검찰 수사후 수정신고가 “경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우”에 해당하는지

○○○세무서장이 2007.4.27. 청구법인의 2002~2004사업 연도분 소득금액을 재계산하면서 전 대표이사인 김○○○ 및 남궁○○○에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 한 소득금액변동통지(김○○○: 2002년 994,332,493원, 2003년 676,089,858원, 2004년 120,383,250원, 남궁○○○: 2002년 297,008,407원, 2003년 201,948,918원, 2004년 35,958,632원)의 처분은 이를 취소한다.

청구법인은 신형방탄복, 헬맷 등의 방산물자 제조업체로서, 2006.5.25. 전 대표이사인 김○○○과 남궁○○○이 횡령한 3,752,482천원 중 1999~2001사업연도분 1,426,760천원에 대하여는 회수하지 못하였다고 하여 “상여”, 2002~2004사업연도분 2,325,721천원(이하 “쟁점 금액”이라 한다)은 회수하였다고 하여 “사내유보”로 각각 소득처분 하여 관련 법인세 및 원천징수분 근로소득세를 수정신고·납부하였다. 처분청은 청구법인이 한 위의 수정신고 중 2002~2004사업연도분 법인세 수정신고에 대하여 “경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우”에 해당한다고 하여 쟁점금액 2,325,721천원(2002년 1,291,341천원, 2003년 878,038천원, 2004년 156,341천원)에 대하여 “상여”로 소득처분하여 2007.4.27. 청구법인에게 아래 내용과 같이 관련 인정상여에 따른 소득금액변동사항을 통지하였고, 청구법인은 이에 따라 2007.5.10. 김○○○ 외 1인에 대한 2002~2004년 귀속분 원천징수분 갑종근로소득세 합계 800,998,410원(김○○○ 귀속 617,855,510원, 남궁○○○ 귀속 183,142,900원)을 신고·납부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 먼저, 이 사건의 검찰수사 경위는, 2004.8.27. MBC의 “신○○○의 사실은…”이라는 프로에서 청구법인이 제조한 신형방탄복 등의 성능문제, 군납비리 등의 의혹을 보도하였고, 2004년 9월경 김○○○ 사장이 해외로 도피한 후 2004.10.15. ○○○지방검찰청(특수 3부)이 청구법인에 대한 수사 착수로 압수·수색이 이루어졌으나, 대표 김○○○의 귀국 연기로 2005년 11월까지 수사가 지연된 바가 있으며, 그 후 김○○○은 2005년 9월 귀국하여 2005.11.30. 구속·수감되었고, 2005.12.19. 동 김○○○ 및 감사 남궁○○○에 대하여 횡령·사기·업무상 배임 등의 혐의로 공소장이 접수되어 2006.5.26. 판결이 있을 때까지 재판이 계속되었고, 재판과정에서 남궁○○○은 2005.12.1.~2006.1.20. 현금 및 주식 887,370천원, 김○○○은 2006년 5월 주식 등 2,325,086천원 상당액을 횡령금액의 일부로 반환하였고, 2006.5.26. 최종 판결선고(○○○)가 이루어진 바가 있다. 청구법인이 2006.5.25. 이 건 법인세를 수정신고한 것은 처분청의 판단과 같이 세무조사 착수 등 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것이 아니다. 당초 검찰이 청구법인을 수사하게 된 연유가 군납비리에 관한 언론보도에 따라 비자금 의혹만 제기되어 수사 착수한 경우로서, 당시 대표자는 해외 도피로 부재중이어서 횡령금액을 전혀 알 수가 없었기에 수사착수 이전에 수정신고하는 것은 불가능한 실정이었고, 다만 2004~2005사업연도분 법인세에 대한 회계감사시 이 건과 관련된 중대한 불확실성 때문에 한정 의견을 받은 결과 금융기관 차입에 어려움이 많았고, 2006사업연도분 회계감사시에도 회계감사인(○○○ 회계법인)은 위의 불확실성이 해소되지 않으면 감사의견을 표명할 수 없음을 통보하면서 검찰에서 조사한 김○○○ 등의 비자금조성 내역이 입수되는대로 수정신고를 하도록 요구한 바가 있고, 신임 경영진은 재판 중이어서 김○○○ 등이 비자금을 조성하여 횡령한 금액의 구체적인 액수가 확정되지 않아 수정신고를 할 수가 없었던 중, 김○○○ 등이 확정판결 이전에 집행유예 등 유리한 결과를 얻기 위한 목적으로 검찰기소장에 나타난 횡령금액을 반납하겠다는 의사를 표시하여 일부 횡령액을 주식 등으로 반환하기로 하는 합의서를 작성하여 재판부에 제출함에 따라 이를 근거로 확정판결 이전인 2006.5.25. 이 건 법인세 등에 대하여 수정신고·납부하게 된 것이다. 더욱이, 청구법인의 이 건 법인세 수정신고는 수정신고 이전에 과세관청의 세무조사 통지를 받거나 조사 착수된 것을 알고 한 것이 아니어서 적법하였음에도 불구하고, 처분청이 수정신고 이후 8개월이 지난 후에 세무조사를 하면서 청구법인이 검찰의 수사착수 이후에 수정신고하였다 하여 이를 법인세법시행령 제106조 제1항 단서의 규정의 “경정이 있을 것을 미리 알고” 수정 신고한 것으로 판단하여 과세한 이 건 처분은 동 법령을 확대 해석하여 적용한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다
