토지 양도손익의 귀속 사업연도는 토지소유자가 토지에 대한 수용대금을 정산하여 청구법인에게 입금한 날이 속하는 사업연도임, 지상물을 철거한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 원가를 구성하는 비용이므로 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제함이 타당함
토지 양도손익의 귀속 사업연도는 토지소유자가 토지에 대한 수용대금을 정산하여 청구법인에게 입금한 날이 속하는 사업연도임, 지상물을 철거한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 원가를 구성하는 비용이므로 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제함이 타당함
○○세무서장이 2007.6.1. 청구법인에게 한 부가가치세 29,559,310원, 법인세 및 농어촌특별세 1,434,858,460원의 부과처분 및 990,454,620원의 환급처분(고지 및 환급내역 별첨)은,
1. 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○-○○번지 외 3필지의 양도차익 943,762,020원의 귀속 사업연도를 2004사업연도로 보아 각 사업연도 과세표준과 세액을 재경정하고,
2. 청구법인의 나머지 청구는 이를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 1986.6.4. 최초약정 및 재약정을 통하여 토지소유자로부터 쟁점토지A를 취득하기로 하고 매매계약금으로 8억원을 지급한 상태에서, 교육청이 2003.12.17. 토지소유자에게 협의취득금액 35억원을 지급하고 2003.12.24. 토지소유권이 교육청으로 이전등기되었으며, 토지소유자는 직접 수령한 토지보상금 35억원 중 선급금 등을 차감한 19억원을 2004.1.9. 12억원, 2004.1.20. 7억원 등으로 청구법인에게 입금하였는바, 토지소유자와 교육청은 소유권이전등기일을 손익의 귀속시기로 볼 수 있겠으나, 청구법인은 교육청에 대해 등기이전 또는 대금을 정산할 수 있는 지위에 있지 않으므로 등기이전일이 아닌 대금 입금일(2004.1.9. 12억원, 2004.1.20. 7억원)을 손익의 귀속시기로 보아야 한다.
(2) 쟁점토지B는 비록 2004.12.30. 소유권이전등기가 되었으나 채권자와의 분쟁으로 근저당이 해제되지 않은 상태이어서 분쟁이 발생하는 경우 계약을 해제할 수 있도록 약정되어 있어 청구법인의 입장에서는 대금의 입금시기(2005.1.5.)를 손익의 귀속시기로 할 수밖에 없다.
(3) 청구법인이 2005년 제2기 과세기간 중에 /서울특별시 ○○구 ○○동 000-00번지/ 일대를 임대목적으로 조성하면서 지상물을 철거하고 수취한 세금계산서에 대하여 이를 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액불공제하고 가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 조합을 설립하기 위하여 교육청과 기존 학교용지를 그 후방에 위치한 쟁점토지A로 이전하기로 한 후 /○○○○시장/으로부터 토지용도 변경 후 사업시행인가를 받았고, 이에 따라 청구법인이 쟁점토지A를 취득하기로 약정한 상태에서 교육청이 쟁점토지A를 협의수용하고 토지소유자에게 지급한 보상금이 청구법인의 계좌로 입금되었는바, 비록 쟁점토지A는 청구법인으로 소유권이전등기가 경료되지는 않았으나 실질적으로 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아야 할 것이므로 2003.12.17. 대금을 수령하고 2003.12.24. 소유권이전등기한 쟁점토지A의 처분손익 귀속 사업연도를 2003사업연도로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 쟁점토지B에 대한 양도대금을 청구법인이 교육청으로부터 2005.1.5. 수령하였다고 하더라도 소유권이전등기일(2004.12.30.) 및 대금정산일(교육청의 대금지급일자 2004.12.31.)이 2004년도이므로 법인세법 시행령 제68조 의 규정에 의하여 쟁점토지B의 처분손익 귀속 사업연도를 2004사업연도로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없다.
(3) 청구법인이 지상물을 철거한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 원가를 구성하는 비용이므로 청구법인이 동 철거비용과 관련하여 수취한 세금계산서는 토지관련 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다.
