로 결정하고, 2006.08.30. 청구외법인에 대하여 법인세 144,970천원을 과세할 것을 통지하였다. 청구인은 이에 대하여 쟁점토지(31필지) 중 일부토지(8필지) 8,356㎡(이하 “쟁점분할양도토지”라 한다)는 청구외 제3자인 주식회사 ○○○○(이하 “(주)○○○○”라 한다)가 미등기 전매하여 처분한 것으로 그 매매(양도)가액 568,900천원은 (주)○○○○에 귀속된 것이므로 청구외법인의 매출액에서 제외하여야 한다는 취지로 2006.10.2. 과세전적부심사를 청구하였다. 처분청은 이에 따라 청구외법인의 매출액에서 쟁점분할양도토지에 대한 (주)○○○○의 처분가액 568,900천원을 공제하고, 그에 대응하는 매출원가 251,913천원을 청구외법인의 매출원가에서 공제하여 청구외법인의 소득금액을 142,681천원으로 결정하였으며, 동 소득금액에 대하여 대표자 상여처분함에 따라 2007.8.13. 청구인에게 2005귀속 종합소득세 43,890,920원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구외 (주)○○○○가 2005년 3월 쟁점토지에 대하여 소유자 ○○○과 1,019,500천원에 매매계약하여 계약금 1억원만 지급한 상태에서 쟁정분할양도토지를 ○○○외 8인에게 미등기 전매한 사실이 있으며, (주)○○○○의 운영자 ○○○가 2005.5.17. 부동산특별조치법 위반으로 구속되면서 청구인에게 쟁점토지 문제를 처리하여 달라는 부탁을 하여 청구인은 쟁점토지가액 잔금 919,500천원을 위 ○○○에게 지급하고 쟁점토지 소유권을 취득하였고, 쟁점분할양도토지를 ○○○외 8인에게 소유권 이전한 사실이 있는 바, 청구외법인의 매출원가에서 차감하는 금액은 처분청 의견과 같이 쟁점분할양도토지의 면적비율에 따라 안분계산한 금액인 251,913천원(1,019,500천원×8,356㎡/33,817㎡)이 아니라, (주)○○○○가 쟁점토지 매매계약으로 지급한 1억원이 되어야 하여, 이럴 경우 청구외법인의 소득금액은 △9,231천원으로 달리 소득처분할 금액이 없게 된다.
(2) 청구외법인의 매출원가에서 차감하는 금액이 설사 청구인이 주장하는 1억원이 아니라, 처분청 의견과 같이 251,913천원이라 하더라도 그 귀속자는 쟁점분할양도토지를 실지 판매한 (주)○○○○임이 확인되므로 소득처분은 “대표자 상여”가 아닌 “기타 사외유출”로 보아 청구인에게 한 부과처분을 취소하여야 한다.
(3) 청구외법인의 2005사업년도 수입금액은 토지매입 등에 모두 사용되어 부당하게 사외유출된 금액이 없고, 2005.12.31. 현재 청구외법인의 자본금은 1억원으로 특별한 차입금도 없이 재고자산(토지) 가액만 하여도 10억원이 넘는 점을 감안하면 청구외법인의 자금이 사외로 유출되지 아니하였음이 명백한 바, 처분청이 청구외법인의 소득금액을 조사하면서 자금이 실지내용을 확인하지 아니하고 청구외법인의 소득금액을 모두 대표자 상여로 처분하는 것은 부당하다. 이와 관련하여 처분청은 청구외법인의 소득금액 결정시 토지취득에 따른 취득세 및 등록세 등 납부세액을 매출원가에 반영하지 아니하였고, 일부 토지의 취득가액(과세표준)도 사실과 다르게 계상하였는 바, 쟁점토지(33,817㎡) 취득시 취득세 및 등록세 등 47,480,280원, 쟁점토지 외 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산4-4 소재 토지(14,576㎡) 취득시 취득세 및 등록세 등 36,514,800원, ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산 17 소재 토지(22,215㎡) 취득시 취득세 및 등록세 등 19,229,400원을 청구외법인의 토지 매출원가에 반영하여야 하고, 위 ○○도 ○○군 ○○리 토지 취득분(22,215㎡)에 대한 취득가액은 처분청이 계상한 222,412,964원이 아니라 422,429,400원임이 증빙에 의하여 확인되므로 이를 청구외법인의 매출원가에 반영하여야 한다.