• 나. 처분청 의견 법인세법시행령 제106조 제4항 단서에 “세무조사 착수 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있고, 검찰의 수사착수가 위 범위에 포함되는지 여부에 대하여 과세기준자문을 신청한 바, 국세청의 과세자문위원회로부터 수사기관이 수사에 착수한 이후 수정신고한 경우에는 위 법령에 의거 사내 유보로 소득처분을 할 수 없는 것으로 통보받음에 따라 청구법인이 수정신고시 유보로 소득처분한 쟁점금액을 상여로 소득처분을 한 것이다. 또한, 횡령 당사자인 김○○○은 횡령사건으로 해임되기 전까지 대표이사로 계속 근무하였던 자이며, 설령 대표자가 부재중이었다고 하더라도 횡령사실을 대표자 이외의 임직원이 몰랐다고 인정할 만한 객관적인 사실이 나타나지 않고 있으며, 청구법인의 수정신고는 MBC 방송국의 군납비리 보도에 이어 검찰수사 및 가공매입자료 확정이후에 신고한 것이므로, 이는 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아야 하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 2002~2004사업연도분 법인세 수정신고가 “경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우”에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령(2005.2.19 대통령령 18706호로 개정된 것) 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가.~라. (생략)

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2005.2.19> 부칙 제7조 【소득처분에 관한 적용례】 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 아래 표와 같이 청구법인이 2006.5.25. 신고한 1999~2004사업연도분 법인세 수정신고에 대하여 2007년 1월 현지 확인조사를 실시한 후, 1999~2001사업연도분 수정신고에 대하여는 신고시인하고, 이 건 2002~2004사업연도분 수정신고에 대하여는 2007.1.25. 국세청장에게 과세기준자문을 구한 후, 2007.3.9. 국세청장으로부터 법인의 대표이사가 비자금을 조성하여 사외유출시킨 혐의로 수사기관이 수사에 착수한 이후 당해 법인이 횡령금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 법인세를 수정신고한 경우에는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것)의 규정에 의하여 동 회수 상당액을 사내 유보로 소득처분할 수 없다는 회신(○○○, 2007.3.9)을 받아, 이를 근거로 청구법인이 비록 2002~2004사업연도분 쟁점금액을 회수하여 익금에 산입하여 수정신고하였으나, 동 수정신고는 경정이 있을 것을 미리 알고 사외 유출된 금액을 익금산입하는 경우에 해당한다고 하여 청구법인이 유보로 소득처분 신고한 쟁점금액에 대하여 상여로 소득처분을 변경하여 이 건 소득금액변동통지 처분을 하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 전 대표이사 김○○○ 등의 횡령혐의에 대하여 검찰수사가 착수되고 공소제기되었으나, 수정신고시까지도 동 형사 사건이 재판 중이어서 비자금 조성을 통하여 횡령한 금액을 확정할 수가 없어서 수정신고를 할 수가 없었고, 김○○○ 등이 확정판결 이전에 집행유예 등 형의 경감을 받을 목적으로 일부 횡령금액을 반납하겠다는 합의서를 재판부에 제출함에 따라 이를 근거로 법원의 확정 판결전인 2006.5.25. 이 건 법인세 등에 대하여 수정신고·납부하게 된 것이며, 이 건 쟁점금액과 관련된 2002~2004사업연도분 법인세 수정신고는 수정신고전에 과세관청의 세무조사 통지를 받거나 조사 착수된 것을 알고 한 것이 아니어서 적법함에도 불구하고 처분청이 “경정이 있을 것을 미리 알고” 수정신고한 것으로 판단한 이 건 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한○○○방송국의 보도자료, ○○○지방법원의 판결문(○○○, 2006.5.26), 법인세 수정신고서, 처분청의 현지확인출장증, 처분청의 과세기준자문신청서(2007.1.25) 등의 자료에 의하면, 2004.8.27. MBC방송의 군납비리 및 비자금 조성 등의 의혹 보도에 따라 ○○○지방검찰청이 2004.10.25. 