입주권을 보유 중 거주주택 양도시 1세대 1주택 비과세 적용 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1997.1.27. ○○7-1구역 재개발입주권을 취득하여 1999.12.18. ○○시 ○○구 ○○동 1707번지 ○○아파트 103동 907호(이하 “쟁점주택”라 한다)를 분양받아 거주하다가 2006.12.11. 쟁점주택을 양도하였다.
• 나. 청구인의 배우자는 2002.9.16. ○○시 ○○구 ○○동 195 외 3필지 ○○아파트 6동 403호를 취득하였고, 동 주택은 2005.5.17. 사업시행인가를 받아 2006.1.25. 관리처분계획인가를 받았다.
• 다. 청구인은 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 배우자가 소유한 재건축조합원입주권을 포함하여 1세대 2주택의 양도로 보아 2007.1.23. 양도소득세 75,206,210원을 신고․납부하였다.
• 라. 청구인은 2007.6.12. 배우자 소유의 재건축조합원입주권은 주택으로 보는 입주권에 해당하지 않아 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 청구인이 납부한 양도소득세 75,206,210원을 환급하라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2007.6.29. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2007.7.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 배우자가 소유하였던 입주권은 2005.5.17. 사업시행인가를 받았고 2006.1.25. 관리처분계획인가를 받은 재건축조합원입주권으로서 소득세법 제89조 제2항 의 적용대상인 2006.1.1. 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법 제48조 (관리처분계획의 인가)에 의해 취득한 입주권이 아닌 동 법 제28조(사업시행인가)에 의해 2005.5.17. 취득한 입주권이므로 주택으로 보는 입주권에서 제외하여야 하고 주택으로 보는 입주권에서 제외시 쟁점주택은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건을 충족한 주택이므로 기납부한 양도소득세는 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제89조 제2항 의 내용을 보면, 제1항(양도소득세 비과세)의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령이 정하는 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다라고 되어 있고, 부칙 제12조 제1항에는 소득세법 제89조 제2항 의 개정규정은 2006.1.1. 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다고 규정되어 있는 바, 청구인의 배우자가 보유한 재건축조합원입주권은 관리처분인가일이 2006.1.25.이어서 부칙 제12조 적용대상이므로 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 배제하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 2005.5.30. 이전에 사업시행인가를 받고 2006.1.1. 이후 관리처분인가를 받은 입주권을 보유한 자가 이 건 입주권 취득전에 취득하여 거주하던 주택을 양도한 것에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. (삭제, 2005. 12. 31.)

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 2005. 12. 31. 법률 제7837호 개정된 소득세법 부칙 제12조 【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 주택건설촉진법(법률 제6852호 도시 및 주거환경정비법으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제28조 【사업시행인가】

① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제48조 【관리처분계획의 인가 등】

① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 배우자가 소유한 재건축조합원입주권을 포함하여 1세대 2주택의 양도로 보아 2007.1.23. 양도소득세 75,206,210원을 신고․납부하였다가, 2007.6.12. 배우자 소유의 재건축조합원입주권이 주택으로 보는 입주권에 해당하지 않아 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 75,206,210원을 환급하라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구를 거부하였음이 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) ○○시 ○○구청장이 고시한 관리처분계획인가 고시(2006.2.1.)에 의하면, 청구인 배우자 소유의 조합원입주권의 관리처분인가일은 2006.1.25.로 되어 있고, ○○시 ○○구청장이 고시한 주택재건축정비사업시행인가 고시(2005.5.18.)에 의하면, 청구인 배우자 소유의 조합원입주권의 사업시행인가일은 2005.5.17.로 되어 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 2002.9.16. 배우자가 취득한 아파트가 2005.5.17. 재건축 사업시행인가를 받았으므로 이 건 입주권이 부동산이 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되는 시점이 도시 및 주거환경정비법 제28조 에 따른 사업시행인가일인 2005.5.17.로 보아야 하므로 2005.12.31. 개정된 소득세법 제89조 제2항 에서 규정하고 있는 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외하는 입주자로 선정된 지위에 해당하지 아니하여 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택의 비과세 규정이 적용되어야 한다는 주장이나, 동 입주권은 2005.5.30. 이전에 사업시행인가되었으나 2006.1.1. 이후 관리처분계획이 인가되었으므로 2005.12.31. 개정된 소득세법 부칙 제12조 제1항에 의거 2006.1.1. 이후 관리처분계획이 인가된 경우 2005.12.31. 개정된 소득세법 제89조 제2항 의 규정을 적용하도록 되어 동 입주권은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 것으로 보아야 하므로 청구인의 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.