(1) 쟁점토지 매매와 관련하여 청구외법인의 장부(상품계정) 및 매매계약서에 의하면, 2005.5.27. 계약금 100,000천원, 2005.7.5. 잔금919,500천원을 지급한 것으로 기재되어 있어 청구외법인이 쟁점토지 매입액 전액(1,019,500천원)을 매출원가로 계상하였음이 명확하고, 쟁점분할양도토지 매입가액은 매입토지 각각의 매입가액을 개별적으로 확인할 수 없는 점, 각 토지의 공시지가가 대부분 동일한 점 등을 감안하여 쟁점토지에서 쟁점분할양도토지가 차지하는 면적비율(8,356㎡/33,817㎡)에 따라 쟁점토지 매입가액(1,019,500천원)을 기준으로 안분 계산하여 산정(251,913천원)하였는 바, 과세전적부십심사 결정에 따라 제외되는 청구외법인의 매출액에 대응하는 매출원가를 적법한 근거에 의하여 산출한 것이다.
(2) 청구외법인에 대한 소득처분(대표자 상여) 대하여는 과세전적부심 인용결정에 따라 매출금액 감액분과 그 대응원가를 조정하여 경정한 후 소득금액에 대하여 상여처분한 것으로, 청구외법인의 매출원가에서 차감한 215,913천원은 (주)○○○○의 수입금액에 대응하는 매출원가를 구성할 뿐, 청구외법인에 대한 상여처분 내역과는 무관하므로 “대표자 상여”가 아닌 “기타 사외유출”로 소득처분 하여야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.
(3) 청구외법인의 토지취득시 납부한 취득세・등록세를 매출원가로 인정하여 달라는 청구주장에 대하여는 청구외법인의 법인세 결정과 관련된 문제로서 이 부분에 대하여 청구인은 청구자격이 없는 부적격자에 해당하는 바, 위 납부세액을 매출원가에 산입할 수 있는지 여부를 가리기에 앞서 청구요건을 위배한 청구에 해당하므로 청구인 주장을 수용할 수 없다. 또한, 청구외법인은 2005년 법인세를 무신고하였고 관련 법인세가 2006.12.1. 조사 결정되어 심리일 현재 불복을 청구할 수 있는 기간이 경과되었으므로 위 청구인이 주장하는 금액을 청구외법인의 매출원가에 산입할 수 없다.
(1) 청구외법인의 매출원가에서 차감할 쟁점분할양도토지의 매입원가 계산시 쟁점토지 매입대금 전체를 토지면적비율로 안분계산한 금액으로 산정한 처분의 당부
(2) 청구외법인에 대한 소득처분을 대표자 상여가 아닌 기타 사외유출로 처분하여야 하는지 여부
(3) 쟁점토지 취득시 납부한 사실이 확인되는 취득세・등록세액은 쟁점토지 매출누락액에 대응하는 매출원가를 구성하므로 이를 청구인에 대한 상여처분금액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제41조【자산의 취득가액】
① 내국법인이 매입・제작・교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액
② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.