수사 착수하였고, 2005.12.19. 전 대표이사 김○○○ 등을 비자금 조성 및 횡령 등의 혐의로 공소제기하였으며, 동 형사사건(○○○)은 2006.5.26. 확정판결되었고, 청구법인의 이 건 법인세 수정신고는 법원의 확정판결 이전인 2006.5.25.에 하였으며, 처분청은 청구법인의 수정신고일 이 후 8개월이 지난 시점인 2007.1.15.~1.19. 기간동안 청구법인에 현지출장 조사를 한 후 2007.1.25. 2002~2004사업연도분 쟁점금액의 유보처분 신고에 대해 국세청장에게 과세기준자문을 구한 후 상여로 소득처분하였음이 확인된다. (나) 청구법인의 회계장부, ○○○은행계좌(○○○), 청구법인과 김○○○간 합의서(2006년 5월), 청구법인과 남궁○○○간 주식양도·양수계약서(2005.12.1) 등에 의하면, 청구법인은 2002~2004사업연도분 쟁점금액에 대하여 김○○○ 및 남궁○○○으로부터 2005.12.1. ~2006.5.25. 기간동안 3회에 걸쳐 현금 및 주식 등으로 회수하여 익금산입 회계처리하였음이 확인되고, 이와 같이 쟁점금액이 청구법인에게 회수되어 익금에 산입한 사실에 대하여는 당사자간 다툼이 없다. (다) ○○○중앙지방법원 판결문○○○, 2006.5.26. 선고)을 요약하여 보면, 피고인 김○○○에 대하여는 징역 3년에 집행유예 4년, 남궁○○○에 대하여는 징역 1년 6월에 집행유예 3년을 각각 선고하였는 바, 당초 검사는 비자금 총액 4,156,472,127원에서 피고인 김○○○이 개인 명의 유상증자대금 462,630,000원 등 합계 2,457,689,315원을 횡령하였다는 취지로 공소를 제기하였으나, 김○○○은 개인명의 유상 증자대금을 제외한 1,995,059,315원을 회사의 이익을 위하여 오리엔탈공업 우리사주조합 주식지분 매입자금 약 1억원, 사장실 및 감사실 운영비 약 3억원(월 5백만원×60개월), ○○○ 설립자본 5천만원, 서울 사원용 임대주택 보증금 3천만원, 이용진 부사장 채용 격려금 5천만원, 각종 제품개발지원비 합계 8천만원, 도로공사주유소 입찰경비 1천만원, 해외수출판촉활동경비 합계 1억4천만원, 직원 경조사비 합계 7,100만원, 사원 벌금대납비 3천만원, 기타 회사 운영경비 약 12억원(월 2천만원×60개월) 등의 명목으로 사용하였을 뿐만 아니라 회사의 대표이사 등이 소위 비자금을 조성하였다고 할지라도, 비자금이 조성되고 그 조성된 비자금이 사용되었다는 점만으로 대표이사 등이 이익을 얻고 그로 인하여 회사에게 손해를 야기하였다고 볼 수 없는 점 등으로, 그 나머지 금액 1,995,059,315원에 대하여는 무죄가 선고되어야 한다고 주장하였고, 이에 대하여 재판부는 피고인이 주장하는 사용내역은 대부분 ○○○의 이익을 위한 지출이라고 보기 어렵거나, 막연한 진술만이 있어 과연 그러한 지출이 있었는지 여부조차 제대로 알 수 없는 것이고, 그밖에 그 사용처에 관한 증빙자료와 합리적인 설명을 제시하지 못하고 있으므로 조성된 후 사용된 비자금 중 출처가 명확히 밝혀지지 않은 ‘나머지 금액 1,995,059,315원이 불법영득의 의사로 인출하여 개인적 용도로 사용한 것으로 추단할 수밖에 없다고 할 것이라고 판단한 후, 피고인에 대한 양형의 이유에 대하여 이 사건 주된 공소 사실인 업무상 배임 및 횡령 범행은 피고인들이 ○○○공업을 운영하는 과정에서 약 41억원의 비자금을 조성하고, 그 과정에서 4억원을 수수료 및 부가가치세 명목으로 지출하여 회사에 손해를 입히고, 조성된 비자금 중 24억원을 피고인 김○○○의 개인용도로, 8억원을 피고인 남궁○○○의 개인 용도로 사용한 것으로, 피고인 김○○○이 비자금을 조성한 경위야 여러 가지 측면이 있겠지만, 특히 방산업체의 원가절감을 통한 이윤추구의 노력과, 회계에 반영된 절감된 원가를 기초로 그 위에 일정 비율의 이○○○을 추가하여 방산물자 조달가격을 결정하는 등의 경직된 국방조달업무의 제반 규정 사이의 모순이 상당 부분 범행동기로 작용한 것으로 보이고, ○○○의 경우, 피고인 김○○○과 남궁○○○이 실질적으로 각 40%의 지분을 보유하면서 1:1의 비율로 지배력을 행사하고 있는 사실상 2인 회사인 사정이 인정되고, 이 사건 비자금은 공식적인 재무제표에 반영되지 않은 ○○○의 이윤에서 나온 것으로서, 피고인들이 주식배당절차를 거쳤다면, 그 이윤의 대부분이 능히 피고인들에게 귀속될 수 있는 돈이었던 것을 적법한 절차를 거치지 아니하고 손쉽게 유용하였던 사정이 엿보이는 점, 피고인 김○○○은 재판을 받는 과정에서 ○○○을 위하여 