조세심판원 심판청구 법인세

경영권을 취득하기 위한 주식으로 보고 투자유가증권처분손실을 손금부인한 처분

사건번호 국심-2007-서-3353 선고일 2008.04.25

채권은행단이 시세보다 더 높은 가격으로 주식을 매각하기 위하여 경영권이 수반된 쟁점주식 51%를 일괄매각할 계획으로 있어 경영권을 확보를 위해 청구법인이 쟁점주식 51%를 우선매수권을 행사하여 전부 취득할 수 밖에 없는 점이 인정됨

주 문

○○세무서장이 2007.5.11. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 8,175,443,740원의 부과처분은 ○○○○주식회사가 2004.4.28.부터 2004.12.28.까지의 기간 중 취득한 ○○건설주식회사 발행주식 중 9,570,080주의 양도자를 청구법인으로 보아 동 주식의 양도와 관련하여 발생한 투자유가증권처분손실을 청구법인의 2004사업연도 손금으로 인정하는 것으로 하여 각사업연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 ‘건설업’을 영위하고 있는 법인으로 Workout(기업개선작업)을 조기에 끝마친 ○○건설주식회사(이하 “○○건설”이라 한다)의 채권은행단(이하 “채권은행단”이라 한다)으로부터 2004.4.28. ○○건설 총발행주식의 약 51%에 해당하는 주식 19,326,499주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 약 5,657원인 109,330,004,843원에 매입하여, 2004.4.28.부터 2004.12.28.까지의 사이에 그 중 9,570,080주를 1주당 약 3,650원인 35,508,924,200원에 ○○○○주식회사(이하 “○○○”라 한다)에게 매각하고, 2004사업연도 법인세 신고시 지분법을 적용하여 산정한 투자유가증권처분손실 13,135,742,440원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 당기의 손금으로 계상하였다.
  • 나. 처분청은 ○○지방국세청장이 청구법인에 대하여 2002~2005사업연도 법인세 조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라, 청구법인이 경영권이 수반된 쟁점주식을 매입하여 경영권 확보에 필요한 주식(이하 “잔여주식”이라 한다)을 남기고 경영권이 수반되지 아니한 나머지 주식 9,570,080주(이하 “당기 매각주식”이라 한다)를 ○○○에게 매각하여 청구법인이 장부상 투자유가증권처분손실로 계상한 쟁점금액은 그 실질이 경영권을 취득하기 위하여 불가피하게 추가로 부담한 금액이므로 잔여주식의 취득가액에 가산하여야 할 금액인데도 청구법인이 이를 당기의 손금으로 계상하였다고 보아 쟁점금액을 2004사업연도 소득금액 계산상 손금불산입하고, 2005사업연도 소득금액 계산상 지분법을 적용하여 산정한 투자유가증권처분손실 3,303,265,909원을 손금산입하는 등 청구법인의 소득금액을 조정하여 2007.5.11. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 2,860,910원과 2004사업연도 법인세 8,175,443,740원(중간예납세액과소계상가산세 361,194,109원 포함)을 경정고지하고, 2005사업연도 법인세 464,830,660원을 환급하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구법인은 ○○건설의 경영권을 확보하기 위하여 불가피하게 쟁점주식 전부를 매입하였으나 자금사정상 경영권 확보에 필요한 주식을 제외한 나머지 잔여주식을 ○○○와의 사전 약정에 따라 ○○○에게 매각한 것으로, 이 건 거래가 특수관계가 없는 자간의 정상거래이고, 쟁점금액이 잔여주식에 대한 법인세법시행령 제72조 소정의 자본적 지출에 해당하지 아니하며, 주식등의 장부가액을 총평균법이나 이동평균법으로 계산하도록 하고 있는 현행 법인세법령의 규정상 쟁점주식과 관련된 경영권 가치를 별도로 분리하여 별개의 자산으로 계상하기도 어려우므로 청구법인이 법인세법령의 규정에 따라 양도한 자산(당기 매각주식)의 양도금액에서 양도당시 장부가액(총평균법에 의하여 계산한 금액)을 차감한 금액을 지분법 적용 투자유가증권처분손실로 보아 손금산입하여 2004사업연도 소득금액을 계산한 것은 정당한데도 처분청은 쟁점금액을 잔여주식의 원가에 가산할 금액으로 보아 손금불산입하여 2004사업연도 소득금액과 중간예납세액과소계상가산세 등을 계산한 것이므로 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구법인과 채권은행단이 체결한 양해각서와 청구법인과 ○○○간의 주식매매계약서 등에 의하면, 청구법인이 채권은행단으로부터 매입한 쟁점주식과 청구법인이 ○○○에 매각한 당기 매각주식은 사전에 그 단가가 이미 정하여져 있었음이 확인되는 바, 청구법인은 채권은행단으로부터 경영권이 수반된 쟁점주식 전체를 매수할 수 밖에 없는 상황에서 주식 매수대금이 부족하여 채권은행단으로부터 쟁점주식 전체를 매수함과 동시에 경영권 확보에 필요한 주식을 제외한 나머지 주식을 ○○○와 사전 약정한 컨소시엄 구성조건에 따라 ○○○에게 배분하기 위하여 형식상 매매거래의 형식을 취하여 당기 매각주식을 ○○○에게 양도한 것일 뿐, 실질은 공동취득 후 사전에 약정된 참여지분과 금액으로 배분한 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 과세기준자문신청에 대한 ○○지방국세청장의 회신내용에 따라 쟁점금액을 잔여주식의 취득가액의 일부로 보아 취득원가에 가산하여 청구법인의 각사업연도 소득금액과 중간예납세액과소계상가산세 등을 계산한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