(2) 소득세법 제80조【결정과 경정】
① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때
2. 제163조의 규정에 의한 매출・매입처별계산서합계표 또는 제164조・제164조의 2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때
③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (3) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 제72조 【자산의 취득가액 등】
① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세・등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제106조 【소득처분】
① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호내용 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구외법인에 대한 처분청의 조사복명서(2006.8.18.)에 의하면, 청구외법인의 부동산계약서 및 장부내용 등에 의하여 쟁점토지의 당초 매수자 및 분할 매각자가 (주)○○○○로 확인된다는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구외법인의 쟁점토지 매매계약서에 의하면 매매대금은 1,019,500천원으로 2005.5.27. 계약금 100,000천원, 2005.7.5. 잔금 919,500천원을 지급하기로 되어 있고, (주)○○○○가 쟁점토지 매매계약과 관련하여 지급하였다는 계약금 100,000천원에 대하여는 관련사실의 기재가 없다. (다) 청구외법인의 장부(상품계정)에 2005.5.27. 쟁점토지 매매계약금 100,000천원, 2005.07.05. 잔금 919,500천원을 지급한 것으로 기재되어 있고, 청구외법인의 ‘상품매출’ 계정에 쟁점분할양도토지의 매매금액 568,900천원이 포함되어 있다. (라) 이 건에 대하여 청구인이 제기한 과세전적부심사청구의 사실 관계에 의하면, 쟁점분할양도토지 매도자는 (주)○○○○로, 계약체결 일자는 2005.4.22. ~ 2005.5.12. 이고, 계약서 9건의 매매금액 합계는 568,900천원이며, 동 금액을 매수인 ○○○외 8명이 (주)○○○○ 예금계좌로 입금하여 (주)○○○○에서 565,800천원을 인출한 사실이 나타난다. (마) 위 과세전적부심사청구에 대한 처분청의 결정서(2006.11.8.)에 의하면, 쟁점분할양도토지의 매매대금 568,900천원을 (주)○○○○의 수입금액으로 보아 청구외법인의 매출액에서 차감하고, 쟁점분할양도토지의 취득가액(251,913천원)을 청구외법인의 매출원가에서 차감하여 청구외법인의 각사업연도 소득금액을 결정한다고 기재되어 있다. (바) 살피건대, 청구외법인의 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 매매대금은 1,019,500천원으로 2005.5.27. 계약금 100,000천원, 2005.7.5. 잔금 919,500천원을 지급하기로 되어 있고, (주)○○○○가 쟁점토지 매매계약과 관련하여 지급하였다는 계약금 1억원에 대하여는 관련사실의 기재가 없으며, 청구외법인의 장부에도 위 매매계약서와 같이 쟁점토지 매매계약금 1억원, 잔금 919,500천원이 기재되어 있음이 기재되어 있음이 확인되는 바, 청구인의 주장에 따르면 쟁점분할양도토지의 양도가액(568,900천원)에 대응하는 취득가액(매출원가)을 쟁점토지 매매거래의 계약금(1억원)으로 보는 것이 되어 그 타당성을 인정하기 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구외법인의 매출원가에서 차감되는 쟁점분할양도토지의 매출원가는 명확히 구분되는 금액이 아니므로 일반적으로 용인되는 통상적인 방법에 의하여 계산하는 것이 합리적일 것인 바, 처분청이 이 건 쟁점토지 중 분할된 각각의 토지의 매입가액을 개별적으로 확인할 수 없는 점, 각 토지의 공시지가가 대부분 동일한 점 등에 비추어 쟁점 토지에서 차지하는 쟁점분할양도토지의 면적비율에 따라 안분계산한 방법은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) 청구외법인에 대한 처분청 조사내용(2006.8.18. 