조세심판원 심판청구 조세특례

화물운송용 컨테이너를 증설투자한 경우에 임시투자세액공제 가능여부

사건번호 국심-2007-서-2615 선고일 2007.10.05

화물운송용 컨테이너와 같은 고정자산의 경우에는 그 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미하므로 임시투자세액공제를 배제한 처분은 적법함

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 2002년 11월 설립시부터 수도권과밀억제권역인 ○○○에 본점을 두고 국제해상 및 항공의 운송주선업을 영위하는 법인으로 2004∼2005사업연도 중 ○○○(이하 “쟁점장소”라 한다)에서 사용하기 위하여 공급가액 2,395,754천원의 운송용 컨테이너(이하 “쟁점컨테이너”라 한다)를 구입하고 동 구입액에 대하여 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제(2004사업연도 79,267,608원, 2005사업연도 307,120,162원)를 적용하여 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 청구법인의 본사가 수도권과밀억제권인 ○○○에 소재하고 있고, 쟁점장소를 독립된 사업장으로 볼 수 없다는 사유로 조세특례제한법 제130조 의 규정에 의거 콘테이너구입액에 대한 임시투자세액공제를 배제하여 2007.5.8 청구법인에게 2004사업연도 법인세 97,364,400원, 2005사업연도 법인세 343,606,030원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인이 비록 쟁점장소에 대하여 지점등기나 사업자등록을 하지 않았다고 하더라도 쟁점장소는 ○○○ 등과의 거래를 직접 수행하는 등 사실상 본점과는 구별되는 별도의 사업장에 해당되고, 쟁점컨테이너는 쟁점장소 및 해외에서만 사용되었을 뿐 수도권과밀억제권역안에 소재하는 청구법인의 본점소재지에서는 전혀 사용되지 아니하여 수도권과밀화억제라는 조세특례제한법 제130조 의 입법취지에 반하지 아니하는데도 처분청이 예규등을 확대해석하여 조세특례제한법 제26조 의 임시투자세액공제를 배제한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점장소를 본점과 구별되는 별도의 사업장이라고 주장하나, 쟁점장소에 대한 별도의 지점등기 및 사업자등록이 없는 상황에서 증빙으로 제출한 임대차계약서, 업무매뉴얼 및 이메일 내역 등만으로는 쟁점장소를 독립적으로 거래가 일어나는 별도의 사업장으로 인정하기는 어려우며, 또한, 청구법인의 사업규모 및 직원현황(총 연말대상근로자 61명 중 쟁점장소 직원은 3명임)으로 볼 때 청구법인의 모든 업무는 본점에서 총괄한다고 추정되므로 처분청이 쟁점콘테이너 구입액에 대하여 조세특례제한법 제130조 의 규정을 적용하여 임시투자세액공제를 배제한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 수도권과밀억제권역안에 본사를 두고 화물운송주선을 영위하는 중소기업이 수도권외의 쟁점장소(부산항)에서 사용하기 위하여 화물운송용 콘테이너를 증설투자한 경우, 임시투자세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제130조 【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제】

① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 “1990년 이후 중소기업 등”이라 한다)이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호瘼제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호瘼제2호, 제25조(동조 제1항 제2호瘼제7호 및 제9호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)에 대하여는 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제25조(동조 제1항 제2호ㆍ제7호 및 제9호를 제외한다) 및 제26조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004. 12. 31. 개정) (2) 조세특례제한법시행령 제124조 【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】

① 법 제103조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 증설투자”라 함은 다음 각호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 재정경제부령이 정하는 공장인 사업장인 경우: 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장외의 사업장인 경우 “ 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자 (3) 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. (4) 조세특례제한법시행령 제23조 【임시투자세액공제】

① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화사업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원애 한한다), 의료업에 의한 의료기관을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2005년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다. (5) 부가가치세법시행령 제4조 【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다. (각호생략)

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 직접 판매하기 위하여 특별히 판매시설을 갖춘 장소(이하 “직매장”이리 한다)는 사업장으로 보며, 사업자가 재화의 보관瘼관리만을 갖추고 다음 각호의 사항을 기재한 하치장설치신고서를 하치장 관할세무서장에게 제출한 장소(이하 “하치장”이라 한다)는 사업장으로 보지 아니한다.(각호생략)

③ 제1항 및 제2항에 규정하는 사업장 이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 추가로 사업장으로 등록할 수 있다.

④ 사업장을 설치하지 아니한 경우에는 사업자의 주소 또는 거소를 사업장으로 한다.

⑤ 비거주자 또는 외국법인의 경우에는 소득세법 제120조 또는 법인세법 제94조 에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점콘테이너 구입액에 대하여 2004사업연도 및 2005사업연도에 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제를 적용받은 사실 및 쟁점콘테이너 구입액이 임시투자세액공제대상에 해당된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인의 본점소재지가 수도권과밀억제권역인 ○○○에 소재하고 있다는 사유로 조세특례제한법 제130조 의 규정에 의하여 임시투자세액공제를 배제한 반면, 청구법인은 쟁점콘테이너를 수도권과밀억제권외 지역인 부산항에 소재한 쟁점장소에서 사용한 것이므로 조세특례제한법 제130조 에 의한 감면배제 대상이 아니므로 임시투자세액공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 조사서(2007.5.1)에 의하면, 청구법인이 2004년 및 2005년에 컨테이너를 구입하고 법인결산시 임시투자세액공제를 적용하였으나, 1990.1.1 이후 개업하여 수도권과밀억제권역내의 중소기업법인이 화물운송에 사용하기 위해 화물운송용 컨테이너를 증설투자한 경우에는 조세특례제한법 제26조 에 의한 임시투자세액공제를 적용받을 수 없는 것(○○○, 2004.11.2, ○○○, 2007.2.7)이므로 임시투자세액공제를 배제하여 과세한 내용이 나타난다.

