신축주택 감면관련 5년간 발생한 양도소득금액의 차감방법

심판청구를 기각합니다

청구인은 1998.6.24. 취득한 경기도 ○○시 ○○동 ×-×× 소재 ○○아파트(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.11.17. 양도하고, 조세특례제한법 제99조 의 신축주택감면 규정을 적용하여 2007.1.31. 양도소득세 6,933,910원, 농어촌특별세 2,889,970원을 납부하였다. 처분청은 조세특례제한법 제99조 에 의한 신축주택의 감면세액은 소득세법 제90조 에 의하는 것이라고 하며, 2007.6.18. 청구인에게 2006년분 양도소득세 2,944,360원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조 의 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다”라는 규정에 의하는 것이며, 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 양도소득세 과세대상 소득금액에는 감면소득금액이 포함되어 있다고 할 수 없으므로, 이 건 양도소득세 산출에는 소득세법 제90조 의 규정은 적용될 여지가 없다.
• 나. 처분청 의견 국세청예규(서면5팀-807, 2007.03.12)는 “양도소득세 감면세액 산정은 소득세법 제90조 의 규정에 의하여 산정”하는 것이라고 해석하였고, 소득세법 제90조 는 “제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 …”이라고 규정하고 있어 조세특례제한법 제99조 의 감면소득금액도 소득세법 제90조 에 의하여 산정하는 것이므로 쟁점주택의 양도소득금액을 소득세법 제90조 의 규정에 의하여 산정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 감면대상 신축주택을 5년이 경과한 후에 양도한 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 전체 양도소득금액에서 차감하는 것인지, 아니면 5년간의 세액을 전체 세액에서 차감하는 것인지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조 (2006.12.30, 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

○ 조세특례제한법시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

○ 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

○ 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택은 청구인이 1998.6.24. 취득하고 2006.11.17. 양도하여 조세특례제한법 제99조 에 의하여 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하는 신축주택에 해당하는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인은 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 소득세법 제90조 의 규정에 따라 5년간의 양도소득에 해당하는 세액을 전체 세액에서 차감하여야 한다는 의견이므로 이를 살펴본다. (가) 소득세법 제90조 는 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 조세특례제한법 제99조 제1항 은 신축주택의 취득자가 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하면서 5년간 발생한 양도소득금액은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것으로 규정하고 있다. (나) 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 직접 차감한다면 조세특례제한법 제99조 제1항 전단부는 세액감면방식으로, 후단부는 소득에서 차감하는 방식으로 양도소득세를 감면하게 되어 동일한 유형의 감면에 대하여 서로 감면방식이 달라지는 점, 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 이외의 법률에서 규정하고 있는 감면소득이 있는 때에는 이 조항을 적용하여 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(국심 2007서 1672, 2007.08.28 같은 뜻임)

(3) 따라서, 처분청이 소득세법 제90조 에 따라 감면세액을 산출하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.