조세심판원 심판청구 부가가치세

사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

사건번호 국심-2007-서-3448 선고일 2007.12.12

실지거래임을 입증하는 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점금액을 실물거래없는 가공매입액으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단 됨.

주 문

○○세무서장이 2007.3.2 청구인에게 한 출자자의 제2차 납세의무 지정 및 납부통지한 처분 중 법인세(2001.1.1~2001.12.31 사업연도, 102,000원)에 대한 것은 이를 취소하고 부가가치세(2001년 제1기, 21,506,700원)에 대한 것은 청구인의 납세의무성립일(2001.6.30) 현재 변경된 출자지분율(47.51%)을 기준으로 그 제2차 납세의무 지정 대상금액 등을 경정하고, 나머지 청구(주위적 청구)는 이를 기각한다.

1. 처분개요

○○○○○○○주식회사(청구인이 대주주로서 경영한 회사로 이하 “○○○○○”라 한다)는 1995.12.23 설립되어 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하던 중 2001년부터 주로 컴퓨터 부품 도매업을 영위하면서 2001년 제1기 부가가치세 과세기간 중 △△△△△△(사업자번호 ○○○-○○-○○○○○, 대표자 김○○)로부터 수취한 세금계산서상의 공급가액 102,000,000원(부가가치세 10,200,000원은 별도이고 동 세금계산서를 이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고함과 동시에 위 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 금액을 손금으로 산입하여 2001.1.1~2001.12.31 사업연도 법인세를 신고하였다. △△△△△△에 대하여 세무조사를 한 □□세무서장은 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 가공의 세금계산서인 사실을 확인하고 ○○○○○ 관할 세무서인 처분청에 이를 과세자료로 통보하였다. 처분청은 위 과세자료를 통보받고 ○○○○○에 대하여 2007.2.5 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 매입세액 공제를 배제하고 당해 공급가액을 손금불산입하여 2001년 제1기 부가가치세 21,506,700원과 2 001.1.1~2001.12.31 사업연도 법인세 102,000원 을 경정결정하여 이를 ○○○○○에 각 고지한 후 동 세액에 대하여 2007.3.2 ○○○○○의 대주주(과점주주)인 청구인에게 제2차 납세의무자 지정 및 납부통지서를 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.4.30 이의신청을 거쳐 2007.8.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 이 건 국세 부과처분은 다음의 이유로 부당하므로 취소되어야 한다. 첫째, 이 건 거래가 가공거래가 아닌 정상거래라는 점에 관하여 법인(

○○○○○)이 파산 선고(2003.8.17)되어 장부 등 서류와 증빙자료가 폐기된 특수 상황 하에서도 보관된 법인통장(부가가치세가 포함된 매입대금 112,200,000원이 2001.2.13 △△△△△△의 대표자인 김○○ 에게 이체된 것)에 의하여 결정적으로 입증됨에도 처분청이 동일자 비슷한 금액(112,000,000원)의 입금이 나타나고 거래처인 △△△△△△가 관할 세무서장에 의해 자료상 혐의자로 고발된 사실만을 근거로 필요한 금융조사 등 구체적인 사실 확인조사를 함이 없이 가공거래로 단정하여 과세한 이 건 처분은 국세기본법 제16조 에서 정하고 있는 근거과세 원칙을 위반하여 부당하다. 둘째, 위장 가공거래의 혐의가 없는 정당한 거래에 대하여 처분청이 사기 기타 부정한 행위로 보아 5년이 아닌 10년의 제척기간을 적용하여 과세한 이 건 처분은 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제3호에서 규정한 국세부과 제척기간이 경과한 과세기간에 대한 처분으로 부당하다.

(2) 만약 이 건 처분이 정당하다 할지라도

○○○○○의 대표자인 청구인에 대한 국세기본법 제39조 에 의한 제2차 납세의무자 지정 및 납부 통지 내용 중, 첫째, 부가가치세에 대한 과점비율을 54.61%로 적용하였으나 과세기간 종료일인 2001.6.30 현재 지분 비율인 52.10%로 적용함이 정당하다. 둘째, 법인세는 법인세 과세기간 종료일인 2001.12.31 현재 지분 비율이 45.62%로 변동되어 과점주주에 해당하지 않으므로 그 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 당초처분은 다음과 같은 이유로 정당하다. 첫째, 이 건 거래 당사자인

○○○○○와 △△△△△△는 공히 해당 거래기간에 자료상 행위자로 판명되어 고발된 업체로 이 건 세금계산서상 기재 금액(112,200,000원)을 △△△△△△의 대표자인 김○○에게 송금한 통장만 제출할 뿐 동일자로 같은 통장에 나타난 입금액(송금수수료를 제외한 112,000,000원)에 대하여는 위장자료가 아님을 객관적인 증빙에 의하여 전혀 소명하지 못하고 있으며 관련 서류가 모두 폐기되었다는 설명이나 동일자의 송금자료는 제출하는 등 청구인의 주장에 신빙성이 없어 이를 인정키 어렵다. 둘째, 실물거래없이 가공의 세금계산서를 수취하는 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당하고, 따라서 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제1호의 규정에 따라 국세부과 제척기간이 10년이므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인에게 한 제2차 납세의무자 지정 등 처분에 대한 의견은 아래와 같다. 2001년도 중

○○○○○의 유상증자로 인하여 청구인과 그 배우자 유○○의 지분율이 감소된 사실이 인정되므로 청구인이 2001년 제1기 부가가치세를 제외하고는 ○○○○○의 제2차 납세의무자에 해당하지 아니하므로 이 건 처분 중 2001년 제1기 부가가치세에 대한 청구인의 제2차 납세의무자 지정 및 납부통지서 고지처분을 제외한 처분은 이를 취소하되, 2001년 제1기 부가가치세에 대한 청구인의 제2차 납세의무자 지정 및 납부통지서 또한 지분 변경(54.61%→47.51%)에 따른 필요한 조정 등을 가함이 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

(1) 처분청이 이 사건 세금계산서를 가공거래로 보아 국세 부과 제척기간 10 년을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 경정한 처분의 당부 (쟁점①)

(2) 청구인에 대한 제2차납세의무지정 및 납부통지서 고지가 적정한지 여부 (쟁점②)

  • 나. 쟁점①에 관하여 본다.