(4) 청구법인이 증빙자료로 제시하는 임대차계약서(2003.4.18)에 의하면, 청구법인이 ○○○연맹 소유의 쟁점장소인 ○○○(21.22평)에 대하여 임대보증금을 4,668,400원, 월 임차료를 466,840원, 임대차계약기간을 2003.5.1∼2005.4.30로 약정하여 임차한 사실이 나타나고, 청구법인이 임차료로 2004사업연도에 5,602,080원, 2005사업연도에 6,534,200원을 지급한 사실이 세금계산서 및 장부사본에 의하여 확인된다.

(5) 쟁점장소에 대한 조직도에 의하면, 아래표와 같이 쟁점장소의 개설시점인 2003년부터 차장 박○○○ 및 대리 이○○○이, 2005년부터 사원 이○○○이, 2007년부터 사원 박○○○이 근무하면서 담당업무를 수행하고 있는 사실이 나타난다.

(6) 청구법인은 2004∼2005사업연도 중 쟁점장소에서 직접 수행한 거래내역이 35건에 78,254천원이라고 주장하면서 청구법인의 거래처별 매출장을 제시하고 있으나, 쟁점장소에서 위 거래를 직접 수행한 것인지는 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니한다.

(7) 청구법인의 거래처인 (주)○○○의 대표이사, ○○○대표 선○○○, (주)○○○ 대표이사 안○○○의 확인서에 의하면, 청구법인의 ○○○지점과 2004년부터 거래를 하였다는 내용이 나타나고, ○○○세관장이 발행한 등록증(030A404호)에 의하면, 쟁점장소를 영업소재지로 하고, 영업의 종류를 해운대리점업으로 하여 2005.5.30 청구법인에게 관세법 제222조 및 동법시행령 제231조에 의한 등록증을 교부한 사실이 확인된다.

(8) 청구법인이 쟁점장소에 지점등기나 사업자등록을 하지 아니한 경위서에 의하면, 청구법인은 2002년 11월에 설립하여 러시아, 중국, 독립연합지역국가 등에 국제복합운송용역을 제공하는 물류회사로서 청구법인의 업무성격상 법인설립후 6개월 후인 2003.5.1 물류산업의 거점인 부산에 쟁점장소를 설치하였고, 쟁점장소는 단순히 연락사무소의 성격이 아니라 영업의 일부를 수행함은 물론, 화물의 선적 및 인도업무, 컨테이너관리업무 등 4명(당시는 3명)의 직원이 상주하면서 본점과는 구별되는 업무를 수행하였으며, ○○○세관으로부터 쟁점장소를 영업소재지로 하여 등록증을 교부받은 상태에서 지점등기나 사업자등록에 대한 업무필요성을 인식하지 못하였을 뿐만 아니라 업무수행상 반드시 필요한 것도 아니었고, 더구나 지점등기 등을 하는 경우 세무상 사업장별로 부가가치세 신고를 해야 하는 불편함과 지점설치 등에 따른 시간과 비용의 소요 등 여러 제약 요건이 수반되기 때문에 사업자등록이나 지점등기를 하지 아니한 것이라고 소명하고 있다.

(9) ‘2003 간추린 개정세법 해설책자의 조세특례제한법 제130조 에 대한 개정이유에 의하면, 중소기업의 투자를 지원하기 위하여 ‘1990년이후 수도권과밀억제권역내에 설치한 사업장이라고 하더라도 과밀억제를 유도하는 증설투자는 계속 적용을 배제하되, 기존시설을 단순히 대체하는 투자에 대해서는 세액공제를 적용한다는 내용이 나타난다.

(10) 살피건대, 청구법인은 쟁점장소가 ○○○에 소재한 본점과 구별되는 독립된 사업장에 해당되므로 쟁점장소에서 사용한 쟁점컨테이너에 대하여 조세특례제한법 제130조 제1항 의 규정을 적용하여 임시투자세액공제를 배제하는 것은 부당하다고 주장하면서 쟁점장소의 임대차계약서, 조직도, 거래내역, 거래처의 확인서 등을 제시하고 있으나, 사업장이란 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소를 말하는 것(부가가치세법시행령 제4조 제1항)으로서 쟁점장소에 대한 지점등기나 사업자등록을 하지 아니한 점, 쟁점장소에서 실제 수주활동을 하는 등 거래한 내역이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 점 등으로 볼 때 쟁점장소는 독립적으로 거래를 수행한 장소가 아니라 서울특별시에 소재한 본점의 지시에 의하여 컨테이너 등을 관리하는 연락사무소의 역할을 하였다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 또한, 조세특례제한법 제130조 제1항 의 입법취지가 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자는 데 있음에 비추어 볼 때, 위 조항에 규정된 “수도권 안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산”의 해석에 있어서, 청구법인과 같이 화물운송주선업에서 사용되는 컨테이너와 같은 고정자산의 경우에는 당해 고정자산인 컨테이너 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미한다고 보아야 할 것인 바(○○○, 2005.10.7 같은 뜻임), 청구법인이 2004∼2005사업연도 중에 취득한 쟁점컨테이너가 주로 수도권 밖에 있는 부산항 내지 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권과밀억제권역안에 있는 경우에는 수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

(11) 따라서, 처분청이 청구법인의 사업장이 수도권 과밀억제권역안인 ○○○에 있다고 보아 쟁점컨테이너 구입액에 대한 임시투자세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)