○○○가 쟁점주식 중 9,570,080주(당기 매각주식)를 청구법인으로부터 취득한 것으로 보아야 하는지, 아니면 ○○건설주식회사의 채권은행단으로부터 직접 취득한 것으로 보아야 하는지 여부

  • 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한

  • 다. ○ 법인세법 제4조 【실질과세】

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다

○ 법인세법 제18조 【평가차익 등의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각사업연도 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익을 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제22조 【자산의 평가차손의 손금불산입】

① 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입․제작․교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제42조 【자산․부채의 평가】

① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 재고자산등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가

② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.

○ 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액

○ 법인세법시행령 제31조 【즉시상각의 의제】

① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물․기계․설비 등의 복구

5. 기타 개량․확장․증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

○ 법인세법시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세․등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자

④ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제1항 제4호에 해당하는 경우를 제외한다)으로 인하여 받은 제11조 제9호의 규정에 의한 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

○ 법인세법시행령 제73조 【평가대상 자산 및 부채의 범위】 법 제42조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 자산 및 부채”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 유가증권등

  • 가. 주식등

○ 법인세법시행령 제75조 【유가증권등의 평가 】

① 제73조 제2호 가목 및 나목의 규정에 의한 유가증권(이하 이 조 및 제85조 제1항 제3호․제85조 제2항 제3호․제86조의2에서 "유가증권"이라 한다)의 평가는 제1호 내지 제3호에 해당하는 방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다. 다만, 간접투자자산운용업법에 의한 투자회사가 보유한 제73조 제2호의 규정에 의한 유가증권등의 평가는 제4호의 방법에 의한다.

1. 개별법(채권의 경우에 한한다)

4. 시가법
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○건설의 채권은행단은 2003.11.14. 출자주식 매각약정을 체결하여 그들이 보유하고 있는 ○○건설의 출자전환주식 중 25,938,200주(총발행주식 37,895,093주의 68.44%)를 공개경쟁입찰 방식으로 매각하기 위하여 동 매각업무를 채권은행단 중 1인인 주식회사 ○○은행(이하 “○○은행”이라 한다)에 위임하기로 하였고, 채권은행단으로부터 동 주식의 매각업무를 위임받은 ○○은행은 2003.11.경 ○○건설의 대표이사 김/종득/ 및 김○○과 출자주식 매각관련 특별약정을 체결하여 매각대상 주식을 ○○건설의 주주 중 1인인 김○○ 회장 또는 그가 지정하는 자가 우선매수권을 행사하는 경우 ○○은행이 정한 주식수와 가격으로 우선매각하기로 하였다.

