건물수리 관련 매입세액을 업무와 관련 없는 것으로 보아 불공제한 처분의 당부

○○○세무서장이 2007.5.4. 청구법인에게 한 2006년 제2기분 부가가치세 2,925,850원의 부과처분은 붙임 쟁점세금계산서를 사업과 직접 관련 있는 것으로 보아 매입세액을 과세분과 면세분으로 안분계산한 후 과세분 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 2006.10.11. 부동산 임대사업을 영위하기 위하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 부동산(토지 417㎡ 및 건물 467.4㎡로 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2,020,000,000원 [토지 1,910,000,000원, 건물 110,000,000원(부가가치세 포함)에 취득하여 도시가스시설 등 건물 내 ∙ 외부 수리 공사를 한 후 2006년 제2기 부가가치세 확정신고시 건물 취득비 및 건물 내 ∙ 외부 수리공사비에 대한 공급가액 312,979,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 이에 대한 매입세액 29,574,429원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인의 매입세액 내역에 대하여 현지 확인 조사를 한 결과 쟁점매입세액은 특정 종교활동을 위하여 취득하거나 수선한 것으로서 사업과 직접 관련 없는 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 가산하여 2007.5.4. 청구법인에게 2006년 제2기분 부가가치세 2,925,850원을 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 도시개발사업, 출판(불교관련서적), 무역, 부동산 임대 및 매매업을 영위하는 법인으로 쟁점부동산을 임대목적으로 취득하여 내 ∙ 외부 수리를 한 후 종교단체인 ○○○○○회에 임대하고 있음에도 불구하고 청구법인의 대표이사 김○○가 이사로 재직하고 있는 종교단체인 ○○○○○회에 저가임대하였다하여 이는 특수관계자간 부당행위계산 문제로 매입세액공제 여부와는 관련이 없음에도 불구하고 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련 없는 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 대표이사 김○○가 이사로 재직하고 있는 종교단체인 ○○○○○회에 장기간(10년) 저가로 임대(월세없이 임대보증금 4억5천만원)하여 ○○○○○회는 쟁점부동산 전체를 법당으로 사용하고 있고, 쟁점부동산에 대한 유지관리비는 청구법인이 부담하고 있는 점 등으로 보아, 쟁점부동산의 취득 및 내 ∙ 외부 수리는 청구법인의 부동산 임대업을 위한 것이 아니라 종교단체인 ○○○○○회의 종교활등을 위한 것으로 보여지므로 쟁점매입세액을 청구법인의 임대사업과 직접 관련 없는 세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 건물 취득 및 내 ∙ 외부수리 관련 부가가치세 매입세액을 업무와 직접 관련 없는 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② ~ ⑤ (생 략)

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 【납부세액】

① (생 략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ∙ 1의2. (생 략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. ~ 5. (생 략)

③ ~ ⑦ (생 략)

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장 ∙ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. (생 략)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. (생 략)

② 사업장 관할세무서장 ∙ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서 ∙ 장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. (단서 생략)

③ (생 략)

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 【가산세】

① ~ ④ (생 략)

⑤ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니한다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑥ ~ ⑨ (생 략)

○ 부가가치세법시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(⌜ 소득세법 시행령⌟ 제98조 제1항 각호 또는 ⌜ 법인세법 시행령⌟ 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 ⌜ 소득세법 시행령⌟ 제98조 제3항 및 제4항 또는 ⌜ 법인세법 시행령⌟ 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

② (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 내 ∙ 외부수리하면서 쟁점세금계산서를 교부받은 사실, 청구법인이 부동산임대업을 영위하고 있는 사실, 쟁점부동산을 ○○○○○회에 임대한 사실 및 청구법인의 대표이사 김○○가 ○○○○○회의 이사인 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서는 쟁점부동산을 임대목적으로 취득하여 내 ∙ 외부 수리를 하면서 교부받은 것으로 이는 사업과 직접 관련 있는 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하면서, 쟁점세금계산서 사본, 쟁점부동산 등기부등본 및 임대차계약서 사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 쟁점세금계산서를 살펴보면, 쟁점부동산 중 건물 취득, 건물 내 ∙ 외부 수리 등을 하면서 교부받은 것으로 그 내역은 아래와 같다. 〈쟁점세금계산서 내역〉 (단위: 원) 거래일자 거래내역 공급가액 세액 공급자 2006.10.2. 건물취득 100,000,000 10,000,000

○○약품 2006.10.17. 페인트공사 11,000,000 1,100,000

○○도장 2006.10.28. 스텐절곡외 5,850,000 585,000

○○○벤딩 2006.11.7. 도시가스시설 2,800,000 280,000

○○○○산업 2006.11.13. 방화문공사 등 13,746,000 1,374,600

○○금속 2006.11.13. 외장공사 19,000,000 1,900,000

○○산업 2006.11.20. 도배,바닥공사 20,320,000 2,032,000

○○○프라자 2006.11.23. 건축공사 121,113,000 12,113,000

○○산업 2006.11.24. 알미늄벤딩외 4,150,000 415,000

○○○벤딩 2006.11.30. 설비공사 15,000,000 1,500,000

○○○산업 합계 312,979,000 31,299,600 또한, 쟁점부동산 등기부등본 및 임대차계약서 사본을 살펴보면, 청구법인은 2006.10.2. 주식회사 ○○약품으로부터 쟁점부동산을 취득한 후 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 2006.11.1. 작성한 청구법인과 ○○○○○회와의 임대차계약서에는 쟁점부동산 127평 중 2층 7평은 청구법인이 사무실로 사용하고, 나머지 120평은 ○○○○○회에게 보증금 4억5000만원에 10년간(2006.11.1.부터 2016.10.30.까지) 임대하는 것으로 되어 있다.

(3) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인의 등기부등본 및 사업자등록증에 부동산 임대업이 사업목적으로 되어 있고, 쟁점부동산 취득과 함께 청구법인 명의로 소유권이전등기한 후 건물 내 ∙ 외부수리를 하여 ○○○○○회에 임대한 사실이 확인되고 있어 쟁점부동산 취득 및 건물 내 ∙ 외부수리를 하고 교부받은 쟁점세금계산서는 청구법인이 쟁점부동산 취득 후 그 사업목적인 임대업에 관련된 것으로 사업과 직접 관련 있는 세금계산서로 보여 진다. 따라서, 처분청이 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련 없는 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.