실가 예정신고한 공익사업용 수용토지에 대해 기준시가를 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1989. 6. 21. ○○도 ○○시 ○○동 000-0 답654㎡ 587/1174지분(이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)을 취득하였고, ●●시가 쟁점부동산을 ●●시 ●●동(소0-00호선) 도로개설 공사용으로 수용함에 따라, 2004. 9. 8. ●●시에 쟁점부동산을 양도한 다음, 2004.11.30. 실지거래가액으로 양도소득금액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 납부를 하였다.
• 나. 청구인은 확정신고 기한(2005.5.31.) 경과후인 2007. 1. 31. 처분청에 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고납부한 양도소득세액과의 차액 23,477,168원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2007. 2. 16. 조세특례제한법 제85조 단서 조항에 따라 실지거래가액으로 양도소득세를 산정하여 신고하고 확정신고 기한이 경과하였다면, 이후 기준시가로 양도소득세를 산정할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007. 4. 23. 이의신청을 거쳐 2007. 7. 12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 예정신고를 할 당시는 조세제한특례법 제85조가 시행되기 이전으로 당해 토지가 투기지역내에 위치하고 있어 실지거래가액으로 신고를 할 수 밖에 없었고, 이후 세법개정에 대한 부지로 확정신고를 하지 아니하였다 하여 환급을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제85조 본문에서는 공익사업용 수용 토지에 대하여 기준시가 과세를 인정하고 있으나, 같은 조 단서에서 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는 바, 수용으로 양도된 토지라 할지라도 실지거래가액으로 양도소득금액을 산정하여 신고한 경우에는 그에 따라 양도소득세를 산출하겠다는 것으로 보아야 할 것이므로, 실지거래가액으로 양도소득 과세표준 예정신고를 한 이상 확정신고 기한까지 기준시가로 신고를 하지 아니하였다면, 실지거래가액으로 양도소득금액을 산정함이 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한 다음, 확정신고 기한이 도과한 이 후에 조세특례제한법 제85조 제1항 본문에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (2) 소득세법 제96조 (양도가액)

① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(3) 조세제한특례법 제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조제1항제6호 의2 및 동법 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조제1항제6호 및 동법 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 o 부칙 <제7322, 2004.12.31> 제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법시행령 제79조 의 2 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)

① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. ㅇ【별표 7】 기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)

14. 도시개발법 제9조 의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989. 6. 21. 쟁점부동산을 취득하였고, ●●시가 쟁점부동산을 ●●시 ●●동(소0-00호선) 도로개설 공사용으로 수용함에 따라, 2004. 9. 8. ●●시에 쟁점부동산을 양도한 다음, 2004. 11. 30. 실지거래가액으로 양도소득금액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 납부를 하였으나, 2004년 귀속 양도소득세 확정신고 기한(2005.5.31.) 경과후인 2007. 1. 31. 처분청에 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고납부한 양도소득세액과의 차액 23,477,168원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 처분청은 2007. 2. 16. 조세특례제한법 제85조 단서 조항에 따라 실지거래가액으로 양도소득세를 산정하여 신고하고 확정신고 기한이 경과하였다면, 이후 기준시가로 양도소득세를 산정할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 양도소득 과세표준 예정신고를 할 당시는 조세제한특례법 제85조가 시행되기 이전으로 실지거래가액으로 양도소득금액을 산정하여 신고할 수 밖에 없었고, 이후 세법개정에 대한 부지로 확정신고를 하지 아니하였다는 이유로 환급을 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도한 경우에도 공익사업용으로 수용(양도)되었다면 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005. 1. 1. 이후 과세표준확정신고 기한이 도래하는 양도분부터 기준시가로 양도가액 및 취득가액을 산정할 수 있다 할 것이나, 같은 법 단서에서는 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 토지가 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되었다 하더라도 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 한다 할 것인 바, 청구인이 지정지역 내에 소재하는 쟁점부동산을 양도하고 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 다음, 확정신고 기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 따라 산정할 수 밖에 없다 할 것이다(국심 2006전1484, 2006.9.12. 같은 뜻)

(4) 따라서, 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.