(2) 위의 사전약정에 따라 채권은행단은 2003.11.19.자로 채권은행단의 결의를 통하여 공개경쟁 입찰방식으로 매각대상 주식에 대한 매각을 추진하기로 결정하였고, 처분청 조사자료 등에 의하면, ‘위 매각대상 주식의 상장시세는 1주당 약 2,500원 정도이나, 그 이상의 가격으로 주식을 매각하기 위하여 채권은행단은 경영권이 수반된 총발행주식 약 51%에 상당하는 쟁점주식 19,326,499주를 일괄 매각하기로 한 것으로 보이며, 청구법인은 김희철의 지정에 의하여 채권은행단의 매각주식에 대한 우선매수권을 취득한 것으로 보인다’는 취지의 조사내용이 기재되어 있고, 채권은행단이 쟁점주식 51%를 일괄매각하기로 결정한 시기 및 청구법인이 우선매수권을 취득한 시기는 구체적으로 확인되지 아니하나, 김희철과 청구법인이 우선매수권을 행사한 시기는 2004.2.10.로 확인된다.

(3) 한편, 청구법인은 쟁점주식을 취득하기에 앞서 2004.1.29. ○○○와 양해각서를 교환하였는 바, 동 양해각서에 의하면, 양해각서 교환일 현재 청구법인과 청구법인의 증권거래법상 특수관계인들은 ○○건설이 발행한 주식 7,595,468주(총발행주식의 20%이며, 이 중 청구법인의 지분은 총발행주식의 10.87%인 4,144,288주임)를 보유하고 있고, 채권은행단은 그들이 보유하고 있는 주식 중 총발행주식의 51%에 해당하는 19,326,499주를 일괄하여 매각할 예정인데, 채권은행단은 김○○에게 그 자신 또는 그가 지정하는 자가 51% 주식에 관한 우선매수권을 행사할지 여부에 대한 의사표시를 2004.2.10.까지 하여 달라고 요청할 것으로 예상되므로, ① 51%의 주식에 대하여 김○○이 우선매수권을 행사할 경우, 청구법인이 그 중 12,596,046주(총발행주식의 33.24%)를, ○○○가 그 중 6,730,453주(총발행주식의 17.76%)를 취득하기로 하였고, ② 51%의 주식을 취득한 후 최대한 빠른 시일내에 채권은행단이 보유한 잔량주식 6,611,701주(총발행주식의 17.44%)도 취득하되 그 취득비율은 청구법인 65%, ○○○ 35%로 하였으며, ③ 필요하다고 판단될 경우 당사자의 합의에 의하여 위 주식 이외에 회사가 발행한 주식 3% 또는 당사자들이 달리 합의하는 수량을 장내 또는 장외거래를 통하여 추가로 취득하되, 그 취득비율은 각 50%로 하기로 하였고, 그 취득가격 등 제반조건은 양당사자가 추후 협의하여 결정하기로 하였으며, 각 당사자들은 위 ①항에 따라 51%의 주식을 취득하는 계약을 체결하는 일자의 전일까지 회사의 이사 기타 임원의 선임 등 회사의 지배구조에 관한 당사자들의 합의사항을 약정하는 주주간 계약을 체결하기로 약정하였고, 법령이 정하는 범위내에서 2004년, 2005년 및 2006년에 각 5%, 15% 및 5%의 이익배당을 하기로 하였으며, 2004년과 2005년에 각 1회씩 유상소각에 의한 자본감소를 실시하되, 그 유상소각의 대가는 본 건 주식 평균취득단가의 127.7%를 기준으로 계산하기로 한 내역 등이 기재되어 있다.

