장기보유재고자산 매출액을 수입금액 계상시 과소 손금추인했다는 주장의 당부

○○○세무서장이 2007.8.3 청구법인에게 한 2005.7.1~2006.6.30 사업연연도 법인세 110,794,040원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○○가 100% 출자하여 1990.12.24 설립된 외국인투자기업으로 워크스테이션 등 컴퓨터 관련제품의 판매 및 유지보수서비스업을 영위하면서 매 사업연도 결산시 도매상인○○○”라 한다)에 판매한 금액 중 ○○○가 6.5주를 초과하여 장기보유하는 재고자산금액을 청구법인의 수입금액 및 매출원가에서 차감하는 회계처리를 한 후 위 차감방법이 세법상 손익귀속시기에 위배된다는 사유로 세무조정에 의하여 같은 금액을 익금산입(유보) 및 손금산입(△유보)하여 법인세를 신고하였다가, 다음 사업연도 초에 장부상 이를 매출액 및 매출원가를 계상하고 세무조정에 의해 이를 익금불산입 및 손금불산입하는 방법으로 법인세를 신고하였다. 즉, 청구법인은 내부회계기준에 의거 2004.7.1~2005.6.30(이하 “2005사업연도”라 한다) 결산시 ○○○의 장기재고자산과 관련된 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 재무제표에서 차감(순액기준 5,470,642,422원)하고, 세무조정시 같은 금액 5,470,642,422원(이연매출 15,148,335,345원 익금산입 유보, 이연매출원가 9,677,692,923원 손금산입 △유보)을 익금에 산입하여 2005사업연도 법인세를 신고하였고, 2005.7.1~2006.6.30 사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다)초의 장부상에는 ○○○의 장기재고자산과 관련하여 전년도에 차감하였던 금액 보다 많은 수입금액 16,400,043,415원 및 매출원가 10,486,224,799원을 계상(순액기준 5,913,818,616원)하였으나, 2006사업연도 법인세 신고를 위한 세무조정시에는 순액기준 5,470,642,422원(이연매출 15,148,335,345원 익금불산입 △유보, 이연매출원가 9,677,692,923원 손금불산입 유보)을 손금에 산입하였다가, 2007.1.26 2006사업연도 법인세신고시 과소손금산입한 순액기준 443,176,194원(5,913,818,616원-5,470,642,422원)을 손금에 산입하여 기 납부한 법인세 110,794,048원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 처분청은 청구법인의 2007.1.25자 경정청구에 대하여 법정처리기한인 2007.3.26까지 아무런 통지를 하지 아니함으로써 거부처분(부작위)을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005사업연도 결산시 ○○○의 장기재고자산과 관련된 매출액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 재무제표에서 차감(순액기준 5,470,642,422원)하고 세무조정시 같은 금액 5,470,642,422원(이연매출 15,148,335,345원 익금산입 유보, 이연매출원가 9,677,692,923원 손금산입 △유보)을 익금에 산입하였다가, 2006사업연도의 장부상에는 전년도에 ○○○의 장기재고자산과 관련하여 수정분개한 금액을 포함하여 매출액 16,400,043,415원, 매출원가 10,486,224,799원을 계상(순액기준 5,913,818,616원)하고 세무조정시에는 수정분개한 금액(매출액 16,400,043,415원, 매출원가 10,486,224,799원)이 포함되지 아니한 순액기준 5,470,642,422원(이연매출 15,148,335,345원 손금산입 △유보, 이연매출원가 9,677,692,923원 익금산입 유보)을 손금에 산입하여 2006사업연도 법인세를 신고함으로써 2006사업연도 과세표준이 수정분개한 순액기준 443,176,194원 만큼 과대계상되어 동 금액을 과세표준에서 차감하는 경정청구를 한 것인데도 처분청이 이를 거부(부작위)한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 홍콩지점을 통하여 상품을 도매상인 ○○○에 판매하고, ○○○에게 상품을 인도하는 시점에 회계상 매출을 인식한 후 분기별로 ○○○가 보유하고 있는 재고자산을 파악하여 해당 재고자산이 ○○○의 다음 분기 예상매출재고분의 50%(6.5주 초과 장기보유분)를 초과하는 경우 초과재고분에 해당하는 매출액 및 매출원가를 청구법인의 장부상에서 각각 차감하였다고 기술하고 있다. 청구법인은 모회사의 재고자산관리방침에 의하여 회계처리를 하고 있는 바, 6.5주 원칙은 내부목적상의 재고자산 관리지침에 불과하여 세무상 손익귀속시기가 도래하지 아니하였다는 주장은 타당하지 아니하며, 또한 청구법인이 장부상 차감하였다는 내용은 재무제표를 수정한 것이지 오류라고 볼 수 없고, 과세표준 및 세액의 변동이 아닌 재무제표의 수정에 해당하므로 국세기본법 제45조 의 2 제1항에 의한 경정청구대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 장기보유재고자산과 관련한 매출액을 회계상 수입금액에서 차감하고 세무조정에 의하여 익금산입하여 2005사업연도 법인세를 신고한 이후 장기보유재고자산의 매출액이 증가된 사실을 알게 되어 추가로 수정신고는 하지 아니하였으나 2006사업연도에 회계상으로는 추가분까지 포함한 장기보유재고자산 매출액을 수입금액으로 계상한 경우, 2006사업연도 세무조정시 당초분만 손금추인하여 신고함으로써 추가분이 과소 손금추인되었다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