① 쟁점토지A의 실지소유자를 청구법인으로 보고 토지소유자에서 교육청으로 소유권이전등기된 날을 손익의 귀속시기로 보아 과세한 처분의 당부
② 쟁점토지B가 청구법인에서 교육청으로 소유권이전등기된 날을 손익의 귀속시기로 보아 과세한 처분의 당부
③ 청구법인이 지상물을 철거한 것에 대하여 토지의 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다 (2) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 1986.6.4. 최초약정 및 이후 2차례의 재약정을 통하여 토지소유자 명의의 쟁점토지A를 취득하기로 한 상태에서, 교육청이 2003.12.17. 토지소유자에게 쟁점토지A에 대한 협의취득금액 35억원을 지급하고 2003.12.24. 토지소유자로부터 교육청으로 소유권이전등기를 하였으며, 토지소유자는 위 35억원을 청구법인과의 약정내용에 따라 선급금 등 16억원을 차감하고 나머지 19억원을 2004년도에 청구법인의 계좌로 입금(2004.1.9. 12억원, 2004.1.20. 7억원)하였으며, 청구법인은 쟁점토지A의 양도차익 943백만원을 청구법인이 대금을 수령한 날이 속하는 2004사업연도의 손익으로 하여 법인세를 신고․납부하였으나, 처분청은 쟁점토지A의 실지소유자를 청구법인으로 보고 위 양도차익의 귀속 사업연도를 토지소유자에서 교육청으로 소유권이전등기한 날(2003.12.24.)이 속하는 2003사업연도로 보아 이 건 경정고지하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인에 대한 조사서에는 ‘청구법인이 2004사업연도에 계상한 쟁점토지A의 양도에 따른 943백만원의 유형자산처분이익은 대금정산일을 기준으로 수익비용을 인식하여 지연신고하였는바, 2003사업연도의 토지양도차익으로 귀속시기를 조정하여야 한다’라고 되어 있다. (다) 청구법인(갑)과 토지소유자(을)간에 1986.6.4. 체결된 약정서에는 ‘갑과 을은 갑이 추진하고 있는 /○○유통단지조성/ 사업에 따라 을의 소유인 부동산이 학교 계획지로 고시되므로 생기는 손해를 최소한으로 줄이기 위해 아래와 같이 상호 협의하여 약정한다’라고 되어 있다.
1. 을 소유 부동산의 표시: 쟁점토지A
2. 갑은 을의 소유인 제1항의 토지가 /○○유통단지/ 조성사업으로 인해 발생할 우려가 있는 을의 손해를 최대한으로 보장하기 위하여 8억원을 매매계약금조로 지불하기로 한다.
3. 갑과 을은 을의 소유대지를 평당 1,390천원에 매매하는 것을 합의하고 을이 지정하는 유통단지의 1층(바닥면적 7평)과 이에 수직되는 2층을 포함한 10구좌를 조합원 분양가액(1층 24,000천원, 2층 12,940천원, 계 36,940천원)으로 분양한다.
4. 매매행위는 사업시행인가 고시 후 갑이 조성한 유통단지가 완성되어 을이 입주할 때에 정산하고 을은 갑에게 소유토지를 명도키로 한다. (라) 청구법인(갑)과 토지소유자(을)간에 1997.3.7. 체결된 약정서 내역은 다음과 같다.
1. 1986.6.4. 체결된 기존 약정서는 본 약정 체결과 동시에 무효가 된다.
2. 갑은 기존 약정서 제3조에 명기한 점포 및 주차장의 분양을 조합원 분양가(20개 점포 1,406,871천원)로 을에게 분양하기로 하고, 을은 본 약정서 체결일로부터 3년 이내에 분양대금 전액을 갑에게 납부하고 입주하여야 한다.
3. 기존 약정서 표시 부동산 및 교환 취득한 부동산이 차후 학교 신축 또는 공원조성 등으로 공공기관에 수용되거나 개인과의 매매가 성사되었을 때에 갑이 관계기관에 기 제출한 850,000원으로 매수에 응하기로 약정된 각서의 효력은 을에게는 무관하므로 동 각서로 인하여 을에게 손실이 발생하였을 때에는 갑의 책임하에 공시지가에 의한 차액을 보상한다.
4. 기존 약정서 표시 부동산 및 교환 취득한 부동산이 차후 학교 신축에 전부 또는 일부 수용되었을 때에는 수용 부분만을 을은 갑에게 평당 1,390천원에 매도하고, 이에 따른 양도소득세(이 토지 매매로 인한 세무기관의 발급하는 고지금액 전부)는 갑이 부담한다.
5. 기존 약정서 표시 부동산 및 교환 취득한 부동산이 차후 학교 신축에 2분의 1 이상이 수용되었을 때에는 을은 기존 약정서 제3조에 명기된 점포를 1층은 24,000천원 10개 점포, 2층은 12,940천원 10개 점포, 도합 20개 점포에 대한 분양금 369,400천원과 이에 따라 비례 배분된 주차장 156.57평에 대하여 평당 1,300천원으로 산정한 주차장 분양금 203,541천원을 합한 총 분양금 572,941천원을 갑에게 전액 납부하면 갑은 동 점포의 소유권 이전에 필요한 제반 서류를 지정하는 사람에게 동시에 교부하고 당초 분양권자로 인정한다.