(4) 위 (1)항의 출자주식 매각관련 특별약정 등에 따라 청구법인과 ○○은행이 2004.4.1.자로 체결한주식 양수도계약서에 의하면, 청구법인은 청구법인이 2004.2.10.자로 우선매수권을 행사한 바 있는 채권은행단 소유의 쟁점주식 19,326,499주를 1주당 약 5,657원인 109,330,004,843원에 매수하기로 한 내역이 기재되어 있고, 처분청의 조사자료에 의하면, 쟁점주식은 2004.4.28.자로 청구법인의 명의로 명의개서된 것으로 확인된다.

(5) 한편, 청구법인과 ○○○는 위 2004.1.29.자 양해각서의 내용에 따라 2004.3.29.자로 컨소시엄계약주주간 계약 등을 각각 체결하였는 바, 컨소시엄계약의 주요내용을 보면, 청구법인과 채권은행단은 2004.3.31. 51%의 주식에 관한 주식 양수도계약을 체결할 예정이므로 이와 관련하여 각 당사자의 권리․의무를 정하기 위하여 컨소시엄계약을 체결한다고 전제하고, 청구법인이 채권은행단으로부터 51%주식을 1주당 5,657원(우선매수권 행사당시 제시한 1주당 4,010원에 청구법인이 회사에 대한 경영권을 인수하는 대가로 채권은행단에 추가로 지급하기로 한 1주당 1,647원을 가산한 금액)에 매수하면, ○○○는 청구법인이 51%의 주식을 취득하는 일자에 청구법인으로부터 51%주식 중 6,731,420주를 1주당 4,010원에 취득하기로 약정한 내역이 기재되어 있고, 주주간 계약의 주요내용을 보면, 청구법인과 ○○○는 2004.3.29. 회사의 51%주식을 취득하는데 관련된 확정적인 조건을 규정하는 컨소시엄계약을 체결하였고, 같은날 청구법인측 주주들이 보유하고 있는 주식 중 3,736,007주를 ○○○가 취득하기로 하는 내용의 주식매매계약을 체결하였으며, 청구법인과 채권은행단은 2004.3.31. 51%주식의 매매에 관하여 주식 양수도계약을 체결할 예정이므로 이에 당사자들은 양해각서컨소시엄계약주식매매계약서의 각 체결내용 및 회사에 대한 실사 결과를 바탕으로 회사의 보통주식 취득과 처분, 회사의 경영 및 기타 관련사항에 관하여 각 당사자의 권리․의무를 확정하기 위하여 양해각서 제7조 제1항에 따라 아래와 같이 합의한다고 전제하고, 청구법인과 ○○○가 ○○건설의 이사회를 공동으로 구성(청구법인 5명, ○○○ 5명)하여 운영하고, 자신의 보유주식을 양도하고자 할 경우에는 상대방에게 서면으로 통지하도록 하는 등 향후 ○○건설을 운영하는데 있어 협력할 사항을 구체적으로 약정한 내역이 기재되어 있으며, 처분청 조사자료에 의하면, 청구법인이 2004.4.28. 채권은행단으로부터 취득하였던 쟁점주식 중 6,731,420주를 비롯하여 청구법인의 보유주식 중 9,570,080주가 2004.4.28.부터 2004.12.28.까지의 사이에 1주당 약 3,650원인 35,508,924,200원에 ○○○에게 매각된 것으로 확인되는 바, 그 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 주식 취득 및 양도내역 〔단위: 주, 원(거래가액 기준)〕 취 득 양 도 취득 일자 주식수 금 액 양도 일자 주식수 금 액 1주당 합 계 1주당 합 계 4,144,288 (기존주식) 04.04.28 19,326,499 (쟁점주식) 5,657 109,330,004,843 04.04.28 6,731,420 (17.76%) 4,010 26,992,994,200 04.04.28 783,523 (김**,증여) 3,114 2,439,890,622 04.04.28 2,422,890 (6.39%) 3,000 7,268,670,000 04.11,16 및 12.1 306,240 (장내취득) 3,584 1,097,711,410 04.12.28 415,770 (1.10%) 3,000 1,247,310,000 합 계 24,560,550 (64.81%) 112,867,606,875 합 계 9,570,080 (25.25%) 3,650 35,508,974,200

