조세심판원 심판청구 법인세

국세부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금을 재산정하여 과세한 처분의 당부

사건번호 국심-2007-서-3165 선고일 2008.03.20

국세부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금을 재산정하여 그 후 사업연도의 과세표준을 결정하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 ○○○지방법원으로부터 1998.6.18. 회사정리계획 인가결정, 2000.12.22. 인가결정의 변경인가를 받은 법인으로서, 2000사업연도 법인세 신고시 변경인가에 따른 채무면제익 43,692,750,064원으로 이월결손금 40,531,050,184원을 보전하고 이월결손금을 초과하는 금액 3,161,699,880원을 조세특례제한법 제44조 의 규정에 의한 특례적용대상으로 하여 3분의 1에 상당하는 금액 1,053,899,960원을 2004사업연도 및 2005사업연도에 각각 익금산입하여 법인세를 신고하였다. 처분청은 ○○○국세청장으로부터 청구법인이 1999사업연도말 누적 이월결손금의 합계액이 23,495,603,594원임에도 40,531,050,184원으로 하여 17,035,446,590원의 이월결손금을 과다 계상하였다는 과세자료를 통보받고, 채무면제익(43,692,750,064원)으로 정당한 이월결손금(23,495,603,594원)을 보전한 잔액 20,197,146,470원의 3분의 1 (6,732,382,156원)씩을 각사업연도 소득금액에 익금산입하여 2007.4.6. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 5,750,400원 및 2005사업연도 법인세 5,678,480원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구법인의 2000사업연도 채무면제익 43,693백만원 중 보전에 충당한 이월결손금을 재산정하기 위해서는 2000사업연도에 대한 경정결의가 선행되어야 하는 것으로, 부과제척기간이 경과한 2000사업연도의 채무면제익 보전에 충당한 이월결손금을 경정하여 부과제척기간 내의 2004사업연도 및 2005사업연도 익금산입액을 경정하는 처분은 부과권이 없이 행하여진 무효의 처분이고, 이월결손금 차액은 2000사업연도 자본금과적립금조정명세서(갑) 이월결손금계산서상 1998사업연도 기공제 이월결손금을 ‘기공제액’에 기재하지 않고 ‘보전’에 착오 기재한 것에 기인하므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견 청구법인이 2000사업연도 채무면제익의 이월결손금 보전시 1999사업연도말 이월결손금을 과다 계상하여 당해 금액을 원인으로 2004~2005사업연도 소득금액을 계산하였는 바 부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금이라 하여도 세무상 적정하게 계산된 결손금으로 소득금액을 재산정할 수 있는 것이고, 2004사업연도 이후의 과세표준을 산출함에 있어서 이전 사업연도에 공제 가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하는 것이므로 부과제척기간의 경과여부에 관계없이 1999사업연도말 현재 이월결손금을 재산정할 수 있는 것이다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 국세부과제척기간이 경과된 2000사업연도의 이월결손금을 재산정하여 2004사업연도 이후의 법인소득금액을 경정하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련법령

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 조세특례제한법 제44조 【정리계획인가 등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례】

① 회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정이나 화의법에 의한 화의인가의 결정 또는 파산법에 의한 강제화의인가의 결정을 받은 법인이 금융기관으로부터 채무의 일부를 면제받은 경우와 기업구조조정촉진법에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 동법에 의한 채권금융기관으로부터 채무의 일부를 면제받은 경우(동법 제29조의 규정에 의한 반대채권자의 채권매수청구권의 행사와 관련하여 채무의 일부를 면제받는 경우를 포함한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 소득금액계산에 있어서 그 면제받은 채무에 상당하는 금액(대통령령이 정하는 결손금을 초과하는 금액에 한하며, 이하 이 조에서 “채무면제익”이라 한다)은 당해 사업연도와 당해 사업연도의 종료일 이후 3사업연도의 기간의 익금에 이를 산입하지 아니하고 그 다음 3사업연도의 기간에 그 균등액 이상을 익금에 산입한다.

1. 정리계획인가ㆍ화의인가 또는 강제화의인가의 결정 및 경영정상화계획의 이행을 위한 약정에 채무의 면제액이 포함되어 있을 것. 다만, 기업구조조정촉진법에 의한 반대채권자의 채권매수청구권과 관련한 채무의 면제액은 그러하지 아니하다.

2. 채무를 면제한 금융기관 및 기업구조조정촉진법에 의한 채권금융기관이 법인세법 제52조 제1항 의 규정에 의한 특수관계자가 아닐 것

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인세 결정결의서 및 조사관련자료 등에 의하면, 청구법인은 1978.5.1. ○○○에서 음식 호텔업으로 사업자등록을 신청한 법인으로서, 1996.1.20. ○○○지방법원에 회사정리절차 개시신청을 하고, 1998.6.18. 회사정리계획 인가결정 및 2000.12.22. 회사정리계획 인가결정에 대한 변경인가를 받으면서 주식회사 ○○○관광의 채무 및 정리절차개시 후 이자 등 43,692백만원을 면제받아 동 채무면제익을 2000사업연도 이월결손금 40,531백만원의 보전에 충당하여 법인세를 신고하였고, 처분청은 청구법인의 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 신고서의 ‘자본금과 적립금조정명세서(갑)’상 1999사업연도말 이월결손금이 23,495백만원인데도 2000사업연도 채무면제익 결손금 보전시 40,531백만원으로 계상․보전하여 17,035백만원을 과다 계상한 사실을 적출하고 정당한 이월결손금을 보전한 후의 잔액 20,197백만원을 각사업연도 소득금액계산시 3분의 1(6,732백만원)씩 익금산입하여 이 건 2004~2005사업연도 법인세를 과세한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 2000사업연도 채무면제익 중 보전에 충당한 이월결손금을 재산정하기 위해서는 2000사업연도에 대한 경정결의가 선행되어야 하고 임의 재산정할 수 없으며, 부과제척기간이 경과한 2000사업연도의 채무면제이익 보전에 충당한 이월결손금을 경정하여 부과제척기간 내의 2004사업연도 및 2005사업연도 익금산입액을 경정하는 것은 부과권이 없으므로 무효의 과세처분이라는 주장이다.

(3) 살피건대, 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것은 아니므로, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 것이고(대법2001두2652,2002.11.26. 같은 뜻), 같은 취지에서 청구법인이 1999사업연도의 이월결손금을 잘못 계상함으로 인하여 부과제척기간이 경과한 2000사업연도 채무면제익의 이월결손금 보전시 과다 계상하였다 하더라도 처분청은 세무상 적정하게 계산된 이월결손금으로 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 법인소득금액을 재산정하여 그 과세표준이나 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 세무상 적정하게 계산된 2000사업연도 이월결손금으로 2004사업연도 및 2005사업연도 법인소득금액을 재산정하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)