당시까지 보관 중이던 비자금 701,112,812원을 공탁하고, 횡령한 돈 중 417,130,000원을 공탁하여 각 반환하였으며, 피고인 및 친인척 명의의 ○○○ 주식을 ○○○에게 양도하는 등 피해회복을 위한 최대한 노력을 하였고, 그 결과 이 사건 각 범행으로 인한 ○○○의 손해는 실질적으로 전보되었다고 보이며, 피고인과 ○○○ 사이에 합의가 이루어져 ○○○이 피고인의 처벌을 원치 않고 있는 점, 피고인 남궁○○○은 재판을 받는 과정에서 ○○○ 주식청약대금으로 사용한 337,370,000원을 ○○○에게 반환하고, 비자금으로 인수한 ○○○신문 주식 전부를 ○○○에게 이전하여 줌으로써, 횡령금액 내지 그로 인한 이익 전부를 ○○○에게 반환한 점, 피고인이 자신의 잘못을 깊이 반성하고 있는 점 등 제반 양형조건 등을 참작하여 주문과 같은 형을 정한다는 취지로 기재되어 있다.

(3) 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 법인세법시행령 제106조 제4항 본문의 규정에 의하면, ‘내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다’고 규정되어 있고, 국세기본법 제45조 제1항 에서는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정되어 있는 바, 위 규정은 당초 2000.12.29.자 법인세법시행령 개정(대통령령 17033호)시 신설하였다가, 2003.12.30.자 법인세법시행령 개정(대통령령 제18174호)시 삭제하였던 것을 2005.2.19.자 법인세법 시행령 개정(대통령령 제18706호)시 다시 신설한 것으로, 위 규정을 다시 신설한 취지는 매출누락·가공경비의 계상 등의 방법으로 부당하게 사외유출된 금액에 대하여는 대표자에 대한 상여등 소득처분의 기본원칙에 따라 귀속자에게 소득처분하여 법인세는 물론 소득세도 징수하는 것이 원칙이나, 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하고, 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 부여하는데 있다고 할 것이고(재정경제부 예규 ○○○, 2005.10.31. 참조), 동 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의하면, ‘다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는 바, 위 규정은 같은항 본문의 규정에 의하여 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득 처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하는 대신, 처분청으로부터 세무조사 통지를 받거나 과세자료에 대한 소명안내문을 받는 등 처분청의 경정이 있을 것이 충분히 예상되는 상황에서 당해 법인이 상여처분을 면할 목적으로 사외유출된 금액을 회수하고, 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 상여로 하여 소득세를 추가로 과세하겠다는 취지로 보인다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 청구법인에 대한 검찰의 수사가 사실상 종결되어 공소를 제기한 때(2005.12.19.)로부터 약 1년 1개월 이후이자, 청구법인의 이 건 법인세 수정신고일(2006.5.25)로부터 약 8개월 이후인 2007.1.15.에야 청구법인에 대한 세무조사에 착수하였고, 청구법인이 쟁점금액을 익금에 산입하여 수정신고하기 전까지는 청구법인에 대하여 세무조사통지나 과세자료에 대한 소명안내문 발송 등 어떠한 조치도 취한 사실이 없으며, 청구법인의 전 대표자 김○○○ 등은 법원에서 형을 감경받기 위하여 쟁점금액을 청구법인에게 반환한 것으로 보이는 점, 청구법인에 대한 검찰의 수사는 당초 언론의 폭로성 보도에 의하여 착수가 되었고, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해 법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아닌 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 ‘처분청의 경정이 있을 것을 미리알고’ 사외유출된 금액을 회수하여 익금산입한 것으로 보기는 어려운 것으로 보인다. 따라서, 청구법인이 2002~2004사업연도분 법인세를 수정신고하면서 전 대표이사 김○○○ 및 남궁○○○으로부터 회수하여 익금산입한 쟁점금액의 소득처분은 사내유보로 하는 것이 타당하므로 이 건 소득금액변동 통지는 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.