(6) 위 거래내역을 반영한 청구법인의 2004사업연도 ○○건설에 대한 보유지분 변동내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 벽산건설 발행주식 주식 보유내역 〔단위: 주, 원(장부가액 기준)〕 일자별 구 분 취 득 양 도 재 고 주식수 금 액 단가 주식수 금 액 단가 주식수 금 액 단가 03.12.31 전기이월 4,144,288 9,801,241,120 04.04.28 채권단 19,326,499 109,330,004,843 5,657.0 23,470,787 119,131,245,963 〃 김**,증여 783,523 2,439,890,622 3,114.0 24,254,310 121,571,.136.585 〃 KKK 9,154,310 49,311,521,677 5,386.7 15,100,000 72,259,614,908 04.11.16 장내취득 299,240 1,070,210,890 3,576.4 15,399,240 73,329,825,798 04.12.01 장내취득 7,000 27,194,280 3,884.9 15,406,240 73,357,020,078 04.12.28 KKK 415,770 2,810,896,239 6,760.7 14,990,470 70,546,123,839 04.12.31 지분법평가익 21,168,614,548

• 101,346,538,616 〃 감자평가익 9,631,800,129

• 〃 감사수정 4,182,832,992

• 97,163,705,624 04년 계 24,560,550 153,468,956,432 9,570,080 56,305,250,908 14,990,470 97,163,705,624 6,481.7 (가) 즉, 청구법인은 쟁점주식 취득일(2004.4.28.) 이전에도 증권거래법상 특수관계자 지분을 포함하여 총발행주식의 20%에 해당하는 주식 7,595,468주(청구법인 4,144,288주, 특수관계자 3,451,180주)를 보유하고 있었으므로 쟁점주식을 취득함에 따라 일시적으로 71%의 지분(26,921,967주)을 보유하게 되었으나 (나) 쟁점주식 중 일부를 ○○○에게 매각하기로 한 ○○○와의 사전약정(처분청 조사자료에 의하면, 동 약정내용은 ○○○에서 2004.3.19.자로 확정하고 청구법인에서 이를 수용한 것으로 보인다고 기재되어 있음)에 따라, 쟁점주식 중 6,731,420주와 기존 보유주식 중 2,422,890주 합계 9,154,310주를 취득당일인 2004.4.28. ○○○에게 매각하였고, 같은날 김○○ 일가의 보유주식 중 783,523주가 청구법인에게 증여되고, 897,347주가 1주당 3,000원에 ○○○에게 매각됨에 따라 2004.4.28. 현재 청구법인은 특수관계자 지분을 포함하여 총발행주식의 44.52%에 해당하는 16,870,310주〔청구법인 15,100,000주(39.85%), 특수관계자 1,770,310주(4.67%)〕를 보유하게 되었고, ○○○는 총발행주식의 26.52%에 해당하는 10,051,657주(청구법인으로부터 취득분 9,154,310주, 청구법인의 특수관계자로부터 취득분 897,347주)를 보유하게 되었으며, (다) 청구법인이 위 사전약정내용에 따라 ○○○에게 양도하지 못한 주식을 양도하기 위하여 2004.11.16. 및 2004.12.1. 장내시장에서 306,240주를 추가로 취득하고, 기존주식을 포함한 415,770주를 2004.12.28. 1주당 3,000원에 ○○○에게 양도함에 따라 2004.12.31. 현재 청구법인은 특수관계자 지분을 포함하여 총발행주식의 44.23%에 해당하는 16,760,780주〔청구법인 14,990,470주(39.56%), 특수관계자 1,770,310주(4.67%)〕를 보유하게 되었고, ○○○는 총발행주식의 27.62%에 해당하는 10,467,427주(청구법인으로부터 취득분 9,570,080주, 청구법인의 특수관계자로부터 취득분 897,347주)를 보유하게 되었는 바, (라) 청구법인은 2004.3.29.자 주주간 계약 등에 따라 ○○건설의 이사회를 ○○○와 5: 5의 공동으로 구성하여 운영하고, 각자의 보유주식을 매각하고자 할 경우에는 상대방에게 서면으로 통지하도록 하는 등 사실상 경영권을 공동으로 행사하기로 하였으므로 쟁점주식 중 일부의 양도여부에 불구하고 청구법인은 여전히 ○○건설의 대주주로서 청구법인 단독으로 또는 ○○○와 공동으로 ○○건설에 대한 경영권의 행사가 가능한 상태에 있었음을 알 수 있다.