(1) 관련법령 (가) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (나) 부가가치세법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 (다) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (라) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (2) 사실관계 및 판단 (가) 우선 이 건 과세경위 및 과세근거를 보면 이 사건 세금계산서상 거래 당사자가 자료상 확정자로 조사된 관계로 실지거래임을 소명토록 안내를 받은 청구인측이 법인통장을 제출한 바, 거기에 2001.2.13 인터넷 뱅킹으로 112,200,000원을 김○○에게 송금한 것이 나타나나, 동 금액 출금과 동시에 200,000원을 제외한 112,000,000원이 다시 입금된 사실이 나타나고 달리 실지 매입이 있었는지 여부를 확인할 방도도 별도로 있지 아니한 만큼 금융거래 위장 혐의가 짙어 처분청이 이를 배척함으로써 이 건 과세에 이르게 된 사실이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인되고 이러한 점에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (나) 청구인은 처분청에 제출한 법인통장상 112,200,000원(매입 대금)이 거래상대방에게 송금된 점만으로 실지 매입이 있었음이 의심할바 없이 분명하게 확인됨에도 불구하고 처분청이 동일자로 나타나는 비슷한 금액의 입금에 대하여 별도 소명할 것을 요구하고 청구인이 이에 응하지 못하자 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세와 법인세를 경정한 이 건 처분은 부당하다고 주장만 할 뿐 달리 이 사건 세금계산서 관련 거래가 실제 있었다는 점에 관한 증빙은 법인파산으로 인한 일체 자료의 파기를 이유로 전혀 제시하지 못하고 있다. (다) 무릇, 납세의무자가 신고한 매입내역 중의 일부에 관한 세금계산서가 처분청에 의하여 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지거래인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 거래의 내용이나 거래 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 거래가 실제로 있었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 입증하도록 하는 것이 공평의 관념에도 부합하다고 할 것 인 바(대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두14168 판결 참조), 비록 청구인이 관련 법인의 파산으로 인하여 일부 증거서류 및 관련 증빙자료의 제출에 곤란한 점이 있다 할지라도, 청구인이 자료상으로 확정된 △△△△△△로부터 이 사건 세금계산서를 수취한 이 건에 있어서, 이 사건 세금계산서와 관련한 실물거래가 실제로 있었다는 점에 대한 입증책임은 전적으로 청구인에게 있다고 보는 것이 공평의 관념에 부합할 것이다. 그러나 청구인은 관련 장부가 폐기되었다는 이유만으로 동일자로 입금된 금원이 위 송금액의 일부가 다시 입금된 것이 아니라는 점을 포함하여 이 사건 세금계산서와 관련한 거래가 실제로 있었다는 점에 대한 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있으므로, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 인정된다. (라) 또한, 이와 같이 이 사건 세금계산서가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 데 사용된 경우에는 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제1호에 의한 국세부과 제척기간이 10년간이라 할 것이므로 처분청이 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 보고, 이에 대한국세부과의 제척기간인 10년을 적용하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 부가가치세와 법인세를 경정한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다 (국심 2007중2991, 2007.11.2 등 다수 같은 뜻임). 다. 쟁점②에 관하여 본다.

(1) 관련법령 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】

① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

  • 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
  • 나. 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
  • 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 이 건 사실관계를 보면 해당 법인이 아래와 같이 실시한 6차례의 불균등 유상증자에 의하여 청구인의 당초 보유주식의 수는 동일하나, 총 발행주식의 보통주식의 총수가 변경됨에 따라 2001.12.31(법인세 납세의무성립일)현재 청구인의 지분율이 당초 59.89%에서 45.61%로 감소하여 거기에 배우자 지분율(4.02%)을 더하여도 과점주주 요건에 미달한 사실, 부가가치세(가산세 등이 포함된 23,958,460원)에 관하여는 납세의무성립일(2001.6.30)현재 청구인의 지분율이 54.61%에서 47.51%(배우자는 4.60%)로 감소되었으나 과점주주 요건을 여전히 충족하고 있는 사실이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 각 확인되고 이러한 점에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

• 아 래 -

○ 2000.3.30 발행주식의 보통주식 총수 8,000,040주

○ 2000.11.10 발행주식의 보통주식 총수 8,367,687주

○ 2001.3.17 발행주식의 보통주식 총수 9,102,981주

○ 2001.5.29 발행주식의 보통주식 총수 9,617,686주

○ 2001.7.12 발행주식의 보통주식 총수 10,058,862주

○ 2001.7.27 발행주식의 보통주식 총수 10,985,332주 (나) 청구인의 제2차 납세의무 등 세법상 지위에 관한 사실관계가 위와 같다면, 당초 법인세분에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부 통지서 고지처분은 이를 취소하고, 부가가치세분에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부 통지서 고지처분은 청구인의 배우자인 유○○의 지분율 4.6%에 대한 제2차 납세의무 지정 등 처분을 신규 또는 추가로 하는 것은 별론으로 하더라도 청구인의 납세의무성립일 현재 변경된 지분율(47.51%)을 기준으로 하여 이를 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

��결정내용은 붙임과 같습니다.��

원본 출처 (국세법령정보시스템)