법인세 무신고자 조사복명서)에 의하면, 청구외법인이 부동산 처분에 관하여 법인세 신고를 하지 아니하여 처분청에서 실지조사를 통하여 부동산계약서 사본 및 장부 등 관련서류를 징취하였고, 이를 검토한 결과, 장부는 기장된 내용이 결손으로 나타나는 등 신빙성이 없었고, 부동산계약서는 실지 계약서인지 여부도 확인되지 아니하였으며, 장부상 매출원가 등이 과다계상한 것으로 나타나 조사기간을 연장하였다고 기재되어 있으며, 청구외법인에 대한 실지조사에서 증빙 및 장부가 제출됨에 따라 이를 근거로 청구외법인의 법인세를 결정하였다고 기재되어 있다. (나) 또한, 2008.5.16. 개최된 조세심판관회의에 청구인의 대리인이 참석하여 처분청이 청구외법인에 대한 법인세 과세표준 실지조사시 청구외법인의 당기순이익 모두를 대표자인 청구인에게 상여처분한 것은 부당함을 주장하면서, 동 당기순이익이 대표자에게 귀속되었는지 여부가 불분명함에도 불구하고 이를 “사내유보”로 인정하지 아니하고 “대표자 상여”로 소득처분하는 것은 부당하다는 취지의 진술을 한 사실이 있다. (다) 이상과 같은 사실관계와 관련법령을 종합적으로 살피건대, 당초 청구외법인은 이 건 토지매출 사실에 대하여 법인세 신고 등을 하지 아니하여 처분청이 청구외법인의 장부 및 증빙을 제출받아 이를 기초로 한 실지조사를 통하여 소득금액을 결정하였고, 처분청은 청구외법인이 재고상품(토지)을 매출한 사실이 있음에도 매출액을 장부에 기재하지 아니함에 따라 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자인 청구인에게 상여처분하기로 한 것으로 보이는 바, 처분청이 이 건 과세전적부심사 결정에 따라 청구외법인의 매출액에서 568,900천원, 매출원가에서 251,913천원을 차감한 결과, 당초 청구외법인에 대한 상여처분 결정액 459,668,413원에서 (주)○○○○에 귀속되는 수익금 316,987천원(568,900천원 - 251,913천원)을 공제한 142,681,413원이 청구외법인의 소득금액으로 남게 된 것이며, 처분청은 이에 위 청구외법인의 소득금액으로 결정된 142,681,413원에 대하여 대표자 상여처분한 것으로 청구인이 주장하는 251,913천원에 대하여 소득처분한 것은 아니라고 판단되고, 또한 142,681,413원은 그 귀속자가 불분명하므로 대표자에게 상여로 처분되어야 할 것이다. 따라서, 이 건에 대한 청구인의 주장은 그 타당성을 인정하기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 이 건 처분청의 과세경위를 보면, 청구외법인이 쟁점토지의 매매 등에 관한 법인세를 무신고하여 처분청에서 실지조사를 통하여 부동산계약서 사본 및 장부 등 관련서류를 징취하였고, 청구외법인의 기장된 내용이 결손으로 나타나는 등 장부의 신빙성이 없으며, 부동산매매계약서는 실지 계약서인지 여부도 확인되지 아니하였고, 장부상 매출원가 등이 과다계상된 것으로 나타나 법인세 실지조사 기간을 연장하였다고 하는 바, 처분청은 청구외법인이 증빙 및 장부를 보완하여 제출함에 따라 이를 근거로 청구외법인의 법인세를 결정한 사실이 이건 심리자료에 의해 확인된다. 이에 따라 처분청이 이 건에 대하여 소득세법 제80조 (결정과 경정) 규정에 의하여 청구외법인이 제출한 장부 및 증빙을 근거로 처분하였고, 자금의 실지 사용내역은 청구외법인이 충분히 제시할 수 있었음을 감안할 때 이 건 처분청의 조사과정 및 과세절차에 잘못이 있다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다만, 청구인은 청구외법인의 소득금액 결정시 토지취득에 따른 취득세 및 등록세 등 납부세액이 매출원가에 반영되지 아니하였음을 이 건 조사과정에서 주장하면서 관련증빙을 추가 제출하였는 바, 당초 청구외법인의 소득금액 결정을 위한 매출원가의 산정에 있어 처분청의 경정내용에 대하여 청구인이 아래 〈표1〉과 같이 처분청의 내용과 다르게 제시하였다. 〈표1〉 청구외법인의 매출원가 명세서(2005년) 소재지 취득면적(㎡) 양도면적(㎡) 매출원가 비고 처분청 결정 청구인 제시