(7) 위 ○○○에 대한 주식의 양도가액과 관련하여 ○○○의 기업투자3팀에서 2004.1.15.자로 작성한 ○○○의 투융자심의위원회 부의안건 및 2004.3.19.자로 작성한 투자검토보고서등에 의하면, ○○건설은 성공적으로 워크아웃을 조기에 졸업하였으나 채권은행단의 출자전환 지분이 68.5%에 해당하여 동 지분 중 51%에 대하여 공개매각을 추진하고 있으며, ○○건설의 기존주주 지분율이 20.0% 수준이고, 워크아웃을 진행하면서 채권단에 손실을 최소화하고 기업회생에 기여한 점을 감안하여 상기 공개매각 진행시 기존 대주주 및 대주주가 지정하는 자에게 우선매수권을 행사할 수 있도록 함에 따라 쟁점주식을 청구법인과 ○○○가 인수하기로 하였는데, 인수방식은 청구법인과 ○○○가 컨소시엄을 구성하고, 상기 채권은행단의 매각지분에 대하여 청구법인이 우선매수권을 행사하여 인수하는 구조이며, 이에 대한 ○○○의 투자조건은 투자금액 38,201백만원이고, 1주당 인수가격은 3,650원(액면가 5,000원)이라고 기재되어 있고, 청구법인의 2004.3.29.자 이사회 의사록중 “안건1: 주식회사 ○○건설의 주식 매수의 건”에 의하면, 1) 청구법인이 쟁점주식을 매수하게 된 경위에 대하여 ; 채권은행단이 보유한 쟁점주식에 대하여 김○○ 회장이 우선매수권을 행사함에 따라 청구법인이 채권은행단으로부터 쟁점주식을 취득하고자 하며, 쟁점주식의 취득과 관련하여 ○○○도 ○○건설의 주식을 함께 취득하기로 하였는 바, 그 형식은 청구법인이 취득한 주식 중 일부를 ○○○에게 매각하는 방식으로 하기로 하였다는 취지의 내용이 기재되어 있고, 2) 채권은행단으로부터 주식 매수조건에 대하여 ; ○○건설 발행의 보통주식 19,326,499주를 1주당 5,657원(우선매수권 행사가격 4,010원 및 경영권 인수등에 대한 대가로 추가 지급하기로 한 금액 1,647원을 합한 금액)에 인수하기로 하였다는 취지의 내용이 기재되어 있으며, 3) ○○○에 대한 주식 양도조건에 대하여 ; 위 2)호에서 청구법인이 취득하는 51% 주식 중 6,731,420주를 청구법인이 우선매수권 행사시 제시된 행사가격인 1주당 4,010원에 ○○○에게 매각하기로 하였다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(8) 경영권이란 특정 기업의 경영에 관한 의사결정을 할 수 있는 권한을 말하며, 주식회사의 경우 회사의 경영권을 행사할 수 있는 이사를 주주총회에서 선임하게 되므로 결국 특정 법인의 경영권을 획득하기 위하여는 주주권을 공동으로 행사할 수 있는 다른 주주들보다 더 많은 지분을 확보할 필요가 있다. 법인세법은 영업권과는 달리 경영권의 가치를 별도로 평가하는 규정을 두고 있지 아니하고 있는 한편, 투자주식의 장부가액은 총평균법이나 이동평균법에 의하여 평가하도록 하고 있는 바(법인세법시행령 제75조 참조), 보유중인 투자주식을 처분할 경우 1주당 장부가액(취득원가)은 동일한 것으로 보도록 하고 있음을 알 수 있다. 또한, 지분법이란 피투자기업(자회사)의 순이익이나 손실을 투자기업(모회사)이 가지고 있는 지분율만큼 투자금액에 반영하여 모회사의 실적에 반영하는 제도를 말하며, 기업회계기준서 제15호(지분법) 등에 의하면, 투자회사가 취득한 주식이 피투자회사의 재무정책과 영업정책에 관한 의사결정에 참여할 수 있는 정도(보통 20%이상)이면 지분법으로 평가하도록 되어 있다. 즉 취득한 주식이 시장성있는 주식이면 원칙적으로 공정가액법(기업의 실적과 상관없이 시가)으로 평가하지만, 시장성있는 주식이라도 피투자회사의 경영에 관여할 목적의 주식은 지분법 적용 투자주식으로 분류하여 지분법(시가와 상관없이 순수하게 실적)으로 평가하도록 하고 있음을 알 수 있다.