○ 법인세법 제4조 【실질과세】

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차적으로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2005사업연도 장부 및 세무조정내역에 의하면 아래표와 같이 당초 수입금액으로 119,161,508,539원, 매출원가로 94,411,676,970원을 계상하였다가, ○○○의 장기재고자산과 관련한 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 차감하여 결산서에 수입금액을 104,013,173,194원으로, 매출원가를 84,733,984,047원로 계상하였다가 세무조정시 수입금액 15,148,335,345원을 익금산입하여 유보처분하고, 매출원가 9,677,692,923원을 손금산입하여 △유보처분하여 2005사업연도 법인세를 신고한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 2005사업연도 법인세 신고후 아래표와 같이 2005사업연도의 ○○○ 관련 수입금액이 16,400,043,415원이고, 매출원가가 10,486,24,799원이라는 오류를 발견하였으나, 위 오류발견내용(○○○매출액 등 증가액)이 결산서의 수입금액 등을 감액하여 수정해야 할 사항이나 법인세 신고후 결산서의 수정은 할 수 없는 것이고, 설령 결산서를 수정한다고 하더라도 위 수입금액 등의 차감액을 세무조정에 의하여 추가로 익금 및 손금에 산입하더라도 법인세 과세표준에는 변동이 없다고 하여 2005사업연도의 법인세를 수정신고하지는 아니하였다.

(3) 청구법인의 2006사업연도 장부 및 세무조정내역에 의하면, 아래표와 같이 2005사업연도의 장부상 차감하였던 ○○○의 장기재고자산과 관련한 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 가산하지 아니하고, 2005사업연도 법인세 신고후 인지한 ○○○의 장기재고자산과 관련한 수입금액 16,400,043,415원 및 매출원가 10,486,224,799원을 가산하였으나, 2006사업연도 세무조정시에는 2005사업연도에 유보처분하였던 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 손금추인 등 함으로써 결과적인 면에서 443,176,194원{(16,400,043,415원-10,486,224,799원) -(15,148,335,345원-9,677,692,923원)} 상당액을 2006사업연도의 법인세 과세표준으로 과대계상한 사실이 확인된다.

(4) 청구법인의 장부 및 재무제표 사본에 의하면, 청구법인은 2005사업연도의 손익계산서에 ○○○ 관련 수입금액 15,148,335,345원 및 동 매출원가 9,677,692,923원을 차감하여 상품매출액을 104,013,173,194원으로, 상품매출원가를 86,733,984,047원을 계상하였고, 2006사업연도의 손익계산서에 2005사업연도의 ○○○ 관련 수입금액 16,400,043,415원 및 매출원가 10,486,224,799원을 가산하여 상품매출액을 102,761,465,124원으로, 상품매출원가를 85,925,452,171원으로 계상한 사실이 확인된다.

(5) 살피건대, 국세기본법 제45조 의 2 제1항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정청구를 할 수 있는 것인 바, 이 건의 경우 청구법인이 2005사업연도의 장부상 당초 계상한 ○○○ 장기재고자산 관련 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 그대로 신고하였으면 아무런 문제가 없었던 것이나 청구법인의 내부회계기준(모기업회계기준)에 맞추기 위하여 장부상 ○○○ 장기재고자산 관련 수입금액 및 동 매출원가를 차감하였다가 세법상의 손익귀속시기와 일치시키기 위한 일환으로 세무조정에 의하여 다시 익금 등에 산입하여 2005사업연도의 법인세를 신고한 후, 2006사업연도의 장부등 재무제표에 이를 다시 가산하는 과정에서 2005사업연도에 차감하였던 ○○○ 장기재고자산관련 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원 보다 더 큰 금액인 수입금액 16,400,043,415원 및 매출원가 10,486,224,799원을 가산하고 2006사업연도의 세무조정시는 2005사업연도에 유보처분하였던 수입금액 15,148,335,345원 및 매출원가 9,677,692,923원을 그대로 손금추인 등 함으로써 결과적으로 443,176,194원{(16,400,043,415원-10,486,224,799원) -(15,148,335,345원-9,677,692,923원)} 상당액을 2006사업연도의 법인세과세표준으로 과다신고한 것이므로 경정청구대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 한편, 처분청은 청구법인이 결산서 등을 수정한 것이어서 경정청구대상이 아니라고 답변서를 제출하고 있으나, 청구법인이 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세신고시 결산서를 수정한 것이 아니라, 모기업의 회계기준에 맞추기 위해 2006사업연도의 수입금액에 2005사업연도의 ○○○관련 수입금액 등을 과대계상한 것으로 보여지며, 또한 수입금액을 과대계상하였다면 2006사업연도 법인세신고시 이를 감안하여 과대계상한 수입금액을 차감하는 세무조정을 하였어야 하나 이를 누락하였다가 경정청구에 의하여 차감신고한 것이므로 처분청 의견은 사실관계를 오인한 것이라고 할 것이다.

(6) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부(부작위)한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.