○○○ 33,817 33,817 1,019,500,000 1,019,500,000 취득가액 47,480,280 등록(취득)세등 소계 1,019,500,000 1,066,980,280
○○○ 14,579 3,974 793,800,000 793,800,000 취득가액 36,514,800 등록(취득)세등 소계 793,800,000 830,314,800
○○○ 22,514
• 222,412,964 403,200,000 취득가액 19,229,400 등록(취득)세등 소계 222,412,964 422,429,400 합계(당기 매입액) 2,035,712,964 2,319,724,480 합계(당기 매입액)-적부심결과 반영* 1,783,799,964 2,067,811,480 (기말 재고액) 799,835,901
○○리 577,422,937
○○리 222,412,964 1,026,413,792
○○리 603,984,392
○○리 422,439,400 총계(매출원가) 983,964,063 1,041,397,688 * 과세전적부심사 결과를 반영하여 (주)○○○○의 귀속분인 쟁점분할양도토지의 매출원가(251,913천원)를 청구외법인의 매출원가에서 제외한 금액임 ※ 기말재고액=〈(취득면적-양도면적)/취득면적〉×당기 매입액 (다) 청구외법인이 쟁점토지를 포함한 부동산 취득과 관련하여 납부한 세액의 내역은 아래 〈표2〉와 같이 확인된다. 〈표2〉 청구외법인의 취득세 및 등록세 등 납세내역(2005년) 소재지 취득면적(㎡) 납세 등 내역 비고
○○○ 33,817 취득세(농특세) 22,928,280 21,828,280원 체납 1,280,400원 장부에 계상 등록세(교육세) 24,552,000 장부(상품계정)에 계상 계 47,480,280
○○○ 14,579 취득세(농특세) 17,463,600 등록세(교육세) 19,051,200 장부(상품계정)에 계상 계 36,514,800
○○○ 22,215 취득세(등록세) 8,870,400 장부(상품계정)에 계상 등록세(교육세) 9,676,800 인지대 등 기타 682,200 계 19,229,400 (라) 청구외법인은 ○○도 ○○군 ○○리 토지 취득분(33,817㎡)에 대한 취득세(33,817㎡)에 대한 취득세(20,687,680원), 농어촌특별세(2,240,600원) 중 21,828,280원을 체납하였고 잔여금액 1,100,000원을 납부한 사실 및 등록세(20,460,000원), 교육세(4,092,000원)를 납부한 사실이 2007.12.6. 양평군수가 교부한 ‘과세(납세) 증명서’에 나타나고, ○○도 ○○군 ○○리 토지 취득분(14,579㎡)에 대하여 취득세(15,876,000원), 농어촌특별세(1,587,600원), 등록세(15,876,000원), 교육세(3,175,200원) 합계 36,514,800원을 납부한 사실이 2007.12.6. ○○도 ○○군수가 교부한 ‘과세(납세) 증명서’에 나타나며, ○○도 ○○리 토지 취득분(22,215㎡)에 대하여 취득세(8,064,000원), 농어촌특별세(806,400원), 등록세(8,064,000원), 교육세(1,612,800원) 합계18,547,200원을 납부한 사실이 2008.2.19. ○○도 ○○군수가 교부한 ‘과세(납세) 증명서’에 나타난다. 특히, 위 ○○도 ○○군 ○○리 토지 취득분과 관련하여 인지대(150,000원), 증지대(8,000원), 채권(17,000원), 법무사수수료(507,200원) 등 부대비용 682,200원을 지출한 사실이 2005.7.11. 