(9) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점주식을 취득하기 전에도 특수관계자 지분을 포함하여 ○○건설의 주식 약 20%를 보유하여 채권은행단이 매각하기로 한 쟁점주식 중 약 1/2 정도만 추가로 취득하여도 최대주주로서 경영권 행사가 가능한 상태에 있었으나, 채권은행단이 시세보다 더 높은 가격으로 주식을 매각하기 위하여 경영권이 수반된 쟁점주식 51%를 일괄매각할 계획으로 있어 이를 다른 법인이 일괄매수하게 되면 경영권을 확보하기 어려운 입장에 있으므로 경영권을 확보하기 위하여 청구법인이 쟁점주식 51%를 우선매수권을 행사하여 전부 취득할 수 밖에 없었으나, 자금사정이 여의치 아니하므로 손실을 감수하고 그 중 약 1/2정도를 ○○○에게 양도하면서, ○○건설의 이사회를 ○○○와 공동으로 구성하는 조건, 2004~2006년에 일정률의 이익배당을 하고, 2004~2005년에 각1회씩 유상감자를 하는 조건으로 양도하였다는 청구주장이 사실로 보이고, 청구법인과 채권은행단이 체결한 주식 매매계약서에 의하면, 채권은행단으로부터 쟁점주식을 직접 취득한 매매당사자는 청구법인이고, 채권은행단과 ○○○간에는 쟁점주식 중 일부를 ○○○가 양수하기로 하는 내용의 계약이 없었으며, 청구법인과 ○○○간에 체결된 양해각서나 컨소시엄계약의 내용 등이 채권은행단에 직접 영향을 미친 것으로는 보이지 않는 점, 만약 ○○○가 채권은행단으로부터 쟁점주식 중 일부를 직접 매입할 의향이 있었다면, ○○○가 단독으로 또는 청구법인과 컨소시엄을 구성하여 채권은행단과 직접 계약을 체결할 수도 있었다고 보이나, ○○○는 채권은행단이 제시한 가격으로는 매입할 의사가 없으므로 청구법인과의 별도계약에 의하여 청구법인이 채권은행단으로부터 매입한 쟁점주식 중 일부를 청구법인이 매입한 가격보다 저렴한 가격으로 매입하였다고 보이는 점, 일반적으로 주식을 공동으로 매입할 경우에는 그 취득가액도 동일하여야 할 것인데 이 건의 경우 청구법인이 매입한 쟁점주식의 취득가액과 ○○○가 매입한 당기 매각주식의 취득가액이 동일하지 아니한 점, 청구법인과 ○○○간에 법인세법상 특수관계가 없고, 쟁점금액을 잔여주식에 대한 자본적 지출액으로 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점주식은 청구법인이 일괄취득하였고, 청구법인과 ○○○가 별도로 체결한 양해각서 등에 의하여 그 중 일부(당기 매각주식)를 청구법인이 ○○○에게 양도한 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다. 따라서, 이 건 당기 매각주식은 그 양도자를 채권은행단이 아니라 청구법인으로 보아 지분법을 적용하여 산정한 투자유가증권처분손실을 청구법인의 2004사업연도 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)