6. 기존 약정서 제2항에 의하여 을이 매매계약금조로 수령한 8억원의 반환은 을의 부동산이 공공기관 수용 또는 개인 매매로 환가되었을 때에 원금만을 반환키로 하며, 그 이전에는 갑이 을에게 반환을 요구하지 않는다. (마) 쟁점토지A에 대한 보상금 정산내역서에는 토지소유자가 수령한 쟁점토지A에 대한 보상금 총액 3,590백만원 중에서 청구법인이 토지소유자에게 지급해야 할 금액은 1,600백만원이고, 청구법인이 받아야 할 금액은 1,989백만원으로 되어 있다. (바) 살피건대, 처분청은 쟁점토지A의 실지소유자는 청구법인이어서 쟁점토지A의 양도손익의 귀속 사업연도는 토지소유자에서 교육청으로 소유권이전등기된 날(2003.12.24.)이 속하는 사업연도라는 의견이나, 쟁점토지A는 청구법인의 명의로 소유권이전등기가 경료된 바 없이 청구법인과 토지소유자간에 계약금만 지불된 상태에서 수용된 점, 수용에 따른 소유권이전등기도 토지소유자로부터 교육청으로 직접 경료된 점, 수용대금 또한 교육청이 토지소유자에게 지급한 점 등으로 미루어 보아 수용당시 쟁점토지A의 소유자는 토지소유자로 보는 것이 타당하고, 청구법인은 교육청에 대해 등기이전 또는 대금을 정산할 수 있는 소유자의 지위에 있지 않았으므로 청구법인의 입장에서 쟁점토지A의 양도차익 943백만원의 귀속 사업연도는 토지소유자로부터 교육청으로 소유권이전등기된 날(2003.12.24.)이 아니라 토지소유자가 쟁점토지A에 대한 수용대금을 정산하여 청구법인에게 입금한 날(2004.1.9. 12억원, 2004.1.20. 7억원)이 속하는 2004사업연도로 봄이 합당하다 하겠다. 따라서 쟁점토지A의 양도차익 943백만원의 귀속 사업연도를 2003사업연도로 보아 과세한 이 건 처분은 동 양도차익 943백만원의 귀속 사업연도를 2004사업연도로 보아 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 청구법인 소유의 쟁점토지B를 교육청에 양도하고 2004.12.30. 소유권이전등기를 경료한 후 양도차익 6,784백만원을 청구법인이 교육청으로부터 대금을 수령한 날(2005.1.5.)이 속하는 2005사업연도의 손익으로 하여 법인세를 신고․납부하였고, 처분청은 위 6,784백만원의 귀속 사업연도를 소유권이전등기일(2004.12.30.)이 속하는 2004사업연도 보아 이 건 경정고지하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인에 대한 조사서에는 청구법인이 2005사업연도에 계상한 쟁점토지B의 양도에 따른 6,784백만원의 유형자산처분이익은 대금정산일을 기준으로 수익비용을 인식하여 지연신고하였는바, 2004사업연도의 토지양도차익에 해당하는 것으로 손익의 귀속시기를 조정하여 경정한다고 되어 있다. (다) 살피건대, 청구법인은 쟁점토지B가 비록 2004.12.30. 소유권이전되었으나 채권자와의 분쟁이 발생하는 경우 계약을 해제할 수 있도록 약정되어 있어 청구법인의 입장에서는 대금의 입금시기(2005.1.5.)를 손익의 귀속시기로 할 수밖에 없었다는 주장이나, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 에 ‘자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 상품 등 외의 자산의 양도는 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 되어 있는바, 쟁점토지B에 대한 양도대금을 청구법인이 교육청으로부터 2005.1.5. 수령하였다고 하더라도 소유권이전등기일이 2004.12.30.이므로 처분청이 쟁점토지B의 처분손익 귀속 사업연도를 소유권이전등기일이 속하는 2004사업연도로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인이 2005년 제2기 중에 /서울특별시 ○○구 ○○동 000-00번지/ 일대를 임대목적으로 조성하면서 지상물을 철거하고 수취한 세금계산서에 대하여 처분청은 이를 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제하고 가산세를 적용하여 이 건 경정고지하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인에 대한 조사서에는 청구법인이 /○○건설/주식회사로부터 수취한 337백만원의 세금계산서 중 건축물철거와 관련한 209백만원의 매입세액은 토지조성관련 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제한다고 되어 있다. (다) 살피건대, 청구법인이 지상물을 철거한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 원가를 구성하는 비용으로 보이므로 처분청이 철거비용과 관련하여 청구법인이 수취한 세금계산서의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별첨> /*고지 및 환급 내역서 (단위: 원) 세목 과세기분 금액 부가가치세 2000년 제1기분 4,346,270 2003년 제1기분 4,746,310 2005년 제2기분 13,892,380 (부가가치세 소계) 29,559,310 법인세 및 농어촌특별세 2000사업연도 4,346,270 2003사업연도 165,880,970 2004사업연도 1,264,631,220 2005사업연도
• 990,454,620 (법인세 및 농어촌특별세 소계) 1,434,858,460원 (
• 990,454,620)
결정 내용은 붙임과 같습니다.