담당 법무사(○○○)가 교부한 영수증에 나타난다. (마) 아울러, ○○도 ○○리 토지 취득분(33,817㎡)과 관련하여 취득세 및 농어촌특별세 22,928,280원 중 일부금액(1,280,400원), 같은 토지의 취득세 및 교육세 24,552,000원, ○○도 ○○리 토지 취득분(14,579㎡)의 등록세 및 교육세 19,051,200원 및 ○○도 ○○리 토지 취득분(22,215㎡)에 대한 취득세 및 농어촌특별세 8,870,400원은 청구외법인의 장부(상품계정)에 기 계상되었음이 확인되나, 처분청에서 청구외법인의 소득금액 결정시 장부에 계상된 위 납세액을 포함하여 이 건 토지취득과 관련한 납부세액 모두를 청구외법인의 매출원가에 계상하지 아니하고 이 건 토지매출분의 매매가액만 계상하여 청구외법인이 납부한 취ㆍ등록세 등 납부세액은 매출원가에서 제외된 사실이 이 건 심리자료에 의하여 나타난다. (바) 한편, ○○도 ○○리 토지 취득분(22,215㎡)의 취득가액에 대하여 살펴보면, 이 건 부동산매매계약서(2005.7.11.)에 임야 22,215㎡, 매매대금 403,200,000원이 기재되어 있고, 본 계약서에 ○○도 ○○등기소장의 등기필 및 직인, ○○도 ○○군수의 검인 및 법무사(○○○)의 직인 등이 확인되었으며, ○○도 ○○군수가 교부한 청구외법인의 이 건 부동산취득에 따른 취득세(8,870,400원) 영수증(○○도 ○○군 교부)에 과세대상이 ○○도 ○○리 산17 임야 22,215㎡로, 과세표준액은 403,200,000원으로 기재되어 있어 이 건 부동산의 취득가액은 403,200,000원인 것으로 확인되는 바, 처분청에서 확인한 222,412,964원의 금액은 사실과 다른 것으로 보여진다. (사) 살피건대, 법인세 및 종합소득세 부과는 별개의 처분으로 법인세 부과처분에 대하여는 불복기간이 경과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었다 하더라도 그와는 별도의 처분인 종합소득세 부과처분의 불복에서까지 종합소득세 처분의 원인이 된 법인세에 대하여 다툴 수 없는 것은 아닌 것(대법원 84주741, 1986.2.25. 및 국심 2003중1301, 2004.2.15.외 다수 같은 뜻)으로 판단되는 바, 이 건의 경우에도 청구인에게 과세된 종합소득세에 대한 당부를 심리하면서 그 기초가 된 청구외법인의 법인세 소득금액 결정과 관련한 매출원가 산정에 있어 다툼이 있는 경우에 해당하고, 청구외법인의 2005년 귀속분 법인세 납부기한은 2006.12.29.로서 그 불복기한인 2007.3.29.까지 청구외법인이 위 법인세 부과에 대하여 이의신청 등 불복한 사실이 없는 것으로 이 건 심리자료에 의하여 확인되는 이 건에 대하여 청구외법인이 납부한 위 관련세액을 매출원가에 산입할 수 있는지 여부를 다툴 수 있는 것(종합소득세 과세처분의 원인이 된 상여처분금액의 감액 청구)으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. (아) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구외법인이 쟁점 토지 외 부동산 취득시 납부한 세액에 대하여는 이 건 쟁점토지 및 처분청의 처분내용과 직접적인 관련이 없어 동 납부세액을 이 건과 관련한 매출원가로 인정하는 것은 타당하지 아니한 것으로 보인다. 그러나, 쟁점토지 취득과 관련하여 납부한 취득세 및 등록세 등이 세액에 대하여는 이 건 청구인에 대한 종합소득세 과세처분과 직접 관련이 있으며, 이 건 심리자료에 의하여 청구외법인의 매출원가에서 누락된 것으로 확인되므로 이는 청구외법인의 쟁점토지 양도관련 매출누락에 대응하는 매출원가로 인정할 측면이 있다고 판단된다. 다만, 이 경우에도 쟁점토지의 일부인 쟁점분할 양도토지에 부과된 취득세 및 등록세 등은 청구외 (주)○○○○의 귀속분으로 보는 것이 타당하므로, 청구외법인이 쟁점토지 취득시 납부한 취득세 및 등록세 등의 금액 47,480,280원 중 (주)○○○○에 귀속되는 쟁점분할양도토지(8,356㎡) 해당분을 안분계산하여 차감하는 방법으로 산정한 금액은 쟁점토지 중 청구외법인에게 귀속되는 매출누락액에 대응하는 매출원가에 해당하므로 이를 제외하여 산정한 상여처분금액을 기준으로 청구인의 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.